KEGG   ENZYME: 5.1.3.4Help
Entry
EC 5.1.3.4                  Enzyme                                 

Name
L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase;
phosphoribulose isomerase;
ribulose phosphate 4-epimerase;
L-ribulose-phosphate 4-epimerase;
L-ribulose 5-phosphate 4-epimerase;
AraD;
L-Ru5P
Class
Isomerases;
Racemases and epimerases;
Acting on carbohydrates and derivatives
BRITE hierarchy
Sysname
L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase
Reaction(IUBMB)
L-ribulose 5-phosphate = D-xylulose 5-phosphate [RN:R05850]
Reaction(KEGG)
Substrate
L-ribulose 5-phosphate [CPD:C01101]
Product
D-xylulose 5-phosphate [CPD:C00231]
Comment
Requires a divalent cation for activity.
History
EC 5.1.3.4 created 1965, modified 2005
Pathway
Pentose and glucuronate interconversions
Ascorbate and aldarate metabolism
Metabolic pathways
Microbial metabolism in diverse environments
Orthology
K01786  
L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase
K03077  
L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase
K03080  
L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase
Genes
ECO: 
b0061(araD) b3583(sgbE) b4198(ulaF)
ECJ: 
JW0060(araD) JW3555(sgbE) JW4156(ulaF)
ECD: 
EBW: 
BWG_3273(sgbE) BWG_3910(ulaF)
ECOK: 
ECE: 
Z0069(araD) Z5807(sgaE)
ECS: 
ECs0065(araD) ECs5174(sgaE)
ECF: 
ETW: 
ECSP_0065(araD) ECSP_5298(ulaF)
ELX: 
EOJ: 
ECO26_0063(araD) ECO26_5018(sgbE) ECO26_5365(ulaF)
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c0073(araD) c4406(sgbE) c5288(sgaE)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
EcHS_A0065(araD) EcHS_A3787(sgbE) EcHS_A4442(ulaF)
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECED1_0060(araD) ECED1_4272(sgbE) ECED1_5048(ulaF)
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_0062(araD) CE10_4137(yiaS) CE10_4937(ulaF)
EUM: 
ECUMN_0062(araD) ECUMN_4096(sgbE) ECUMN_4731(sgaE)
ECZ: 
ECS88_0064(araD) ECS88_4003(sgbE) ECS88_4784(ulaF)
ELO: 
EC042_0064(araD) EC042_3889(sgbE) EC042_4680(ulaF)
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
O3O_02735(sgaE) O3O_04135(araD) O3O_24735(sgbE)
ESM: 
O3M_00965(sgbE) O3M_21150(araD) O3M_22555(sgaE)
ESL: 
O3K_00935(sgbE) O3K_21250(araD) O3K_22650(sgaE)
ECL: 
EBR: 
ECB_00063(araD) ECB_03435(sgbE) ECB_04065(sgaE)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
KO11_00295(araD) KO11_04805(sgbE) KO11_22620(ulaF)
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ECOK1_0060(araD) ECOK1_4031(sgbE) ECOK1_4712(ulaF)
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m0059(araD) ECW_m3857(sgbE) ECW_m4560(ulaF)
ELL: 
