| Entry |
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|---|
| Name |
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase;
MECDP-synthase;
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol
CMP-lyase (cyclizing) |
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| Class |
Lyases;
Phosphorus-oxygen lyases;
Phosphorus-oxygen lyases (only sub-subclass identified to date)
 |
|---|
| Sysname |
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol
CMP-lyase (cyclizing; 2-C-methyl-D-erythritol
2,4-cyclodiphosphate-forming) |
|---|
| Reaction(IUBMB) |
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol =
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate + CMP [RN:R05637] |
|---|
| Reaction(KEGG) |
R05637
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|---|
| Substrate |
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol
[CPD:C11436] |
|---|
| Product |
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate [CPD:C11453];
CMP [CPD:C00055] |
|---|
| Comment |
The enzyme from Escherichia coli requires Mg2+ or Mn2+. Forms part
of an alternative nonmevalonate pathway for terpenoid biosynthesis
(for diagram, click here). |
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| Pathway |
PATH: ec00900 Terpenoid backbone biosynthesis
PATH: ec01062 Biosynthesis of terpenoids and steroids
PATH: ec01066 Biosynthesis of alkaloids derived from terpenoid and
polyketide
PATH: ec01070 Biosynthesis of plant hormones
PATH: ec01100 Metabolic pathways |
|---|
| Orthology |
KO: K01770 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
KO: K12506 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
/ 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
|---|
| Genes |
ATH: AT1G63970(ISPF)
POP: POPTR_1074087 POPTR_180213
VVI: 100250076
OSA: 4330320(Os02g0680600)
SBI: SORBI_04g031830(SORBIDRAFT_04g031830)
ZMA: 100276918
PPP: PHYPADRAFT_150209
CRE: CHLREDRAFT_188593
OLU: OSTLU_44114(MCS)
CME: CMT435C
PFA: PFB0420w(IspF)
PFH: PFHG_00813
PYO: PY00321
PCB: PC001256.02.0
PBE: PB000581.00.0
PKN: PKH_041070
TAN: TA04155
TPV: TP03_0365
BBO: BBOV_IV002810
PTI: PHATRDRAFT_56610
TPS: THAPSDRAFT_10102
ECO: b2746(ispF)
ECJ: JW2716(ispF)
ECD: ECDH10B_2914(ispF)
EBW: BWG_2482(ispF)
ECE: Z4054(ispF)
ECS: ECs3600(ispF)
ECF: ECH74115_3997(ispF)
ETW: ECSP_3694(ispF)
ECG: E2348C_3016(ispF)
ECC: c3313(ispF)
ECI: UTI89_C3117(ispF)
ECP: ECP_2728(ispF)
ECV: APECO1_3777(ispF)
ECW: EcE24377A_3047(ispF)
ECX: EcHS_A2884(ispF)
ECM: EcSMS35_2871(ispF)
ECY: ECSE_2998(ispF)
ECL: EcolC_0966(ispF)
ECK: EC55989_3018(ispF)
ECQ: ECED1_3202(ispF)
ECR: ECIAI1_2847(ispF)
ECT: ECIAI39_2935(ispF)
