KEGG   ENZYME: 3.4.13.22Help
Entry
EC 3.4.13.22                Enzyme                                 

Name
D-Ala-D-Ala dipeptidase;
D-alanyl-D-alanine dipeptidase;
vanX D-Ala-D-Ala dipeptidase;
VanX
Class
Hydrolases;
Acting on peptide bonds (peptidases);
Dipeptidases
BRITE hierarchy
Reaction(IUBMB)
D-Ala-D-Ala + H2O = 2 D-Ala [RN:R07651]
Reaction(KEGG)
Substrate
D-Ala-D-Ala [CPD:C00993];
H2O [CPD:C00001]
Product
D-Ala [CPD:C00133]
Comment
A Zn2+-dependent enzyme [4]. The enzyme protects Enterococcus faecium from the antibiotic vancomycin, which can bind to the -D-Ala-D-Ala sequence at the C-terminus of the peptidoglycan pentapeptide (see diagram). This enzyme reduces the availability of the free dipeptide D-Ala-D-Ala, which is the precursor for this pentapeptide sequence, allowing D-Ala-(R)-lactate (for which vancomycin has much less affinity) to be added to the cell wall instead [2,3]. The enzyme is stereospecific, as L-Ala-L-Ala, D-Ala-L-Ala and L-Ala-D-Ala are not substrates [2]. Belongs in peptidase family M15.
History
EC 3.4.13.22 created 2006
Orthology
K08641  zinc D-Ala-D-Ala dipeptidase
K18866  zinc D-Ala-D-Ala dipeptidase/carboxypeptidase
Genes
ECO: b1488(ddpX)
ECJ: JW1483(ddpX)
ECD: ECDH10B_1619(ddpX)
EBW: BWG_1309(ddpX)
ECOK: ECMDS42_1200(ddpX)
ECE: Z2222
ECS: ECs2092
ECF: ECH74115_2100(ddpX)
ETW: ECSP_1973(ddpX)
ELX: CDCO157_1936
EOJ: ECO26_2086(ddpX)
EOI: ECO111_1878(ddpX)
EOK: G2583_1851(ddpX)
ECX: EcHS_A1573(ddpX)
ECW: EcE24377A_1677(ddpX)
ECM: EcSMS35_1685(ddpX)
ECY: ECSE_1578
ECR: ECIAI1_1498(ddpX)
ECK: EC55989_1620(ddpX)
ECT: ECIAI39_1752(ddpX)
EOC: CE10_1678(ddpX)
EUM: ECUMN_1742(ddpX)
ELO: EC042_1620(ddpX)
ELH: ETEC_1558
ESO: O3O_12575
ESM: O3M_13020
ESL: O3K_13055
EBR: ECB_01446(ddpX)
EBD: ECBD_2151
EDJ: ECDH1ME8569_1431(ddpX)
ELW: ECW_m1616(ddpX)
ELL: WFL_07910(ddpX)
ELP: P12B_c1641(ddpX)
EBL: ECD_01446(ddpX)
EBE: B21_01458(ddpX)
STY: STY1465(pcgL)
STT: t1508(pcgL)
STM: STM1599(pdgL)
SEO: STM14_1936(pdgL)
SEY: SL1344_1530(pdgL)
SEJ: STMUK_1568(pdgL)
SEB: STM474_1612(pcgL)
SEF: UMN798_1676(pcgL)
SEND: DT104_15701(pcgL)
SENI: CY43_08170
SPT: SPA1269(pcgL)
SEK: SSPA1177
SEI: SPC_2136(pcgL)
SEC: SCH_1596(pdgL)
SHB: SU5_02213
SENS: Q786_07225
SED: SeD_A1742
SEG: SG1524(pdgL)
SEL: SPUL_1410(pdgL)
SEGA: SPUCDC_1410(pdgL)
SET: SEN1456(pdgL)