WFL_00295(araD) WFL_18835(sgbE) WFL_22185(ulaF)
ELC: 
i14_0063(araD) i14_4072(sgbE) i14_4790(sgaE)
ELD: 
i02_0063(araD) i02_4072(sgbE) i02_4790(sgaE)
ELP: 
P12B_c0054(araD) P12B_c3712(sgbE) P12B_c4295(ulaF)
EBL: 
ECD_00063(araD) ECD_03435(sgbE) ECD_04065(sgaE)
EBE: 
B21_00062(araD) B21_03386(sgbE) B21_04027(ulaF)
ELF: 
LF82_0108(arad) LF82_2127(sgbE) LF82_2377(ulaF)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
P423_00305(araD) P423_19935(araD) P423_23365(sgaE)
ECOO: 
ECOH: 
EFE: 
EFER_0070(araD) EFER_3581(sgbE) EFER_4251(ulaF)
EAL: 
STY: 
STY0118(araD) STY4119(sgbE) STY4744(sgaE)
STT: 
t0105(araD) t3842(yiaS) t4439(sgaE)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM0101(araD) STM3677(sgbE) STM4388(sgaE)
SEO: 
STM14_0120(araD) STM14_4434(sgbE) STM14_5270(sgaE)
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SENR: 
SEND: 
SENI: 
CY43_00495(araD) CY43_19085(araD) CY43_22875(araD)
SEEN: 
SPT: 
SPA0103(araD) SPA3528(yiaS) SPA4205(sgaE)
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SPC_0108(araD) SPC_3757(yiaS) SPC_4535(sgaE)
SEC: 
SCH_0095(araD) SCH_4262(sgaE)
SEH: 
SeHA_C0107(araD) SeHA_C4000(sgbE) SeHA_C4806(ulaF)
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SeSA_A0112(araD) SeSA_A3875(araD) SeSA_A4656(ulaF)
SEA: 
SeAg_B0112(araD) SeAg_B3891(sgbE) SeAg_B4666(ulaF)
SENS: 
Q786_00505(araD) Q786_17965(araD) Q786_21610(araD)
SED: 
SeD_A0105(araD) SeD_A4062(sgbE) SeD_A4785(ulaF)
SEG: 
SG0102(araD) SG3753(sgbE) SG4230(sgaE)
SEL: 
SPUL_0106(araD) SPUL_3888(sgbE) SPUL_4378(sgaE)
SEGA: 
SET: 
SEN0102(araD) SEN3499(sgbE) SEN4154(sgaE)
SENA: 
AU38_00500(araD) AU38_17875(araD) AU38_21465(araD)
SENO: 
AU37_00500(araD) AU37_18065(araD) AU37_21480(araD)
SENV: 
AU39_00500(araD) AU39_18070(araD) AU39_21500(araD)
SENQ: 
AU40_00570(araD) AU40_20125(araD) AU40_24000(araD)
SENL: 
IY59_00520(araD) IY59_18510(araD) IY59_22015(araD)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
I137_00470(araD) I137_18655(araD) I137_20970(araD)
SENB: 
SENE: 
IA1_00505(araD) IA1_17860(araD) IA1_21390(araD)
SENC: 
SES: 
SBG: 
SBG_0087(araD) SBG_3831(sgaE)
SBZ: 
SBV: 
YPE: 
YPO2230(araD) YPO3326(araD)
YPK: 
y0863(araD) y2072(araD)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_0360(araD1) YP_2029(araD3)
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPZ3_1625(araD) YPZ3_2928(araD)
YPT: 
YPD: 
YPD4_1959(araD) YPD4_2915(araD)
YPX: 
YPD8_1350(araD) YPD8_2913(araD)
YPH: 
YPW: 
CH59_2723(araD) CH59_3890(araD)
YPJ: 
YPV: 
BZ15_1310(araD) BZ15_197(araD)
YPL: 
CH46_1769(araD) CH46_2883(araD)
YPS: 
YPTB0804(araD) YPTB2152(araD)
YPO: 
