KEGG   ENZYME: 2.1.1.192Help
Entry
EC 2.1.1.192                Enzyme                                 

Name
23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase;
RlmN;
YfgB;
Cfr
Class
Transferases;
Transferring one-carbon groups;
Methyltransferases
BRITE hierarchy
Sysname
S-adenosyl-L-methionine:23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase
Reaction(IUBMB)
2 S-adenosyl-L-methionine + adenine2503 in 23S rRNA = S-adenosyl-L-homocysteine + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + 2-methyladenine2503 in 23S rRNA
Substrate
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019];
adenine2503 in 23S rRNA
Product
S-adenosyl-L-homocysteine [CPD:C00021];
L-methionine [CPD:C00073];
5'-deoxyadenosine [CPD:C05198];
2-methyladenine2503 in 23S rRNA
Comment
Contains an [4Fe-4S] cluster [2]. This enzyme is a member of the 'AdoMet radical' (radical SAM) family. S-Adenosyl-L-methionine acts as both a radical generator and as the source of the appended methyl group. RlmN is an endogenous enzyme used by the cell to refine functions of the ribosome in protein synthesis [2]. The enzyme methylates adenosine by a radical mechanism with CH2 from the S-adenosyl-L-methionine and retention of the hydrogen at C-2 of adenosine2503 of 23S rRNA. It will also methylate 8-methyladenosine2503 of 23S rRNA. cf. EC 2.1.1.224 [23S rRNA (adenine2503-C8)-methyltransferase].
History
EC 2.1.1.192 created 2010, modified 2011
Orthology
K06941  
23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase
Genes
ATH: 
ALY: 
CRB: 
EUS: 
CIT: 
CIC: 
TCC: 
GMX: 
PVU: 
MTR: 
CAM: 
FVE: 
PPER: 
CSV: 
RCU: 
POP: 
VVI: 
SLY: 
SOT: 
OSA: 
DOSA: 
Os01t0640800-01(Os01g0640800) Os01t0973400-01(Os01g0973400)
OBR: 
BDI: 
SBI: 
SORBI_03g029230(SORBIDRAFT_03g029230)
ZMA: 
SITA: 
ATR: 
s00012p00221620(AMTR_s00012p00221620) s00058p00171240(AMTR_s00058p00171240)
SMO: 
PPP: 
CRE: 
VCN: 
OLU: 
OTA: 
MIS: 
MPP: 
BPG: 
CSL: 
CVR: 
CME: 
CCP: 
PTI: 
EHX: 
GTT: 
ECO: 
b2517(rlmN)
ECJ: 
Y75_p2470(yfgB)
ECD: 
EBW: 
BWG_2281(rlmN)
ECOK: 
ECE: 
Z3780(yfgB)
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_3457(yfgB)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c3039(yfgB)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_2947(rlmN)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_02409(yfgB)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m2742(rlmN)
ELL: 
WFL_13430(rlmN)
ELC: 
i14_2835(yfgB)
ELD: 
i02_2835(yfgB)
ELP: 
EBL: 
ECD_02409(yfgB)
EBE: 
B21_02371(rlmN)
ELF: 
LF82_3091(yfgB)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
EFE: 
EFER_0655(yfgB)
STY: 
STY2770(yfgB)
STT: 
t0331(yfgB)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM2525(yfgB)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SENR: 
