KEGG   ENZYME: 2.8.4.4Help
Entry
EC 2.8.4.4                  Enzyme                                 

Name
[ribosomal protein S12] (aspartate89-C3)-methylthiotransferase;
RimO;
[ribosomal protein S12]-Asp89:sulfur-(sulfur carrier),S-adenosyl-L-methionine C3-methylthiotransferase;
[ribosomal protein S12]-L-aspartate89:sulfur-(sulfur carrier),S-adenosyl-L-methionine C3-methylthiotransferase
Class
Transferases;
Transferring sulfur-containing groups;
Transferring alkylthio groups
BRITE hierarchy
Sysname
[ribosomal protein S12]-L-aspartate89:sulfur-(sulfur carrier),S-adenosyl-L-methionine C3-methylsulfanyltransferase
Reaction(IUBMB)
L-aspartate89-[ribosomal protein S12] + sulfur-(sulfur carrier) + 2 S-adenosyl-L-methionine + reduced acceptor = 3-methylsulfanyl-L-aspartate89-[ribosomal protein S12] + S-adenosyl-L-homocysteine + (sulfur carrier) + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + oxidized acceptor (overall reaction) [RN:R10652];
(1a) S-adenosyl-L-methionine + L-aspartate89-[ribosomal protein S12] + sulfur-(sulfur carrier) = S-adenosyl-L-homocysteine + L-aspartate89-[ribosomal protein S12]-methanethiol + (sulfur carrier) [RN:R10653];
(1b) L-aspartate89-[ribosomal protein S12]-methanethiol + S-adenosyl-L-methionine + reduced acceptor = 3-methylsulfanyl-L-aspartate89-[ribosomal protein S12] + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + oxidized acceptor [RN:R10654]
Reaction(KEGG)
Substrate
L-aspartate89-[ribosomal protein S12];
sulfur-(sulfur carrier);
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019];
reduced acceptor [CPD:C00030];
L-aspartate89-[ribosomal protein S12]-methanethiol
Product
3-methylsulfanyl-L-aspartate89-[ribosomal protein S12];
S-adenosyl-L-homocysteine [CPD:C00021];
(sulfur carrier);
L-methionine [CPD:C00073];
5'-deoxyadenosine [CPD:C05198];
oxidized acceptor;
L-aspartate89-[ribosomal protein S12]-methanethiol
Comment
This bacterial enzyme binds two [4Fe-4S] clusters [2,3]. A bridge of five sulfur atoms is formed between the free Fe atoms of the two [4Fe-4S] clusters [6]. In the first reaction the enzyme transfers a methyl group from AdoMet to the external sulfur ion of the sulfur bridge. In the second reaction the enzyme catalyses the reductive fragmentation of a second molecule of AdoMet, yielding a 5'-deoxyadenosine radical, which then attacks the methylated sulfur atom of the polysulfide bridge, resulting in the transfer of a methylsulfanyl group to aspartate89 [5,6]. The enzyme is a member of the superfamily of S-adenosyl-L-methionine-dependent radical (radical AdoMet) enzymes.