SENA: AU38_07520
SENO: AU37_07515
SENV: AU39_07525
SENQ: AU40_08445
SENL: IY59_07710
SENB: BN855_16460(pdgL)
SENE: IA1_07925
SBG: SBG_1423(pcgL)
SBZ: A464_1631
SFV: SFV_1735
SFE: SFxv_1947
SFN: SFy_2492
SFS: SFyv_2548
SFT: NCTC1_01885(ddpX)
SSN: SSON_1636
SBO: SBO_1569
SBC: SbBS512_E1751(ddpX)
ENC: ECL_01923
ECLO: ENC_10100
EEC: EcWSU1_02290(ddpX)
ECLX: LI66_11055
ECLY: LI62_13200
ECLZ: LI64_11095
EAE: EAE_01310
EAR: CCG33736
CKO: CKO_01525
CAMA: F384_07120
PSTS: E05_24640
YRU: BD65_2057
SPE: Spro_2346
SRL: SOD_c21700(ddpX)
SPLY: Q5A_012090(ddpX)
RAA: Q7S_13335
SOD: Sant_P0242(ddpX)
ETA: ETA_27580(ddpX)
EPY: EpC_28720(ddpX)
EPR: EPYR_03109(vanX)
EAM: EAMY_0704(vanX)
EAY: EAM_2736(ddpX)
ERJ: EJP617_18630(ddpX)
PAM: PANA_3756(ddpX)
PLF: PANA5342_0285(ddpX)
PAJ: PAJ_2977(ddpX)
PVA: Pvag_0447(vanX)
PSTW: DSJ_01400
XBO: XBJ1_0395
XBV: XBW1_4382
XNE: XNC1_0525
XNM: XNC2_0514
XPO: XPG1_0572
XCC: XCC3801
XCB: XC_3873
XCA: xcc-b100_3985(vanX)
XCP: XCR_0495
XCV: XCV3977
XAX: XACM_3753
XAC: XAC3859
XCI: XCAW_04621(ddpX)
XOO: XOO4099(DdpX)
XOM: XOO3875(XOO3875)
XOP: PXO_04244
XOR: XOC_0567
XPH: XppCFBP6546_15110(XppCFBP6546P_15110)
SML: Smlt0463
SMT: Smal_0344
SMZ: SMD_0392
SACZ: AOT14_00970(vanX)
PSUW: WQ53_10580
PSD: DSC_15610
LAQ: GLA29479_3920(vanX)
LEZ: GLE_4596(ddpX)
LEM: LEN_0625
PAEV: N297_3907
PAEI: N296_3907
PAEP: PA1S_06150
PAEM: U769_05965
PAEL: T223_05870
PAEG: AI22_27445
PAEC: M802_3905
PAEO: M801_3773
PCQ: PcP3B5_55530(vanX)
PFL: PFL_4023(ddpX)
PPRC: PFLCHA0_c40820(ddpX)
PPRO: PPC_4119(ddpX)
PMAN: OU5_1104
PKC: PKB_1066 PKB_5123(vanX)
PSOS: POS17_4119(ddpX)
PSIL: PMA3_16850
PALI: A3K91_1965
PSEO: OM33_08855
MBS: MRBBS_3366(ddpX)
FBL: Fbal_2164
SAGA: M5M_07600
MICC: AUP74_02812(vanX)
LPN: lpg2449 lpg2585(pcgL)
LPH: LPV_2773 LPV_2917(vanX)
LPO: LPO_2639 LPO_2852(vanX)
LPM: LP6_2478(ddpX) LP6_2616(pcgL)
LPA: lpa_03417 lpa_03568(ddpX) lpa_03780(ddpX)
LFA: LFA_2512(vanX)
LHA: LHA_0456 LHA_2877(vanX)
TMC: LMI_0349(vanX) LMI_1375
MCA: MCA2615(vanX)
PSAL: PSLF89_566
TKM: TK90_0077
TVR: TVD_12440
CSA: Csal_0663
HEL: HELO_4226(ddpX)
HCO: LOKO_00357(ddpX)
HBE: BEI_0158(vanX)
OCE: GU3_05605
NMP: NMBB_0474(vanX)
NMC: NMC1731(ddpX)
NMI: NMO_1609(ddpX)
CVI: CV_0902(vanX) CV_3935
BMA: BMAA1273(vanX)
BMV: BMASAVP1_0246(vanX)
BML: BMA10229_0517(dppX)