SEND: 
SPT: 
SPA0342(yfgB)
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SPC_1129(yfgB)
SEC: 
SC2522(yfgB)
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SEG: 
SG2560(yfgB)
SEL: 
SEGA: 
SET: 
SEN2505(yfgB)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
SENB: 
BN855_26110(SBOV25911)
SENE: 
SES: 
SBG: 
SBG_2301(yfgB)
SBZ: 
YPE: 
YPK: 
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPT: 
YPD: 
YPX: 
YPH: 
YPC_3072(yfgB)
YPS: 
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YEN: 
YEP: 
YEY: 
YSI: 
SFL: 
SF2563(yfgB)
SFX: 
S2735(yfgB)
SFV: 
SFV_2564(yfgB)
SFE: 
SFxv_2818(rlmN)
SSN: 
SSON_2599(yfgB)
SSJ: 
SBO: 
SBO_2541(yfgB)
SBC: 
SDY: 
SDY_2713(yfgB)
SDZ: 
ECA: 
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PEC: 
ETA: 
ETA_10250(yfgB)
EPY: 
EpC_10430(yfgB)
EPR: 
EAM: 
EAMY_2582(yfgB)
EAY: 
EBI: 
ERJ: 
PLU: 
PAY: 
PAU_01383(yfgB)
BUC: 
BU286(yfgB)
BAP: 
BAU: 
BAW: 
BAJC: 
BUA: 
BUP: 
BAK: 
BAKON_288(rlmN)
BUH: 
BUAMB_267(rlmN)
BAPF: 
BAPG: 
BAPU: 
BAPW: 
BAS: 
BUsg275(yfgB)
BAB: 
bbp265(yfgB)
BCC: 
BCc_176(yfgB)
BAJ: 
BCTU_187(yfgB)
WBR: 
WGLp571(yfgB)
WGL: 
SGL: 
SOD: 
Sant_1130(rlmN)
ENT: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
EAE: 
EAR: 
ENR: 
ESA: 
CSK: 
ES15_1011(rlmN)
CSZ: 
CSI: 
CTU: 
CTU_31110(rlmN)
KPN: 
KPN_02847(yfgB)
KPU: 
KP1_4098(yfgB)
KPM: 
KPP: 
KPE: 
KPO: 
KPR: 
KPR_1429(rlmN)
KPJ: 
KPI: 
KVA: 
KOX: 
KOE: 
CKO: 
CRO: 
CFD: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SSZ: 
SCc_563(yfgB)
SMAF: 
SMW: 
SLQ: 
SERR: 
SFO: 
PMR: 
PMIB: 
EIC: 
ETR: 
ETD: 
ETC: 
BPN: 
BPEN_552(yfgB)
BVA: 
BVAF_534(rlmN)
BCHR: 
HDE: 
SECT: 
SEHC: 
DDA: 
DDC: 
DDD: 
DZE: 
XBO: 
XBJ1_3011(yfgB)
XNE: 
XNC1_3313(yfgB)
PAM: 
PANA_2861(yfgB)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_2148(yfgB)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_2282(yfgB)
PAO: 
RIP: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
PSI: 
EBT: 
MMK: 
ROR: 
EBF: 
PSTS: 
HIN: 
HIT: 
HIP: 
HIF: 
HIL: 
HIU: 
HIE: 
HIZ: 
HIK: 
HDU: 
HAP: 
HPAZ: 
HPR: 
HSO: 
HSM: 
PMU: 
PMV: 
PUL: 
PMP: 
Pmu_13380(rlmN)
MSU: 
MHT: 
MHQ: 
MHX: 
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
MVR: 
MVI: 
MVG: 
MVE: 
APL: 
APJ: 
APA: 
ASU: 
ASI: 
AAP: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
GAN: 
BTO: 
BTRE: 
BTRH: 
BTRA: 
XFA: 
XFT: 
XFM: 
XFN: 
XFF: 
XCC: 
XCB: 
XCA: 
XCP: 
XCV: 
XAC: 
XCI: 
XAX: 
XAO: 
XOO: 
XOM: 
XOP: 
XOR: 
XAL: 
XFU: 
SML: 
SMT: 
BUJ: 
SMZ: 
SMD_1850(rlmN)
PSU: 
PSD: 
FAU: 
RHD: 
DJI: 
VCH: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VCR: 
VCM: 
VCI: 
VCL: 
VVU: 
VVY: 
VVM: 
VPA: 
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VPH: 
VHA: 
VCA: 
VAG: 
