KEGG   ENZYME: 2.1.1.260Help
Entry
EC 2.1.1.260                Enzyme                                 

Name
rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1;
Nep1;
nucleolar essential protein 1
Class
Transferases;
Transferring one-carbon groups;
Methyltransferases
BRITE hierarchy
Sysname
S-adenosyl-L-methionine:18S rRNA (pseudouridine1191-N1)-methyltransferase
Reaction(IUBMB)
S-adenosyl-L-methionine + pseudouridine1191 in yeast 18S rRNA = S-adenosyl-L-homocysteine + N1-methylpseudouridine1191 in yeast 18S rRNA
Substrate
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019];
pseudouridine1191 in yeast 18S rRNA
Product
S-adenosyl-L-homocysteine [CPD:C00021];
N1-methylpseudouridine1191 in yeast 18S rRNA
Comment
This enzyme, which occurs in both prokaryotes and eukaryotes, recognizes specific pseudouridine residues (Psi) in small subunits of ribosomal RNA based on the local RNA structure. It recognizes Psi914 in 16S rRNA from the archaeon Methanocaldococcus jannaschii, Psi1191 in yeast 18S rRNA, and Psi1248 in human 18S rRNA.
History
EC 2.1.1.260 created 2012
Orthology
K14568  
rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
Genes
HSA: 
10436(EMG1)
PTR: 
451806(EMG1)
PPS: 
100993485(EMG1)
GGO: 
101139632(EMG1)
PON: 
100450148(EMG1)
NLE: 
100598500(EMG1)
MCC: 
722122(EMG1)
MCF: 
102135921(EMG1)
CSAB: 
103218495(EMG1)
RRO: 
104680082(EMG1)
CJC: 
100411554(EMG1)
SBQ: 
101036212(EMG1)
MMU: 
14791(Emg1)
RNO: 
312706(Emg1)
CGE: 
100759485(Emg1)
NGI: 
103727489(Emg1)
HGL: 
101726764(Emg1)
OCU: 
100342038(EMG1)
TUP: 
102497301(EMG1)
CFA: 
477708(EMG1)
AML: 
100473024(EMG1)
UMR: 
103656178(EMG1)
FCA: 
101088173(EMG1)
PTG: 
102949816(EMG1)
BTA: 
515362(EMG1)
BOM: 
102285025(EMG1)
PHD: 
102326240(EMG1)
CHX: 
102189562(EMG1)
OAS: 
101108377(EMG1)
SSC: 
100627558(EMG1)
CFR: 
102513682(EMG1)
BACU: 
103004463(EMG1)
LVE: 
103086149(EMG1)
ECB: 
100052984(EMG1)
MYB: 
MYD: 
102754127(EMG1)
PALE: 
102896616(EMG1)
LAV: 
100677554(EMG1)
MDO: 
100014133(EMG1)
SHR: 
100916926(EMG1)
GGA: 
418292(RP3-461F17.3)
MGP: 
100549249(EMG1)
CJO: 
APLA: 
101795903(EMG1)
TGU: 
100223062(EMG1)
GFR: 
102042844(EMG1)
FAB: 
101812607(EMG1)
PHI: 
102109724(EMG1)
CCW: 
FPG: 
101914863(EMG1)
FCH: 
102054948(EMG1)
CLV: 
102093025(EMG1)
AAM: 
106497214(EMG1)
ASN: 
102376748(EMG1)
AMJ: 
102572198(EMG1)
PSS: 
102450259(EMG1)
CMY: 
102932916(EMG1)
ACS: 
PBI: 
103066098(EMG1)
GJA: 
107116806(EMG1)
XTR: 
100485133(emg1)
DRE: 
678588(emg1)
TRU: 
101066424(emg1)
TNG: 
MZE: 
101473610(emg1)
OLA: 
101172018(emg1)
XMA: 
102217413(emg1)
SASA: 
LCM: 
102355452(EMG1)
CMK: 
103175877(emg1)
CIN: 
SPU: 
SKO: 