History
EC 2.8.4.4 created 2014, modified 2014
Orthology
K14441  ribosomal protein S12 methylthiotransferase
Genes
CRE: CHLREDRAFT_120503
VCN: VOLCADRAFT_127348
MNG: MNEG_0573
OTA: OT_ostta12g01090
BPG: Bathy07g03710
MIS: MICPUN_83736
MPP: MICPUCDRAFT_49392
CSL: COCSUDRAFT_23373
CVR: CHLNCDRAFT_133325 CHLNCDRAFT_133327
APRO: F751_0638
ECO: b0835(rimO)
ECJ: JW0819(yliG)
ECD: ECDH10B_0904(yliG)
EBW: BWG_0688(yliG)
ECOK: ECMDS42_0686(yliG)
ECE: Z1061(yliG)
ECS: ECs0915(rimO)
ETW: ECSP_0935(yliG)
EOJ: ECO26_0962(yliG)
EOI: ECO111_0903(yliG)
EOH: ECO103_0879(yliG)
ECG: E2348C_0786(yliG)
EOK: G2583_1065(yliG)
ELR: ECO55CA74_05180(rimO)
ECC: c0920(yliG)
ECP: ECP_0849
ECI: UTI89_C0838(yliG)
ECV: APECO1_1258(yliG)
ECY: ECSE_0893
ECR: ECIAI1_0874(yliG)
ECQ: ECED1_0799(yliG)
ECK: EC55989_0880(yliG)
ECT: ECIAI39_0814(rimO)
EOC: CE10_0858(rimO)
EUM: ECUMN_1025(yliG)
ECZ: ECS88_0852(yliG)
ELH: ETEC_0902
ESE: ECSF_0760
ESO: O3O_08120(rimO)
ESM: O3M_17145(rimO)
ESL: O3K_17170(rimO)
EBR: ECB_00802(yliG)
EBD: ECBD_2788
EKF: KO11_19595(rimO)
EAB: ECABU_c08760(yliG)
EDJ: ECDH1ME8569_0787(yliG)
EIH: ECOK1_0837(rimO)
ENA: ECNA114_0777(rimO)
ELW: ECW_m0893(yliG)
ELL: WFL_04345(rimO)
ELC: i14_0884(yliG)
ELD: i02_0884(yliG)
EBL: ECD_00802(rimO)
EBE: B21_00819(rimO)
ELF: LF82_3530(yliG)
ECOL: LY180_04400(rimO)
ECOI: ECOPMV1_00837(rimO)
ECOJ: P423_04145(rimO)
ECOO: ECRM13514_0912(rimO)
ECOH: ECRM13516_0867(rimO)
ECOS: EC958_0947(yliG)
EFE: EFER_0976(yliG)
STY: STY0891(yliG)
STT: t2037(yliG)
STM: STM0852(yliG)
SEO: STM14_996(yliG)
SEY: SL1344_0828(rimO)
SEJ: STMUK_0857(rimO)
SETU: STU288_10145(rimO)
SETC: CFSAN001921_12745(rimO)
SENR: STMDT2_08281(yliG)
SEND: DT104_08671(yliG)
SENI: CY43_04565(rimO)
SEEN: SE451236_10295(rimO)
SPT: SPA1903(yliG)
SEK: SSPA1773
SEI: SPC_0849(yliG)
SEC: SCH_0847(yliG)
SHB: SU5_01520
SENH: CFSAN002069_04590(rimO)
SEEH: SEEH1578_13650(rimO)
SENS: Q786_04155(rimO)
SED: SeD_A0953
SEG: SG0833(yliG)
SEL: SPUL_2119
SET: SEN0798(yliG)
SENA: AU38_04140(rimO)
SENO: AU37_04125(rimO)
SENV: AU39_04130(rimO)
SENQ: AU40_04590(rimO)
SENL: IY59_04200(rimO)
SENJ: CFSAN001992_07180(rimO)
SEEC: CFSAN002050_10845(rimO)
SEEB: SEEB0189_015095(rimO)
SEEP: I137_09640(rimO)
SENB: BN855_8300
SENE: IA1_04335(rimO)
SENC: SEET0819_11230(rimO)
