KEGG   ENZYME: 6.3.1.19Help
Entry
EC 6.3.1.19                 Enzyme                                 

Name
prokaryotic ubiquitin-like protein ligase;
PafA (ambiguous);
Pup ligase;
proteasome accessory factor A
Class
Ligases;
Forming carbon-nitrogen bonds;
Acid-D-ammonia (or amine) ligases (amide synthases)
BRITE hierarchy
Sysname
[prokaryotic ubiquitin-like protein]:[protein]-L-lysine
Reaction(IUBMB)
ATP + [prokaryotic ubiquitin-like protein]-L-glutamate + [protein]-L-lysine = ADP + phosphate + N6-([prokaryotic ubiquitin-like protein]-gamma-L-glutamyl)-[protein]-L-lysine [RN:R11207]
Reaction(KEGG)
Substrate
ATP [CPD:C00002];
[prokaryotic ubiquitin-like protein]-L-glutamate [CPD:C21177];
[protein]-L-lysine [CPD:C02188]
Product
ADP [CPD:C00008];
phosphate [CPD:C00009];
N6-([prokaryotic ubiquitin-like protein]-gamma-L-glutamyl)-[protein]-L-lysine [CPD:C21178]
Comment
The enzyme has been characterized from the bacteria Mycobacterium tuberculosis and Corynebacterium glutamicum. It catalyses the ligation of the prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) to a target protein by forming a bond between an epsilon-amino group of a lysine residue of the target protein and the gamma-carboxylate of the C-terminal glutamate of the ubiquitin-like protein (Pup). The attachment of Pup, also known as Pupylation, marks proteins for proteasomal degradation.
History
EC 6.3.1.19 created 2015
Orthology
K13571  
proteasome accessory factor A
Genes
MTU: 
Rv2097c(pafA)
MTV: 
MTC: 
MRA: 
MTF: 
MTB: 
MTK: 
MTZ: 
MTG: 
MTE: 
MTUR: 
MTL: 
MTO: 
MTD: 
MTN: 
MTJ: 
MTUB: 
MTUC: 
MTUE: 
MTX: 
MTUL: 
MTUT: 
MTUU: 
MTQ: 
MBO: 
MBB: 
MBT: 
MBM: 
MBK: 
MBX: 
MBZ: 
MAF: 
MCE: 
MCQ: 
MCV: 
MCX: 
MCZ: 
MMIC: 
MLE: 
MLB: 
MPA: 
MAO: 
MAVI: 
MAVU: 
MAV: 
MAVD: 
MAVR: 
MAVA: 
MIT: 
MIA: 
MIE: 
MIR: 
MID: 
MYO: 
MCHI: 
MSM: 
MSG: 
MSB: 
MSN: 
MSH: 
MSA: 
MUL: 
MVA: 
MGI: 
MSP: 
MAB: 
MABB: 
MMV: 
MAY: 
MABO: 
MABL: 
MAZ: 
MAK: 
MYS: 
MYC: 
MCHE: 
MIZ: 
MMC: 
MKM: 
MJL: 
MJD: 
MMI: 
MMAE: 
MRH: 
MMM: 
MCB: 
MLI: 
MULP_02722(pafA1)
MKN: 
MKS: 
MKI: 
MNE: 
MYV: 
MYE: 
MGO: 
MFT: 
MHAD: 
MPHL: 
MVQ: 
MYN: 
ASD: 
CGL: 
NCgl1437(Cgl1494)
CGB: 
CGU: 
CGT: 
CGS: 
CGG: 
CGM: 
cgp_1688(pafA2)
CGJ: 
CGQ: 
CGX: 
CEF: 
CDI: 
CDP: 
CD241_1175(pafA2)
CDH: 
CDT: 
CDE: 
CDR: 
CDA: 
CDZ: 
CD31A_1256(pafA2)
CDB: 
CDBH8_1223(pafA2)
CDS: 
CDC7B_1239(pafA2)
CDD: 
CDW: 
CDPW8_1224(pafA2)
CDV: 
CDIP: 
CJK: 
CUR: 
CUA: 
CAR: 
CKP: 
ckrop_0910(pafA2)
CPU: 
CPL: 
CPG: 
CPP: 
CPK: 
CPQ: 
CPX: 
CPZ: 
COR: 
COP: 
Cp31_1042(pafA)
COD: 
COS: 
COI: 
COE: 
COU: 
CPSE: 
CPSU: 
CPSF: 
CRD: 
CRES_1023(pafA2)
CUL: 
CUC: 
CUE: 
CUN: 
CUS: 
CUQ: 
CUZ: 
CUJ: 
CVA: 
CHN: 
CCN: 
CTER: 
CMD: 
CAZ: 
CFN: 
CCG: 
CVT: 
CGY: 
CII: 
CUV: 
COA: 
DR71_64(pafA)
CDO: 
CHM: 
CSX: 
CMQ: 
CKU: 
CCJ: 
CMV: 
CEI: 
CTED: 
CUT: 
CLW: 
CDX: 
CSP: 
WM42_0091(pafA)
CSTA: 
CCJZ: 
CFK: 
CPHO: 
CFC: 
BFV: 
NFA: 
NFR: 
NCY: 
NBR: 
NNO: 
NSL: 
NSR: 
RHA: 
RER: 
RER_31710(pafA)
REY: 
REB: 
ROP: 
ROP_05790(pafA)
ROA: 
REQ: 
RPY: 
RHB: 
RAV: 
RFA: 
RHW: 
GBR: 
GPO: 
GOR: 
GOQ: 
GTA: 
TPR: 
SRT: 
DTM: 
CBQ: 
SCO: 
SCO1640(SCI41.23c)
SMA: 
SGR: 
SGB: 
SCB: 
SSX: 
SVL: 
SCT: 
SCY: 
SFA: 
SBH: 
SHY: 
SHO: 
SVE: 
SDV: 
SALB: 
SALS: 
STRP: 
F750_1438(pafA)
SFI: 