VSP: 
VEX: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VAN: 
LAG: 
VFI: 
VF_0626(yfgB)
VFM: 
VSA: 
PPR: 
PAE: 
PAEV: 
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
PAEC: 
PPU: 
PPF: 
PPG: 
PPW: 
PPT: 
PPB: 
PPI: 
PPX: 
PPUH: 
PPUT: 
PPUN: 
PP4_44250(rlmN)
PPUU: 
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PCI: 
PFL: 
PFL_4957(rlmN)
PPRC: 
PFO: 
PFS: 
PFE: 
PFC: 
PPZ: 
PEN: 
PMY: 
PMK: 
PSA: 
PSZ: 
PSR: 
PSC: 
PSJ: 
PSH: 
PBA: 
PFV: 
PDR: 
PRE: 
PSV: 
PSK: 
PMON: 
PMOT: 
PKC: 
CJA: 
AVN: 
AVL: 
AVD: 
PAR: 
PCR: 
PRW: 
PSO: 
ACI: 
ACD: 
ACB: 
ABM: 
ABY: 
ABC: 
ABN: 
ABB: 
ABX: 
ABZ: 
ABR: 
ABD: 
ABH: 
ABAD: 
ABJ: 
ABAB: 
ABAJ: 
ABAZ: 
ACC: 
MCT: 
SON: 
SO_3315(rlmN)
SDN: 
SFR: 
SAZ: 
SBL: 
SBM: 
SBN: 
SBP: 
SBT: 
SBS: 
SBB: 
SLO: 
SPC: 
SHP: 
SSE: 
SPL: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
SHL: 
SWD: 
SWP: 
SVO: 
ILO: 
ILI: 
CPS: 
PHA: 
PAT: 
PSM: 
SDE: 
MAQ: 
MHC: 
MAD: 
MBS: 
AMC: 
AMB: 
AMG: 
AMH: 
AMK: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAD: 
AMAI: 
AMAG: 
ALT: 
GAG: 
GNI: 
GNIT_1021(rlmN)
GPS: 
PIN: 
PSY: 
TTU: 
FBL: 
CBU: 
CBS: 
CBD: 
CBG: 
CBC: 
LPN: 
LPH: 
LPV_1681(yfgB)
LPO: 
LPO_1561(yfgB)
LPU: 
LPM: 
LP6_1525(yfgB)
LPF: 
LPP: 
LPC: 
LPA: 
LPE: 
LLO: 
LLO_1529(yfgB)
MCA: 
MMT: 
MAH: 
FTU: 
FTF: 
FTW: 
FTR: 
FTT: 
FTG: 
FTL: 
FTH: 
FTA: 
FTS: 
FTI: 
FTO: 
FTM: 
FTN: 
FCF: 
FCN: 
FPH: 
FRT: 
FNA: 
FNL: 
TCX: 
TCY: 
MEJ: 
MEC: 
CYQ: 
CZA: 
NOC: 
NHL: 
NWA: 
ALV: 
TVI: 
TMB: 
AEH: 
HHA: 
HHC: 
TGR: 
TKM: 
TNI: 
TVNIR_0873(rlmN_[H])
SSAL: 
SPIU: 
HNA: 
HCH: 
CSA: 
HEL: 
ABO: 
ADI: 
KKO: 
MMW: 
MME: 
MPC: 
TOL: 
TOR: 
AHA: 
AHY: 
ASA: 
AVR: 
AMED: 
TAU: 
OCE: 
DNO: 
AFE: 
AFR: 
ACU: 
AFI: 
GAP: 
SAGA: 
RMA: 
VOK: 
GPB: 
NMA: 
NME: 
NMP: 
NMH: 
NMC: 
NMN: 
NMT: 
NMI: 
NMD: 
NMM: 
NMS: 
NMQ: 
NMW: 
NMZ: 
NGO: 
NGK: 
NGT: 
NLA: 
SALV: 
CVI: 
LHK: 
PSE: 
RSO: 
RSC: 
RSL: 
RSN: 
RSM: 
RSE: 
RPI: 
RPF: 
REU: 
REH: 
H16_A2367(h16_A2367)
CNC: 
RME: 
Rmet_2109(yfgB)
CTI: 
BMA: 
BMV: 
BML: 
BMN: 
BPS: 
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPR: 
BPSE: 
BDL_58(rlmN)
BPSU: 
BBN_1505(rlmN)
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BBK_3008(rlmN)
BTE: 
BTQ: 
BTQ_1687(rlmN)
BTJ: 
BTJ_668(rlmN)
BTZ: 
BTL_1907(rlmN)
BTD: 
BTI_1725(rlmN)
BVI: 
BUR: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BCT: 
BXE: 
BPH: 
BPY: 
BGL: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BRH: 
BGD: 
BYI: 
BUK: 
BPX: 
BUO: 
PNU: 
PNE: 
PPK: 
PPNO: 
PRB: 
BPE: 
BPC: 
BPER: 
BPA: 
BPAR: 
BBR: 
BBM: 
BBH: 
BPT: 
BAV: 
BHO: 
AXY: 
AXO: 
AXN: 
TEQ: 
TEA: 
KUI_0925(rlmN)
TEG: 
KUK_1253(rlmN)
TAS: 
TAT: 
KUM_0800(rlmN)
PUT: 
AKA: 
AMIM: 
CDN: 
RFR: 
POL: 
PNA: 
AAV: 
AJS: 
DIA: 
AAA: 
ACK: 
VEI: 
DAC: 
DEL: 