BZ17_1752(araD) BZ17_311(araD)
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
DJ40_152(araD) DJ40_1569(araD)
YPU: 
BZ21_1432(araD) BZ21_7(araD)
YPR: 
BZ20_1254(araD) BZ20_4098(araD)
YPC: 
BZ23_1717(araD) BZ23_279(araD)
YPF: 
BZ19_1509(araD) BZ19_152(araD)
YEN: 
YE1976(araD)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YEW: 
CH47_1413(araD)
YET: 
CH48_3878(araD)
YEF: 
YEE: 
YSI: 
YAL: 
AT01_475(araD)
YFR: 
AW19_1179(araD)
YIN: 
CH53_3921(araD) CH53_847(araD)
YKR: 
CH54_483(araD)
YRO: 
CH64_525(araD)
YRB: 
SFL: 
SF0056(araD) SF4353(sgaE)
SFX: 
S0058(araD) S4623(sgaE)
SFV: 
SFV_0053(araD) SFV_3956(sgbE) SFV_4354(sgaE)
SFE: 
SFxv_0058(araD) SFxv_4744(ulaF)
SFN: 
SFS: 
SFT: 
SSN: 
SSON_0067(araD) SSON_4380(sgaE)
SSJ: 
SBO: 
SBO_0048(araD)
SBC: 
SDY: 
SDY_0088(araD) SDY_4367(sgaE)
SDZ: 
ECA: 
ECA1960(araD)
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PCV: 
PWA: 
PEC: 
ETA: 
ETA_16270(araD)
EPY: 
EpC_16920(araD)
EPR: 
EAM: 
EAMY_1894(araD)
EAY: 
EAM_1856(araD)
EBI: 
EbC_23530(araD)
ERJ: 
EGE: 
SGL: 
SOD: 
Sant_1878(araD)
PES: 
ENT: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
A3UG_00950(sgbE) A3UG_02205(sgaE) A3UG_03525(araD)
ECLG: 
ECLE: 
ECLN: 
ECLI: 
ECLX: 
LI66_02215(araD) LI66_03540(araD) LI66_21920(araD)
ECLY: 
LI62_02670(araD) LI62_04030(araD) LI62_23940(araD)
ECLZ: 
ECLA: 
ECLC: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
ENR: 
ENX: 
ESA: 
CSK: 
CSZ: 
CSI: 
CSJ: 
CCON: 
CDM: 
CMJ: 
CUI: 
CMW: 
CTU: 
CTU_06930(araD)
KPN: 
KPN_00060(araD) KPN_04591(sgaE)
KPU: 
KP1_0465(sgaE) KP1_0873(araD)
KPM: 
KPP: 
KPK: 
KPH: 
KPZ: 
KPV: 
KPW: 
KPY: 
KPG: 
KPC: 
KPQ: 
KPT: 
KPE: 
KPK_0159(sgbE) KPK_4682(araD) KPK_5076(ulaF)
KPO: 
KPR: 
KPR_0567(ulaF) KPR_0984(araD)
KPJ: 
KPI: 
KPA: 
KPS: 
KPX: 
KPB: 
KPNE: 
KPNU: 
KVA: 
KVD: 
KR75_07290(araD) KR75_10470(araD) KR75_12085(araD)
KVQ: 
KOX: 
KOX_05710(sgbE) KOX_08950(sgaE) KOX_10755(araD) KOX_14480(sgbE)
KOE: 
KOY: 
J415_00800(sgaE) J415_04045(sgbE) J415_23050(sgbE) J415_26965(araD)
KOK: 
KOM: 
HR38_04205(araD) HR38_07660(araD) HR38_09485(araD) HR38_13250(araD)
KLE: 
EAE: 
EAE_09425(sgaE) EAE_11085(araD)
EAR: 
CKO: 
CRO: 
ROD_00671(araD) ROD_32521(ulaF)
CFD: 
CAMA: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SMAF: 
SMAR: 
SM39_2758(sgbE) SM39_4088(ulaF)
SMAC: 
SLQ: 
SERR: 
SERF: 
SERS: 
SFW: 
WN53_17135(araD) WN53_21615(araD) WN53_21955(araD)
SFO: 
EIC: 
ETR: 
ETAE_3297(sgaE)
ETD: 
ETE: 
ETEE_1525(ulaF) ETEE_3404(araD)
ETC: 
EDW: 
EDL: 
DDA: 
DDD: 
DZE: 
DDC: 
DZC: 
PAM: 
PANA_0358(sgbE) PANA_2045(araD)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_1369(araD) PAJ_3513(sgbE)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_1484(araD)