ECZ: ECS88_3016(ispF)
EUM: ECUMN_3070(ispF)
ELF: LF82_1129(ispF)
EBL: B21_02561(ispF)
EBD: ECBD_0978
EBR: ECB_02596(ispF)
EOH: ECO103_3288(ispF)
EOI: ECO111_3470(ispF)
EOJ: ECO26_3815(ispF)
EFE: EFER_0322(ispF)
STY: STY3054(ispF)
STT: t2830(ispF)
SPT: SPA2785(ispF)
SEK: SSPA2597(ispF)
SPQ: SPAB_03643(ispF)
SEI: SPC_2972(ispF)
SEC: SC2861(ispF)
SEH: SeHA_C3119(ispF)
SEE: SNSL254_A3135(ispF)
SEW: SeSA_A3080(ispF)
SEA: SeAg_B3054(ispF)
SED: SeD_A3239(ispF)
SEG: SG2832(ispF)
SET: SEN2768(ispF)
SES: SARI_00027(ispF)
STM: STM2929(ispF)
YPE: YPO3360(ispF)
YPK: y0829(ispF)
YPM: YP_0327(ispF)
YPA: YPA_2783(ispF)
YPN: YPN_0733(ispF)
YPG: YpAngola_A0963(ispF)
YPP: YPDSF_3000(ispF)
YPS: YPTB0771(ispF)
YPI: YpsIP31758_3298(ispF)
YPY: YPK_3430(ispF)
YPB: YPTS_0805(ispF)
YEN: YE0770(ispF)
SFL: SF2769(ispF)
SFX: S2962(ispF)
SFV: SFV_2752(ispF)
SSN: SSON_2894(ispF)
SBO: SBO_2774(ispF)
SBC: SbBS512_E3128(ispF)
SDY: SDY_2945(ispF)
ECA: ECA3534(ispF)
PCT: PC1_3352
PWA: Pecwa_3509
ETA: ETA_27000(ispF)
PLU: plu0714(ispF)
PAY: PAU_00687(ispF)
BUC: BU419(ispF)
BAS: BUsg404(ispF)
BAP: BUAP5A_412(ispF)
BAU: BUAPTUC7_413(ispF)
WBR: WGLp531(ygbB)
SGL: SG0527(ispF)
ENT: Ent638_3217(ispF)
ESA: ESA_00545(ispF)
CTU: Ctu_33200(ispF)
KPN: KPN_03108(ispF)
KPE: KPK_1015(ispF)
KPU: KP1_4378(ispF)
CKO: CKO_04107(ispF)
SPE: Spro_0827(ispF)
PMR: PMI2241(ispF)
EIC: NT01EI_3255
ETR: ETAE_2878(ispF)
BPN: BPEN_172(ispF)
HDE: HDEF_1714(ispF)
DDA: Dd703_0868
DDC: Dd586_3306
DZE: Dd1591_0837
HIN: HI0671(ispF)
HIT: NTHI0793(ispF)
HIP: CGSHiEE_08820(ispF)
HIQ: CGSHiGG_06630(ispF)
HDU: HD1328(ispF)
HAP: HAPS_0714(ispF)
HSO: HS_1498(ispF)
HSM: HSM_0503(ispF)
PMU: PM1609(ispF)
MSU: MS2274(ispF)
APL: APL_0803(ispF)
APJ: APJL_0808(ispF)
APA: APP7_0862(ispF)
ASU: Asuc_2031(ispF)
AAP: NT05HA_1952
AAT: D11S_0371
XFA: XF1294(ispF)
XFT: PD0546(ispF)
XFM: Xfasm12_0619(ispF)
XFN: XfasM23_0571(ispF)
XCC: XCC1703(ispF)
XCB: XC_2528(ispF)
XCA: xccb100_2556(ispF)
XCV: XCV1755(ispF)
XAC: XAC1722(ispF)
XOO: XOO2960(ispF)
XOM: XOO_2811(ispF)
XOP: PXO_00168(ispF)
SML: Smlt1718(ispF)
SMT: Smal_1455(ispF)
VCH: VC0529(ispF)
VCO: VC0395_A0057(ispF)
VCM: VCM66_0487
VCJ: VCD_001076
VVU: VV1_1583(ispF)
VVY: VV2814(ispF)
VPA: VP2558(ispF)
VHA: VIBHAR_03522(ispF)
VSP: VS_2604(ispF)
VEX: VEA_002511
VFI: VF_2072(ispF)
VFM: VFMJ11_2178(ispF)
VSA: VSAL_I2511(ispF)
PPR: PBPRA3076(ispF)
PAE: PA3627(ispF)
PAU: PA14_17420(ispF)
PAP: PSPA7_1512(ispF)
PAG: PLES_14081(ispF)
PPU: PP_1618(ispF)
PPF: Pput_4159(ispF)
PPG: PputGB1_1172(ispF)
PPW: PputW619_4057(ispF)
PST: PSPTO_1560(ispF)
PSB: Psyr_1369(ispF)
PSP: PSPPH_3814(ispF)
PFL: PFL_1202(ispF)
PFO: Pfl01_1127(ispF)
