KEGG   ENZYME: 6.3.5.11Help
Entry
EC 6.3.5.11                 Enzyme                                 

Name
cobyrinate a,c-diamide synthase;
cobyrinic acid a,c-diamide synthetase;
CbiA
Class
Ligases;
Forming carbon-nitrogen bonds;
Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor
BRITE hierarchy
Reaction(IUBMB)
2 ATP + cobyrinate + 2 L-glutamine + 2 H2O = 2 ADP + 2 phosphate + cobyrinate a,c-diamide + 2 L-glutamate (overall reaction) [RN:R05815];
(1a) ATP + cobyrinate + L-glutamine + H2O = ADP + phosphate + cobyrinate c-monamide + L-glutamate [RN:R09598];
(1b) ATP + cobyrinate c-monamide + L-glutamine + H2O = ADP + phosphate + cobyrinate a,c-diamide + L-glutamate [RN:R09599]
Reaction(KEGG)
Substrate
ATP [CPD:C00002];
cobyrinate [CPD:C05773];
L-glutamine [CPD:C00064];
H2O [CPD:C00001];
cobyrinate c-monamide [CPD:C19724]
Product
ADP [CPD:C00008];
phosphate [CPD:C00009];
cobyrinate a,c-diamide [CPD:C06504];
L-glutamate [CPD:C00025];
cobyrinate c-monamide [CPD:C19724]
Comment
This enzyme is the first glutamine amidotransferase that participates in the anaerobic (early cobalt insertion) biosynthetic pathway of adenosylcobalamin, and catalyses the ATP-dependent synthesis of cobyrinate a,c-diamide from cobyrinate using either L-glutamine or ammonia as the nitrogen source. It is proposed that the enzyme first catalyses the amidation of the c-carboxylate, and then the intermediate is released into solution and binds to the same catalytic site for the amidation of the a-carboxylate. The Km for ammonia is substantially higher than that for L-glutamine.
History
EC 6.3.5.11 created 2010
Pathway
Porphyrin and chlorophyll metabolism
Orthology
K02224  
cobyrinic acid a,c-diamide synthase
Genes
STY: 
STY2240(cbiA)
STT: 
t0840(cbiA)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM2035(cbiA)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SENR: 
SEND: 
SPQ: 
SEI: 
SPC_1680(cbiA)
SEC: 
SC2043(cbiA)
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SeD_A2370(cobB)
SEG: 
SG2061(cbiA)
SEL: 
SPUL_0865(cbiA)
SEGA: 
SET: 
SEN2033(cbiA)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
SENB: 
BN855_21200(SBOV20951)
SENE: 
SES: 