DME: 
DPO: 
DAN: 
DER: 
DPE: 
DSE: 
DSI: 
Dsimw501_GD16696(Dsim_GD16696)
DWI: 
DYA: 
Dyak_GE16352(dyak_GLEANR_17782)
DGR: 
DMO: 
DVI: 
MDE: 
AGA: 
AAG: 
CQU: 
AME: 
BIM: 
SOC: 
AEC: 
HST: 
CFO: 
NVI: 
TCA: 
BMOR: 
100862801(Nep1)
DPL: 
PXY: 
API: 
PHU: 
DPX: 
ISC: 
CEL: 
CELE_Y39A1A.14(Y39A1A.14)
CBR: 
BMY: 
LOA: 
TSP: 
HRO: 
LGI: 
CRG: 
OBI: 
SMM: 
NVE: 
ADF: 
HMG: 
TAD: 
AQU: 
ATH: 
ALY: 
EUS: 
BRP: 
BNA: 
THJ: 
CIT: 
CIC: 
TCC: 
GRA: 
EGR: 
GMX: 
PVU: 
VRA: 
MTR: 
CAM: 
ADU: 
AIP: 
LJA: 
Lj0g3v0059639.1(Lj0g3v0059639.1) Lj0g3v0059639.2(Lj0g3v0059639.2) Lj6g3v1422200.1(Lj6g3v1422200.1)
FVE: 
PPER: 
PMUM: 
MDM: 
PXB: 
CSV: 
CMO: 
RCU: 
JCU: 
POP: 
POPTR_0006s03900g(POPTRDRAFT_831805) POPTR_0016s03700g(POPTRDRAFT_667309)
VVI: 
SLY: 
SPEN: 
SOT: 
SIND: 
BVG: 
NNU: 
OSA: 
4329057(OJ1086_G08.4)
DOSA: 
Os02t0290400-01(Os02g0290400)
OBR: 
BDI: 
ATS: 
SBI: 
SORBI_04g011280(SORBIDRAFT_04g011280) SORBI_04g033060(SORBIDRAFT_04g033060)
ZMA: 
100282562(GRMZM5G834894)
SITA: 
PDA: 
EGU: 
MUS: 
ATR: 
SMO: 
PPP: 
CRE: 
VCN: 
OLU: 
OTA: 
BPG: 
MIS: 
MPP: 
CSL: 
APRO: 
CME: 
GSL: 
CCP: 
SCE: 
YLR186W(EMG1)
AGO: 
ERC: 
KLA: 
LTH: 
VPO: 
ZRO: 
CGR: 
NCS: 
NCAS_0A00500(NCAS0A00500)
NDI: 
NDAI_0F04300(NDAI0F04300)
TPF: 
TPHA_0B04640(TPHA0B04640)
TBL: 
TBLA_0A05270(TBLA0A05270)
TDL: 
TDEL_0C06380(TDEL0C06380)
KAF: 
KAFR_0D04030(KAFR0D04030)
PPA: 
DHA: 
PIC: 
PGU: 
SPAA: 
LEL: 
CAL: 
CaO19.665(NEP1) CaO19.8282(NEP1)
CTP: 
COT: 
CDU: 
CTEN: 
YLI: 
CLU: 
NCR: 
NTE: 
NEUTE1DRAFT85901(NEUTE1DRAFT_85901)
SMP: 
PAN: 
TTT: 
MTM: 
CTHR: 
MGR: 
TMN: 
FGR: 
FPU: 
NHE: 
TRE: 
MAW: 
MAJ: 
CMT: 
VAL: 
VDA: 
ELA: 
SSL: 
BFU: 
MBE: 
ANI: 
AFM: 
AOR: 
AOR_1_126084(AO090020000071)
ANG: 
ANI_1_1370094(An11g10540)
AFV: 
ACT: 
NFI: 
PCS: 
CIM: 
CPW: 
PBL: 
PBN: 
PADG_12027(PADG_06014)
URE: 
ABE: 
TVE: 
AJE: 
PNO: 
PTE: 
BZE: 
BSC: 
BOR: 
ZTR: 
PFJ: 
BCOM: 
NPA: 
TML: 
SPO: 
CNE: 
CNB: 
CGI: 
TMS: 
DSQ: 
PCO: 
SHS: 
HIR: 
PSQ: 
ADL: 
FME: 
GTR: 
LBC: 
MRR: 
CCI: 
SCM: 
ABP: 
AGABI1DRAFT35322(AGABI1DRAFT_35322)
ABV: 
AGABI2DRAFT67862(AGABI2DRAFT_67862)
CPUT: 
SLA: 
WSE: 
WIC: 
UMA: 
PFP: 
MGL: 
PGR: 
MLR: 
ECU: 
EIN: 
EHE: 
ERO: 
NCE: 
MBR: 
SRE: 
DDI: 
DPP: 
DFA: 
DFA_10447(emg1)
EHI: 
EHI_044610(3.t00130)
EDI: 
EIV: 
ACAN: 
PFA: 
PFD: 
PFH: 
PYO: 
PCB: 
PBE: 
PKN: 
PVX: 
PCY: 
TAN: 
TPV: 
TOT: 
BBO: 
BBOV_I002890(19.m02290) BBOV_III002060(17.m07199)
CPV: 
CHO: 
TGO: 
TET: 
PTM: 
SMIN: 
v1.2.003758.t1(symbB.v1.2.003758.t1)
PTI: 
TPS: 
AAF: 
PIF: 
PSOJ: 
SPAR: 
EHX: 
GTT: 
TBR: 
TCR: 
LMA: 
LIF: 
LDO: 
LMI: 
LBZ: 
NGR: 
TVA: 
GLA: 
MJA: 
MFE: 
MVU: 
MFS: 
MIF: 
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MIG: 