SBG: SBG_0737(yliG)
SBZ: A464_819
SBV: N643_03735(rimO)
SFL: SF0785(rimO)
SFX: S0828(yliG)
SFV: SFV_0818(yliG)
SFE: SFxv_0855(yliG)
SFN: SFy_1065
SFS: SFyv_1108
SFT: NCTC1_00796(rimO)
SSN: SSON_0818(yliG)
SBO: SBO_0727(yliG)
SHQ: A0259_08130(rimO)
ENC: ECL_02885
ENO: ECENHK_07185(rimO)
EEC: EcWSU1_01391(rimO)
ENL: A3UG_07080(rimO)
ECLE: ECNIH2_07940(rimO)
ECLN: ECNIH4_15470(rimO)
ECLI: ECNIH5_06970(rimO)
ECLX: LI66_07045(rimO)
ECLY: LI62_07790(rimO)
ECLZ: LI64_07350(rimO)
ECLA: ECNIH3_06990(rimO)
ECLC: ECR091_06970(rimO)
EAU: DI57_11715(rimO)
EHM: AB284_17965(rimO)
EKB: BFV64_06875(rimO)
ELG: BH714_03085(rimO)
EXF: BFV63_07000(rimO)
ECLS: LI67_007900(rimO)
ENR: H650_22930(rimO)
ENX: NI40_006620(rimO)
ENF: AKI40_2293(rimO)
ESA: ESA_02503
CSK: ES15_2600(rimO)
CSZ: CSSP291_11690(rimO)
CCON: AFK62_06660(rimO)
CDM: AFK67_06850(rimO)
CMJ: AFK66_013025(rimO)
CUI: AFK65_06610(rimO)
CMW: AFK63_12035(rimO)
CTU: CTU_14380(rimO)
KPN: KPN_00866(yliG)
KPU: KP1_1825
KPP: A79E_3374
KPK: A593_18835(rimO)
KPH: KPNIH24_20270(rimO)
KPZ: KPNIH27_08020(rimO)
KPV: KPNIH29_08720(rimO)
KPW: KPNIH30_08745(rimO)
KPY: KPNIH31_08620(rimO)
KPG: KPNIH32_08850(rimO)
KPC: KPNIH10_08525(rimO)
KPQ: KPR0928_08420(rimO)
KPT: VK055_1661(rimO)
KPE: KPK_3699
KPO: KPN2242_07150(rimO)
KPR: KPR_3718(rimO)
KPJ: N559_3465
KPI: D364_04545(rimO)
KPX: PMK1_03200(rimO)
KPB: FH42_25385(rimO)
KPNE: KU54_017910(rimO)
KPNU: LI86_17735(rimO)
KPNK: BN49_1918(rimO)
KVA: Kvar_3512
KVD: KR75_16290(rimO)
KVQ: SP68_22885(rimO)
KOX: KOX_15270(rimO)
KOE: A225_1885
KOY: J415_22260(rimO)
KMI: VW41_15050(rimO)
KOK: KONIH1_09330(rimO)
KOC: AB185_26860(rimO)
KOM: HR38_14085(rimO)
KQU: AVR78_13060(rimO)
EAE: EAE_14765(rimO)
EAR: CCG31014
CKO: CKO_02276
CRO: ROD_08381
CFD: CFNIH1_14300(rimO)
CBRA: A6J81_08810(rimO)
CAMA: F384_03875(rimO)
EBT: EBL_c25740(yliG)
ROR: RORB6_10850(rimO)
RON: TE10_10050(rimO)
RPLN: B1209_18420(rimO)
CNT: JT31_20055(rimO)
CEM: LH23_21035(rimO)
CEN: LH86_19640(rimO)
CED: LH89_03020(rimO)
PGE: LG71_20455(rimO)
KLE: AO703_07395(rimO)
KSA: C813_07525(rimO)
KOR: AWR26_16975(rimO)
KRD: A3780_07280(rimO)
KCO: BWI95_12995(rimO)
KIN: AB182_17000(rimO)
LAX: APT61_15465(rimO)
EBF: D782_2981
SMAF: D781_1526
SFW: WN53_17390(rimO)
SFG: AV650_12840(rimO)
SFO: Z042_21370(rimO)
