KEGG   ENZYME: 4.3.3.6Help
Entry
EC 4.3.3.6                  Enzyme                                 

Name
pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing);
PdxST
Class
Lyases;
Carbon-nitrogen lyases;
Amine-lyases
BRITE hierarchy
Sysname
D-ribose 5-phosphate,D-glyceraldehyde 3-phosphate pyridoxal 5'-phosphate-lyase
Reaction(IUBMB)
D-ribose 5-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate + L-glutamine = pyridoxal 5'-phosphate + L-glutamate + 3 H2O + phosphate (overall reaction) [RN:R10089];
(1a) L-glutamine + H2O = L-glutamate + NH3 [RN:R00256];
(1b) D-ribose 5-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate + NH3 = pyridoxal 5'-phosphate + 4 H2O + phosphate [RN:R10088]
Reaction(KEGG)
Substrate
D-ribose 5-phosphate [CPD:C00117];
D-glyceraldehyde 3-phosphate [CPD:C00118];
L-glutamine [CPD:C00064];
H2O [CPD:C00001];
NH3 [CPD:C00014]
Product
pyridoxal 5'-phosphate [CPD:C00018];
L-glutamate [CPD:C00025];
H2O [CPD:C00001];
phosphate [CPD:C00009];
NH3 [CPD:C00014]
Comment
The ammonia is provided by the glutaminase subunit and channeled to the active site of the lyase subunit by a 100 A tunnel. The enzyme can also use ribulose 5-phosphate and dihydroxyacetone phosphate. The enzyme complex is found in aerobic bacteria, archaea, fungi and plants.
History
EC 4.3.3.6 created 2011
Pathway
Vitamin B6 metabolism
Orthology
K06215  
pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxS subunit
K08681  
5'-phosphate synthase pdxT subunit
Genes
CIN: 
LGI: 
NVE: 
AQU: 
ATH: 
AT2G38230(PDX1.1) AT3G16050(PDX1.2) AT5G01410(RSR4) AT5G60540(PDX2)
ALY: 
CRB: 
EUS: 
BRP: 
CIT: 
CIC: 
TCC: 
GMX: 
PVU: 
MTR: 
CAM: 
FVE: 
PPER: 
PMUM: 
MDM: 
PXB: 
CSV: 
CMO: 
RCU: 
POP: 
POPTR_0001s18240g(POPTRDRAFT_548840) POPTR_0006s10130g(POPTRDRAFT_560912) POPTR_0009s01810g(POPTRDRAFT_723560) POPTR_0016s12370g(POPTRDRAFT_576973)
VVI: 
SLY: 
SOT: 
OSA: 
DOSA: 
Os02t0130100-01(Os02g0130100) Os07t0100200-01(Os07g0100200) Os10t0100700-01(Os10g0100700) Os10t0191600-00(Os10g0191600) Os11t0708500-01(Os11g0708500)
OBR: 
BDI: 
SBI: 
SORBI_02g000720(SORBIDRAFT_02g000720)
ZMA: 