MTP: 
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MKA: 
MK0202(mra1)
AFU: 
AFG: 
APO: 
AVE: 
AST: 
FPL: 
GAC: 
GAH: 
TVO: 
TVG1248551(TVG1248551)
PTO: 
FAC: 
MER: 
PHO: 
PH1379(PH1379)
PAB: 
PFU: 
PFI: 
PYN: 
PYA: 
PYS: 
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TON: 
TGA: 
TSI: 
TBA: 
THE: 
THA: 
THM: 
TLT: 
THS: 
TNU: 
TEU: 
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THV: 
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SHC: 
IHO: 
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DKA: 
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DFD: 
TAG: 
IAG: 
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PFM: 
PDL: 
SSO: 
SOL: 
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SSOL: 
SSOF: 
STO: 
STK_21290(nep1)
SAI: 
SACN: 
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SACS: 
SIS: 
SIA: 
SIM: 
SID: 
SIY: 
SIN: 
SII: 
SIH: 
SIR: 
SIC: 
MSE: 
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PCL: 
PAS: 
PYR: 
POG: 
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THB: 
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THF: 
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NMR: 
NIR: 
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NKR: 
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NGA: 
NVN: 
NEV: 
TAA: 
CSU: 
NBV: 
TAH: 
KCR: 
LOKI: 
BARC: 
BARB: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:18208838]
  Authors
Taylor AB, Meyer B, Leal BZ, Kotter P, Schirf V, Demeler B, Hart PJ, Entian KD, Wohnert J
  Title
The crystal structure of Nep1 reveals an extended SPOUT-class methyltransferase fold and a pre-organized SAM-binding site.
  Journal
Nucleic. Acids. Res. 36 (2008) 1542-54.
  Sequence
[sce:YLR186W]
Reference
2  [PMID:20047967]
  Authors
Wurm JP, Meyer B, Bahr U, Held M, Frolow O, Kotter P, Engels JW, Heckel A, Karas M, Entian KD, Wohnert J
  Title
The ribosome assembly factor Nep1 responsible for Bowen-Conradi syndrome is a pseudouridine-N1-specific methyltransferase.
  Journal
Nucleic. Acids. Res. 38 (2010) 2387-98.
  Sequence
[hsa:10436] [mja:MJ_0557]
Reference
3  [PMID:20972225]
  Authors
Meyer B, Wurm JP, Kotter P, Leisegang MS, Schilling V, Buchhaupt M, Held M, Bahr U, Karas M, Heckel A, Bohnsack MT, Wohnert J, Entian KD
  Title
The Bowen-Conradi syndrome protein Nep1 (Emg1) has a dual role in eukaryotic ribosome biogenesis, as an essential assembly factor and in the methylation of Psi1191 in yeast 18S rRNA.
  Journal
Nucleic. Acids. Res. 39 (2011) 1526-37.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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