BMN: BMA10247_A1051(dppX)
BMAL: DM55_4247(ddpX)
BMAE: DM78_3925(ddpX)
BMAQ: DM76_4947(ddpX)
BMAI: DM57_10660
BMAF: DM51_4931(ddpX)
BMAZ: BM44_4210(ddpX)
BMAB: BM45_3332
BPS: BPSS0955
BPM: BURPS1710b_A2563(vanX)
BPL: BURPS1106A_A1312(ddpX)
BPD: BURPS668_A1393(vanX)
BPSE: BDL_4245(ddpX)
BPSM: BBQ_5181(ddpX)
BPSU: BBN_4415(ddpX)
BPSD: BBX_6086(ddpX)
BPK: BBK_3481(ddpX)
BPSH: DR55_4380(ddpX)
BPSA: BBU_5075(ddpX)
BPSO: X996_4192(ddpX)
BUT: X994_6167
BTQ: BTQ_4728(ddpX)
BTJ: BTJ_5670(ddpX)
BTZ: BTL_4209(ddpX)
BTD: BTI_5768(ddpX)
BTV: BTHA_3748(ddpX)
BTHE: BTN_3482(ddpX)
BTHM: BTRA_4233(ddpX)
BTHA: DR62_3555
BTHL: BG87_4185
BOK: DM82_5125(ddpX)
BOC: BG90_5469
BVE: AK36_3780
BCJ: BCAM1769(ddpX)
BCEN: DM39_6055(ddpX)
BCEW: DM40_4588(ddpX)
BCEO: I35_5644(ddpX) I35_5846
BAM: Bamb_4016
BMU: Bmul_4059
BMK: DM80_5370(ddpX)
BMUL: NP80_4549
BCED: DM42_6180(ddpX)
BDL: AK34_3843
BLAT: WK25_25375
BTEI: WS51_06405
BPSL: WS57_05120
BUK: MYA_4100
BUL: BW21_5455
BXB: DR64_7091(ddpX) DR64_8229(ddpX)
BPH: Bphy_4003
PPUL: RO07_10090
TEA: KUI_0618
TEG: KUK_0487
AMIM: MIM_c13380(ddpX)
PNA: Pnap_3562
VEI: Veis_4116
CTES: O987_24260
JAG: GJA_34
HHE: HH_1855
HCP: HCN_1394
DDE: Dde_1551
DMA: DMR_05000
DHY: DESAM_23199(vanX)
DGG: DGI_3051
DAS: Daes_2690
LIP: LI0292
LIR: LAW_00301
MXA: MXAN_6416(ddpX)
CCX: COCOR_07007(ddpX)
SUR: STAUR_7149(ddpX)
HOH: Hoch_2451
SFU: Sfum_0509
BBA: Bd2654(aad)
BBAT: Bdt_2577(aad)
BBAC: EP01_09385
RCM: A1E_01355
RCO: RC0317
RFE: RF_0996
RRI: A1G_01805
RRA: RPO_01790
RRC: RPL_01785
RRH: RPM_01775
RRB: RPN_05115
RRN: RPJ_01775
RRP: RPK_01765
RRM: RRM_01755
RRR: RRR_01745
RMI: RMB_06580
RSW: MC3_01820
RPH: RSA_01750
RAU: MC5_06390
RMO: MCI_05785
RPP: MC1_01790
RRE: MCC_02340
RAM: MCE_02250
MMN: midi_00429(ddpX)
RBT: NOVO_05530(vanX)
PACA: ID47_08795
BJA: bll5098
BRS: S23_31200
BRAD: BF49_6481
RPB: RPB_2426
RPC: RPC_2248
RPD: RPD_3026
RPE: RPE_3372
VGO: GJW-30_1_00787(vanX)
XAU: Xaut_0653
AZC: AZC_1150
MEX: Mext_0840
MDI: METDI0978
MCH: Mchl_0800
MPO: Mpop_0763
META: Y590_03125
BID: Bind_1206
MSL: Msil_2119
RVA: Rvan_3635
BVR: BVIR_208
MSC: BN69_3604
MCG: GL4_1677
CCR: CC_2273
CAK: Caul_1410
CSE: Cseg_2929
DSH: Dshi_3149(ddpX)
HBA: Hbal_0940
GXY: GLX_14850
GXL: H845_292
KEU: S101446_02076(vanX)
ASZ: ASN_2162(vanX)
RRU: Rru_A3762
RRF: F11_19245
RCE: RC1_2612(vanX)
