KEGG   ENZYME: 3.4.13.22Help
Entry
EC 3.4.13.22                Enzyme                                 

Name
D-Ala-D-Ala dipeptidase;
D-alanyl-D-alanine dipeptidase;
vanX D-Ala-D-Ala dipeptidase;
VanX
Class
Hydrolases;
Acting on peptide bonds (peptidases);
Dipeptidases
BRITE hierarchy
Reaction(IUBMB)
D-Ala-D-Ala + H2O = 2 D-Ala [RN:R07651]
Reaction(KEGG)
Substrate
D-Ala-D-Ala [CPD:C00993];
H2O [CPD:C00001]
Product
D-Ala [CPD:C00133]
Comment
A Zn2+-dependent enzyme [4]. The enzyme protects Enterococcus faecium from the antibiotic vancomycin, which can bind to the -D-Ala-D-Ala sequence at the C-terminus of the peptidoglycan pentapeptide (see diagram). This enzyme reduces the availability of the free dipeptide D-Ala-D-Ala, which is the precursor for this pentapeptide sequence, allowing D-Ala-(R)-lactate (for which vancomycin has much less affinity) to be added to the cell wall instead [2,3]. The enzyme is stereospecific, as L-Ala-L-Ala, D-Ala-L-Ala and L-Ala-D-Ala are not substrates [2]. Belongs in peptidase family M15.
History
EC 3.4.13.22 created 2006
Orthology
K08641  
D-alanyl-D-alanine dipeptidase
Genes
TET: 
PTM: 
ECO: 
b1488(ddpX)
ECJ: 
Y75_p1464(ddpX)
ECD: 
EBW: 
BWG_1309(ddpX)
ECOK: 
ECE: 
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_1973(ddpX)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOK: 
ELR: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_1678(ddpX)
EUM: 
ELO: 
ELH: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_01446(ddpX)
EBD: 
EKO: 
EDH: 
EDJ: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m1616(ddpX)
ELL: 
WFL_07910(ddpX)
ELP: 
EBL: 
ECD_01446(ddpX)
EBE: 
B21_01458(ddpX)
ECOA: 
ECOO: 
STY: 
STY1465(pcgL)
STT: 
t1508(pcgL)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM1599(pdgL)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SEND: 
SPT: 
SPA1269(pcgL)
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SPC_2136(pcgL)
SEC: 
SC1596(pdgL)
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SEG: 
SG1524(pdgL)
SEL: 
SPUL_1410(pdgL)
SEGA: 
SET: 
SEN1456(pdgL)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SENB: 
BN855_16460(SBOV16101)
SENE: 
SES: 
SBG: 
SBG_1423(pcgL)
SBZ: 
SFV: 
SFE: 
SSN: 
SSJ: 
SBO: 
SBC: 
ETA: 
ETA_27580(ddpX)
EPY: 
EpC_28720(ddpX)
EPR: 
EAM: 
EAMY_0704(vanX)
EAY: 
EAM_2736(ddpX)
ERJ: 
SOD: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
EAS: 
EAU: 
EAE: 
EAR: 
CKO: 
CFD: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SLQ: 
SERR: 
XBO: 
XNE: 
PAM: 
PANA_3756(ddpX)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_2977(ddpX)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_0447(vanX)
PAO: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
ROR: 
PSTS: 
XCC: 
XCB: 
XCA: 
XCP: 
XCV: 
XAC: 
XCI: 
XAX: 
XAO: 
XOO: 
XOM: 
XOP: 
XOR: 
SML: 
SMT: 
BUJ: 
SMZ: 
PSU: 
PSD: 
RHD: 
PAEV: 
PAU: 
PAP: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
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PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
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PPUU: 
PFL: 
PFL_4023(ddpX)
PPRC: 
PPZ: 
PBA: 
PDR: 
PKC: 
AVN: 
AVL: 
AVD: 
MBS: 
FBL: 
LPN: 
LPH: 
LPO: 
LPU: 
LPM: 
LP6_2478(ddpX) LP6_2616(pcgL)
LPF: 
LPP: 
LPC: 
LPA: 
LPE: 
LLO: 
MCA: 
MCA2615(vanX)
MAH: 
ALV: 
TMB: 
TKM: 
CSA: 
HEL: 
