KEGG   ENZYME: 3.5.1.98Help
Entry
EC 3.5.1.98                 Enzyme                                 

Name
histone deacetylase;
HDAC
Class
Hydrolases;
Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds;
In linear amides
BRITE hierarchy
Sysname
histone amidohydrolase
Reaction(IUBMB)
Hydrolysis of an N6-acetyl-lysine residue of a histone to yield a deacetylated histone
Comment
A class of enzymes that remove acetyl groups from N6-acetyl-lysine residues on a histone. The reaction of this enzyme is opposite to that of EC 2.3.1.48, histone acetyltransferase. Histone deacetylases (HDACs) can be organized into three classes, HDAC1, HDAC2 and HDAC3, depending on sequence similarity and domain organization. Histone acetylation plays an important role in regulation of gene expression. In eukaryotes, HDACs play a key role in the regulation of transcription and cell proliferation [4]. May be identical to EC 3.5.1.17, acyl-lysine deacylase.
History
EC 3.5.1.98 created 2008
Orthology
K06067  
histone deacetylase 1/2
K11404  
histone deacetylase 3
K11405  
histone deacetylase 8
K11406  
histone deacetylase 4/5
K11407  
histone deacetylase 6/10
K11408  
histone deacetylase 7
K11409  
histone deacetylase 9
K11418  
histone deacetylase 11
K11482  
histone deacetylase HOS1
K11483  
histone deacetylase HOS2
K11484  
histone deacetylase HOS3
Genes
HSA: 
10013(HDAC6) 10014(HDAC5) 3065(HDAC1) 3066(HDAC2) 51564(HDAC7) 55869(HDAC8) 79885(HDAC11) 83933(HDAC10) 8841(HDAC3) 9734(HDAC9) 9759(HDAC4)
PTR: 
100610515(HDAC6) 454721(HDAC5) 458935(HDAC10) 460060(HDAC4) 460190(HDAC11) 462950(HDAC2) 463280(HDAC9) 464259(HDAC1) 465712(HDAC8) 466968(HDAC7) 738624(HDAC3) 748850(HDAC1)
PPS: 
100967488(HDAC9) 100967730(HDAC11) 100970870(HDAC4) 100973483(HDAC10) 100978715(HDAC2) 100978769(HDAC3) 100979180(HDAC6) 100980355(HDAC7) 100980497(HDAC1) 100985135(HDAC5) 100988053(HDAC8)
GGO: 
101124293(HDAC7) 101128693(HDAC5) 101129415(HDAC3) 101132578(HDAC10) 101139570(HDAC9) 101142713(HDAC11) 101142824(HDAC4) 101148332(HDAC6) 101150249(HDAC8) 101151959(HDAC1)
PON: 
100172482(HDAC3) 100172663(HDAC1) 100173507(HDAC9) 100294534(HDAC2) 100431300(HDAC7) 100434761(HDAC8) 100436624(HDAC10) 100438699(HDAC11) 100440788 100458256(HDAC5) 100459509(HDAC6)
MCC: 
MCF: 
101926822 102115906(HDAC4) 102119873(HDAC3) 102121227(HDAC9) 102125039(HDAC1) 102127738(HDAC7) 102131773(HDAC8) 102133368(HDAC11) 102136167(HDAC10) 102140055(HDAC5) 102140882
MMU: 
15182(Hdac2) 15183(Hdac3) 15184(Hdac5) 15185(Hdac6) 170787(Hdac10) 208727(Hdac4) 232232(Hdac11) 433759(Hdac1) 56233(Hdac7) 70315(Hdac8) 79221(Hdac9)
RNO: 
100911205 100911968 297453(Hdac11) 297893(Hdac1) 362981(Hdac10) 363287(Hdac4) 363481(Hdac8) 687001(Hdac9) 84576(Hdac1l) 84577(Hdac2) 84578(Hdac3) 84580(Hdac5) 84581(Hdac6) 84582(Hdac7)
CGE: 
HGL: 
101696612(Hdac4) 101697998(Hdac8) 101705971(Hdac9) 101706833(Hdac10) 101708442(Hdac6) 101708680(Hdac3) 101712029(Hdac2) 101713063(Hdac7) 101715102(Hdac1) 101721186(Hdac5) 101726705(Hdac11)
TUP: 
