KEGG   ENZYME: 3.1.3.89Help
Entry
EC 3.1.3.89                 Enzyme                                 

Name
5'-deoxynucleotidase;
yfbR (gene name)
Class
Hydrolases;
Acting on ester bonds;
Phosphoric-monoester hydrolases
BRITE hierarchy
Sysname
2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase
Reaction(IUBMB)
a 2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate + H2O = a 2'-deoxyribonucleoside + phosphate [RN:R10776]
Reaction(KEGG)
Substrate
2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate [CPD:C00676];
H2O [CPD:C00001]
Product
2'-deoxyribonucleoside [CPD:C02269];
phosphate [CPD:C00009]
Comment
The enzyme, characterized from the bacterium Escherichia coli, shows strict specificity towards deoxyribonucleoside 5'-monophosphates and does not dephosphorylate 5'-ribonucleotides or ribonucleoside 3'-monophosphates. A divalent metal cation is required for activity, with cobalt providing the highest activity.
History
EC 3.1.3.89 created 2013
Pathway
Pyrimidine metabolism
Metabolic pathways
Orthology
K08722  
5'-deoxynucleotidase
Genes
ECO: 
b2291(yfbR)
ECJ: 
JW2288(yfbR)
ECD: 
EBW: 
BWG_2065(yfbR)
ECOK: 
ECE: 
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_3165(yfbR)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c2832(yfbR)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_2673(yfbR)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_02216(yfbR)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m2480(yfbR)
ELL: 
WFL_12135(yfbR)
ELC: 
i14_2631(yfbR)
ELD: 
i02_2631(yfbR)
ELP: 
EBL: 
ECD_02216(yfbR)
EBE: 
B21_02176(yfbR)
ELF: 
LF82_3053(yfbR)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
ECOH: 
ECOS: 
EFE: 
EFER_0878(yfbR)
EAL: 
STY: 
STT: 
SEX: 
SENT: 
STM: 
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SENR: 
SEND: 
SENI: 
SEEN: 
SPT: 
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SEC: 
SCH_2333(yfbR)
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SEG: 
SEL: 
SEGA: 
SET: 
SENA: 
SENO: 
SENV: 
SENQ: 
SENL: 
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
SENB: 
SENE: 
SENC: 
SES: 
SBG: 
SBZ: 
SBV: 
SFL: 
SFX: 
SFV: 
SFE: 
SFxv_2612(yfbR)
SFN: 
SFS: 
SFT: 
SSN: 
SSJ: 
SBC: 
SDY: 
SDZ: 
SHQ: 
ENT: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ECLG: 
ECLE: 
ECLN: 
ECLI: 
ECLX: 
ECLY: 
ECLZ: 
ECLA: 
ECLC: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
ENR: 
ENX: 
ENF: 
ESA: 
CSK: 
ES15_1183(yfbR)
CSZ: 
CSI: 
CSJ: 
CCON: 
CDM: 
CMJ: 
CUI: 
CMW: 
CTU: 
KPN: 
KPN_02681(yfbR)
KPU: 
KPM: 
KPP: 
KPK: 
KPH: 
KPZ: 
KPV: 
KPW: 
KPY: 
KPG: 
KPC: 
KPQ: 
KPT: 
KPE: 
KPK_1466(yfbR)
KPO: 
KPR: 
KPJ: 
KPI: 
KPA: 
KPS: 
KPX: 
KPB: 
KPNE: 
KPNU: 
KVA: 
KVD: 
KVQ: 
KOX: 
KOE: 
KOY: 
KOK: 
KOC: 
KOM: 
KMI: 
KLE: 
KQU: 
EAE: 
EAR: 
CKO: 
CRO: 
CFD: 
CAMA: 
CIF: 
HDE: 
EBT: 
ROR: 
RON: 
CNT: 
CEM: 
CEN: 
CED: 
PGE: 
KSA: 
KOR: 
KIN: 
LAX: 
LAZ: 
EBF: 
PSTS: 
YPE: 
YPK: 
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPT: 
YPD: 
YPX: 
YPH: 
YPC_1554(yfbR)
YPW: 
YPJ: 
YPV: 
YPL: 
YPS: 
YPO: 
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
DJ40_3953(yfbR)
YPU: 
YPR: 
YPC: 
YPF: 
YEN: 
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YEW: 