PAO: 
KLN: 
PANT: 
PANP: 
PAGG: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
Q7S_01110(sgaE) Q7S_12915(araD)
EBT: 
ROR: 
RON: 
CNT: 
CED: 
PGE: 
HAV: 
KSA: 
KIN: 
LAX: 
OPO: 
EBF: 
HIN: 
HI1025(sgbE)
HDU: 
HD_1866(sgbE)
HAP: 
HAPS_1782(sgbE)
HPAK: 
HSO: 
HS_0773(araD)
HSM: 
PMU: 
PM1244(araD)
PMV: 
PUL: 
PMP: 
Pmu_19040(sgbE)
PMUL: 
DR93_487(araD)
MSU: 
MS0046(araD)
MHT: 
MHQ: 
MHAT: 
MHX: 
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
MHAQ: 
MHAY: 
MVR: 
MVI: 
MVG: 
MVE: 
APL: 
APJ: 
APJL_1736(sgbE)
APA: 
ASU: 
ASI: 
ASS: 
AEU: 
AAP: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
AAH: 
BTO: 
BTRE: 
BTRH: 
BTRA: 
VCH: 
VCA0244(araD)
VCF: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VCR: 
VCM: 
VCI: 
O3Y_14608(araD)
VCL: 
VCQ: 
VCS: 
VCX: 
VCZ: 
VVU: 
VVY: 
VVM: 
VVL: 
VPA: 
VPA1675(araD)
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VSP: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VAN: 
LAG: 
VAU: 
VTU: 
PPR: 
PBPRB0275(SGBE)
GHO: 
SBP: 
SPC: 
SHP: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
LAL: 
CJA: 
SDE: 
GSN: 
AHA: 
AHA_1901(araD)
AHY: 
AHR: 
AHP: 
AHJ: 
AHH: 
AHI: 
ASA: 
ASA_2398(araD)
AMED: 
TAU: 
GAP: 
FPP: 
VPE: 
LCH: 
SUR: 
SCU: 
RHI: 
REI: 
RGA: 
MEY: 
MALG: 
BSU: 
BSU28780(araD)
BSR: 
I33_2934(araD)
BSL: 
BSH: 
BSY: 
BSUT: 
BSUL: 
BSUS: 
BSS: 
BST: 
GYO_3128(araD)
BSO: 
BSN: 
BSQ: 
BSX: 
C663_2723(araD)
BSP: 
BLI: 
BLD: 
BLi02063(araD1) BLi03026(araD2)
BLH: 
BaLi_c21280(araD1) BaLi_c31070(araD2)
BAY: 
BAQ: 
BYA: 
BAMP: 
BAML: 
BAMA: 
RBAU_2721(araD)
BAMN: 
BASU_2527(araD)
BAMB: 
BAMT: 
BAMY: 
BMP: 
BAO: 
BAMF_2683(araD)
BAZ: 
BQL: 
LL3_02967(araD)
BXH: 
BQY: 
MUS_3153(araD)
BAMI: 
BAMC: 
BAMF: 
BAE: 
BATR: 
BHA: 
BH1871(araD)
BCL: 
ABC0406(araD)
BPU: 
BPUM_2328(araD)
BPUM: 
BMQ: 
BMQ_3541(araD)
BMD: 
BMD_3531(araD)
BMH: 
BMEG: 
BCO: 
BCK: 
BAG: 
BJS: 
BLE: 
BACW: 
BACP: 
BACB: 
BACY: 
BACL: 
BALM: 
BEO: 
BEH_15450(araD)
BSM: 
OIH: 
OB2798(araD)
GKA: 
GK1906(araD)
GTN: 
GTE: 
GYC: 
GYA: 
GCT: 
GGH: 
GJF: 
AFL: 
Aflv_0529(araD)
AXL: 
AXY_21520(araD)
TAP: 
LAO: 
BSE: 
SLG: 
SLN: 
SSD: 
SDT: 
SPSE_0999(araD)
SXY: 
SXL: 
SXO: 
LSG: 
lse_0179(vclD)
LIA: 
LIO: 
PJD: 
GYM: 
PPY: 
PPE_04845(araD)
PPM: 
PPO: 
PPM_5002(araD3)
PPOL: 
PPQ: 
PPOY: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
B2K_09165(sgbE)
PTA: 
PBD: 
PGM: 
POD: 
PAEN: 
PAEF: 
PAEQ: 
PSTE: 
PAEA: 
PAEE: 
PAEH: 
PAEJ: 
PRI: 
PRIO_6704(sgbE)
PPEO: 
POW: 
TCO: 
AAC: 
AAD: 
TC41_3263(araD)
LLK: 
LLKF_1617(araD)
LLX: 
LLJ: 