102468100(HDAC1) 102472062(HDAC3) 102481827(HDAC5) 102482702(HDAC11) 102484908(HDAC8) 102487728(HDAC6) 102488021(HDAC10) 102490757(HDAC4) 102499627 102501841(HDAC7) 102503291(HDAC2)
CFA: 
475035(HDAC2) 478040(HDAC3) 480907(HDAC6) 480957(HDAC8) 482339(HDAC9) 484633(HDAC11) 486589(HDAC7) 487309(HDAC1) 490941(HDAC5) 607032(HDAC10) 607662(HDAC4)
AML: 
FCA: 
101080901(HDAC10) 101081876(HDAC11) 101084086(HDAC6) 101085705(HDAC9) 101087242(HDAC7) 101088165(HDAC2) 101093384(HDAC4) 101096383(HDAC8) 101098019(HDAC5) 101099228(HDAC1) 101100941(HDAC3)
PTG: 
102950287(HDAC6) 102952507(HDAC2) 102956025(HDAC7) 102959505(HDAC8) 102960000(HDAC10) 102960966(HDAC5) 102961741(HDAC3) 102963015(HDAC4) 102968123(HDAC1) 102971547(HDAC11) 102972297(HDAC9)
BTA: 
404125(HDAC3) 404126(HDAC1) 407223(HDAC2) 504242(HDAC5) 509843(HDAC7) 510654(HDAC10) 513602(HDAC6) 517559(HDAC4) 519899(HDAC11) 535415(HDAC9) 540666(HDAC8)
BOM: 
102265183(HDAC1) 102265865(HDAC3) 102270629(HDAC6) 102271862(HDAC5) 102277833(HDAC9) 102279281(HDAC11) 102279602(HDAC2) 102282588(HDAC4) 102282763(HDAC10) 102282865(HDAC7)
PHD: 
102319680(HDAC7) 102326835(HDAC6) 102331874(HDAC11) 102332234(HDAC10) 102333560(HDAC2) 102335385(HDAC4) 102339088(HDAC1) 102339848(HDAC9) 102340610(HDAC8) 102343642(HDAC3) 102344448(HDAC5)
CHX: 
102172214(HDAC11) 102177165(HDAC2) 102177869(HDAC7) 102180254(HDAC5) 102181263(HDAC9) 102183307(HDAC6) 102184131(HDAC8) 102184143(HDAC3) 102184233(HDAC10) 102187544(HDAC1) 102187736
SSC: 
CFR: 
102503564(HDAC4) 102504100(HDAC2) 102505871(HDAC8) 102507599(HDAC6) 102508320(HDAC1) 102511155(HDAC3) 102514257(HDAC5) 102515612(HDAC9) 102519541(HDAC10) 102524559(HDAC7)
ECB: 
100050617(HDAC7) 100051252(HDAC5) 100052401(HDAC8) 100053170(HDAC9) 100055240(HDAC11) 100061405(HDAC3) 100062208(HDAC6) 100067014(HDAC4) 100070281(HDAC1) 100072578(HDAC2) 100146361(HDAC10)
MYB: 
102242095(HDAC7) 102242800(HDAC1) 102243153(HDAC2) 102246168(HDAC4) 102247726(HDAC5) 102247937(HDAC11) 102248540(HDAC9) 102251571(HDAC3) 102254335(HDAC10) 102260131 102261327(HDAC6)
MYD: 
102752529(HDAC5) 102758798 102760146(HDAC4) 102760511(HDAC3) 102764528(HDAC9) 102764610(HDAC1) 102764898(HDAC6) 102769724(HDAC10) 102771261(HDAC11) 102772156(HDAC7) 102773716(HDAC2)
PALE: 
102878536(HDAC2) 102882415(HDAC10) 102884149(HDAC4) 102887744(HDAC5) 102887872(HDAC6) 102888187(HDAC11) 102890938(HDAC1) 102891844(HDAC9) 102892497(HDAC8) 102895165(HDAC7) 102898225(HDAC3)
MDO: 
SHR: 
100913322 100913510 100914869(HDAC3) 100923523 100924421(HDAC7) 100927352(HDAC2) 100928468(HDAC10) 100930397(HDAC6) 100930442(HDAC5) 100932592(HDAC11) 100933076(HDAC9)
OAA: 
GGA: 
373961(HDAC1) 374207(HDAC4) 395506(HDAC3) 395635(HDAC2) 415978(HDAC11) 417742(HDAC10) 420599(HDAC9) 422182(HDAC8) 426885(HDAC7)
MGP: 
TGU: 
100218357(HDAC10) 100218599(HDAC2) 100219810(HDAC8) 100219847(HDAC7) 100220635(HDAC9) 100220830(HDAC1) 100222021(HDAC4) 100222558(HDAC3) 100223487(HDAC11)
FAB: 
101806964(HDAC3) 101807442(HDAC8) 101809249(HDAC2) 101814387(HDAC7) 101814583(HDAC10) 101816758(HDAC4) 101818993(HDAC11) 101819193(HDAC1) 101819540(HDAC9)