MAG: amb4456
MGY: MGMSRv2__3117(ddpX)
MAGX: XM1_0748(ddpX)
MAGN: WV31_12100
AZL: AZL_000450(vanX)
ALI: AZOLI_2986(ddpX)
ABS: AZOBR_10336(ddpX)
TMO: TMO_3524(ddpX)
TXI: TH3_20355
MAGQ: MGMAQ_3904(ddpX)
MAI: MICA_2297
MAN: A11S_2245
AFR: AFE_0462
GTN: GTNG_1240
LSP: Bsph_2280(ddpX)
PSAB: PSAB_13255
PRI: PRIO_3225
LPL: lp_0769(aad)
LPJ: JDM1_0636(aad)
LPT: zj316_0829(aad)
LPS: LPST_C0597(aad)
LPZ: Lp16_0607
LSL: LSL_1373(ddpX)
LSI: HN6_01156(ddpX)
LSJ: LSJ_1436c(ddpX)
LBR: LVIS_2130
LBH: Lbuc_1951
LBN: LBUCD034_2038(aad)
LRM: LRC_07620(ddpX)
EFA: EF2293(vanX)
EFC: EFAU004_02774(vanXB)
EFAU: EFAU085_00736(vanXB)
ECAS: ECBG_02848
OOE: OEOE_0214
LCI: LCK_00920(ddpX)
WKO: WKK_05410
WCE: WS08_0838
WCT: WS74_0904
AOE: Clos_2859
ASF: SFBM_0042
RBR: RBR_17490
BPB: bpr_I0244(vanX)
CSO: CLS_04650
CDF: CD630_16270(vanY)
PDC: CDIF630_01804(vanY1)
PDF: CD630DERM_16270(vanY)
DSY: DSY3694
DHD: Dhaf_1661
ELM: ELI_0380
AWO: Awo_c09350(pdgL)
OVA: OBV_09500
TTE: TTE2535(DdpX)
CAD: Curi_c05070(vanXY)
SRI: SELR_pSRC101300(vanX)
AIN: Acin_1290
MTU: Rv0838(lpqR)
MTV: RVBD_0838
MTC: MT0860(vanX)
MRA: MRA_0846(lpqR)
MTUR: CFBS_0880(lpqR)
MTO: MTCTRI2_0861(lpqR)
MTD: UDA_0838(lpqR)
MTN: ERDMAN_0929(lpqR)
MTUB: MT7199_0857(lpqR)
MTUC: J113_05860
MTUE: J114_04465
MTUH: I917_05905
MTUL: TBHG_00826
MTUT: HKBT1_0880(lpqR)
MTUU: HKBT2_0881(lpqR)
MTQ: HKBS1_0880(lpqR)
MBO: BQ2027_MB0861(lpqR)
MBB: BCG_0890(lpqR)
MBT: JTY_0860(lpqR)
MBM: BCGMEX_0861(lpqR)
MBX: BCGT_0642
MAF: MAF_08470(lpqR)
MCE: MCAN_08401(lpqR)
MMIC: RN08_0935
MPA: MAP_0670(lpqR)
MAO: MAP4_3194
MAVI: RC58_15825
MAVU: RE97_15855
MAV: MAV_0853(ddpX)
MAVD: NF84_03615
MAVR: LA63_03710
MAVA: LA64_03720
MIT: OCO_07050
MIA: OCU_07050
MID: MIP_01229
MYO: OEM_07120
MIR: OCQ_07200
MUL: MUL_0369(lpqR)
MMC: Mmcs_4186
MKM: Mkms_4252
MJL: Mjls_4413
MMI: MMAR_4800(lpqR)
MMAE: MMARE11_46300(lpqR)
MMM: W7S_03445
MLI: MULP_05030(lpqR)
MSG: MSMEI_5720(vanX)
MGI: Mflv_1575
MPHL: MPHLCCUG_00631(ddpX)
MVQ: MYVA_1601 MYVA_5064(lpqR)
MAB: MAB_1843
MABB: MASS_1830
MABO: NF82_09195
MCHE: BB28_09515
MSTE: MSTE_01768
MJD: JDM601_1992(lpqR)
CGV: CGLAU_00350(ddpX)
GBR: Gbro_0051
GOR: KTR9_0356
TPR: Tpau_0522
SCO: SCO1396(SC1A8A.16c) SCO2328(SCC53.19) SCO3596(SC66T3.07)
SGR: SGR_6133
SGB: WQO_04765
SCT: SCAT_0154
SFA: Sfla_5472
SHY: SHJG_1314
SVE: SVEN_0985
