KEGG   ENZYME: 4.7.1.1Help
Entry
EC 4.7.1.1                  Enzyme                                 

Name
alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase;
phnJ (gene name)
Class
Lyases;
carbon-phosphorus lyases;
carbon-phosphorus lyases (only sub-subclass identified to date)
BRITE hierarchy
Sysname
alpha-D-ribose-1-methylphosphonate-5-phosphate C-P-lyase (methane forming)
Reaction(IUBMB)
alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate + S-adenosyl-L-methionine + reduced electron acceptor = alpha-D-ribose 1,2-cyclic phosphate 5-phosphate + methane + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + oxidized electron acceptor [RN:R10204]
Reaction(KEGG)
Substrate
alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate [CPD:C20423];
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019];
reduced electron acceptor
Product
alpha-D-ribose 1,2-cyclic phosphate 5-phosphate [CPD:C20440];
methane [CPD:C01438];
L-methionine [CPD:C00073];
5'-deoxyadenosine [CPD:C05198];
oxidized electron acceptor
Comment
This radical SAM (AdoMet) enzyme is part of the C-P lyase complex, which is responsible for processing phophonates into usable phosphate. Contains an [4Fe-4S] cluster. The enzyme from the bacterium Escherichia coli can act on additional alpha-D-ribose phosphonate substrates with different substituents attached to the phosphonate phosphorus (e.g. alpha-D-ribose-1-[N-(phosphonomethyl)glycine]-5-phosphate and alpha-D-ribose-1-(2-N-acetamidomethylphosphonate)-5-phosphate).
History
EC 4.7.1.1 created 2013, modified 2016
Pathway
Phosphonate and phosphinate metabolism
Orthology
K06163  
alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase
Genes
ECO: 
b4098(phnJ)
ECJ: 
JW4059(phnJ)
ECD: 
EBW: 
BWG_3813(phnJ)
ECOK: 
ECE: 
Z5701(phnJ)
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_5198(phnJ)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c5104(phnJ)
ECP: 
ECI: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_4815(phnJ)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_03970(phnJ)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m4459(phnJ)
ELL: 
WFL_21690(phnJ)
ELC: 
i14_4687(phnJ)
ELD: 
i02_4687(phnJ)
ELP: 
EBL: 
ECD_03970(phnJ)
EBE: 
B21_03930(phnJ)
ELF: 
LF82_1649(phnJ)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
ECOH: 
ECOS: 
SES: 
SSN: 
SSON_4274(phnJ)
SBO: 
SBO_4124(phnJ)
SDY: 
SDY_4118(phnJ)
SDZ: 
SHQ: 
ENT: 
ENC: 
ECL_00355(phnJ)
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ECLG: 
ECLE: 
ECLN: 
ECLI: 
ECLX: 
ECLY: 
ECLZ: 
ECLA: 
ECLC: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
EHM: 
ENR: 
ENX: 
ENF: 
KPN: 
KPN_04496(phnJ)
KPU: 
KP1_0362(phnJ)
KPM: 
KPP: 
KPK: 
KPH: 
KPZ: 
KPV: 
KPW: 
KPY: 
KPG: 
KPC: 
KPQ: 