PHI: 
102102768(HDAC1) 102104006(HDAC5) 102104750(HDAC2) 102105332(HDAC3) 102107270(HDAC7) 102108735(HDAC9) 102111789(HDAC4) 102111947(HDAC8) 102112779(HDAC6) 102112966(HDAC11) 102113731(HDAC10)
APLA: 
101790478(HDAC7) 101791598(HDAC10) 101793070(HDAC11) 101793488(HDAC4) 101793506(HDAC2) 101793806(HDAC8) 101795547(HDAC3) 101797531(HDAC1) 101800301(HDAC9)
FPG: 
101910931(HDAC8) 101911907(HDAC3) 101912869(HDAC11) 101914331(HDAC5) 101917157(HDAC9) 101918053(HDAC4) 101920073(HDAC1) 101922452(HDAC10) 101922696(HDAC7) 101923969(HDAC2)
FCH: 
102049582(HDAC4) 102050152(HDAC8) 102051535(HDAC10) 102053046(HDAC3) 102054488(HDAC11) 102055405(HDAC1) 102056396(HDAC9) 102057203(HDAC2) 102058539(HDAC7)
CLV: 
102083417(HDAC11) 102085406(HDAC1) 102088526(HDAC8) 102089719(HDAC7) 102090495(HDAC10) 102092101(HDAC3) 102092668(HDAC4) 102094983(HDAC9) 102096090(HDAC2)
ASN: 
102368320(HDAC11) 102371839(HDAC6) 102373775(HDAC10) 102375203(HDAC1) 102375867(HDAC8) 102376572(HDAC7) 102376599(HDAC9) 102378546(HDAC2) 102379663(HDAC4) 102380966(HDAC5) 102387065(HDAC3)
PSS: 
102443368(HDAC7) 102446485(HDAC3) 102446580(HDAC5) 102446906(HDAC9) 102447815(HDAC1) 102447836(HDAC8) 102451268(HDAC11) 102452071(HDAC2) 102461734(HDAC4) 102463477(HDAC10)
CMY: 
102931754(HDAC3) 102933682 102936348(HDAC2) 102936612(HDAC9) 102938055(HDAC1) 102940431(HDAC10) 102943080(HDAC7) 102945553(HDAC4) 102945622(HDAC11)
ACS: 
XLA: 
378615(hdac9) 379083(hdac1-b) 380178(hdac6) 397868(hdac1-a) 399252(hdac2) 444137(hdac8) 734402(hdac10)
XTR: 
100145561(hdac8) 100158627(hdac7) 100379853(hdac6) 100487783(hdac5) 100489340(hdac4) 100493483(hdac9) 100497245(hdac10) 447995(hdac2) 549637(hdac3) 594953(hdac1)
DRE: 
192302(hdac1) 327253(hdac10) 393789(hdac9b) 393965(hdac3) 406740(hdac8) 431718(hdac11) 557486 565482(hdac6) 568877(hdac4) 792596 798603
TRU: 
MZE: 
OLA: 
XMA: 
LCM: 
102346366(HDAC8) 102355035(HDAC10) 102355861(HDAC11) 102355924(HDAC3) 102357880(HDAC4) 102360856(HDAC7) 102360989(HDAC5) 102361123(HDAC6) 102364559 102366398(HDAC9)
BFO: 
CIN: 
SPU: 
DME: 
Dmel_CG1770(HDAC4) Dmel_CG2128(Hdac3) Dmel_CG31119(HdacX) Dmel_CG6170(HDAC6) Dmel_CG7471(Rpd3)
DPO: 
DAN: 
DER: 
DPE: 
DSE: 
DSI: 
DWI: 
DYA: 
DGR: 
DMO: 
DVI: 
AGA: 
AAG: 
CQU: 
AME: 
408331(HDAC4) 411503(HDAC1) 412350(Hdac3) 725938(HDAC6) 727620
NVI: 
TCA: 
BMOR: 
API: 
PHU: 
ISC: 
CEL: 
CBR: 
CBG03124 CBG04588(Cbr-hda-1) CBG09063 CBG09630 CBG13352(Cbr-hda-2) CBG15416 CBG16328(Cbr-hda-4) CBG18689(Cbr-hda-3) CBG19959
BMY: 
LOA: 
TSP: 
SMM: 
NVE: 
HMG: 
TAD: 
AQU: 
ATH: 
AT3G18520(HDA15) AT3G44490(hda17) AT3G44660(hda10) AT3G44680(HDA9) AT4G38130(HD1) AT5G26040(HDA2) AT5G35600(HDA7) AT5G61060(HDA05) AT5G61070(HDA18) AT5G63110(HDA6)
ALY: 
CRB: 
EUS: 
CIT: 
CIC: 
TCC: 
GMX: 
MTR: 
CAM: 
FVE: 
CSV: 
RCU: 
POP: 
POPTR_0001s46430g(POPTRDRAFT_815874) POPTR_0004s09180g(POPTRDRAFT_831143) POPTR_0004s21950g POPTR_0006s24640g POPTR_0009s17200g(POPTRDRAFT_803954) POPTR_0012s05730g(POPTRDRAFT_421550) POPTR_0015s09400g(POPTRDRAFT_252260) POPTR_836716(HDA903)
