KEGG   ENZYME: 1.14.11.27Help
Entry
EC 1.14.11.27               Enzyme                                 

Name
[histone-H3]-lysine-36 demethylase;
JHDM1A;
JmjC domain-containing histone demethylase 1A;
H3-K36-specific demethylase;
histone-lysine (H3-K36) demethylase;
histone demethylase;
protein-6-N,6-N-dimethyl-L-lysine,2-oxoglutarate:oxygen oxidoreductase
Class
Oxidoreductases;
Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen;
With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor
BRITE hierarchy
Sysname
protein-N6,N6-dimethyl-L-lysine,2-oxoglutarate:oxygen oxidoreductase
Reaction(IUBMB)
protein N6,N6-dimethyl-L-lysine + 2 2-oxoglutarate + 2 O2 = protein L-lysine + 2 succinate + 2 formaldehyde + 2 CO2 (overall reaction) [RN:R10056];
(1a) protein N6,N6-dimethyl-L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = protein N6-methyl-L-lysine + succinate + formaldehyde + CO2 [RN:R09510];
(1b) protein N6-methyl-L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = protein L-lysine + succinate + formaldehyde + CO2 [RN:R09511]
Reaction(KEGG)
Substrate
protein N6,N6-dimethyl-L-lysine [CPD:C05545];
2-oxoglutarate [CPD:C00026];
O2 [CPD:C00007];
protein N6-methyl-L-lysine [CPD:C05544]
Product
protein L-lysine;
succinate [CPD:C00042];
formaldehyde [CPD:C00067];
CO2 [CPD:C00011];
protein N6-methyl-L-lysine [CPD:C05544]
Comment
Requires iron(II). Of the seven potential methylation sites in histones H3 (K4, K9, K27, K36, K79) and H4 (K20, R3) from HeLa cells, the enzyme is specific for Lys-36. Lysine residues exist in three methylation states (mono-, di- and trimethylated). The enzyme preferentially demethylates the dimethyl form of Lys-36 (K36me2), which is its natural substrate, to form the monomethyl and unmethylated forms of Lys-36. It can also demethylate the monomethyl- but not the trimethyl form of Lys-36.
History
EC 1.14.11.27 created 2006
Orthology
K10276  
F-box and leucine-rich repeat protein 10/11
K10277  
lysine-specific demethylase 8
K16914  
bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
K19415  
lysine-specific demethylase PHF8
Genes
HSA: 
22992(KDM2A) 23133(PHF8) 79697(C14orf169) 79831(KDM8) 84678(KDM2B)
PTR: 
104002100(C14H14orf169) 451362(KDM2A) 454003(KDM8) 465184(KDM2B) 465652(PHF8)
PPS: 
100968297(KDM8) 100973092(PHF8) 100983162(KDM2A) 100988129(KDM2B) 103787047
GGO: 
101133194(PHF8) 101134785(C14H14orf169) 101140212(KDM2A) 101154151(KDM2B) 101154296(KDM8)
PON: 
100434567(KDM2A) 100449217(KDM8) 100461475(PHF8) 100462645(KDM2B) 103892384(C14H14orf169)
NLE: 
100579905(KDM2B) 100586240(JMJD5) 100601220(PHF8) 100601545(KDM2A)
MCC: 
696773(C7H14orf169) 699938(KDM2B) 703323(JMJD5) 703633(PHF8) 712907(KDM2A)
MCF: 
102125851(KDM2B) 102128432(PHF8) 102130596(KDM8) 102135352(C7H14orf169) 102142242(KDM2A)
CJC: 
100397900(KDM2B) 100403232(KDM2A) 100404196(C10H14orf169) 100405966(PHF8) 100411932(KDM8)
