KEGG   ENZYME: 3.4.19.12Help
Entry
EC 3.4.19.12                Enzyme                                 

Name
ubiquitinyl hydrolase 1;
ubiquitin C-terminal hydrolase;
yeast ubiquitin hydrolase
Class
Hydrolases;
Acting on peptide bonds (peptidases);
Omega peptidases
BRITE hierarchy
Reaction(IUBMB)
Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal)
Reaction(KEGG)
(other) R02418
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Comment
Links to polypeptides smaller than 60 residues are hydrolysed more readily than those to larger polypeptides. Isoforms exist with quantitatively different specificities, amongst the best known being UCH-L1 and UCH-L3, which are major proteins of the brain of mammals [1]. Inhibited by ubiquitin aldehyde (in which Gly76 is replaced by aminoacetaldehyde). Ubiquitinyl hydrolase 1 is the type example of peptidase family C12, with a similar protein fold to papain and catalytic amino acids Cys, His and Asp. There is a separate family (C19) of enzymes that also hydrolyse ubiquitinyl bonds, and it is thought that all the ubiquitinyl hydrolases are also ubiquitin thiolesterases (EC 3.1.2.15)
History
EC 3.4.19.12 created 2000
Orthology
K05609  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase L3
K05610  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase L5
K05611  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase L1
K08588  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
K08601  
ubiquitin thioesterase
K09602  
ubiquitin thioesterase protein OTUB1
K09603  
ubiquitin thioesterase protein OTUB2
K11366  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 22/27/51
K11832  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
K11833  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2/21
K11834  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44/49
K11835  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4/11/15
K11836  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5/13
K11837  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6/32
K11838  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
K11839  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
K11840  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 9/24
K11841  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
K11842  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12/46
K11843  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
K11844  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16/45
K11845  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 17
K11846  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 18/41
K11847  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 19
K11848  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 20/33
K11849  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25/28
K11850  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26/29/37
K11851  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30
K11852  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 31
K11853  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34
K11854  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 35/38
K11855  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36/42
K11856  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43
K11857  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47
K11858  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48
K11859  
tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
K11860  
OTU domain-containing protein 7
K11861  
deubiquitinating protein VCIP135
K11862  
ubiquitin thioesterase ZRANB1
K11866  
STAM-binding protein
K11867  
AMSH-like protease
K11869  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40
K11870  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
K11871  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7/11
K11872  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 9/13