YEN: 
YE2725(cbiA)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
PLU: 
plu2999(cbiA)
PAY: 
PAU_01601(cbiA)
ESC: 
ENR: 
KPN: 
KPN_03200(cbiA)
KPU: 
KPM: 
KPP: 
KPE: 
KPK_0916(cobB)
KPO: 
KPR: 
KPR_1834(cbiA)
KPJ: 
KPI: 
KPA: 
KPS: 
KVA: 
KOX: 
KOE: 
KOY: 
CKO: 
CRO: 
ROD_21201(cbiA)
CFD: 
EIC: 
ETR: 
ETAE_2004(cbiA)
ETD: 
ETC: 
XBO: 
XNE: 
EBT: 
MMK: 
EBF: 
XCC: 
XCC3063(cobB)
XCB: 
XCA: 
XCP: 
FAU: 
DJI: 
VSP: 
VNI: 
PAE: 
PA1273(cobB)
PAEV: 
N297_1313(cobB)
PAEI: 
N296_1313(cobB)
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
PAEC: 
M802_1310(cobB)
PAEO: 
M801_1312(cobB)
PPU: 
PP_1673(cobB)
PPF: 
PPG: 
PPW: 
PPT: 
PPB: 
PPI: 
PPX: 
T1E_3649(cobB)
PPUH: 
PPUT: 
PPUN: 
PP4_40980(cobB)
PPUU: 
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PCI: 
PFL: 
PFL_4430(cobB)
PPRC: 
PFO: 
PFS: 
PFE: 
PFC: 
PPZ: 
PEN: 
PMY: 
PMK: 
PSA: 
PST_1292(cobB)
PSZ: 
PSR: 
PSC: 
PSJ: 
PSH: 
PBA: 
PBC: 
PFV: 
PDR: 
PRE: 
PSV: 
PSK: 
PMON: 
PMOT: 
PKC: 
PKB_1568(cobB)
AVN: 
AVL: 
AVD: 
SSE: 
CPS: 
CPS_1147(cobB)
MAQ: 
MHC: 
MARHY0220(cobB)
MBS: 
MCA: 
MCA2290(cobB)
MMT: 
MAH: 
MEJ: 
ALV: 
TVI: 
TMB: 
AEH: 
HHA: 
HHC: 
TGR: 
TKM: 
TNI: 
TVNIR_0848(cobB_[H])
HCH: 
HCH_06468(cbiA)
HEL: 
HELO_1830(cobB)
ABO: 
ADI: 
MMW: 
MME: 
MPC: 
TAU: 
RMA: 
VOK: 
COSY_0783(dsrN)
GPB: 
CVI: 
CV_1556(cobB)
PSE: 
NH8B_1829(cobB)
RSO: 
RSp0615(cobB)
RSL: 
RSN: 
RSM: 
RSE: 
RME: 
Rmet_3938(cobB)
BMA: 
BMA1176(cobB)
BMV: 
BML: 
BMN: 
BPS: 
BPSL1773(cobB)
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPR: 
BPSE: 
BPSM: 
BPSU: 
BPSD: 
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BTE: 
BTJ: 
BTZ: 
BTD: 
BVI: 
BUR: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BCAL1705(cobB)
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BCT: 
BXE: 
BPH: 
BPY: 
BGL: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BGD: 
BYI: 
BYI23_B004030(cobB_cobQ)
BUK: 
BPX: 
BUO: 
RFR: 
POL: 
PNA: 
AAV: 
AJS: 
DIA: 
AAA: 
ACK: 
DAC: 
DEL: 
VAP: 
VPE: 
VPD: 
CTT: 
ADN: 
ADK: 
RTA: 
MPT: 
Mpe_B0437(cobB) Mpe_B0472(cobB) Mpe_B0510(cobB)
HAR: 
MMS: 
mma_1096(cobB)
HSE: 
RGE: 
RGE_18800(cobB)
EBA: 
ebA4027(cobB)
AZO: 
azo3550(cobB)
AZA: 
AZKH_0617(cbiA_cobB)
