KEGG   ENZYME: 3.1.4.55Help
Entry
EC 3.1.4.55                 Enzyme                                 

Name
phosphoribosyl 1,2-cyclic phosphate phosphodiesterase;
phnP (gene name)
Class
Hydrolases;
Acting on ester bonds;
Phosphoric-diester hydrolases
BRITE hierarchy
Sysname
5-phospho-alpha-D-ribose 1,2-cyclic phosphate 2-phosphohydrolase (alpha-D-ribose 1,5-bisphosphate-forming)
Reaction(IUBMB)
5-phospho-alpha-D-ribose 1,2-cyclic phosphate + H2O = alpha-D-ribose 1,5-bisphosphate [RN:R10205]
Reaction(KEGG)
Substrate
5-phospho-alpha-D-ribose 1,2-cyclic phosphate [CPD:C20440];
H2O [CPD:C00001]
Product
alpha-D-ribose 1,5-bisphosphate [CPD:C01151]
Comment
Binds Mn2+ and Zn2+. Isolated from the bacterium Escherichia coli, where it participates in the degradation of methylphosphonate.
History
EC 3.1.4.55 created 2013
Pathway
Phosphonate and phosphinate metabolism
Orthology
K06167  
phosphoribosyl 1,2-cyclic phosphate phosphodiesterase
Genes
ATH: 
ALY: 
CRB: 
EUS: 
BRP: 
BNA: 
TVA: 
ECO: 
b4092(phnP)
ECJ: 
JW4053(phnP)
ECD: 
EBW: 
BWG_3807(phnP)
ECOK: 
ECE: 
Z5695(phnP)
ECS: 
ECs5075(phnP)
ECF: 
ETW: 
ECSP_5192(phnP)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c5098(phnP)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_4809(phnP)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
O3O_01945(phnP)
ESM: 
O3M_23330(phnP)
ESL: 
O3K_23410(phnP)
ECL: 
EBR: 
ECB_03964(phnP)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m4453(phnP)
ELL: 
WFL_21660(phnP)
ELC: 
i14_4681(phnP)
ELD: 
i02_4681(phnP)
ELP: 
EBL: 
ECD_03964(phnP)
EBE: 
B21_03924(phnP)
ELF: 
LF82_1655(phnP)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
ECOH: 
SES: 
SBZ: 
YPE: 
YPO3465(phnP)
YPK: 
y0720(phnP)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_0618(phnP)
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPZ3_3060(phnP)
YPT: 
YPD: 
YPD4_3048(phnP)
YPX: 
YPD8_3047(phnP)
YPH: 
YPC_3804(phnP)
YPW: 
CH59_2581(phnP)
YPJ: 
CH55_2049(phnP)
YPV: 
BZ15_56(phnP)
YPL: 
CH46_1624(phnP)
YPS: 
YPTB0508(phnP)
YPO: 
BZ17_2055(phnP)
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
DJ40_1879(phnP)
YPU: 
BZ21_3884(phnP)
YPR: 
BZ20_1598(phnP)
YPC: 
BZ23_4154(phnP)
YPF: 
BZ19_3985(phnP)
YEN: 