SITA: 
PDA: 
MUS: 
ATR: 
s00149p00021030(AMTR_s00149p00021030) s00175p00039600(AMTR_s00175p00039600)
SMO: 
PPP: 
CRE: 
VCN: 
OLU: 
OTA: 
BPG: 
MIS: 
MPP: 
CSL: 
CVR: 
CME: 
GSL: 
CCP: 
SCE: 
YFL059W(SNZ3) YFL060C(SNO3) YMR095C(SNO1) YMR096W(SNZ1) YNL334C(SNO2)
AGO: 
ERC: 
KLA: 
LTH: 
VPO: 
ZRO: 
NCS: 
NCAS_0H03630(NCAS0H03630) NCAS_0H03640(NCAS0H03640)
TPF: 
TPHA_0G03060(TPHA0G03060) TPHA_0G03070(TPHA0G03070)
TDL: 
TDEL_0A02410(TDEL0A02410) TDEL_0A02420(TDEL0A02420)
PPA: 
DHA: 
PIC: 
PGU: 
SPAA: 
LEL: 
CAL: 
CaO19.10464(SNZ99) CaO19.2947(SNZ99) CaO19.2948(SNO1)
CTP: 
COT: 
CDU: 
CTEN: 
YLI: 
NCR: 
SMP: 
PAN: 
TTT: 
MTM: 
CTHR: 
MGR: 
TMN: 
FGR: 
NHE: 
TRE: 
MAW: 
MAJ: 
CMT: 
VAL: 
ELA: 
SSL: 
BFU: 
MBE: 
ANI: 
AFM: 
AOR: 
AOR_1_1276114(AO090701000725) AOR_1_1878054(AO090011000845)
ANG: 
ANI_1_1718104(An12g03940) ANI_1_504034(An03g04280)
AFV: 
ACT: 
NFI: 
PCS: 
CIM: 
CPW: 
PBL: 
URE: 
ABE: 
TVE: 
AJE: 
PNO: 
PTE: 
BZE: 
BSC: 
BOR: 
ZTR: 
PFJ: 
BCOM: 
NPA: 
TML: 
SPO: 
CNE: 
CNB: 
CGI: 
TMS: 
PPL: 
DSQ: 
PCO: 
SHS: 
PSQ: 
ADL: 
FME: 
GTR: 
LBC: 
MPR: 
MRR: 
CCI: 
SCM: 
ABP: 
AGABI1DRAFT111385(AGABI1DRAFT_111385) AGABI1DRAFT63730(AGABI1DRAFT_63730)
ABV: 
AGABI2DRAFT190607(AGABI2DRAFT_190607) AGABI2DRAFT230018(AGABI2DRAFT_230018)
CPUT: 
SLA: 
UMA: 
PFP: 
MGL: 
PGR: 
MLR: 
WSE: 
MBR: 
DDI: 
DPP: 
DFA: 
ACAN: 
PFA: 
PFD: 
PFH: 
PYO: 
PCB: 
PBE: 
PKN: 
PVX: 
PCY: 
TGO: 
PTI: 
TPS: 
PIF: 
NGD: 
EHX: 
GTT: 
NGR: 
HIN: 
HIT: 
HIP: 
HIQ: 
HIF: 
HIL: 
HIU: 
HIE: 
HIZ: 
HIK: 
HIA: 
HDU: 
PMU: 
PMV: 
PUL: 
PMP: 
Pmu_21510(pdxT) Pmu_21520(pdxS)
PMUL: 
MHT: 
MHQ: 
MHX: 
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
APL: 
APL_0572(pdxS) APL_0573(pdxT)
APJ: 
APA: 
ASI: 
ASS: 
GAN: 
BTO: 
BTRE: 
BTRH: 
BTRA: 
FAU: 
FTU: 
FTF: 
FTW: 
FTR: 
FTT: 
FTG: 
FTL: 
FTH: 
FTA: 
FTS: 
FTI: 
FTO: 
FTM: 
FTN: 
FCF: 
FCN: 
FPH: 
FRT: 
FNA: 
FNL: 
MEJ: 
TMB: 
GAP: 
DDS: 
DBA: 
SAT: 
DTI: 
ACR: 
AMV: 
BSU: 
BSU00110(yaaD) BSU00120(yaaE)
BSR: 
BSL: 
BSH: 
BSY: 
BSUT: 
BSUL: 
BSS: 
BST: 
BSO: 
BSN: 
BSQ: 
BSX: 
BSP: 
BLI: 
BL02353(pdxS) BL02354(pdxT)
BLD: 
BLi00016(pdxS) BLi00017(pdxT)