VVI: 
SLY: 
SOT: 
OSA: 
DOSA: 
Os02t0214900-01(Os02g0214900) Os06t0571100-01(Os06g0571100) Os06t0583400-01(Os06g0583400) Os07t0164100-01(Os07g0164100) Os07t0602200-01(Os07g0602200) Os08t0344100-01(Os08g0344100) Os11t0200000-01(Os11g0200000)
OBR: 
BDI: 
SBI: 
SORBI_02g038550(SORBIDRAFT_02g038550) SORBI_03g026250(SORBIDRAFT_03g026250) SORBI_04g007470(SORBIDRAFT_04g007470) SORBI_06g015420(SORBIDRAFT_06g015420) SORBI_07g018230(SORBIDRAFT_07g018230) SORBI_10g022550(SORBIDRAFT_10g022550) SORBI_10g022820(SORBIDRAFT_10g022820)
ZMA: 
100193206 100276617(pco095363) 100382642 101027117 541681(hda108) 541883(rpd3) 541931(hda101) 541953(hda102) 541972(hda110)
SITA: 
ATR: 
s00009p00217140(AMTR_s00009p00217140) s00040p00182290(AMTR_s00040p00182290) s00052p00062950(AMTR_s00052p00062950) s00068p00130970(AMTR_s00068p00130970) s00083p00043340(AMTR_s00083p00043340) s00110p00134320(AMTR_s00110p00134320) s00175p00021990(AMTR_s00175p00021990)
SMO: 
PPP: 
CRE: 
VCN: 
OLU: 
OTA: 
MIS: 
MPP: 
CSL: 
CVR: 
CME: 
GSL: 
CCP: 
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Taxonomy
Reference
1  [PMID:4855628]
  Authors
Krieger DE, Levine R, Merrifield RB, Vidali G, Allfrey VG.
  Title
Chemical studies of histone acetylation. Substrate specificity of a histone deacetylase from calf thymus nuclei.
  Journal
J. Biol. Chem. 249 (1974) 332-4.
Reference
2  [PMID:7980438]
  Authors
Sanchez del Pino MM, Lopez-Rodas G, Sendra R, Tordera V.
  Title
Properties of the yeast nuclear histone deacetylase.
  Journal
Biochem. J. 303 ( Pt 3) (1994) 723-9.
Reference
3  [PMID:16883049]
  Authors
Ouaissi M, Ouaissi A.
  Title
Histone deacetylase enzymes as potential drug targets in cancer and parasitic diseases.
  Journal
J. Biomed. Biotechnol. 2006 (2006) 13474.
Reference
4  [PMID:17632079]
  Authors
Song YM, Kim YS, Kim D, Lee DS, Kwon HJ.
  Title
Cloning, expression, and biochemical characterization of a new histone deacetylase-like protein from Thermus caldophilus GK24.
  Journal
Biochem. Biophys. Res. Commun. 361 (2007) 55-61.
  Organism
Thermus caldophilus
Reference
5  [PMID:10490031]
  Authors
Finnin MS, Donigian JR, Cohen A, Richon VM, Rifkind RA, Marks PA, Breslow R, Pavletich NP.
  Title
Structures of a histone deacetylase homologue bound to the TSA and SAHA inhibitors.
  Journal
Nature. 401 (1999) 188-93.
  Organism
Aquifex aeolicus
Reference
6  [PMID:11473107]
  Authors
Phiel CJ, Zhang F, Huang EY, Guenther MG, Lazar MA, Klein PS.
  Title
Histone deacetylase is a direct target of valproic acid, a potent anticonvulsant, mood stabilizer, and teratogen.
  Journal
J. Biol. Chem. 276 (2001) 36734-41.
Reference
7  [PMID:12429021]
  Authors
de Ruijter AJ, van Gennip AH, Caron HN, Kemp S, van Kuilenburg AB.
  Title
Histone deacetylases (HDACs): characterization of the classical HDAC family.
  Journal
Biochem. J. 370 (2003) 737-49.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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