KPT: 
KPE: 
KPK_5171(phnJ)
KPO: 
KPR: 
KPR_0480(phnJ)
KPJ: 
KPI: 
KPS: 
KPX: 
KPB: 
KPNE: 
KPNU: 
KVA: 
KVD: 
KVQ: 
KOX: 
KOE: 
KOY: 
KMI: 
KOK: 
KOC: 
KOM: 
KLE: 
KQU: 
EAE: 
EAR: 
CKO: 
CFD: 
CAMA: 
CIF: 
ROR: 
RON: 
CNT: 
CEM: 
CEN: 
CED: 
KSA: 
KOR: 
KRD: 
LAX: 
LAZ: 
EBF: 
PSTS: 
YPE: 
YPO3460(phnJ)
YPK: 
y0726(phnJ)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_0624(phnJ)
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPZ3_3055(phnJ)
YPT: 
YPD: 
YPD4_3043(phnJ)
YPX: 
YPD8_3042(phnJ)
YPH: 
YPC_3799(phnJ)
YPW: 
CH59_2586(phnJ)
YPJ: 
CH55_2044(phnJ)
YPV: 
BZ15_61(phnJ)
YPL: 
CH46_1629(phnJ)
YPS: 
YPTB0513(phnJ)
YPO: 
BZ17_2050(phnJ)
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
DJ40_1874(phnJ)
YPU: 
BZ21_3889(phnJ)
YPR: 
BZ20_1593(phnJ)
YPC: 
BZ23_4159(phnJ)
YPF: 
YEN: 
YE0474(phnJ)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YEW: 
CH47_3002(phnJ)
YET: 
YEF: 
YEE: 
YSI: 
YAL: 
AT01_2994(phnJ)
YFR: 
AW19_3841(phnJ)
YIN: 
CH53_1257(phnJ)
YKR: 
YRU: 
BD65_2380(phnJ)
YRB: 
YAK: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SPLY: 
SRS: 
SRA: 
SMAF: 
SMW: 
SMAR: 
SM39_4803(phnJ)
SMAC: 
SLQ: 
SERF: 
SERS: 
SFW: 
SRZ: 
SFO: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
ECA: 
ECA0493(phnJ)
PATR: 
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PPAR: 
PEC: 
PWS: 
SOD: 
DDA: 
DDD: 
DZE: 
DDC: 
DZC: 
DSO: 
EBI: 
EbC_27530(phnJ)
EGE: 
PAM: 
PANA_2395(phnJ)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_1696(phnJ)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_1848(phnJ)
PAO: 
KLN: 
PAGG: 
HAV: 
OPO: 
VNI: 
PAE: 
PAEV: 
N297_3497(phnJ)
PAEI: 
N296_3497(phnJ)
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PAEB: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
BN889_03751(phnJ_1) BN889_03752(phnJ_2)
PAEG: 
PAEC: 
M802_3496(phnJ)
PAEO: 
M801_3362(phnJ)
PMY: 
PMK: 
PPSE: 
BN5_1517(phnJ)
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PFS: 
PFLU_1784(phnJ)
PFX: 
PSC: 
PSH: 
PSTU: 
MAQ: 
MBS: 
MPQ: 
MLQ: 
PIN: 
TCX: 
HHU: 
HAA: 
MARS: 
SEDS: 
CVI: 
CV_1843(phnJ)
CVC: 
LHK: 
LHK_01584(phnJ)
RPJ: 
REU: 
REH: 
H16_B1285(phnJ)
CNC: 
RME: 
Rmet_0763(phnJ)
CTI: 
CBW: 
CGD: 
CR3_3891(phnJ)
BMA: 
BMA2403(phnJ)
BMV: 
BML: 
BMN: 
BMAL: 
DM55_1384(phnJ)
BMAE: 
DM78_582(phnJ)
BMAQ: 
DM76_1361(phnJ)
BMAI: 
BMAF: 
BMAZ: 
BM44_725(phnJ)
BMAB: 
BPS: 
BPSL2854(phnJ)
BPL: 
BPD: 
BPR: 
BPSE: 
BPSM: 
BBQ_456(phnJ)
BPSU: 
BBN_583(phnJ)
BPSD: 
BBX_989(phnJ)
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BBK_2075(phnJ)
BPSH: 
DR55_1664(phnJ)
BPSA: 
BBU_2706(phnJ)
BPSO: 
BUT: 
BTD: 
BTI_754(phnJ)
BOK: 
DM82_3828(phnJ)
BOC: 
BG90_4215(phnJ)
BGE: 
BYI: 
BUO: 
BUE: 
BUL: 
BUD: 
BXE: 
BXB: 
DR64_4512(phnJ)
BPH: 
BPY: 
BFN: 
BCAI: 
PSPW: 
PPNO: 