K11873  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
K11874  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16
K11986  
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3
K12655  
OTU domain-containing protein 5
K13716  
OTU domain-containing protein 1
K13717  
OTU domain-containing protein 3
K13718  
OTU domain-containing protein 4
K15235  
josephin
K18342  
OTU domain-containing protein 6
K18343  
ubiquitin thioesterase otulin
Genes
HSA: 
100287327(USP17L17) 100287513(USP17L22) 10600(USP16) 10617(STAMBP) 10868(USP20) 10869(USP19) 11274(USP18) 124739(USP43) 126119(JOSD2) 139562(OTUD6A) 1540(CYLD) 158880(USP51) 161725(OTUD7A) 219333(USP12) 220213(OTUD1) 23032(USP33) 23252(OTUD3) 23326(USP22) 23358(USP24) 25862(USP49) 27005(USP21) 29761(USP25) 373856(USP41) 377630(USP17L2) 389856(USP27X) 51377(UCHL5) 51633(OTUD6B) 54726(OTUD4) 54764(ZRANB1) 55031(USP47) 55230(USP40) 55593(OTUD5) 55611(OTUB1) 56957(OTUD7B) 57478(USP31) 57558(USP35) 57559(STAMBPL1) 57602(USP36) 57646(USP28) 57663(USP29) 57695(USP37) 64854(USP46) 7128(TNFAIP3) 728369(USP17L24) 728373(USP17L25) 728379(USP17L26) 728386(USP17L5) 728393(USP17L27) 728400(USP17L28) 728405(USP17L29) 728419(USP17L30) 7345(UCHL1) 7347(UCHL3) 7375(USP4) 7398(USP1) 7874(USP7) 78990(OTUB2) 80124(VCPIP1) 8078(USP5) 8237(USP11) 8239(USP9X) 8287(USP9Y) 8314(BAP1) 83844(USP26) 84101(USP44) 84132(USP42) 84196(USP48) 84640(USP38) 84669(USP32) 84749(USP30) 85015(USP45) 8975(USP13) 90268(OTULIN) 9097(USP14) 9098(USP6) 9099(USP2) 9100(USP10) 9101(USP8) 9736(USP34) 9929(JOSD1) 9958(USP15) 9960(USP3)
PTR: 
100609286(OTUD6A) 100610501(USP31) 100611292(USP34) 100611877(USP26) 100614099(USP27X) 107966380(USP51) 107967429 107971892(USP42) 107972190 107972774 107973963(USP40) 450809(ZRANB1) 451029(USP47) 451448(USP35) 451610(USP2) 451798(USP5) 452035(USP15) 452142(USP44) 452215(USP30) 453287(OTUD7A) 453499(USP3) 453907(USP7) 453931(USP8) 454287(USP10) 454511(USP22) 454806(USP32) 455080(USP43) 455325(USP14) 456482(OTUD3) 456602(USP48) 456881(USP24) 456901(USP1) 456965(USP33) 457596(UCHL5) 458497(USP16) 458834(JOSD1) 459944(USP37) 460026(USP40) 460364(USP19) 460367(USP4) 460426(BAP1) 461185(UCHL1) 461329(USP46) 461515(USP38) 461733(OTULIN) 462686(USP49) 462896(USP45) 464282(OTUD6B) 464795(USP20) 465165(CYLD) 465582(USP9X) 465604(USP11) 465660(USP51) 465985(USP9Y) 466024(OTUD1) 466147(STAMBPL1) 466787(USP28) 466922(OTUD4) 467539(OTUB2) 469031(USP29) 469556(USP21) 471009(USP13) 471141 472136(TNFAIP3) 472287(USP42) 472782(VCPIP1) 473918(USP25) 735835(USP12) 737927(OTUD5) 739448(STAMBP) 742797(OTUB1) 742929(USP18) 742992(USP36) 747924(JOSD2) 748542(USP6) 749087(OTUD7B)
PPS: 
100967331(USP4) 100967337(USP5) 100967486(USP15) 100967683(UCHL5) 100969003(STAMBP) 100969397(OTUD6A) 100969657 100969973(USP13) 100969982(USP19) 100970653(USP31) 100971299(USP3) 100971570(USP49) 100971796(USP9X) 100972729(USP22) 100973064(USP42) 100973287(ZRANB1) 100973818(OTUD7A) 100974018(OTULIN) 100975336(USP36) 100975349(USP10) 100976531 100978798(UCHL1) 100979063(USP46) 100979081(USP7) 100979276(USP35) 100979514(USP27X) 100979558(USP21) 100979806(USP26) 100980786(JOSD1) 100981245(USP33) 100981644(USP14) 100981716(USP8) 100981738(USP34) 100981844(USP16) 100982030(USP1) 100983014(OTUD5) 100983324(OTUD6B) 100983504(OTUB1) 100983567(USP28) 100983795(OTUD1) 100984284(USP6) 100984339 100984445(OTUD7B) 100984682(USP37) 100985439(BAP1) 100986340(USP2) 100986446(CYLD) 100986757(VCPIP1) 100986971(USP40) 100987273(USP44) 100987666(USP30) 100988131(OTUB2) 100988185(STAMBPL1) 100988629(USP45) 100989025(USP25) 100989106(USP48) 100989185(USP29) 100989264(USP51) 100989275(USP20) 100989765(USP11) 100990061(USP38) 100990144(OTUD4) 100990675 100990853 100991032(JOSD2) 100991287(USP12) 100991864 100992171(OTUD3) 100992310(USP47) 100994023(USP24) 100994153(USP43) 100994248(USP32) 100994346(USP18) 100994797(TNFAIP3)