PFS: PFLU1297(ispF)
PEN: PSEEN4194(ispF)
PMY: Pmen_3026(ispF)
PSA: PST_1566(ispF)
CJA: CJA_2222(ispF)
AVN: Avin_38730
PAR: Psyc_1243(ispF)
PCR: Pcryo_1149(ispF)
PRW: PsycPRwf_0962(ispF)
ACI: ACIAD1996(ispF)
ACB: A1S_1982(ispF)
ABM: ABSDF1672(ispF)
ABY: ABAYE1569(ispF)
ABC: ACICU_02105(ispF)
ABN: AB57_2327(ispF)
ABB: ABBFA_001464(ispF)
SON: SO_3437(ispF)
SDN: Sden_1199(ispF)
SFR: Sfri_1055(ispF)
SAZ: Sama_1039(ispF)
SBL: Sbal_3124(ispF)
SBM: Shew185_3133(ispF)
SBN: Sbal195_3276(ispF)
SBP: Sbal223_1240(ispF)
SLO: Shew_1208(ispF)
SPC: Sputcn32_2754(ispF)
SSE: Ssed_1293(ispF)
SPL: Spea_1188(ispF)
SHE: Shewmr4_1118(ispF)
SHM: Shewmr7_1189(ispF)
SHN: Shewana3_1119(ispF)
SHW: Sputw3181_1258(ispF)
SHL: Shal_1225(ispF)
SWD: Swoo_3347(ispF)
SWP: swp_1359(ispF)
ILO: IL0751(ispF)
CPS: CPS_1073(ispF)
PHA: PSHAa0685(ispF)
PAT: Patl_3858(ispF)
SDE: Sde_1248(ispF)
MAQ: Maqu_0924
AMC: MADE_03722(ispF)
PIN: Ping_0673
TTU: TERTU_2835
MCA: MCA2518(ispF)
FTU: FTT_1128(ispF)
FTF: FTF1128(ispF)
FTW: FTW_1161(ispF)
FTL: FTL_0833(ispF)
FTH: FTH_0823(ispF)
FTA: FTA_0882(ispF)
FTM: FTM_1296(ispF)
FTN: FTN_1110(ispF)
FPH: Fphi_1496(ispF)
NOC: Noc_0855
AEH: Mlg_1836
HHA: Hhal_1434
TGR: Tgr7_1187
HNA: Hneap_0667
HCH: HCH_01870(ispF)
CSA: Csal_2637
ABO: ABO_1167(ispF)
MMW: Mmwyl1_1302
AHA: AHA_0824(ispF)
ASA: ASA_3472(ispF)
TAU: Tola_2739
AFE: Lferr_0541
AFR: AFE_0371(ispF)
BCI: BCI_0210(ispF)
RMA: Rmag_0756(ispF)
VOK: COSY_0698(ispF)
KKO: Kkor_0861
NMA: NMA1712(ispF)
NME: NMB1512(ispF)
NMC: NMC1441(ispF)
NMN: NMCC_1417(ispF)
NMI: NMO_1333(ispF)
NGO: NGO0971(ispF)
NGK: NGK_0825(ispF)
CVI: CV_1259(ispF)
LHK: LHK_00883
RSO: RSc1644(ispF)
RPI: Rpic_1902(ispF)
RPF: Rpic12D_1573
REU: Reut_A1362(ispF)
REH: H16_A1457(ispF)
RME: Rmet_1953(ispF)
CTI: RALTA_A1371(ispF)
BMA: BMA1489(ispF)
BMV: BMASAVP1_A1986(ispF)
BML: BMA10229_A3320(ispF)
BMN: BMA10247_1258(ispF)
BPS: BPSL2098(ispF)
BPM: BURPS1710b_2511(ispF)
BPL: BURPS1106A_2400(ispF)
BPD: BURPS668_2357(ispF)
BPR: GBP346_A2469(ispF)
BTE: BTH_I2090(ispF)
BVI: Bcep1808_1869(ispF)
BUR: Bcep18194_A5253(ispF)
BCN: Bcen_6137(ispF)
BCH: Bcen2424_1942(ispF)
BCM: Bcenmc03_1966(ispF)
BCJ: BCAL2015(ispF)
BAM: Bamb_1930(ispF)
BAC: BamMC406_1857(ispF)
BMU: Bmul_1329(ispF)
BMJ: BMULJ_01917(ispF)
BXE: Bxe_A2311(ispF)
BPH: Bphy_0999(ispF)
BPY: Bphyt_1876(ispF)
BGL: bglu_1g13340
PNU: Pnuc_0931
PNE: Pnec_0910
BPE: BP0866(ispF)
BPA: BPP3365(ispF)
BBR: BB3816(ispF)
BPT: Bpet1696(ispF)
BAV: BAV1059(ispF)
RFR: Rfer_1332
POL: Bpro_2715
PNA: Pnap_2548
AAV: Aave_1582
AJS: Ajs_3155
VEI: Veis_4361
DAC: Daci_2850
DIA: Dtpsy_2502
VAP: Vapar_2580
CTT: CtCNB1_1970
MPT: Mpe_A1571