DAR: 
TMZ: 
DSU: 
TBD: 
SDR: 
MFA: 
MMB: 
MEH: 
MEI: 
MEP: 
MPQ_0162(cobB)
APP: 
SLT: 
ANT: 
SBA: 
SMUL: 
SMUL_1566(cbiA)
GSU: 
GSU3006(cbiA)
GSK: 
GME: 
Gmet_0470(cbiA)
GUR: 
GLO: 
GBM: 
Gbem_3810(cobB)
GEO: 
GEM: 
GEB: 
PCA: 
Pcar_0481(cbiA)
PPD: 
DVU: 
DVU0405(cobB-1) DVU3086(cobB-2)
DVL: 
DVM: 
DVG: 
DDE: 
DDS: 
DDN: 
DMA: 
DSA: 
DAS: 
DAF: 
DHY: 
DPI: 
BN4_11946(cobB) BN4_12631(cobB)
DGG: 
DBA: 
DRT: 
DPS: 
DAK: 
DPR: 
DSF: 
DOL: 
DAL: 
DAT: 
HRM2_00190(cbiA1) HRM2_42370(cbiA2)
DTO: 
SCL: 
sce0213(cbiA)
SCU: 
DAO: 
DTI: 
SFU: 
DBR: 
HMR: 
DAV: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
SME: 
SMc04282(cobB)
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
EAD: 
OV14_3181(cobB)
ATU: 
Atu2793(cobB)
ARA: 
Arad_2785(cobB)
AVI: 
Avi_2623(cobB)
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
RLE: 
RL2823(cobB)
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
BME: 
BMI: 
BMZ: 
BMG: 
BMW: 
BMF: 
BMB: 
BMC: 
BAA: 
BMS: 
BR1296(cobB)
BSI: 
BMT: 
BSV: 
BSF: 
BOV: 
BOV_1259(cobB)
BCS: 
BSK: 
BOL: 
BMR: 
BMI_I1309(cobB)
BPP: 
BPI_I1348(cobB)
BCET: 
BCEE: 
OAN: 
BJA: 
blr3272(cobB)
BJU: 
BRA: 
BRADO4897(cobB)
BBT: 
BBta_3154(cobB)
BRS: 
S23_47320(cobB)
AOL: 
RPA: 
RPA2083(cobB)
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
XAU: 
AZC: 
AZC_3946(cbiA)
SNO: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
METDI1519(cobB)
MCH: 
MRD: 
MET: 
MPO: 
MNO: 
BID: 
MSL: 
HDN: 
HDT: 
HMC: 
HNI: 
RVA: 
PHL: 
MSC: 
SIL: 
SPO2872(cobB)
SIT: 
RSP: 
RSP_3185(cobB)
RSH: 
RSQ: 
RSK: 
RCP: 
JAN: 
RDE: 
RD1_3818(cobB)
RLI: 
PDE: 
PAMI: 
DSH: 
Dshi_1693(cobB)
PSF: 
PGA: 
PGL: 
PGD: 
OAT: 
OAR: 
LMD: 
RED: 
NAR: 
NPP: 
SJP: 
SCH: 
GOH: 
GBE: 
GBH: 
GBC: 
GBS: 
AMV: 
GXY: 
GXL: 
APT: 
APW: 
APF: 
APU: 
APG: 
APQ: 
APX: 
APZ: 
APK: 
RRU: 
RRF: 
RPM: 
MAG: 
MGY: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
TMO: 
TMO_2767(cobB)
MGM: 
PGV: 
APB: 
BSUB: 
BHA: 
BPF: 
BMQ: 
BMQ_2610(cbiA)
BMD: 
BMD_2597(cbiA)
BACI: 
GKA: 
GTN: 
GTNG_1685(cbiA)
GTH: 
GTE: 
GWC: 
GYC: 
GYA: 
GCT: 
GMC: 
GGH: 
GHH_c18390(cobB3)
GJF: 
AFL: 
LSP: 
LGY: 
LMO: 
lmo1191(cbiA)
LMF: 
LMH: 
LMC: 
LMN: 
LMY: 
LMT: 
LMG: 
LMS: 
LMJ: 
LMQ: 