SCI: 
SRC: 
SALU: 
SALL: 
SLV: 
SGU: 
SVT: 
STRE: 
SCW: 
SLD: 
SXI: 
STRM: 
STRC: 
SAMB: 
SPRI: 
SCZ: 
SCX: 
SRW: 
STRF: 
SLE: 
sle_54770(sle_54770)
SRN: 
SPAV: 
SLC: 
STRT: 
SCLF: 
SGS: 
STSI: 
SLS: 
SNR: 
SPLU: 
STRD: 
SNW: 
SAUO: 
KSK: 
KSE_66650(pafA)
KAB: 
KAU: 
ART: 
ARR: 
ARM: 
ARI: 
ARL: 
ARE: 
AAQ: 
ARH: 
ARY: 
ARW: 
ARZ: 
AAU: 
ACH: 
APN: 
PSUL: 
AAI: 
GAR: 
RSA: 
KRH: 
KPL: 
KFV: 
MLU: 
RMU: 
RDN: 
SATK: 
NAE: 
BCV: 
BFA: 
BRX: 
BRV: 
DVA: 
JDE: 
DNI: 
LMOI: 
XCE: 
IVA: 
IDO: 
I598_0768(pafA)
CET: 
CCEU: 
SKE: 
CFL: 
CFI: 
CGA: 
CEZ: 
ICA: 
SERJ: 
JTE: 
BLY: 
BLIN: 
MPH: 
MLP_17560(pafA)
NCA: 
NDK: 
I601_3312(pafA)
KFL: 
PSIM: 
AER: 
TFU: 
NDA: 
NAL: 
B005_4102(pafA)
NGV: 
TCU: 
SRO: 
NOA: 
FRA: 
FRE: 
FRI: 
FAL: 
FSY: 
ACE: 
NML: 
GOB: 
BSD: 
MMAR: 
KRA: 
SEN: 
SVI: 
AMD: 
AMN: 
AMM: 
AMZ: 
AOI: 
AORI_3826(pafA)
AJA: 
AMQ: 
ALU: 
PDX: 
PSEA: 
PSEE: 
PSEH: 
PSEQ: 
PECQ: 
PHH: 
AMI: 
SESP: 
BN6_31900(pafA)
KAL: 
KPHY: 
LED: 
AHM: 
ACTI: 
ACAD: 
AHG: 
ALL: 
PMAD: 
STP: 
SAQ: 
MAU: 
MIL: 
VMA: 
AMS: 
ASE: 
ACTN: 
AFS: 
CAI: 
SNA: 
AHE: 
MCU: 
TPY: 
TPYO: 
ASG: 
AMY: 
ACQ: 
AOS: 
ARD: 
AVU: 
ACTP: 
BLO: 
BLJ: 
BLN: 
BLON: 
BLF: 
BLL: 
BLB: 
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BLK: 
BLG: 
BLZ: 
BLX: 
BAD: 
BADL: 
BADO: 
BLA: 
BLC: 
BLT: 
BBB: 
BBC: 
BNM: 
BLV: 
BLW: 
W7Y_0645(pafA)
BLS: 
BANI: 
BANL: 
BNI: 
BANM: 
BDE: 
BDN: 
BBI: 
BBIF_0658(pafA)
BBP: 
BBF: 
BBV: 
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BBRE: 
BBRV: 
BBRJ: 
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BBRS: 
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BAST: 
BTP: 
BCOR: 
BKA: 
BKS: 
BPSP: 
BII: 
BANG: 
BCAT: 
BPSC: 
BSCA: 
PDO: 
TBI: 
AEY: 
ABAI: 
AFO: 
AYM: 
CCZ: 
FGI: 
MIN: 
NDE: 
NMV: 
NIO: 
NJA: 
LFC: 
LFI: 
LFP: 
LEG: 
MOX: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:20355727]
  Authors
Sutter M, Damberger FF, Imkamp F, Allain FH, Weber-Ban E
  Title
Prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) is coupled to substrates via the side chain of its C-terminal glutamate.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 132 (2010) 5610-2.
Reference
2  [PMID:21081505]
  Authors
Guth E, Thommen M, Weber-Ban E
  Title
Mycobacterial ubiquitin-like protein ligase PafA follows a two-step reaction pathway with a phosphorylated pup intermediate.
  Journal
J. Biol. Chem. 286 (2011) 4412-9.
Reference
3  [PMID:23471967]
  Authors
Ofer N, Forer N, Korman M, Vishkautzan M, Khalaila I, Gur E
  Title
Allosteric transitions direct protein tagging by PafA, the prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) ligase.
  Journal
J. Biol. Chem. 288 (2013) 11287-93.
Reference
4  [PMID:23601177]
  Authors
Barandun J, Delley CL, Ban N, Weber-Ban E
  Title
Crystal structure of the complex between prokaryotic ubiquitin-like protein and its ligase PafA.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 135 (2013) 6794-7.
Reference
5  [PMID:23557784]
  Authors
Striebel F, Imkamp F, Ozcelik D, Weber-Ban E
  Title
Pupylation as a signal for proteasomal degradation in bacteria.
  Journal
Biochim. Biophys. Acta. 1843 (2014) 103-13.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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