MMU: 
225876(Kdm2a) 30841(Kdm2b) 320595(Phf8) 71952(2410016O06Rik) 77035(Kdm8)
RNO: 
304495(Kdm2b) 308976(Kdm8) 314300(RGD1307704) 317425(Phf8) 361700(Kdm2a)
CGE: 
NGI: 
103725573(Kdm2a) 103739068(Kdm2b) 103741037(Kdm8) 103747314(Phf8) 103747411
HGL: 
101696346(Kdm2b) 101702352(Kdm8) 101712659 101713712(Kdm2a) 101716284(Phf8)
OCU: 
100344764(PHF8) 100349603(KDM2B) 100352993(KDM2A) 100358867(KDM8) 103351690(C20H14orf169)
TUP: 
102471383(KDM8) 102482421(KDM2A) 102482466(PHF8) 102484507 102488934(KDM2B)
CFA: 
102155553(C8H14orf169) 483702(KDM2A) 486262(KDM2B) 491897(PHF8) 608058(KDM8)
AML: 
100467038(KDM2B) 100469601(KDM2A) 100475840(KDM8) 100481292(PHF8)
UMR: 
103657901(KDM8) 103661272(KDM2B) 103673481 103679509(KDM2A) 103681294(PHF8)
FCA: 
101090549(KDM2A) 101092337(PHF8) 101094455(KDM2B) 101096528(KDM8) 102900260(CB3H14orf169)
PTG: 
102950473(KDM8) 102951883(PHF8) 102959050(KDM2A) 102960977 102971585(KDM2B)
BTA: 
507905(KDM8) 511031(C10H14orf169) 513959(PHF8) 540141(KDM2A) 614487(KDM2B)
BOM: 
102264590(KDM8) 102274509(KDM2B) 102283438(PHF8) 102285244 102286032(KDM2A)
PHD: 
CHX: 
102173094(C10H14orf169) 102180467(KDM2A) 102180525(KDM2B) 102186078(KDM8) 102186671(PHF8)
OAS: 
101103759(KDM2B) 101108003(KDM2A) 101108800(KDM8) 101118668(PHF8)
SSC: 
100294703(KDM2A) 100512074(KDM2B) 100519765(KDM8) 100520413(PHF8) 100523074(C7H14orf169)
CFR: 
102503719(KDM2B) 102504419(KDM8) 102505373 102518453(PHF8) 102523384(KDM2A)
BACU: 
LVE: 
ECB: 
100052955(KDM2A) 100059690(KDM2B) 100060410(PHF8) 100064574(KDM8) 100146448(C24H14orf169)
MYB: 
102241201(PHF8) 102249116(KDM2A) 102253219(KDM2B) 102256784 102259370(KDM8)
MYD: 
102751904(KDM2B) 102752152(KDM8) 102757410 102759691(PHF8) 102768553(KDM2A)
PALE: 
102883377(KDM2B) 102887644 102893335(KDM8) 102893981(KDM2A) 102894028(PHF8)
MDO: 
100015947 100016278(KDM8) 100019755(PHF8) 100024523(C1H14orf169) 100029240(KDM2A)
SHR: 
OAA: 
100078761(PHF8) 100079268(KDM8) 100079482(KDM2B) 100084241(KDM2A) 100086314
GGA: 
416583(KDM8) 416844(KDM2B) 423249(C5H14ORF169) 425999(KDM2A)
MGP: 
100541114(KDM8) 100544042(KDM2B) 100545882(C5H14orf169) 100551270(KDM2A)
APLA: 
TGU: 
100218907(KDM2B) 100219109(C5H14orf169) 100221235(KDM8) 100230512(KDM2A)
GFR: 
FAB: 
101809416(KDM8) 101813982(KDM2B) 101818982(KDM2A) 101819482(C5H14orf169)
PHI: 
CCW: 
FPG: 
101912390(KDM2B) 101913407(KDM8) 101914594(KDM2A) 101922675 101923116(PHF8)
FCH: 
102050781(KDM2B) 102052310(KDM2A) 102052952 102059772(PHF8) 102060265(KDM8)
CLV: 
102084883(KDM2B) 102085791 102087011(PHF8) 102088060(KDM8) 102096388(KDM2A)
ASN: 
AMJ: 
102560036 102560912(PHF8) 102565389(KDM2B) 102566752(KDM2A) 102575621(KDM8)
PSS: 
CMY: 
ACS: 
100555582(kdm2a) 100557128(kdm2b) 100557464(c1h14orf169) 100560548(kdm8) 100566919(phf8)
PBI: 
103055385(KDM2B) 103057322(PHF8) 103063143(KDM8) 103064072 103064363(KDM2A)