PPNM: 
PRB: 
PAPI: 
PVE: 
POX: 
PNR: 
BHZ: 
BBRO: 
BFZ: 
AXY: 
AXO: 
AXN: 
AXS: 
AXX: 
ADT: 
AIS: 
PUT: 
AKA: 
AMIM: 
RFR: 
RAC: 
DIA: 
ACK: 
ACRA: 
VEI: 
VAP: 
VPD: 
VAA: 
RTA: 
Rta_22450(phnJ)
MPT: 
Mpe_B0427(htxI) Mpe_B0463(htxI)
PBH: 
TBD: 
GCA: 
BEB: 
ANT: 
GSB: 
DEU: 
DBW_3418(phnJ)
DDE: 
DDN: 
DAS: 
DPI: 
BN4_10674(phnJ)
DEJ: 
DPG: 
DBA: 
DSF: 
DTO: 
MLO: 
MLN: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MAMO: 
MESO: 
HOE: 
AAK: 
SME: 
SM_b20762(phnJ)
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMER: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
SIX: 
SAME: 
EAD: 
EAH: 
ATU: 
Atu0178(phnJ)
ARA: 
Arad_0288(phnJ)
ATF: 
ATA: 
AVI: 
Avi_0273(phnJ)
AGR: 
AGC: 
RET: 
REC: 
REL: 
REI: 
REP: 
RLE: 
RL0174(phnJ)
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
RGA: 
RHN: 
RPHA: 
NGL: 
NGG: 
SHZ: 
OAN: 
OAH: 
OPS: 
BJA: 
blr1224(phnJ)
BJU: 
BJP: 
BRA: 
BBT: 
BRS: 
S23_65720(phnJ)
AOL: 
S58_23440(phnJ)
BRC: 
BRAD: 
BIC: 
RPA: 
RPA0692(phnJ)
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
BOP: 
BOS: 
BVV: 
XAU: 
AZC: 
SNO: 
MRD: 
MET: 
MNO: 
MOR: 
MOC_4400(phnJ)
MAQU: 
CDQ: 
RVA: 
DEQ: 
BVR: 
RHZ: 
MEY: 
AUA: 
RBM: 
SIL: 
SPO0471(phnJ)
SIT: 
RMB: 
RCP: 
RDE: 
RLI: 
PDE: 
PAMI: 
PSF: 
PSE_4852(phnJ)
PGA: 
PGL: 
PGD: 
PHP: 
OAT: 
OAR: 
OTM: 
OSB_25150(phnJ)
RED: 
CID: 
CON: 
PPHR: 
LAP: 
DAA: 
YAN: 
SUAM: 
DON: 
TPRO: 
TOM: 
PABY: 
HBC: 
ACR: 
AMV: 
RGI: 
MGY: 
TMO: 
TMO_2099(phnJ)
TXI: 
PGV: 
AFE: 
AFR: 
AFE_2281(phnJ)
BON: 
OIH: 
LGY: 
VHL: 
VIG: 
SHV: 
PTA: 
BTS: 
PKU: 
PANA: 
NTR: 
VPI: 
CRN: 
CPAS: 
AMT: 
CDF: 
PDC: 
CDC: 
CDL: 
PDF: 
DKU: 
DAI: 
ERB: 
MVA: 
MGO: 
MPHL: 
NSL: 
ROA: 
CMI: 
CMM_0377(phnJ)
FRI: 
PHH: 
ELE: 
GPA: 
AEQ: 
CYB: 
CYB_0165(phnJ)
CYP: 
CYH: 
TER: 
ANA: 
all2219(phnJ)
NOP: 
ACY: 
CALO: 
PLP: 
RRS: 
CAU: 
CAG: 
CHL: 
NMO: 
Nmlp_1919(phnJ)
HTI: 
HTIA_0102(phnJ)
HWA: 
HQ_2602A(phnJ)
HWC: 
Hqrw_2916(phnJ)
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:22089136]
  Authors
Kamat SS, Williams HJ, Raushel FM
  Title
Intermediates in the transformation of phosphonates to phosphate by bacteria.
  Journal
Nature. 480 (2011) 570-3.
  Sequence
[eco:b4098]
Reference
2  [PMID:21705661]
  Authors
Jochimsen B, Lolle S, McSorley FR, Nabi M, Stougaard J, Zechel DL, Hove-Jensen B
  Title
Five phosphonate operon gene products as components of a multi-subunit complex of the carbon-phosphorus lyase pathway.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108 (2011) 11393-8.
Reference
3  [PMID:22334536]
  Authors
Zhang Q, van der Donk WA
  Title
Answers to the carbon-phosphorus lyase conundrum.
  Journal
Chembiochem. 13 (2012) 627-9.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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