HAR: HEAR1911(ispF)
MMS: mma_1410(ispF)
LCH: Lcho_2293
NEU: NE1402(ispF)
NET: Neut_1300(ispF)
NMU: Nmul_A2126(ispF)
EBA: ebA6542(ispF)
AZO: azo1683(ispF)
DAR: Daro_1974(ispF)
TMZ: Tmz1t_2213
TBD: Tbd_1004
MFA: Mfla_1117
MMB: Mmol_1446
MEI: Msip34_1183
APP: CAP2UW1_2623
HPY: HP1020(ispDF)
HPJ: jhp0404(ispDF)
HPA: HPAG1_0427(ispDF)
HPS: HPSH_02215(ispDF)
HPG: HPG27_409(ispDF)
HPP: HPP12_0424(ispDF)
HPB: HELPY_0434(ispDF)
HHE: HH1582(ispDF)
HAC: Hac_1124(ispDF)
WSU: WS1940(ispDF)
TDN: Suden_1487(ispDF)
CJE: Cj1607(ispDF)
CJR: CJE1779(ispDF)
CJJ: CJJ81176_1594(ispDF)
CJU: C8J_1508(ispDF)
CJD: JJD26997_1961(ispDF)
CFF: CFF8240_0409(ispDF)
CCV: CCV52592_0202(ispDF)
CHA: CHAB381_0932(ispDF)
CCO: CCC13826_1467(ispDF)
CLA: Cla_0245(ispDF)
ABU: Abu_0126(ispDF)
SDL: Sdel_1707
NIS: NIS_0595(ispDF)
SUN: SUN_0522(ispDF)
NAM: NAMH_0344
GSU: GSU3367(ispF)
GME: Gmet_0059(ispF)
GUR: Gura_4164(ispF)
GLO: Glov_3480(ispF)
GBM: Gbem_3798(ispF)
GEO: Geob_0559
GEM: GM21_3881
PCA: Pcar_0102(ispF)
PPD: Ppro_0012(ispF)
DVU: DVU1454(ispD)
DVL: Dvul_1625
DVM: DvMF_0257
DDE: Dde_1726
DDS: Ddes_1252
DMA: DMR_23150(ispD)
DSA: Desal_3358
LIP: LI0446
DBA: Dbac_1950
DRT: Dret_0538
DPS: DP0257
DOL: Dole_1666
DAL: Dalk_0768
DAT: HRM2_23290(ispF)
ADE: Adeh_1272
ACP: A2cp1_2684
AFW: Anae109_2497
ANK: AnaeK_2591
SAT: SYN_01400
SFU: Sfum_1636
WOL: WD1143
WBM: Wbm0409
WRI: WRi_009950
WPI: WPa_0969
AMA: AM1356(ispF)
AMF: AMF_1029(ispF)
ACN: ACIS_01201(ispF)
APH: APH_1276(ispF)
ERU: Erum1020(ispF)
ERW: ERWE_CDS_00990(ispF)
ERG: ERGA_CDS_00950(ispF)
ECN: Ecaj_0102
ECH: ECH_0156(ispF)
NSE: NSE_0134(ispF)
NRI: NRI_0136(ispF)
PUB: SAR11_0945(ispD)
MLO: mll0395(ispDF)
MES: Meso_1621(ispDF)
PLA: Plav_3132
SME: SMc01040(ispDF)
SMD: Smed_1087(ispDF)
ATU: Atu1443(ispDF)
ATC: AGR_C_2659
ARA: Arad_2262(ispD)
AVI: Avi_2131(ispD)
RET: RHE_CH01945(ispDF)
REC: RHECIAT_CH0002043(ispDF)
RLE: RL2254(ispDF)
RLT: Rleg2_1616(ispDF)
RLG: Rleg_1809
RHI: NGR_c12940
BME: BMEI0863(ispDF)
BMF: BAB1_1143(ispDF)
BMB: BruAb1_1126(ispDF)
BMC: BAbS19_I10610(ispDF)
BMS: BR1120(ispDF)
BMT: BSUIS_A1169(ispDF)
BOV: BOV_1078(ispDF)
BCS: BCAN_A1139(ispDF)
BMR: BMI_I1132(ispDF)
OAN: Oant_2069(ispDF)
BJA: bll4485
BRA: BRADO3869(ispDF)
BBT: BBta_4067(ispDF)
RPA: RPA2590(ispD)
RPB: RPB_2885
RPC: RPC_2575
RPD: RPD_2587
RPE: RPE_2755
RPT: Rpal_2860
NWI: Nwi_1442
NHA: Nham_1834
OCA: OCAR_6093
BHE: BH05820
BQU: BQ04980(ispDF)
BBK: BARBAKC583_0540(ispDF)
BTR: Btr_0870
BGR: Bgr_06650(ispDF)
XAU: Xaut_4402
AZC: AZC_3089
MEX: Mext_2817
MEA: Mex_1p3018(ispDF)
MDI: METDI3585(ispDF)
MRD: Mrad2831_2171
MET: M446_5927
MPO: Mpop_2935
MCH: Mchl_3044
MNO: Mnod_6536
BID: Bind_1516