BLH: 
BAO: 
BAMF_0011(pdxS) BAMF_0012(pdxT)
BAY: 
BAQ: 
BYA: 
BAMP: 
BAML: 
BAMA: 
RBAU_0013(pdxS) RBAU_0014(pdxT)
BAMN: 
BASU_0013(pdxS) BASU_0014(pdxT)
BAMB: 
BAMT: 
BAZ: 
BQL: 
LL3_00011(pdxS) LL3_00012(pdxT)
BXH: 
BQY: 
MUS_0013(pdxS) MUS_0014(pdxT)
BAMI: 
BAMC: 
BAMF: 
BAMY: 
BAE: 
BHA: 
BAN: 
BAR: 
BAT: 
BAH: 
BAI: 
BAX: 
BANT: 
BANR: 
BANS: 
BANH: 
BAL: 
BCE: 
BCA: 
BCZ: 
BCZK0011(pdx1) BCZK0012(guaA)
BCR: 
BCB: 
BCU: 
BCG: 
BCQ: 
BCQ_0016(pdx1) BCQ_0017(guaA)
BCX: 
BNC: 
BCF: 
BCER: 
BCEF: 
BCY: 
BTK: 
BTL: 
BALH_0011(pdxA) BALH_0012(pdxT)
BTB: 
BTT: 
BTHR: 
BTC: 
BTF: 
BTM: 
BTG: 
BTI: 
BTN: 
BTHT: 
BTHU: 
BWE: 
BTY: 
BMYC: 
BCL: 
BPU: 
BPUM_0507(yaaD) BPUM_0508(yaaE)
BPUM: 
BPF: 
BMQ: 
BMQ_0015(pdxS) BMQ_0016(pdxT)
BMD: 
BMD_0015(pdxS) BMD_0016(pdxT)
BMH: 
BCO: 
BCK: 
BAG: 
BJS: 
BACI: 
BIF: 
BLE: 
BMET: 
BMP: 
OIH: 
GKA: 
GTN: 
GTH: 
GTE: 
GWC: 
GYC: 
GYA: 
GCT: 
GMC: 
GGH: 
GJF: 
GST: 
AFL: 
Aflv_0011(pdxS) Aflv_0012(pdxT)
AXL: 
AXY_00110(pdxS)
LSP: 
LGY: 
HHD: 
TAP: 
VIR: 
BSE: 
SAU: 
SAV: 
SAW: 
SAH: 
SAJ: 
SAM: 
SAS: 
SAR: 
SAC: 
SAX: 
SAA: 
SAO: 
SAE: 
SAD: 
SUU: 
SUV: 
SUH: 
SUE: 
SUJ: 
SUK: 
SUC: 
SUT: 
SUQ: 
SUZ: 
SUD: 
SUX: 
SUW: 
SUG: 
SUF: 
SAUA: 
SAUE: 
SAUN: 
SAUS: 
SAUU: 
SAUZ: 
SAB: 
SUY: 
SAUB: 
SAUM: 
SAUC: 
SAUR: 
SAUI: 
SAUT: 
SAUJ: 
SAUK: 
SAUQ: 
SAUV: 
SAUW: 
SAUX: 
SAUY: 
SEP: 
SER: 
SEPP: 
SEPS: 
SHA: 
SSP: 
SCA: 
SLG: 
SLN: 
SSD: 
SDT: 
SPSE_2277(pdxT) SPSE_2278(pdxS)
SWA: 
SPAS: 
SXY: 
SXL: 
MCL: 
LMO: 
LMF: 
LMH: 
LMC: 
LMN: 
LMY: 
LMT: 
LMG: 
LMS: 
LMJ: 
LMQ: 
LMM7_2200(pdxS) LMM7_2201(pdxT)
LML: 
LMP: 
LMW: 
LMX: 
LMZ: 
LMON: 
LMOC: 
LMOS: 
LMOO: 
LMOY: 
LMOT: 
LMOA: 
LMOL: 
LMOG: 
LMOE: 
LMOB: 
LMOJ: 
LMOZ: 
LMOD: 
LMOW: 
LMOX: 
LMOQ: 
LMR: 
LIN: 
LWE: 
LSG: 
LIV: 
LII: 
LIW: 
LIA: 
LIO: 
ESI: 
EAT: 
EAN: 
Eab7_0011(pdxS) Eab7_0012(pdxT)
EXM: 
BBE: 
PJD: 
GYM: 
PPY: 
PPM: 
PPO: 
PPM_0082(yaaD) PPM_0083(guaA1)
PPQ: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PTA: 
PLV: 
PSAB: 
PDU: 
PBD: 
PGM: 
POD: 
PAEN: 
PAEF: 
PAEQ: 
PSTE: 
PAEA: 
PAEE: 
PAEH: 
PAEJ: 
TCO: 
AAC: 
AAD: 
TC41_0015(pdxS) TC41_0016(pdxT)
BTS: 
SIV: 