YE0469(phnP)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YEW: 
CH47_3007(phnP)
YET: 
CH48_1125(phnP)
YEF: 
YEE: 
YSI: 
YAL: 
AT01_2989(phnP)
YFR: 
AW19_3836(phnP)
YIN: 
CH53_1263(phnP)
YKR: 
CH54_1954(phnP)
YRU: 
BD65_2374(phnP)
YRB: 
YAK: 
SSN: 
SSON_4268(phnP)
SSJ: 
SBO: 
SBO_4118(phnP)
SDY: 
SDY_4124(phnP)
SDZ: 
ECA: 
ECA0498(phnP)
PATR: 
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PEC: 
EGE: 
SGL: 
SOD: 
ENT: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ECLG: 
ECLE: 
ECLN: 
ECLI: 
ECLX: 
ECLY: 
ECLZ: 
ECLA: 
ECLC: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
ENR: 
ENX: 
KPN: 
KPN_04491(phnP)
KPU: 
KP1_0356(phnP)
KPM: 
KPP: 
KPK: 
KPH: 
KPZ: 
KPV: 
KPW: 
KPY: 
KPG: 
KPC: 
KPQ: 
KPT: 
KPE: 
KPK_5176(phnP)
KPO: 
KPR: 
KPR_0476(phnP)
KPJ: 
KPI: 
KPS: 
KPX: 
KPB: 
KPNE: 
KPNU: 
KVA: 
KVD: 
KVQ: 
KOX: 
KOX_08530(phnP)
KOE: 
KOY: 
KOK: 
KOM: 
KMI: 
KLE: 
EAE: 
EAE_08685(phnP)
EAR: 
CKO: 
CFD: 
CAMA: 
CIF: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SMAF: 
SMW: 
SMAR: 
SM39_4797(phnP)
SMAC: 
SLQ: 
SERR: 
SERF: 
SERS: 
SFW: 
SFO: 
PMR: 
PMIB: 
PVL: 
DDA: 
DDD: 
DZE: 
DDC: 
DZC: 
PAM: 
PANA_2390(phnP)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_1691(phnP)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_1843(phnP)
KLN: 
ROR: 
RON: 
CNT: 
CEM: 
CEN: 
CED: 
HAV: 
KSA: 
PFQ: 
LAX: 
OPO: 
EBF: 
PSTS: 
VNI: 
PGB: 
GHO: 
PAE: 
PAEV: 
N297_3492(phnP)
PAEI: 
N296_3492(phnP)
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PAEB: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
PAEC: 
M802_3491(phnP)
PAEO: 
M801_3357(phnP)
PMY: 
PMK: 
PPSE: 
BN5_1522(phnP)
PST: 
PSB: 
Psyr_2259(phnP)
PSYR: 
PSP: 
PFS: 
PFLU_1789(phnP)
PSC: 
PSH: 
PSTU: 
MAQ: 
MBS: 
MPQ: 
PIN: 
TCX: 
HHU: 
HAA: 
GSN: 
FPP: 
SEDS: 
SALV: 
CVI: 
LHK: 
PSE: 
PUT: 
AKA: 
AMIM: 
PNA: 
MPT: 
Mpe_B0432(htxN) Mpe_B0467(htxN)
JAB: 
TBD: 
MFA: 
MMB: 
MEH: 
MEI: 
MEP: 
MPQ_1450(phnP)
MBAC: 
MBAT: 
MEU: 
GCA: 
ANT: 
SDL: 
SBA: 
SMUL: 
GSU: 
GSK: 
GME: 
GUR: 
GLO: 
GBM: 
GEO: 
GEM: 
GEB: 
GPI: 
GSB: 
PCA: 
PPD: 
DES: 
BMX: 
DOL: 
DTI: 
DBR: 
RPR: 
RPO: 
RPW: 
RPZ: 
RPG: 
RPS: 
RPV: 
RPQ: 
RPL: 
RPN: 
RTY: 
RT0860(phnP)
RTT: 
RTB: 
RCM: 
RCC: 
RBE: 
RBE_1319(phnP)
RBO: 
RCO: 
RC1342(phnP)