LMM7_1196(cbiA)
LML: 
LMP: 
LMW: 
LMX: 
LMZ: 
LMON: 
LMOC: 
LMOS: 
LMOO: 
LMOY: 
LMOT: 
LMOA: 
LMOL: 
LMOG: 
LMOE: 
LMOB: 
LMOJ: 
LMOD: 
LMON_1184(cbiA)
LMOW: 
LMOX: 
LMOQ: 
LMR: 
LIN: 
LWE: 
lwe1148(cbiA)
LSG: 
lse_1070(cbiA)
LIV: 
LIV_1122(cbiA)
LIW: 
BBE: 
PPY: 
PPE_04539(cobB)
PPM: 
PPO: 
PPM_4700(cbiA)
PPOL: 
PPQ: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PTA: 
PLV: 
PSAB: 
BTS: 
SIV: 
SSA: 
SIP: 
LRE: 
LRF: 
LRU: 
PCE: 
PECL_1403(cbiA)
AUR: 
CAC: 
CA_C1375(cobB)
CAE: 
CAY: 
CTC: 
CTET: 
CNO: 
CBO: 
CBO0924(cbiA)
CBA: 
CLB_0965(cobB)
CBH: 
CLC_0979(cobB)
CBY: 
CLM_1072(cobB)
CBL: 
CLK_0361(cobB)
CBK: 
CLL_A2938(cobB)
CBB: 
CLD_3635(cobB)
CBI: 
CLJ_B0975(cobB)
CBN: 
CbC4_2316(cobB)
CBT: 
CLH_2684(cobB)
CBF: 
CLI_1011(cobB)
CBM: 
CBF_0983(cobB)
CBJ: 
CBE: 
CKL: 
CKL_0722(cbiB)
CKR: 
CCE: 
CLJ: 
CCB: 
CLS: 
CLB: 
CSR: 
CPAS: 
CSB: 
CAH: 
CLT: 
CM240_0489(cobB1)
AMT: 
AOE: 
CCL: 
FPR: 
FPA: 
BFI: 
CLE: 
RHO: 
RIX: 
RIM: 
CCT: 
ROB: 
RTO: 
CPY: 
CSH: 
CSO: 
CDF: 
CDC: 
CDL: 
CDG: 
CST: 
SLP: 
DSY: 
DSY0318(cobB) DSY4060(cobB)
DHD: 
DDH: 
DDL: 
DRM: 
DAE: 
DCA: 
DKU: 
DRU: 
DGI: 
PTH: 
PTH_0959(CobB)
DAU: 
TJR: 
SGY: 
DOR: 
DAI: 
DMI: 
DED: 
DEC: 
DRS: 
HMO: 
HM1_2399(cbiA)
EEL: 
ERE: 
ERT: 
ERA: 
ELM: 
EAC: 
AWO: 
SAY: 
TPY_1374(cobB-cbiA)
SAP: 
BPRM: 
BPRS: 
TTE: 
TTE0375(CobB)
TEX: 
THX: 
TPD: 
TIT: 
TMT: 
TBO: 
TWI: 
CHY: 
CHY_0771(cobB1) CHY_2399(cobB2)
TEP: 
TAE: 
MTA: 
ADG: 
TPZ: 
TOC: 
TTM: 
TTO: 
TXY: 
TSH: 
TNR: 
MAS: 
NTH: 
HAS: 
HPK: 
AAR: 
HHL: 
VPR: 
SSG: 
SRI: 
MED: 
MHG: 
MTU: 
Rv2848c(cobB)
MTV: 
MTC: 
MT2914(cobB)
MRA: 
MRA_2871(cobB)
MTF: 
MTB: 
MTK: 
MTZ: 
MTI: 
MTE: 
MTUR: 
CFBS_3003(cobB)
MTL: 
MTO: 
MTD: 
UDA_2848c(cobB)
MTN: 
MTJ: 
MTUB: 
MTUE: 
MTUH: 
MTUL: 
MTUT: 
MTUU: 
MTQ: 
MBO: 
Mb2873c(cobB)
MBB: 
BCG_2868c(cobB)
MBT: 
JTY_2863(cobB)
MBM: 
MBK: 
MAF: 
MAF_28530(cobB)
MCE: 
MCQ: 
MCV: 
MCX: 
MCZ: 
MPA: 
MAP2917c(cobB)
MAO: 
MAV: 
MAV_3704(cobB)
MIT: 
MIR: 
MIA: 
MID: 
MYO: 
MSM: 
MSG: 
MSA: 
MUL: 
MUL_2113(cobB)
MVA: 
MGI: 
MSP: 
MAB: 
MABB: 
MMV: 
MMC: 
MKM: 
MJL: 
MJD: 
MMI: 
MMAR_1885(cobB)
MRH: 
MMM: 
MCB: 
MLI: 
MKN: 
MNE: 
ASD: 
AS9A_1611(cobB)
CDI: 
CDP: 
CDH: 
CDT: 
CDE: 