GGO: 
101123735(FAM105B) 101123829 101124244 101124390(USP1) 101125016(UCHL5) 101125045(BAP1) 101125869(USP34) 101126437 101126875 101127042(OTUD3) 101127146 101127507(USP45) 101127524 101127889(USP26) 101127919(OTUB1) 101128527(OTUD7B) 101128615 101128960 101129120(USP30) 101129252(USP12) 101129963(USP15) 101129990(OTUD7A) 101130037 101130166(OTUD6B) 101130233(CYLD) 101131429(USP19) 101131709(JOSD1) 101132322 101132417(USP49) 101132691 101133071 101133180 101133330(USP24) 101133444 101133445(VCPIP1) 101133598(USP5) 101133630(USP8) 101133813(OTUD1) 101134191(USP4) 101134939(USP29) 101135667(USP27X) 101135723(USP37) 101136041(USP48) 101136267(JOSD2) 101136564(STAMBP) 101137096(USP43) 101138355(USP42) 101138427(UCHL3) 101138526(USP47) 101139406(USP31) 101141299(USP16) 101142739(USP10) 101143664(USP2) 101143810(OTUB2) 101144048(USP40) 101144455 101144509(ZRANB1) 101144968 101145328 101145981(USP20) 101146542 101146892(USP51) 101147100(USP36) 101147647(USP35) 101148524(USP46) 101149274(TNFAIP3) 101149958(USP38) 101149970(USP22) 101150085(USP6) 101150317(USP3) 101150793(UCHL1) 101150852(USP18) 101151989(USP44) 101152379(USP32) 101152862(USP7) 101152934(USP33) 101153050(USP21) 101153212(OTUD4) 101153896(USP28) 101154006(STAMBPL1) 101154346(OTUD6A) 101154413
PON: 
100171462(STAMBP) 100171630(USP24) 100171716(USP33) 100171734(CYLD) 100171781(USP18) 100172206(USP4) 100172618(USP11) 100172866(USP45) 100173411(JOSD1) 100173431(OTUD6B) 100173645(USP20) 100173848(STAMBPL1) 100174079(USP5) 100174399(USP46) 100174635(UCHL5) 100431441(USP31) 100431477(OTUD4) 100431546(USP2) 100431690(USP21) 100432205(USP14) 100432828(USP34) 100435352(USP10) 100435731 100436918 100437819(USP8) 100437824(USP7) 100438940 100439953(USP51) 100440156(USP48) 100440562(USP26) 100440860(USP47) 100440914(UCHL1) 100441435(USP42) 100442002(USP19) 100443075(USP1) 100443916(USP44) 100444513(USP28) 100445062(USP16) 100445074(OTUD6A) 100445365(USP30) 100445432 100445717(VCPIP1) 100446150(OTUD7B) 100446206(USP9X) 100447118(USP12) 100447150(USP37) 100448647 100450076(USP29) 100451119(ZRANB1) 100451589(USP49) 100452168(USP36) 100452766(UCHL3) 100454247(USP3) 100454837(USP15) 100455823(OTUD7A) 100456168(USP35) 100456449(USP22) 100456651(OTUB2) 100458271 100458520(USP38) 100458856(USP43) 100458885(USP25) 100458886(OTULIN) 100459093(OTUD3) 100459145(TNFAIP3) 100460247(OTUD5) 100462322(BAP1) 100936578(JOSD2) 100939512(OTUD1) 103890049(USP40) 103891798(OTUB1)
NLE: 
100579524(USP2) 100580456(BAP1) 100580627(STAMBP) 100581159(JOSD1) 100582016(USP31) 100582198(STAMBPL1) 100582278(JOSD2) 100582641(USP35) 100582681(OTUB2) 100582950(USP49) 100583021(USP18) 100583734(USP7) 100584253(OTULIN) 100585087(VCPIP1) 100585500(USP24) 100585967 100586159(USP8) 100586852(USP15) 100586916(USP14) 100586991(USP13) 100587865(USP9X) 100588515(OTUD6B) 100588568(UCHL1) 100590576(OTUD1) 100590664(USP26) 100591191(CYLD) 100591669(USP28) 100591826(USP27X) 100592673(USP12) 100592764(USP16) 100593568(USP1) 100594073(USP44) 100594856(USP10) 100595071(USP11) 100595497 100595671(USP43) 100596180(UCHL5) 100596356(USP5) 100596423(USP3) 100596480(ZRANB1) 100596907(OTUB1) 100597176(OTUD7A) 100597721(OTUD7B) 100597821(USP19) 100598380(USP47) 100598815(USP46) 100598870(USP32) 100599888(USP36) 100600014(USP40) 100600197(TNFAIP3) 100600209(USP38) 100600257(USP51) 100600306(OTUD6A) 100600964(OTUD3) 100601460(USP21) 100602108(USP37) 100602360(USP29) 100602650 100602719(USP34) 100603234 100603457(USP48) 100603534(USP42) 100603722(OTUD5) 100604272(USP4) 100604556 100604757(USP22) 100605103(USP20) 100605288(USP33) 100605387(OTUD4) 100605394(USP45) 100606082(USP30) 100607196(UCHL3) 100607498 100607808(USP25) 100607886
MCC: 
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Crystal structure of a deubiquitinating enzyme (human UCH-L3) at 1.8 A resolution.
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