SALB: XNR_5444
SALS: SLNWT_6542
SFI: SFUL_918
SRW: TUE45_pSRc_0325(ddpX)
SLE: sle_01160(sle_01160) sle_57010(sle_57010)
SRN: A4G23_00646(vanX)
STRD: NI25_32210
SLAU: SLA_0896
SALF: SMD44_00245(vanX) SMD44_01409(vanX)
SALJ: SMD11_5696(vanX) SMD11_6976
CFL: Cfla_0533
CFI: Celf_0507
KFL: Kfla_3621
PSIM: KR76_27180
SRO: Sros_2196
AMD: AMED_0659(vanA) AMED_8288(vanA)
AMM: AMES_0657(vanA) AMES_8160(vanA)
AMZ: B737_0658(vanA) B737_8161(vanA)
AOI: AORI_1473(vanX) AORI_2227(vanX)
SESP: BN6_49750(vanX)
KAL: KALB_1171
ALL: CRK56506
ACTN: L083_3595
CAI: Caci_5792
SNA: Snas_5357
CWO: Cwoe_1415
AFO: Afer_1324
SYN: slr1679
SYY: SYNGTS_1787(slr1679)
SYT: SYNGTI_1787(slr1679)
SYS: SYNPCCN_1786(slr1679)
SYQ: SYNPCCP_1786(slr1679)
SYJ: D082_24400(ddpX)
SYW: SYNW1094
SYC: syc1085_c
SYG: sync_1279
SYR: SynRCC307_1270(ddpX)
SYX: SynWH7803_1320(ddpX)
SYP: SYNPCC7002_A2266(ddpX)
SYNR: KR49_02810
SYND: KR52_10500
SYNW: SynWH8103_01237(ddpX)
TEL: tll2463
CYI: CBM981_0625(ddpX)
LET: O77CONTIG1_04608(ddpX)
HHG: XM38_031670(ddpX)
PMA: Pro_0829(ddpX)
PMM: PMM0757
PMT: PMT_0580
PMF: P9303_16701(ddpX)
PMG: P9301_08171(ddpX)
PMH: P9215_08511(ddpX)
PMJ: P9211_10061(ddpX)
PME: NATL1_07931(ddpX)
PRC: EW14_0846
AMR: AM1_2367
MAR: MAE_59910
MPK: VL20_6369
CYL: AA637_09005(vanX)
CYT: cce_2981
TER: Tery_2224
GLJ: GKIL_1509(vanX) GKIL_1879(vanX)
ANA: all4116
AVA: Ava_0787
NAZ: Aazo_0087
ANB: ANA_C13557(vanX)
CALH: IJ00_16565
NSP: BMF81_01121(vanX)
CTHE: Chro_5071
CEO: ETSB_1170
AMU: Amuc_1627
PLH: VT85_00835(ddpX)
LBF: LBF_3060(ddpX)
SUS: Acid_7552
EMI: Emin_0835
TLI: Tlie_1539
FSC: FSU_0830(ddpX)
BTH: BT_3007
BTHO: Btheta7330_00113(ddpX)
BFR: BF4523
BVU: BVU_1311
BXY: BXY_21000
BOA: Bovatus_03040(ddpX)
BCEL: BcellWH2_03030(ddpX)
BACC: BRDCF_p310(ddpX)
PGI: PG_1654
PGN: PGN_0461
TFO: BFO_1449
PRU: PRU_1817
PMZ: HMPREF0659_A5051(ddpX)
PDN: HMPREF9137_0631(ddpX)
PIT: PIN17_A0507(ddpX)
AFD: Alfi_0363
CPI: Cpin_1987
FLN: FLA_4506
SGN: SGRA_2881(vanX)
PHE: Phep_4285
SMIZ: 4412673_03003(vanX)
MUC: MuYL_4620
MGOT: MgSA37_00683(ddpX)
DFE: Dfer_2827
SLI: Slin_4461
LBY: Lbys_1708
FAE: FAES_0548
HSW: Hsw_1025
FLM: MY04_0551
GFO: GFO_0641(vanX)
FJO: Fjoh_4601
FJG: BB050_02989(ddpX)
FPS: FP1623(ddpX)
FBR: FBFL15_1287(ddpX)
COC: Coch_2133
ZPR: ZPR_3697
MARM: YQ22_01520
CBAL: M667_12165
CBAT: M666_12085