RFE: 
RF_1371(phnP)
RAK: 
RRI: 
RRJ: 
RRA: 
RRC: 
RRH: 
RRB: 
RRN: 
RRP: 
RRM: 
RRR: 
RMS: 
RMA_1364(phnP)
RMI: 
RPK: 
RAF: 
RHE: 
RJA: 
RJP_0992(phnP)
RSV: 
Rsl_1531(phnP)
RSW: 
RPH: 
RAU: 
RMO: 
RPP: 
RRE: 
RAM: 
RAB: 
RMC: 
OTS: 
OTT: 
OTT_1744(phnP)
AMA: 
AMF: 
AMF_161(phnP)
AMW: 
AMP: 
ACN: 
APH: 
APY: 
APD: 
APHA: 
ERU: 
ERW: 
ERG: 
ECN: 
ECH: 
ECHA: 
ECHJ: 
ECHL: 
ECHS: 
ECHV: 
ECHW: 
ECHP: 
EMR: 
EHH: 
NSE: 
NRI: 
NHM: 
MMN: 
PACA: 
CAQ: 
EAA: 
RBT: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MES: 
HOE: 
AAK: 
PLA: 
SME: 
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMER: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
EAD: 
ATU: 
ARA: 
ATF: 
ATA: 
AVI: 
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
REI: 
REP: 
RLE: 
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
RGA: 
NGL: 
NGG: 
LAS: 
LAA: 
LAT: 
LSO: 
LCC: 
LAR: 
lam_719(phnP)
LAU: 
SHZ: 
BME: 
BMEL: 
BMI: 
BMZ: 
BMG: 
BMW: 
BMEE: 
BMF: 
BMB: 
BMC: 
BAA: 
BABO: 
BABR: 
BABT: 
BABB: 
BABU: 
BABS: 
BABC: 
BMS: 
BSI: 
BSF: 
BSUI: 
BSUP: 
BSUV: 
BSUC: 
BMT: 
BSZ: 
BSV: 
BSW: 
BOV: 
BCS: 
BSK: 
BOL: 
BCAR: 
BCAS: 
BMR: 
BPP: 
BPV: 
BCET: 
BCEE: 
BVL: 
OAN: 
OAH: 
BJA: 
BJU: 
BJP: 
BRA: 
BBT: 
BRS: 
AOL: 
BRC: 
BRAD: 
RPA: 
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
NWI: 
NHA: 
OCA: 
OCG: 
OCO: 
BOP: 
BHE: 
BHN: 
BHS: 
BQU: 
BQR: 
BBK: 
BTR: 
BTX: 
BGR: 
BCD: 
BAUS: 
BVN: 
BANC: 
XAU: 
AZC: 
SNO: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
MCH: 
MRD: 
MET: 
MPO: 
MNO: 
MOR: 
META: 
MAQU: 
BID: 
MSL: 
CHEL: 
HDN: 
HDT: 
HMC: 
HNI: 
RVA: 
PHL: 
FIL: 
FIY: 
DEQ: 
BVR: 
RHZ: 
MSC: 
MEY: 
MAAD: 
AUA: 
MCG: 
CCR: 
CCS: 
CAK: 
CSE: 
CHQ: 
PZU: 
BSB: 
BRD: 
AEX: 
SIL: 
SIT: 
RSP: 
RSH: 
RSQ: 
RSK: 
RCP: 
JAN: 
RDE: 
RLI: 
PDE: 
PAMI: 
DSH: 
KVU: 
KVL: 
PSF: 
PGA: 
PGL: 
PGD: 
OAT: 
OAR: 
OTM: 
LMD: 
RED: 
PTP: 
CID: 
CMAR: 
MALG: 
CON: 
RSU: 
PPHR: 
HAT: 
LAP: 
MMR: 
HNE: 
HBA: 
HBC: 
ZMO: 
ZMN: 
ZMM: 
ZMB: 
ZMI: 
ZMC: 
ZMR: 
ZMP: 
NAR: 
NPP: 
NPN: 
SAL: 
SPHK: 
SPHP: 
SMAG: 
STER: 
SWI: 
SPHM: 
STAX: 
SPHI: 
SSAN: 
SJP: 
SCH: 
SSY: 
SYB: 
SBD: 
CIJ: 
SPHG: 
ELI: 
ERY: 
AAY: 
AMX: 
AEP: 
CNA: 
GOX: 
GOH: 
GOY: 
GBE: 
GBH: 
GBC: 
GBS: 
ACR: 
AMV: 
GDI: 
GDJ: 
GXY: 
GXL: 