SPN: 
SPD: 
SPR: 
SPW: 
SPX: 
SPG_1393(pdxT) SPG_1394(pdxS)
SNE: 
SPV: 
SNM: 
SJJ: 
SPP: 
SNT: 
SNC: 
SNB: 
SNP: 
SNI: 
SNV: 
SNX: 
SND: 
SNU: 
SPNG: 
SPNE: 
SPNU: 
SPNM: 
SPNO: 
SPNN: 
SGA: 
SGG: 
SGT: 
SGGB_1182(pdxT) SGGB_1183(pdxS)
SMB: 
SOR: 
SSR: 
STF: 
STJ: 
STD: 
SMN: 
SIF: 
SLU: 
STV: 
LRM: 
OOE: 
AUR: 
CML: 
CAC: 
CAE: 
CAY: 
CNO: 
CBO: 
CBO2800(pyroA)
CBA: 
CBH: 
CBL: 
CBB: 
CBF: 
CBM: 
CBJ: 
CBE: 
CBZ: 
CKL: 
CKL_2414(pdxT) CKL_2415(pdxS)
CKR: 
CCE: 
CLJ: 
CCB: 
CLB: 
CSR: 
CPAS: 
CSB: 
CAH: 
CLT: 
ASF: 
ASM: 
ASO: 
ASB: 
CCL: 
ESR: 
ESU: 
EHA: 
CLE: 
RIX: 
RIM: 
COO: 
RTO: 
CSH: 
CAD: 
CST: 
FAA: 
SWO: 
SLP: 
DSY: 
DHD: 
DDH: 
DDL: 
DRM: 
DAE: 
DCA: 
DKU: 
DRU: 
DGI: 
PTH: 
PTH_0009(SNZ1) PTH_0010(PDX2)
DAU: 
TJR: 
SGY: 
DOR: 
DAI: 
DMI: 
DED: 
DEC: 
DRS: 
HMO: 
FMA: 
APR: 
EEL: 
ERE: 
ERT: 
ERA: 
ELM: 
EAC: 
AWO: 
TMR: 
SAY: 
TPY_0008(pdxS) TPY_0009(pdxT)
SAP: 
CLO: 
BPRL: 
TTE: 
TTE0822(Pdx2) TTE0823(Snz1)
TEX: 
THX: 
TPD: 
TIT: 
TMT: 
TBO: 
TWI: 
TKI: 
CHY: 
TEP: 
TAE: 
MTA: 
ADG: 
TPZ: 
CSC: 
ATE: 
COB: 
CHD: 
COW: 
CKI: 
CKN: 
CLC: 
TOC: 
TTM: 
TTO: 
TXY: 
TSH: 
MAS: 
NTH: 
HAS: 
HPK: 
AAR: 
HHL: 
SRI: 
MHG: 
PUF: 
MTU: 
Rv2604c(snoP) Rv2606c(snzP)
MTV: 
MTC: 
MRA: 
MTF: 
MTB: 
MTK: 
MTZ: 
MTG: 
MTI: 
MTE: 
MTUR: 
MTL: 
MTO: 
MTD: 
MTN: 
MTJ: 
MTUB: 
MTUC: 
MTUE: 
MTX: 
MTUL: 
MTUT: 
MTUU: 
MTQ: 
MBO: 
MBB: 
MBT: 
MBM: 
MBK: 
MBZ: 
MAF: 
MCE: 
MCQ: 
MCV: 
MCX: 
MCZ: 
MLE: 
MLB: 
MPA: 
MAO: 
MAV: 
MAVR: 
MAVD: 
MIT: 
MIR: 
MIA: 
MIE: 
MID: 
MYO: 
MSM: 
MSG: 
MSB: 
MSA: 
MSN: 
MSH: 
MUL: 
MUL_3248(snoP) MUL_3250(snzP)
MVA: 
MGI: 
MSP: 
MAB: 
MABB: 
MMV: 
MAK: 
MAY: 
MAZ: 
MMC: 
MKM: 
MJL: 
MJD: 
MMI: 
MMAR_2094(snzP) MMAR_2096(snoP)
MRH: 
MMM: 
MCB: 
MLI: 
MKN: 
MNE: 
ASD: 
CGL: 
NCgl0754(Cgl0788) NCgl0755(Cgl0789)
CGB: 
CGU: 
CGT: 
CGS: 
CGG: 
CGM: 
cgp_0898(pdxS) cgp_0899(pdxT)
CGJ: 
CGQ: 
CEF: 
CDI: 
CDP: 
CDH: 
CDT: 
CDE: 
CDR: 
CDA: 
CDZ: 
CDB: 
CDS: 
CDD: 
CDW: 
CDV: 
CJK: 
CUR: 
CUA: 
CAR: 
CKP: 
CPU: 
CPL: 
CPG: 
CPP: 
CPK: 
CPQ: 
CPX: 
CPZ: 
COR: 
COP: 
Cp31_0144(pdxS) Cp31_0145(pdxT)
COD: 
COS: 
COI: 
COE: 
COU: 
CRD: 