DOK: MED134_03814(vanX)
DDO: I597_2426(ddpX)
ZGA: ZOBELLIA_3181(ddpX)
MLT: VC82_2463
POM: MED152_03330(vanX)
WIN: WPG_2467
TJE: TJEJU_3330(vanX)
TMAR: MARIT_2040(vanX)
AALG: AREALGSMS7_00187(ddpX)
CLI: Clim_1272
PPH: Ppha_2018
CTS: Ctha_1444
IAL: IALB_1434(vanX)
CABY: Cabys_655
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:7854121]
  Authors
Reynolds PE, Depardieu F, Dutka-Malen S, Arthur M, Courvalin P.
  Title
Glycopeptide resistance mediated by enterococcal transposon Tn1546 requires production of VanX for hydrolysis of D-alanyl-D-alanine.
  Journal
Mol. Microbiol. 13 (1994) 1065-70.
  Sequence
Reference
2  [PMID:7873524]
  Authors
Wu Z, Wright GD, Walsh CT.
  Title
Overexpression, purification, and characterization of VanX, a D-, D-dipeptidase which is essential for vancomycin resistance in Enterococcus faecium BM4147.
  Journal
Biochemistry. 34 (1995) 2455-63.
  Sequence
Reference
3  [PMID:9265630]
  Authors
McCafferty DG, Lessard IA, Walsh CT.
  Title
Mutational analysis of potential zinc-binding residues in the active site of the enterococcal D-Ala-D-Ala dipeptidase VanX.
  Journal
Biochemistry. 36 (1997) 10498-505.
Reference
4  [PMID:9702193]
  Authors
Bussiere DE, Pratt SD, Katz L, Severin JM, Holzman T, Park CH.
  Title
The structure of VanX reveals a novel amino-dipeptidase involved in mediating transposon-based vancomycin resistance.
  Journal
Mol. Cell. 2 (1998) 75-84.
Reference
5  [PMID:11881895]
  Authors
Tan AL, Loke P, Sim TS.
  Title
Molecular cloning and functional characterisation of VanX, a D-alanyl-D-alanine dipeptidase from Streptomyces coelicolor A3(2).
  Journal
Res. Microbiol. 153 (2002) 27-32.
  Sequence
[sco:SCO3596]
Reference
6  [PMID:17017774]
  Authors
Matthews ML, Periyannan G, Hajdin C, Sidgel TK, Bennett B, Crowder MW.
  Title
Probing the reaction mechanism of the D-ala-D-ala dipeptidase, VanX, by using stopped-flow kinetic and rapid-freeze quench EPR studies on the Co(II)-substituted enzyme.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 128 (2006) 13050-1.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 3.4.13.22
IUBMB Enzyme Nomenclature: 3.4.13.22
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 3.4.13.22
BRENDA, the Enzyme Database: 3.4.13.22

DBGET integrated database retrieval system