APT: 
APW: 
APF: 
APU: 
APG: 
APQ: 
APX: 
APZ: 
APK: 
ASZ: 
ASN_3711(phnP)
ABG: 
RRU: 
RRF: 
RCE: 
RPM: 
MAG: 
MGY: 
MAGX: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
ABQ: 
ATI: 
TMO: 
TMO_1681(lipB)
TXI: 
MAGQ: 
PBR: 
MAI: 
MAN: 
PGV: 
PUB: 
PEL: 
APC: 
APM: 
APB: 
AFE: 
AFR: 
ACU: 
ACZ: 
AFI: 
BMQ: 
BMD: 
BMH: 
BMEG: 
PJD: 
GYM: 
PPY: 
PPM: 
PPO: 
PPM_1248(phnP)
PPOL: 
PPQ: 
PPOY: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PTA: 
PSAB: 
PDU: 
PBD: 
PGM: 
POD: 
PAEN: 
PAEF: 
PAEQ: 
PSTE: 
PAEA: 
PAEE: 
PAEH: 
PAEJ: 
PBJ: 
PIH: 
PRI: 
PPEO: 
POW: 
TCO: 
EFA: 
EFL: 
EFI: 
EFD: 
EFN: 
EFQ: 
ENE: 
CPF: 
CPAS: 
CSH: 
CDF: 
PDC: 
CDC: 
CDL: 
CDG: 
PDF: 
DSY: 
DHD: 
DMT: 
TPZ: 
TTM: 
TTO: 
NTH: 
HOR: 
HAS: 
HPK: 
PBO: 
BSCA: 
BACT: 
RRD: 
CAU: 
CAG: 
CHL: 
HAU: 
TRO: 
STI: 
DGE: 
DDR: 
DMR: 
DGO: 
DCH: 
DAB: 
TRA: 
OPR: 
MHD: 
CCZ: 
FGI: 
TTR: 
CTR: 
CT_380(phnP)
CTD: 
CTF: 
CTRD: 
CTRO: 
CTRT: 
CTA: 
CTA_0414(phnP)
CTY: 
CTR_3781(phnP)
CRA: 
CTRQ: 
CTRX: 
CTRZ: 
CTRP: 
CTLJ: 
CTLX: 
CTLL: 
CTB: 
CTL0635(phnP)
CTRR: 
CTL: 
CTRU: 
CTRL: 
CTRV: 
CTRM: 
CTLA: 
CTLM: 
CTLS: 
CTLZ: 
CTLC: 
CTLN: 
CTLB: 
CTLQ: 
CTO: 
CTRN: 
CTJ: 
JALI_3781(phnP)
CTZ: 
CTB_3781(phnP)
CTG: 
CTK: 
CSW: 
SW2_3851(phnP)
CES: 
ESW3_3851(phnP)
CTRB: 
CTRE: 
CTRS: 
CTEC: 
CFS: 
FSW4_3851(phnP)
CFW: 
FSW5_3851(phnP)
CTFW: 
SWFP_4081(phnP)
CTRF: 
CTN: 
CTQ: 
CTV: 
CTW: 
CTRG: 
CTRI: 
CTRA: 
CTRH: 
CTRJ: 
CTRK: 
CTJT: 
CTCF: 
CTFS: 
CTHF: 
CTCJ: 
CTHJ: 
CTMJ: 
CTTJ: 
CTJS: 
CTRC: 
CTRW: 
CTRY: 
CTCT: 
CMU: 
CMUR: 
CMN: 
CMM: 
CMG: 
CMX: 
CMZ: 
CPN: 
CPn0479(phnP)
CPA: 
CPT: 
CLP: 
CPM: 
G5S_0596(phnP)
CPEC: 
CPE3_0267(phnP)
CPEO: 
CPE1_0267(phnP)
CPER: 
CPE2_0267(phnP)
CHP: 
CHB: 
CHS: 
CHI: 
CHT: 
CHC: 
CHR: 
CPSC: 
CPSN: 
CPSB: 
CPSG: 
CPSM: 
CPSI: 
CPSV: 
CPSW: 
CPST: 
CPSD: 
CPSA: 
CAV: 
CCA: 
CAB: 
CABO: 
CFE: 
CF0744(phnP2)
CGZ: 
PCU: 
pc1767(phnP)
PNL: 
PNK_0859(phnP)
PUV: 
PUV_14920(lipB)
WCH: 
wcw_1235(phnP)
SNG: 
OTE: 
OBT: 
CAA: 
AMU: 
XII: 
MIN: 
Minf_2258(phnP)
VBA: 
VBL: 
BBU: 
BBZ: 
BBN: 
BBJ: 
BBUR: 
BGA: 
BG0541(phnP)
BGB: 
KK9_0551(phnP)
BGN: 
BGS: 
BAF: 
BAFZ: 
BAFH: 
BAFT: 
BAFE: 
BBS: 
BVT: 
BCHI: 
BTU: 
BHR: 
BHI: 
BDU: 
BDU_530(phnP)
BRE: 
BRE_533(phnP)
BCW: 
BMO: 
BMIY: 