ECA: ECA2708
PATR: EV46_13230(rimO)
PATO: GZ59_18520
PCT: PC1_1673
PCV: BCS7_08370(rimO)
PPAR: A8F97_09120(rimO)
PEC: W5S_1890
PWS: A7983_16985(rimO)
PPOA: BJK05_03395(rimO)
DDD: Dda3937_03494(yliG)
DZC: W909_08335(rimO)
DSO: A4U42_18320(rimO)
DDQ: DDI_1654
BGJ: AWC36_09500(rimO)
EBI: EbC_14510
EGE: EM595_1235(rimO)
PAM: PANA_1301(yliG)
PLF: PANA5342_2981(yliG)
PAJ: PAJ_0622(yliG)
KLN: LH22_15840(rimO)
PANT: PSNIH1_10920(rimO)
PANP: PSNIH2_11310(rimO)
PSTW: DSJ_09255(rimO)
TCI: A7K98_06600(rimO)
PMR: PMI3181
PVL: AOB99_00250(rimO)
PSI: S70_05340(rimO)
PSX: DR96_179(rimO)
PSTA: BGK56_08210(rimO)
PRG: RB151_034550(rimO)
MMK: MU9_3124
ETR: ETAE_2270
ETD: ETAF_2049
ETE: ETEE_0291
ETC: ETAC_10735(rimO)
EDW: QY76_08985(rimO)
EDL: AAZ33_11895(rimO)
EHO: A9798_05780(rimO)
HAV: AT03_07790(rimO)
OPO: DSM2777_13090(rimO)
PFQ: QQ39_10050(rimO)
PSHI: SAMEA2665130_2170(rimO)
HIT: NTHI0767
HIZ: R2866_1831(rimO)
HIK: HifGL_000274(rimO)
HIA: H733_0536
HIX: NTHI723_01056(rimO)
HDU: HD_1896
HAP: HAPS_1553(yliG)
HPAZ: K756_10485(rimO)
HPAS: JL26_09020(rimO)
HPAK: JT17_07335(rimO)
HSO: HS_1444
HSM: HSM_0587
PMU: PM1571
PMV: PMCN06_1834(miaB)
PMP: Pmu_18390(rimO)
PMUL: DR93_420(rimO)
MSU: MS2247(miaB)
MHQ: D650_2340
MHAT: B824_3410
MHX: MHH_c03650(rimO)
MHAE: F382_09140(rimO)
MHAM: J450_06080(rimO)
MHAO: J451_07095(rimO)
MHAL: N220_13090(rimO)
MHAQ: WC39_01175(rimO)
MHAY: VK67_01180(rimO)
MVR: X781_1320
MVE: X875_1620
APL: APL_1636
APJ: APJL_1669
APA: APP7_1698
ASU: Asuc_0405
ASI: ASU2_09405(rimO)
ASS: ASU1_09465(rimO)
AEU: ACEE_09550(rimO)
AAZ: ADJ80_03335(rimO)
AAT: D11S_0094(rimO)
AAN: D7S_01794(rimO)
AACN: AANUM_0157
AACT: ACT75_03860(rimO)
BTO: WQG_22180
BTRE: F542_430
BTRH: F543_440
BTRA: F544_22700
XCC: XCC2564(rimO)
XCB: XC_1554
XCP: XCR_2902
XCV: XCV2887
XAX: XACM_2676(rimO)
XAC: XAC2735
XCI: XCAW_01438(miaB)
XFU: XFF4834R_chr27320(rimO)
XAO: XAC29_13945(rimO)
XOO: XOO3272
XOM: XOO3098(XOO3098)
XOP: PXO_01247
XOY: AZ54_07470(rimO)
XOR: XOC_2977
XOZ: BE73_08110(rimO)
XAL: XALC_0973
XSA: SB85_05850(rimO)
XFR: BER92_12365(rimO)
XGA: BI317_08925(rimO)
XVE: BJD12_04560(rimO)
XPE: BJD13_02960(rimO)
XHR: XJ27_07355(rimO)
XPH: XppCFBP6546_22215(XppCFBP6546P_22215)
SML: Smlt3438
SMT: Smal_2865
SMZ: SMD_3014
SACZ: AOT14_23780(rimO_2)
STEK: AXG53_10830(rimO)