HELO_4226(ddpX)
MMW: 
OCE: 
AFE: 
AFR: 
AFI: 
SAGA: 
NMP: 
NMBB_0474(vanX)
NMC: 
NMC1731(ddpX)
NMI: 
NMO_1609(ddpX)
NMD: 
NMM: 
NMZ: 
CVI: 
BMA: 
BMAA1273(vanX)
BMV: 
BML: 
BMN: 
BPS: 
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPSE: 
BDL_4245(ddpX)
BPSU: 
BBN_4415(ddpX)
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BBK_3481(ddpX)
BTE: 
BTQ: 
BTQ_4728(ddpX)
BTJ: 
BTJ_5670(ddpX)
BTZ: 
BTL_4209(ddpX)
BTD: 
BTI_5768(ddpX)
BVI: 
BUR: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BCAM1769(ddpX)
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BXE: 
BPH: 
BPY: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BYI: 
BUK: 
BPX: 
BUO: 
TEQ: 
TEA: 
TEG: 
AKA: 
AMIM: 
CDN: 
PNA: 
VEI: 
CTT: 
HHE: 
HCP: 
HCB: 
ANT: 
DDE: 
DMA: 
DSA: 
DAS: 
DAF: 
DHY: 
DGG: 
LIP: 
LIR: 
BBA: 
Bd2654(aad)
BBAT: 
BBAC: 
MXA: 
MXAN_6416(ddpX)
MFU: 
MSD: 
CCX: 
SUR: 
HOH: 
DTI: 
SFU: 
RCM: 
RCC: 
RFE: 
RRI: 
RRJ: 
RRA: 
RRC: 
RRH: 
RRB: 
RRN: 
RRP: 
RMI: 
RAF: 
RHE: 
RSW: 
RPH: 
RAU: 
RMO: 
RPP: 
RRE: 
RAM: 
MMN: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
BJA: 
BJU: 
BRS: 
AOL: 
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
XAU: 
AZC: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
MCH: 
MPO: 
BID: 
MSL: 
RVA: 
MSC: 
CCR: 
CCS: 
CAK: 
CSE: 
DSH: 
Dshi_3149(ddpX)
HBA: 
GXY: 
GXL: 
RRU: 
RRF: 
RCE: 
RC1_2612(vanX)
RPM: 
MAG: 
MGY: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
TMO: 
TMO_3524(ddpX)
MAI: 
MAN: 
BSUB: 
GTN: 
LSP: 
Bsph_2280(ddpX)
LGY: 
BBE: 
PSAB: 
LPL: 
lp_0769(aad)
LPJ: 
LPT: 
LPS: 
LPR: 
LPZ: 
LSL: 
LSL_1373(ddpX)
LSI: 
HN6_01156(ddpX)
LBR: 
LBK: 
LBH: 
LBN: 
LRM: 
LRC_07620(ddpX)
EFA: 
EF2293(vanX)
EFC: 
EFAU: 
OOE: 
LCI: 
LCK_00920(ddpX)
WKO: 
CLB: 
ASF: 
ASM: 
ASB: 
CCL: 
FPA: 
BPB: 
bpr_I0244(vanX)
DSY: 
DHD: 
DDL: 
DGI: 
ELM: 
AWO: 
TTE: 
TTE2535(DdpX)
SRI: 
AFN: 
AIN: 
MTU: 
Rv0838(lpqR)
MTV: 
MTC: 
MT0860(vanX)
MRA: 
MRA_0846(lpqR)
MTF: 
MTB: 
MTK: 
MTZ: 
MTG: 
MTI: 
MTE: 
MTUR: 
CFBS_0880(lpqR)
MTL: 
MTO: 
MTD: 
UDA_0838(lpqR)
MTN: 
MTJ: 
MTUB: 
MTUC: 
MTUE: 
MTX: 
MTUH: 
MTUL: 
MBO: 
Mb0861(lpqR)
MBB: 
BCG_0890(lpqR)
MBT: 
JTY_0860(lpqR)
MBM: 
MBK: 
MAF: 
MAF_08470(lpqR)
MCE: 
MCQ: 
MCV: 
MCX: 
MCZ: 
MPA: 
MAP0670(lpqR)
MAO: 
MAV: 
MAV_0853(ddpX)
MIT: 
MIR: 
MIA: 
MID: 
MYO: 
MSM: 
MSG: 
MSA: 
MUL: 
MUL_0369(lpqR)
MVA: 
MGI: 
MSP: 
MAB: 
MABB: 
MMV: 
MMC: 
MKM: 
MJL: 
MJD: 
MMI: 
MMAR_4800(lpqR)
MRH: 
MMM: 
MCB: 
MLI: 
MKN: 
MNE: 
NBR: 
GBR: 
GPO: 
GOR: 
TPR: 
SCO: 
SCO1396(SC1A8A.16c) SCO2328(SCC53.19) SCO3596(SC66T3.07)
SMA: 
SGR: 
SCB: 
SSX: 
SVL: 
SCT: 
SCY: 
SFA: 
SBH: 
SHY: 
SHO: 
SVE: 
SALB: 
STRP: 
SFI: 
SRC: 
SALU: 
KSE: 
CFL: 
CFI: 
KFL: 
SRO: 
FRE: 
AMD: 
AMED_0659(vanA) AMED_8288(vanA)
AMN: 
AMM: 
AMES_0657(vanA) AMES_8160(vanA)
AMZ: 
B737_0658(vanA) B737_8161(vanA)
AOI: 
AORI_1473(vanX) AORI_2227(vanX)
SESP: 
BN6_49750(vanX)
KAL: 
MAU: 
MIL: 
VMA: 
ACTN: 
CAI: 
SNA: 
CWO: 
AFO: 
SHI: 
AMU: 
LBI: 
LBF: 
LBF_3060(ddpX)
ABA: 
SUS: 
CTM: 
FSU: 
FSC: 
FSU_0830(ddpX)
EMI: 
GBA: 
ACO: 
TLI: 
AMO: 
SYN: 
SYZ: 
SYY: 
SYNGTS_1787(slr1679)
SYT: 
SYNGTI_1787(slr1679)
SYS: 
SYNPCCN_1786(slr1679)
SYQ: 
SYNPCCP_1786(slr1679)
SYW: 
SYC: 
SYF: 
SYD: 
SYE: 
SYG: 
SYR: 
SYX: 
SYP: 
SYNE: 
SYNP: 
TEL: 
MAR: 
CYT: 
CYP: 
CYC: 
CYN: 
CYH: 
CYJ: 
AMR: 
CGC: 
CAN: 
CSN: 
DSL: 