CRES_1139(pdxT) CRES_1141(pdxS)
CUL: 
CUC: 
CUE: 
CUN: 
CUS: 
CUQ: 
CUZ: 
CVA: 
CVAR_1551(pdxT) CVAR_1553(pdxS)
CHN: 
CCN: 
CTER: 
CMD: 
CAZ: 
CFN: 
CCG: 
CVT: 
CGY: 
CAX: 
CII: 
CUV: 
COA: 
CDO: 
NFA: 
NCY: 
NBR: 
NNO: 
RHA: 
RER: 
RER_29090(pdx1) RER_29150(pdx2)
REY: 
ROP: 
ROP_68630(pdx1) ROP_68670(pdx2)
ROA: 
REQ: 
RPY: 
GBR: 
GPO: 
GOR: 
TPR: 
SRT: 
SCO: 
SCO1522(SCL2.12c) SCO1523(SCL2.13c)
SMA: 
SGR: 
SCB: 
SSX: 
SVL: 
SCT: 
SCAT_5300(pdxS) SCAT_5301(pdxT)
SCY: 
SFA: 
SBH: 
SHY: 
SHO: 
SVE: 
SDV: 
SALB: 
STRP: 
SFI: 
SCI: 
SRC: 
SALU: 
SLV: 
SGU: 
KSK: 
KSE_14470(pdxT) KSE_14480(pdxS)
TWH: 
TWS: 
LXX: 
LXY: 
CMI: 
CMS: 
CMC: 
CMN_01795(pdxT) CMN_01796(pdxS)
MTS: 
RLA: 
ART: 
AAU: 
ACH: 
AAI: 
APN: 
ARR: 
RSA: 
KRH: 
KRH_01120(pdxT) KRH_01130(pdxS)
MLU: 
RMU: 
RDN: 
BCV: 
BFA: 
JDE: 
KSE: 
DNI: 
XCE: 
IVA: 
CFL: 
CFI: 
CGA: 
ICA: 
PAC: 
PAK: 
PAV: 
PAX: 
PAZ: 
PAW: 
PAD: 
PCN: 
PACC: 
PACH: 
PFR: 
PBO: 
PRA: 
MPH: 
MLP_26660(pdxT) MLP_26680(pdxS)
NCA: 
KFL: 
TFU: 
NDA: 
NAL: 
TCU: 
SRO: 
FRA: 
FRE: 
FRI: 
FAL: 
FSY: 
ACE: 
NML: 
GOB: 
BSD: 
MMAR: 
KRA: 
SEN: 
SVI: 
TBI: 
AMD: 
AMED_5305(pdxT) AMED_5314(pdxS)
AMN: 
AMM: 
AMES_5242(pdxT) AMES_5251(pdxS)
AMZ: 
B737_5242(pdxT) B737_5251(pdxS)
AOI: 
AORI_4428(pdxT) AORI_4439(pdxS)
AJA: 
AMQ: 
PDX: 
AMI: 
SESP: 
BN6_30550(pdxS) BN6_30670(pdxT)
KAL: 
STP: 
SAQ: 
MAU: 
MIL: 
VMA: 
AMS: 
ASE: 
ACTN: 
AFS: 
CAI: 
SNA: 
AHE: 
MCU: 
TPY: 
BLO: 
BLJ: 
BLN: 
BLON: 
BLF: 
BLL: 
BLB: 
BLM: 
BLK: 
BLG: 
BLZ: 
BLX: 
BAD: 
BAD_1406(pdxT) BAD_1407(pdxS)
BADL: 
BLA: 
BLC: 
BLT: 
BBB: 
BBC: 
BNM: 
BLV: 
BLW: 
BLS: 
BANI: 
BANL: 
BNI: 
BDE: 
BDP_1913(pdxT) BDP_1914(pdxS)
BBI: 
BBIF_0383(pdxS) BBIF_0384(pdxT)
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BBF: 
BBB_0354(pdxS) BBB_0355(pdxT)
BBV: 
BBRU: 
BBRE: 
BBRV: 
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SOL: 
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HAH: 
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Taxonomy
Reference
1  [PMID:15771487]
  Authors
Burns KE, Xiang Y, Kinsland CL, McLafferty FW, Begley TP
  Title