BPAK: 
TSU: 
TBE: 
TAZ: 
TPI: 
SCD: 
SSM: 
SBU: 
SCC: 
SGP: 
TPX: 
BHY: 
BRM: 
BPO: 
BPJ: 
BPIP: 
BPW: 
BIP: 
ABA: 
ACA: 
ACM: 
GMA: 
TSA: 
TRS: 
SUS: 
CTM: 
GAU: 
GBA: 
RBA: 
RB11859(phnP)
PSL: 
PIR: 
PLM: 
PBS: 
PLS: 
GES: 
IPA: 
SACI: 
PHM: 
BTH: 
BFR: 
BFS: 
BFG: 
BFB: 
BVU: 
BHL: 
BSA: 
BDO: 
BDH: 
BOA: 
BCEL: 
BACC: 
PDI: 
PPN: 
BVS: 
PBT: 
OSP: 
APS: 
PRU: 
PMZ: 
PDN: 
PIT: 
PDT: 
PRO: 
PFUS: 
PEO: 
AFD: 
ASH: 
RBC: 
DOI: 
SRU: 
SRM: 
SRM_00572(phnP)
RMR: 
RMG: 
CPI: 
NKO: 
NSO: 
HHY: 
SGN: 
SGRA_1721(phnP)
PHE: 
PEP: 
PCM: 
PSN: 
SHG: 
SHT: 
SCN: 
MUP: 
CMR: 
CAMU: 
BBD: 
EVI: 
ALM: 
CHU: 
CHU_2787(phnP)
DFE: 
SLI: 
SRD: 
LBY: 
RSI: 
FLI: 
EOL: 
FAE: 
HSW: 
HYM: 
HYD: 
HYE: 
HYG: 
PKO: 
RUF: 
RTI: 
RUD: 
MTT: 
FBT: 
GFO: 
FJO: 
FPS: 
FP1098(phnP)
FPC: 
FPY: 
FPO: 
FPQ: 
FPV: 
FPW: 
FPK: 
FBR: 
FCO: 
FIN: 
KQS_10000(phnP)
COC: 
CCM: 
COL: 
CHG: 
RBI: 
ZPR: 
CAT: 
RAN: 
RAI: 
RAR: 
RAG: 
RAE: 
RAT: 
FBC: 
CAO: 
CLY: 
CLH: 
CBAL: 
CBAT: 
WVI: 
KDI: 
DOK: 
DDO: 
I597_2072(phnP)
LAN: 
ZGA: 
MRS: 
MLT: 
ASL: 
ORH: 
ORI: 
PTQ: 
NDO: 
NOM: 
POM: 
EAO: 
EMN: 
MYR: 
MPW: 
MOD: 
CHZ: 
CHSO_1460(lipB2)
CGN: 
CIH: 
WIN: 
SZE: 
AHZ: 
SYI: 
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Reference
1  [PMID:19366688]
  Authors
Podzelinska K, He SM, Wathier M, Yakunin A, Proudfoot M, Hove-Jensen B, Zechel DL, Jia Z
  Title
Structure of PhnP, a phosphodiesterase of the carbon-phosphorus lyase pathway for phosphonate degradation.
  Journal
J. Biol. Chem. 284 (2009) 17216-26.
  Sequence
[eco:b4092]
Reference
2  [PMID:21341651]
  Authors
Hove-Jensen B, McSorley FR, Zechel DL.
  Title
Physiological role of phnP-specified phosphoribosyl cyclic phosphodiesterase in catabolism of organophosphonic acids by the carbon-phosphorus lyase pathway.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 133 (2011) 3617-24.
  Sequence
[eco:b4092]
Reference
3  [PMID:21830807]
  Authors
He SM, Wathier M, Podzelinska K, Wong M, McSorley FR, Asfaw A, Hove-Jensen B, Jia Z, Zechel DL
  Title
Structure and mechanism of PhnP, a phosphodiesterase of the carbon-phosphorus lyase pathway.
  Journal
Biochemistry. 50 (2011) 8603-15.
  Sequence
[eco:b4092]
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