VAP: 
VPE: 
VPD: 
CTT: 
ADN: 
ADK: 
RTA: 
CBX: 
MPT: 
HAR: 
MMS: 
mma_2130(yfgB)
HSE: 
CFU: 
LCH: 
TIN: 
THI: 
RGE: 
NEU: 
NET: 
NIT: 
NII: 
NMU: 
EBA: 
AZO: 
AZA: 
DAR: 
TMZ: 
DSU: 
TBD: 
SDR: 
MFA: 
MMB: 
MEH: 
MEI: 
MEP: 
APP: 
TPN: 
TPQ: 
TCP_073(pflA)
SLT: 
GCA: 
KCI: 
KCT: 
KBL: 
KBT: 
KDE: 
KGA: 
KON: 
SSDC: 
BPRC: 
HPY: 
HEO: 
HPJ: 
HPA: 
HPS: 
HHP: 
HHQ: 
HHR: 
HPG: 
HPP: 
HPB: 
HPL: 
HPB8_116(rlmN)
HPC: 
HCA: 
HPM: 
HPE: 
HPO: 
HPI: 
HPQ: 
HPW: 
HPU: 
HEF: 
HPF: 
HEQ: 
HEX: 
HPT: 
HPZ: 
HPV: 
HPX: 
HEN: 
HPH: 
HEG: 
HPN: 
HEP: 
HEU: 
HES: 
HPYS: 
HCN: 
HPD: 
HEY: 
HER: 
HEI: 
HPYA: 
HPYK: 
HPYO: 
HPYL: 
HPYI: 
HPYU: 
HPYM: 
HEM: 
HEB: 
HEZ: 
HHE: 
HAC: 
HMS: 
HFE: 
HBI: 
HCE: 
HCM: 
HCP: 
HCB: 
HHM: 
WSU: 
TDN: 
SUA: 
SKU: 
SULR: 
CJE: 
CJB: 
CJJ: 
CJU: 
CJN: 
CJI: 
CJM: 
CJM1_1663(rlmN)
CJS: 
CJP: 
CJEJ: 
CJEU: 
CJEN: 
CJEI: 
CJR: 
CJD: 
CJZ: 
CJX: 
CFF: 
CFV: 
CCV: 
CHA: 
CCO: 
CLA: 
CCOL: 
CCC: 
CCQ: 
CAMP: 
ABU: 
ABT: 
ABL: 
ANT: 
ARC: 
SDL: 
SBA: 
SMUL: 
SMUL_0113(rlmN)
NSA: 
NIS: 
SUN: 
NAM: 
GSU: 
GSU1111(rlmN)
GSK: 
GME: 
Gmet_2685(rlmN)
GUR: 
GLO: 
GBM: 
Gbem_1655(rlmN)
GEO: 
GEM: 
GEB: 
PCA: 
Pcar_2022(rlmN)
PPD: 
DVU: 
DVL: 
DVM: 
DVG: 
DDE: 
DDS: 
DDN: 
DMA: 
DSA: 
DAS: 
DAF: 
DHY: 
DPI: 
BN4_12388(rlmN)
DGG: 
LIP: 
LIR: 
DBA: 
DRT: 
BBA: 
Bd0733(yloN)
BBAT: 
Bdt_0698(yloN)
BBW: 
BBAC: 
BEX: 
BMX: 
DPS: 
DAK: 
DPR: 
DSF: 
DOL: 
DAL: 
DAT: 
DTO: 
ADE: 
ACP: 
AFW: 
ANK: 
MXA: 
MFU: 
MSD: 
CCX: 
SUR: 
STAUR_1908(rlmN) STAUR_4061(rlmN2)
SCL: 
SCU: 
HOH: 
SAT: 
DAO: 
DTI: 
SFU: 
DBR: 
HMR: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MES: 
PLA: 
SME: 
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
EAD: 
ATU: 
ARA: 
AVI: 
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
RLE: 
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
LAS: 
LAA: 
LSO: 
LCC: 
LAR: 
BME: 
BMI: 
BMZ: 
BMG: 
BMW: 
BMF: 
BMB: 
BMC: 
BAA: 
BMS: 
BSI: 
BMT: 
BSV: 
BOV: 
BCS: 
BSK: 
BOL: 
BMR: 
BPP: 
BCET: 
BCEE: 
OAN: 
BJA: 
BJU: 
BRA: 
BBT: 
BRS: 
AOL: 
RPA: 
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
NWI: 
NHA: 
OCA: 
OCG: 
OCO: 
BHE: 
BHN: 
BQU: 
BQR: 
BBK: 
BTR: 
BGR: 
BCD: 
BAUS: 
BVN: 
XAU: 
AZC: 
SNO: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
MCH: 
MRD: 
MET: 
MPO: 
MNO: 
BID: 
MSL: 
HDN: 
HDT: 
HMC: 
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BN69_0494(rlmN)
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Eab7_2784(rlmN)
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EMQU_0614(rlmN)
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CAE: 
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CPF: 
CPR: 
CTC: 
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ESR: 
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CCT: 