LG36_0873(araD)
LPK: 
SPY: 
SPy_0179(araD)
SPZ: 
SPYM: 
SPM: 
SPG: 
SPS: 
SPH: 
SPI: 
SPJ: 
SPK: 
SPF: 
SPA: 
SPB: 
STG: 
SOZ: 
STZ: 
STX: 
SPYA: 
A20_0204(araD)
SPYH: 
SPYO: 
SPN: 
SPD: 
SPD_1842(araD)
SPR: 
spr1844(araD)
SPW: 
SPCG_1998(araD)
SPX: 
SNE: 
SPV: 
SNM: 
SJJ: 
SPP: 
SNT: 
SNC: 
SNB: 
SNP: 
SNI: 
SNV: 
SNX: 
SND: 
SNU: 
SPNG: 
SPNE: 
SPNU: 
SPNM: 
SPNO: 
SPNN: 
SAG: 
SAG1810(araD)
SAN: 
SAK: 
SAK_1830(araD)
SGC: 
A964_1730(araD)
SAGS: 
SAGL: 
SAGM: 
SAGI: 
SAGR: 
SAGP: 
SAGC: 
SAGT: 
SAGE: 
SAGG: 
SAGN: 
SMU: 
SMC: 
SMJ: 
SMUT: 
SMUA: 
SSA: 
SSA_2088(araD)
SSB: 
SSU: 
SSV: 
SSI: 
SSS: 
SST: 
SSF: 
SSK: 
SSQ: 
SSW: 
SUI: 
SUO: 
SRP: 
SUP: 
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Reference
1  [PMID:13539036]
  Authors
BURMA DP, HORECKER BL.
  Title
Not Available
  Journal
J. Biol. Chem. 231 (1958) 1053-64.
Reference
2  [PMID:4395381]
  Authors
Deupree JD.
  Title
Wood WA: L-ribulose 5-phosphate 4-epimerase of Aerobacter aerogenes. Evidence for nicotinamide adenine dinucleotide-independent 4-epimerization by the crystalline enzyme.
  Journal
J. Biol. Chem. 245 (1970) 3988-95.
Reference
3  [PMID:4879898]
  Authors
Lee N, Patrick JW, Masson M.
  Title
Crystalline L-ribulose 5-phosphate 4-epimerase from Escherichia coli.
  Journal
J. Biol. Chem. 243 (1968) 4700-5.
  Sequence
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Reference
4  [PMID:13549442]
  Authors
WOLIN MJ, SIMPSON FJ, WOOD WA.
  Title
Degradation of L-arabinose by Aerobacter aerogenes. III. Identification and properties of L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase.
  Journal
J. Biol. Chem. 232 (1958) 559-75.
Reference
5  [PMID:8520491]
  Authors
Andersson A, Schneider G, Lindqvist Y.
  Title
Purification and preliminary X-ray crystallographic studies of recombinant L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase from Escherichia coli.
  Journal
Protein. Sci. 4 (1995) 1648-50.
  Sequence
[eco:b0061]
Reference
6  [PMID:10769139]
  Authors
Lee LV, Poyner RR, Vu MV, Cleland WW.
  Title
Role of metal ions in the reaction catalyzed by L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase.
  Journal
Biochemistry. 39 (2000) 4821-30.
Reference
7  [PMID:11732896]
  Authors
Samuel J, Luo Y, Morgan PM, Strynadka NC, Tanner ME.
  Title
Catalysis and binding in L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase: a comparison with L-fuculose-1-phosphate aldolase.
  Journal
Biochemistry. 40 (2001) 14772-80.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 
CAS: 
9024-19-5

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