XLA: 
444267(kdm2b)
XTR: 
100158649(kdm8) 100488246 496596(kdm2a) 733740(phf8)
DRE: 
100536129(kdm2b) 436936(kdm8) 560815(im:7141580) 562643(kdm2bb) 566534(phf8) 799441(kdm2a)
TRU: 
MZE: 
OLA: 
XMA: 
LCM: 
102352369 102358334(KDM2A) 102360659(PHF8) 102360974(KDM8) 102363992(KDM2B)
CMK: 
103174084(phf8) 103180532(fbxl19) 103181758 103184391(kdm2b) 103186634(kdm8)
BFO: 
CIN: 
SPU: 
DME: 
DPO: 
DAN: 
DER: 
DPE: 
DSE: 
DSI: 
DWI: 
DYA: 
DGR: 
DMO: 
DVI: 
MDE: 
AGA: 
AAG: 
CQU: 
AME: 
410796(GB14218) 410848(GB19015) 411568(GB19248)
NVI: 
TCA: 
BMOR: 
API: 
PHU: 
ISC: 
CEL: 
CELE_C06H2.3(jmjd-5) CELE_T26A5.5(jhdm-1) CELE_T28F2.4(jmjc-1)
CBR: 
BMY: 
LOA: 
TSP: 
HRO: 
LGI: 
SMM: 
NVE: 
HMG: 
TAD: 
AQU: 
ATH: 
ALY: 
CRB: 
EUS: 
BRP: 
103869271(JMJ30)
CIT: 
CIC: 
TCC: 
EGR: 
GMX: 
PVU: 
CAM: 
FVE: 
PPER: 
PMUM: 
MDM: 
PXB: 
CSV: 
CMO: 
RCU: 
POP: 
POPTR_0001s05390g(POPTRDRAFT_844029)
VVI: 
SLY: 
SOT: 
BVG: 
OSA: 
DOSA: 
Os08t0508500-00(Os08g0508500) Os09t0489200-00(Os09g0489200)
OBR: 
BDI: 
SBI: 
SORBI_02g028370(SORBIDRAFT_02g028370) SORBI_06g031470(SORBIDRAFT_06g031470) SORBI_07g027795(SORBIDRAFT_07g027795)
ZMA: 
SITA: 
PDA: 
MUS: 
ATR: 
s00022p00222130(AMTR_s00022p00222130)
SMO: 
PPP: 
CRE: 
OLU: 
OTA: 
BPG: 
MIS: 
MPP: 
CSL: 
CVR: 
CME: 
GSL: 
CCP: 
SCE: 
YER051W(JHD1)
AGO: 
ERC: 
KLA: 
LTH: 
VPO: 
ZRO: 
CGR: 
TPF: 
TPHA_0C01220(TPHA0C01220)
TDL: 
TDEL_0H02210(TDEL0H02210)
PPA: 
DHA: 
PIC: 
PGU: 
SPAA: 
LEL: 
CAL: 
CTP: 
COT: 
CDU: 
YLI: 
CLU: 
NCR: 
NTE: 
NEUTE1DRAFT79510(NEUTE1DRAFT_79510)
PAN: 
TTT: 
MTM: 
CTHR: 
MGR: 
FGR: 
FPU: 
NHE: 
TRE: 
MAW: 
MAJ: 
CMT: 
VAL: 
VDA: 
ELA: 
SSL: 
BFU: 
MBE: 
ANI: 
AFM: 
AOR: 
AOR_1_1284164(AO090001000714) AOR_1_2014174(AO090005001158)
ANG: 
ANI_1_3296014(An01g13820) ANI_1_3330024(An02g14310)
AFV: 
ACT: 
NFI: 
PCS: 
CIM: 
CPW: 
PBL: 
PBN: 
URE: 
ABE: 
TVE: 
AJE: 
PNO: 
PTE: 
BZE: 
BSC: 
BOR: 
ZTR: 
PFJ: 
BCOM: 
NPA: 
TML: 
SPO: 
CNE: 
CNB: 
CGI: 
TMS: 
PPL: 
DSQ: 
PCO: 
SHS: 
HIR: 
PSQ: 
ADL: 
FME: 
GTR: 
LBC: 
MRR: 
CCI: 
SCM: 
ABP: 
AGABI1DRAFT53243(AGABI1DRAFT_53243) AGABI1DRAFT53452(AGABI1DRAFT_53452)
ABV: 
AGABI2DRAFT183418(AGABI2DRAFT_183418) AGABI2DRAFT216606(AGABI2DRAFT_216606)
CPUT: 
SLA: 
UMA: 
PFP: 
MGL: 
PGR: 
MLR: 
WSE: 
MBR: 
DDI: 
DPP: 
DFA: 
DFA_08281(jcdD) DFA_09741(jcdA) DFA_11649(jcdC) DFA_11703(jcdG) DFA_11942(jcdF)
ACAN: 
PTI: 
TPS: 
PIF: 
PSOJ: 
EHX: 
GTT: 
TCR: 
LMA: 
LIF: 
LDO: 
LMI: 
LBZ: 
NGR: 
SOD: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAI: 
SCU: 
AOL: 
SLD: 
CSG: 
RIV: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:16362057]
  Authors
Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y.
  Title
Histone demethylation by a family of JmjC domain-containing proteins.
  Journal
Nature. 439 (2006) 811-6.
  Sequence
[hsa:22992 84678] [sce:YER051W]
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