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RTO: 
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ERE: 
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TPY_1139(rlmN)
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ERH_1435(rlmN)
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CUR: 
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CPU: 
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SCO5645(SC6A9.22c)
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SFI: 
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SRC: 
SALU: 
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MTS: 
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PFR: 
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DOI: 
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FP2080(rlmN)
FBR: 
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FIN: 
KQS_11745(rlmN)
COC: 
CCM: 
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IALB_2278(rlmN)
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NIDE3728(rlmN)
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TOP: 
TTR: 
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HHS_04080(yfgB)
SRB: 
MPI: 
THM: 
ABI: 
ACF: 
NMR: 
NIR: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:18025251]
  Authors
Toh SM, Xiong L, Bae T, Mankin AS
  Title
The methyltransferase YfgB/RlmN is responsible for modification of adenosine 2503 in 23S rRNA.
  Journal
RNA. 14 (2008) 98-106.
  Organism
Escherichia coli, Staphylococcus aureus subsp.
  Sequence
[eco:b2517] [sae:NWMN_1128]
Reference
2  [PMID:20184321]
  Authors
Yan F, LaMarre JM, Rohrich R, Wiesner J, Jomaa H, Mankin AS, Fujimori DG
  Title
RlmN and Cfr are radical SAM enzymes involved in methylation of ribosomal RNA.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 132 (2010) 3953-64.
Reference
3  [PMID:21368151]
  Authors
Yan F, Fujimori DG
  Title
RNA methylation by radical SAM enzymes RlmN and Cfr proceeds via methylene transfer and hydride shift.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108 (2011) 3930-4.
Reference
4  [PMID:21415317]
  Authors
Grove TL, Benner JS, Radle MI, Ahlum JH, Landgraf BJ, Krebs C, Booker SJ
  Title
A radically different mechanism for S-adenosylmethionine-dependent methyltransferases.
  Journal
Science. 332 (2011) 604-7.
  Organism
Escherichia coli
  Sequence
[eco:b2517]
Reference
5  [PMID:21527678]
  Authors
Boal AK, Grove TL, McLaughlin MI, Yennawar NH, Booker SJ, Rosenzweig AC
  Title
Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
  Journal
Science. 332 (2011) 1089-92.
  Organism
Escherichia coli
  Sequence
[eco:b2517]
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