SLM: BIZ42_03940(rimO)
PSUW: WQ53_01770(rimO)
LAB: LA76x_2094(rimO)
LCP: LC55x_2083(rimO)
LGU: LG3211_3133(rimO)
LEZ: GLE_3137(yliG)
LEM: LEN_1915(rimO)
DJI: CH75_11990(rimO)
DJA: HY57_15725(rimO)
DKO: I596_1547
LRZ: BJI69_15270(rimO)
VCH: VC2620(rimO)
VCF: IR04_18180(rimO)
VCE: Vch1786_I2115(rimO)
VCI: O3Y_12545(rimO)
VCQ: EN18_16130(rimO)
VCS: MS6_2341
VCX: VAA049_278(rimO)
VCZ: VAB027_270(rimO)
VVU: VV2_1254
VVY: VVA0081
VVL: VV93_v1c30920(rimO)
VGA: BSQ33_01400(rimO)
PAE: PA0916
PAEV: N297_947(rimO)
PAEI: N296_947(rimO)
PAU: PA14_52420(yliG)
PNC: NCGM2_1697(yliG)
PAEB: NCGM1900_1804(yehS)
PDK: PADK2_21125(rimO)
PSG: G655_20775(rimO)
PRP: M062_04485(rimO)
PAEP: PA1S_21845(rimO)
PAEM: U769_21215(rimO)
PAEL: T223_22480(rimO)
PAEU: BN889_00960(rimO)
PAEG: AI22_12095(rimO)
PAEC: M802_943(rimO)
PAEO: M801_947(rimO)
PMY: Pmen_1713
PMK: MDS_3137
PRE: PCA10_44810(rimO)
PPSE: BN5_1543(yliG)
PALC: A0T30_16480(rimO)
PCQ: PcP3B5_47180(rimO)
PPU: PP_1197(rimO)
PPF: Pput_1228
PPT: PPS_4018
PPB: PPUBIRD1_1234(rimO)
PPI: YSA_07475
PPX: T1E_4044
PPUH: B479_20395(rimO)
PPUT: L483_25445(rimO)
PPUN: PP4_11380(rimO)
PMON: X969_19660(rimO)
PMOT: X970_19295(rimO)
PMOS: O165_000995(rimO)
POR: APT59_13935(rimO)
PSB: Psyr_1392(rimO)
PSYR: N018_18735(rimO)
PFL: PFL_1247(rimO)
PPRC: PFLCHA0_c12820(rimO)
PPRO: PPC_1302(rimO)
PFS: PFLU_1203
PFC: PflA506_1175(rimO)
PFN: HZ99_11090(rimO)
PFW: PF1751_v1c11520(rimO)
PFF: PFLUOLIPICF702350(rimO)
PFX: A7318_05250(rimO)
PPZ: H045_02895(rimO)
PFB: VO64_4372
PMAN: OU5_2224
PTV: AA957_08090(rimO)
PCG: AXG94_21605(rimO)
PVR: PverR02_06245(rimO)
PAZO: AYR47_13215(rimO)
POI: BOP93_05805(rimO)
PEN: PSEEN4113
PSA: PST_1747
PSZ: PSTAB_1641(yliG)
PSR: PSTAA_1763(rimO)
PSC: A458_12045(rimO)
PSJ: PSJM300_06840(rimO)
PSTU: UIB01_13315(rimO)
PSTT: CH92_13570(rimO)
PBM: CL52_11930(rimO)
PBC: CD58_06410(rimO)
PDR: H681_07835(rimO)
PSV: PVLB_19240(rimO)
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Taxonomy
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Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 2.8.4.4
IUBMB Enzyme Nomenclature: 2.8.4.4
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 2.8.4.4
BRENDA, the Enzyme Database: 2.8.4.4

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