CDR: 
CDA: 
CDZ: 
CDB: 
CDS: 
CDD: 
CDW: 
CDV: 
CKP: 
CPU: 
CPL: 
CPG: 
CPP: 
CPK: 
CPQ: 
CPX: 
CPZ: 
COR: 
COP: 
Cp31_1306(cobB)
COD: 
COS: 
COI: 
COE: 
COU: 
CUL: 
CUC: 
CUE: 
CAZ: 
CVT: 
NFA: 
nfa40810(cobB)
NCY: 
NBR: 
NNO: 
RHA: 
RER: 
RER_26080(cobB)
REY: 
ROP: 
ROP_66510(cobB)
ROA: 
REQ: 
REQ_18750(cobB)
RPY: 
GBR: 
GPO: 
GOR: 
TPR: 
SCO: 
SCO1852(cobB)
SMA: 
SAV_6412(cobB)
SGR: 
SCB: 
SSX: 
SVL: 
SCT: 
SCAT_1051(cobB)
SCY: 
SFA: 
SBH: 
SBI_08141(cobB)
SHY: 
SHO: 
SVE: 
SALB: 
STRP: 
SFI: 
SCI: 
SRC: 
SALU: 
KSK: 
KSE_56380(cobB)
ICA: 
PAC: 
PAK: 
PAV: 
PAX: 
PAZ: 
PAW: 
PAD: 
PCN: 
PACC: 
PACH: 
PFR: 
PPC: 
PBO: 
PRA: 
MPH: 
MLP_03180(cobBC)
NCA: 
KFL: 
TFU: 
NDA: 
NAL: 
B005_0628(cobB)
TCU: 
SRO: 
FRA: 
FRE: 
FRI: 
FAL: 
FRAAL3729(cobB)
FSY: 
NML: 
GOB: 
BSD: 
MMAR: 
SEN: 
SACE_5963(cobB)
SVI: 
TBI: 
AMD: 
AMED_7052(cobB)
AMN: 
AMM: 
AMES_6944(cobB)
AMZ: 
B737_6944(cobB)
AOI: 
AORI_1680(cobB)
PDX: 
AMI: 
SESP: 
KAL: 
STP: 
SAQ: 
MAU: 
MIL: 
VMA: 
AMS: 
ASE: 
ACPL_1301(cobB) ACPL_5302(cobB)
ACTN: 
AFS: 
CAI: 
SNA: 
RXY: 
RRD: 
AFO: 
SHI: 
CAA: 
TDE: 
TPI: 
TREPR_0526(cobB_2) TREPR_3603(cobB_1)
TPED: 
SSM: 
SLR: 
LIL: 
LB_154(cbiA)
LIE: 
LIF_B126(cobB)
LIC: 
LIC20124(cobB)
LBJ: 
LBJ_4188(cobB)
LBL: 
LBL_4203(cobB)
ACM: 
GMA: 
CTM: 
FNU: 
FNC: 
FUS: 
IPO: 
LBA: 
STR: 
TAI: 
AMO: 
SBR: 
PSL: 
IPA: 
SACI: 
SYN: 
sll1501(cbiA)
SYZ: 
MYO_14520(cbiA)
SYY: 
SYT: 
SYS: 
SYQ: 
SYW: 
SYNW0748(cbiA)
SYC: 
syc2239_c(cobB)
SYF: 
SYD: 
SYE: 
SYG: 
sync_1000(cobB)
SYR: 
SYX: 
CYA: 
CYA_1189(cobB)
CYB: 
CYB_2586(cobB)
SYNE: 
SYNP: 
TEL: 
tlr1848(cobB)
THN: 
MAR: 
MAE_06120(cobB)
CYT: 
cce_4641(cbiA)
CYP: 
CYC: 
CYN: 
CYH: 
CYJ: 
AMR: 
AM1_2881(cobB)
CGC: 
CAN: 
CSN: 
DSL: 
HAO: 
GLP: 
CMP: 
CYU: 
TER: 
GEI: 
OAC: 
ONI: 
PSEU: 
CEP: 
MIC: 
ARP: 
GVI: 
gvip500(cobB)
ANA: 
NPU: 
NOS: 
NOP: 
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Reference
1  [PMID:15311923]
  Authors
Fresquet V, Williams L, Raushel FM
  Title
Mechanism of cobyrinic acid a,c-diamide synthetase from Salmonella typhimurium LT2.
  Journal
Biochemistry. 43 (2004) 10619-27.
  Organism
Salmonella typhimurium
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