Reconstitution and biochemical characterization of a new pyridoxal-5'-phosphate biosynthetic pathway.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 127 (2005) 3682-3.
Reference
2  [PMID:16030023]
  Authors
Raschle T, Amrhein N, Fitzpatrick TB
  Title
On the two components of pyridoxal 5'-phosphate synthase from Bacillus subtilis.
  Journal
J. Biol. Chem. 280 (2005) 32291-300.
Reference
3  [PMID:17159152]
  Authors
Strohmeier M, Raschle T, Mazurkiewicz J, Rippe K, Sinning I, Fitzpatrick TB, Tews I
  Title
Structure of a bacterial pyridoxal 5'-phosphate synthase complex.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103 (2006) 19284-9.
Reference
4  [PMID:17189272]
  Authors
Raschle T, Arigoni D, Brunisholz R, Rechsteiner H, Amrhein N, Fitzpatrick TB
  Title
Reaction mechanism of pyridoxal 5'-phosphate synthase. Detection of an enzyme-bound chromophoric intermediate.
  Journal
J. Biol. Chem. 282 (2007) 6098-105.
Reference
5  [PMID:18260082]
  Authors
Hanes JW, Keresztes I, Begley TP
  Title
Trapping of a chromophoric intermediate in the Pdx1-catalyzed biosynthesis of pyridoxal 5'-phosphate.
  Journal
Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 47 (2008) 2102-5.
Reference
6  [PMID:18271580]
  Authors
Hanes JW, Burns KE, Hilmey DG, Chatterjee A, Dorrestein PC, Begley TP
  Title
Mechanistic studies on pyridoxal phosphate synthase: the reaction pathway leading to a chromophoric intermediate.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 130 (2008) 3043-52.
Reference
7  [PMID:18516049]
  Authors
Hanes JW, Keresztes I, Begley TP
  Title
13C NMR snapshots of the complex reaction coordinate of pyridoxal phosphate synthase.
  Journal
Nat. Chem. Biol. 4 (2008) 425-30.
Reference
8  [PMID:19152323]
  Authors
Wallner S, Neuwirth M, Flicker K, Tews I, Macheroux P
  Title
Dissection of contributions from invariant amino acids to complex formation and catalysis in the heteromeric pyridoxal 5-phosphate synthase complex from Bacillus subtilis.
  Journal
Biochemistry. 48 (2009) 1928-35.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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