MSL: Msil_0526
CCR: CC_1738(ispDF)
CCS: CCNA_01812
CAK: Caul_2603(ispDF)
PZU: PHZ_c1733(ispDF)
SIL: SPO2090(ispDF)
SIT: TM1040_1364
RSP: RSP_6071(ispF)
RSH: Rsph17029_1460(ispF)
RSQ: Rsph17025_1484(ispF)
RSK: RSKD131_1126
JAN: Jann_2235
RDE: RD1_2767(ispF)
PDE: Pden_3667
DSH: Dshi_1577(ispDF)
MMR: Mmar10_1439
HNE: HNE_2014(ispDF)
HBA: Hbal_1665
ZMO: ZMO1128
ZMN: Za10_0198
NAR: Saro_1925(ispDF)
SAL: Sala_1278
SWI: Swit_0244(ispDF)
ELI: ELI_06290(ispDF)
GOX: GOX1669
GBE: GbCGDNIH1_1019
ACR: Acry_2031
GDI: GDI_2269
GDJ: Gdia_0488
APT: APA01_17540(ispDF)
RRU: Rru_A1674
RCE: RC1_0126(ispDF)
MAG: amb2363
MGM: Mmc1_2673
BSU: BSU00910(yacN)
BHA: BH0108(ispF)
BAN: BA0085(ispF)
BAR: GBAA0085(ispF)
BAA: BA_0675(ygbB)
BAT: BAS0086(ispF)
BAH: BAMEG_0102(ispF)
BAI: BAA_0102(ispF)
BCE: BC0107(ispF)
BCA: BCE_0086(ispF)
BCZ: BCZK0082(ispF)
BCR: BCAH187_A0117(ispF)
BCB: BCB4264_A0107(ispF)
BCU: BCAH820_0097(ispF)
BCG: BCG9842_B5219(ispF)
BCQ: BCQ_0100(ispF)
BCX: BCA_0115(ispF)
BCY: Bcer98_0081(ispF)
BTK: BT9727_0083(ispF)
BTL: BALH_0086(ispF)
BWE: BcerKBAB4_0081(ispF)
BLI: BL03266(ispF)
BLD: BLi00109(ispF)
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DTU: Dtur_1475
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 |
|---|
| Structures |
PDB: 1GX1 1H47 1H48 1IV1 1IV2 1IV3 1IV4 1T0A 1U3L 1U3P
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3F6M 3FBA 3FPI 3GHZ 3IEQ 3IEW 3IKE 3IKF 3JVH 3K14
3K2X 3KE1 |
|---|
Reference
Authors
Title
Journal
Organism
Sequence
|
1 [PMID:10694574]
Herz S, Wungsintaweekul J, Schuhr CA, Hecht S, Luttgen H, Sagner S,
Fellermeier M, Eisenreich W, Zenk MH, Bacher A, Rohdich F.
Biosynthesis of terpenoids: YgbB protein converts
4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol 2-phosphate to
2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate.
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 97 (2000) 2486-90.
Escherichia coli [GN:eco]
ECO: b2746 |
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Reference
Authors
Title
Journal
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2
Takagi, M., Kuzuyama, T., Kaneda, K., Watanabe, H., Dairi, T. and
Seto, H.
Studies on the nonmevalonate pathway: Formation of
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate from
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol.
Tetrahedron Lett. 41 (2000) 3395-3398. |
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| Other DBs |
ExplorEnz - The Enzyme Database: 4.6.1.12
IUBMB Enzyme Nomenclature: 4.6.1.12
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 4.6.1.12
BRENDA, the Enzyme Database: 4.6.1.12
CAS: 287480-92-6 |
|---|