CH47_759(yfbR)
YET: 
YEF: 
YEE: 
YSI: 
YAL: 
YFR: 
AW19_1865(yfbR)
YIN: 
YKR: 
YRO: 
YRU: 
YRB: 
YAK: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SMAF: 
SMW: 
SMAR: 
SMAC: 
SLQ: 
SERR: 
SERF: 
SERS: 
SFW: 
SRZ: 
SFO: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
ECA: 
PATR: 
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PCV: 
PWA: 
PPAR: 
PEC: 
PWS: 
SGL: 
SOD: 
Sant_1339(yfbR)
PES: 
DDA: 
DDD: 
DZE: 
DDC: 
DZC: 
DSO: 
ETA: 
ETA_12010(yfbR)
EPY: 
EpC_12570(yfbR)
EPR: 
EAM: 
EAMY_2377(yfbR)
EAY: 
EAM_2295(yfbR)
EBI: 
ERJ: 
EGE: 
PAM: 
PANA_2639(yfbR)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_1927(yfbR)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_2109(yfbR)
PAO: 
KLN: 
PANT: 
PANP: 
PAGG: 
PLU: 
PAY: 
PAU_01516(yfbR)
PTT: 
PMR: 
PMIB: 
PVL: 
XBO: 
XBV: 
XNE: 
XNM: 
XDO: 
XPO: 
PSI: 
PSX: 
DR96_3646(yfbR)
MMK: 
EIC: 
ETR: 
ETD: 
ETAF_2163(yfbR)
ETE: 
ETEE_0416(yfbR) ETEE_p1108(yfbR)
ETC: 
EDW: 
EDL: 
EHO: 
HAV: 
OPO: 
PFQ: 
PSHI: 
HPR: 
PMU: 
PMV: 
PUL: 
PMP: 
PMUL: 
DR93_1579(yfbR)
AAP: 
AAZ: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
AAH: 
AACN: 
VCH: 
VCF: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VCR: 
VCM: 
VCI: 
VCL: 
VCQ: 
VCS: 
VCX: 
VCZ: 
VVU: 
VVY: 
VVM: 
VVL: 
VPA: 
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VPH: 
VHA: 
VCA: 
VAG: 
VEX: 
VHR: 
VSP: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VAN: 
LAG: 
VAU: 
VCY: 
VCT: 
VTU: 
VFL: 
VMI: 
PPR: 
PBPRA2627(SF2367)
PGB: 
GHO: 
SON: 
SO_2484(yfbR)
SDN: 
SFR: 
SAZ: 
SBL: 
SBM: 
SBN: 
SBP: 
SBT: 
SBS: 
SBB: 
SLO: 
SPC: 
SHP: 
SSE: 
SPL: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
SHL: 
SWD: 
SWP: 
SVO: 
CPS: 
COZ: 
PAT: 
MAQ: 
MHC: 
MAD: 
MBS: 
MSR: 
MSX: 
MPQ: 
MARI: 
MLQ: 
AMC: 
AMH: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAD: 
AMAI: 
AMAG: 
AMAC: 
AMB: 
AMG: 
AMK: 
ALT: 
AAL: 
AAUS: 
ASP: 
AAW: 
GAG: 
GNI: 
GPS: 
LAL: 
FBL: 
MVS: 
TTU: 
SAGA: 
MCA: 
MMT: 
MAH: 
TVI: 
MPUR: 
HNA: 
HAZ: 
HCH: 
GSN: 
AHA: 
AHY: 
AHD: 
AHR: 
AHP: 
AHJ: 
AHH: 
AHI: 
ASA: 
AVR: 
AVO: 
AMED: 
ASR: 
TAU: 
OCE: 
GAP: 
FPP: 
GPB: 
PSPI: 
GLO: 
PPD: 
KVL: 
PJD: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PBD: 
POD: 
PAEN: 
PAEF: 
PAEQ: 
PAEH: 
PAEJ: 
PRI: 
PNP: 
POW: 
TCO: 
CLS: 
CLB: 
CTH: 
CTX: 
CCE: 
CSS: 
CSD: 
CCEL: 
EHA: 
RAL: 
RBR: 
RUS: 
FPR: 
FPA: 
CLO: 
BPB: 
CPY: 
HSD: 
EEL: 
OVA: 
IBU: 
FPLA: 
VPR: 
DPN: 
APV: 
OLS: 
OLO: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:15489502]
  Authors
Proudfoot M, Kuznetsova E, Brown G, Rao NN, Kitagawa M, Mori H, Savchenko A, Yakunin AF
  Title
General enzymatic screens identify three new nucleotidases in Escherichia coli. Biochemical characterization of SurE, YfbR, and YjjG.
  Journal
J. Biol. Chem. 279 (2004) 54687-94.
  Sequence
[eco:b2291]
Reference
2  [PMID:18353368]
  Authors
Zimmerman MD, Proudfoot M, Yakunin A, Minor W
  Title
Structural insight into the mechanism of substrate specificity and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli.
  Journal
J. Mol. Biol. 378 (2008) 215-26.
  Sequence
[eco:b2291]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

DBGET integrated database retrieval system