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GLP: 
CMP: 
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TER: 
LEP: 
GEI: 
OAC: 
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CEP: 
MIC: 
ARP: 
GVI: 
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GKIL_1509(vanX) GKIL_1879(vanX)
ANA: 
NPU: 
NOS: 
NOP: 
AVA: 
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ACY: 
NAZ: 
CSG: 
CALO: 
CALT: 
RIV: 
PMA: 
Pro_0829(ddpX)
PMM: 
PMT: 
PMN: 
PMI: 
PMF: 
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PMH: 
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PLP: 
SCS: 
BTH: 
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BFG: 
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PGI: 
PGN: 
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PMZ: 
PDN: 
PIT: 
PRO: 
AFD: 
CPI: 
NKO: 
PHE: 
SCN: 
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SGN: 
SGRA_2881(vanX)
CMR: 
BBD: 
EVI: 
DFE: 
SLI: 
LBY: 
RSI: 
FLI: 
EOL: 
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HSW: 
MTT: 
GFO: 
GFO_0641(vanX)
FJO: 
FPS: 
FP1623(ddpX)
FBR: 
FCO: 
COC: 
CCM: 
ZPR: 
CAT: 
FBC: 
CAO: 
CLY: 
KDI: 
LAN: 
ZGA: 
MRS: 
ASL: 
POM: 
FTE: 
CPH: 
CLI: 
PPH: 
CTS: 
IAL: 
IALB_1434(vanX)
CCZ: 
FGI: 
FFO: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:7854121]
  Authors
Reynolds PE, Depardieu F, Dutka-Malen S, Arthur M, Courvalin P.
  Title
Glycopeptide resistance mediated by enterococcal transposon Tn1546 requires production of VanX for hydrolysis of D-alanyl-D-alanine.
  Journal
Mol. Microbiol. 13 (1994) 1065-70.
  Organism
Enterococcus faecium
  Sequence
[up:Q06241]
Reference
2  [PMID:7873524]
  Authors
Wu Z, Wright GD, Walsh CT.
  Title
Overexpression, purification, and characterization of VanX, a D-, D-dipeptidase which is essential for vancomycin resistance in Enterococcus faecium BM4147.
  Journal
Biochemistry. 34 (1995) 2455-63.
  Organism
Enterococcus faecium
  Sequence
[up:Q06241]
Reference
3  [PMID:9265630]
  Authors
McCafferty DG, Lessard IA, Walsh CT.
  Title
Mutational analysis of potential zinc-binding residues in the active site of the enterococcal D-Ala-D-Ala dipeptidase VanX.
  Journal
Biochemistry. 36 (1997) 10498-505.
  Organism
Enterococcus sp.
Reference
4  [PMID:9702193]
  Authors
Bussiere DE, Pratt SD, Katz L, Severin JM, Holzman T, Park CH.
  Title
The structure of VanX reveals a novel amino-dipeptidase involved in mediating transposon-based vancomycin resistance.
  Journal
Mol. Cell. 2 (1998) 75-84.
  Organism
Enterococcus faecium
Reference
5  [PMID:11881895]
  Authors
Tan AL, Loke P, Sim TS.
  Title
Molecular cloning and functional characterisation of VanX, a D-alanyl-D-alanine dipeptidase from Streptomyces coelicolor A3(2).
  Journal
Res. Microbiol. 153 (2002) 27-32.
  Organism
Streptomyces coelicolor
  Sequence
[sco:SCO3596]
Reference
6  [PMID:17017774]
  Authors
Matthews ML, Periyannan G, Hajdin C, Sidgel TK, Bennett B, Crowder MW.
  Title
Probing the reaction mechanism of the D-ala-D-ala dipeptidase, VanX, by using stopped-flow kinetic and rapid-freeze quench EPR studies on the Co(II)-substituted enzyme.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 128 (2006) 13050-1.
  Organism
Enterococcus faecium
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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