KEGG   ENZYME: 6.5.1.1Help
Entry
EC 6.5.1.1                  Enzyme                                 

Name
DNA ligase (ATP);
polydeoxyribonucleotide synthase (ATP);
polynucleotide ligase;
sealase;
DNA repair enzyme;
DNA joinase;
DNA ligase;
deoxyribonucleic ligase;
deoxyribonucleate ligase;
DNA-joining enzyme;
deoxyribonucleic-joining enzyme;
deoxyribonucleic acid-joining enzyme;
deoxyribonucleic repair enzyme;
deoxyribonucleic joinase;
deoxyribonucleic acid ligase;
deoxyribonucleic acid joinase;
deoxyribonucleic acid repair enzyme
Class
Ligases;
Forming phosphoric-ester bonds;
Ligases that form phosphoric-ester bonds (only sub-subclass identified to date)
BRITE hierarchy
Sysname
poly(deoxyribonucleotide):poly(deoxyribonucleotide) ligase (AMP-forming)
Reaction(IUBMB)
ATP + (deoxyribonucleotide)n + (deoxyribonucleotide)m = AMP + diphosphate + (deoxyribonucleotide)n+m [RN:R00381]
Reaction(KEGG)
Substrate
ATP [CPD:C00002];
(deoxyribonucleotide)n [CPD:C00039];
(deoxyribonucleotide)m [CPD:C00039]
Product
AMP [CPD:C00020];
diphosphate [CPD:C00013];
(deoxyribonucleotide)n+m [CPD:C00039]
Comment
Catalyses the formation of a phosphodiester at the site of a single-strand break in duplex DNA. RNA can also act as substrate, to some extent.
History
EC 6.5.1.1 created 1972, modified 1976
Orthology
K01971  
DNA ligase (ATP)
K07468  
putative ATP-dependent DNA ligase
K10747  
DNA ligase 1
K10776  
DNA ligase 3
K10777  
DNA ligase 4
Genes
HSA: 
3978(LIG1) 3980(LIG3) 3981(LIG4)
PTR: 
452653(LIG4) 454581(LIG3) 468936(LIG1)
PPS: 
100969963(LIG1) 100973637(LIG4) 100977351(LIG3)
GGO: 
101127133(LIG1) 101131334(LIG3) 101145520(LIG4)
PON: 
100173511(LIG4) 100432978(LIG1) 100455958(LIG3)
MCC: 
695475(LIG4) 715181(LIG3) 718528(LIG1)
MCF: 
MMU: 
16881(Lig1) 16882(Lig3) 319583(Lig4)
RNO: 
290907(Lig4) 303369(Lig3) 81513(Lig1)
CGE: 
HGL: 
101701011(Lig3) 101702301(Lig1) 101722009(Lig4)
TUP: 
102471446(LIG3) 102474595(LIG1) 102493599(LIG4)
CFA: 
100686967(LIG1) 485544(LIG4) 491145(LIG3)
AML: 
100464510(LIG3) 100476294(LIG4) 100482586(LIG1)
FCA: 
101087961(LIG4) 101093313(LIG1) 101097931(LIG3)
BTA: 
100124507(LIG1) 514719(LIG3) 781252(LIG4)
BOM: 
102269001(LIG3) 102274404(LIG4) 102287527(LIG1)
PHD: 
102316117(LIG3) 102318719(LIG4) 102344626(LIG1)
CHX: 
102173499(LIG3) 102174153(LIG1) 102182607(LIG4)
SSC: 
100155891(LIG4) 100520434(LIG1) 100626381(LIG3)
CFR: 
102505704(LIG4) 102519149(LIG1) 102520024(LIG3)
ECB: 
100051479(LIG4) 100053186(LIG1) 100071671(LIG3)
MYB: 
102241403(LIG3) 102245604(LIG4) 102255838(LIG1)
MDO: 
100018117(LIG4) 100021775(LIG3)
SHR: 
100917603(LIG3) 100926132(LIG4) 100927773(LIG1)
OAA: 
GGA: 
417530(LIG3) 418764(LIG4) 430516(LIG1)
MGP: 
TGU: 
100220473(LIG3) 100225693(LIG4)
FAB: 
101808635(LIG3) 101819454(LIG4)
PHI: 
102106381(LIG3) 102110873(LIG4)
APLA: 
101797881(LIG3) 101804830(LIG4)
FPG: 
101921177(LIG3) 101923185(LIG4)
FCH: 
102050236(LIG4) 102056103(LIG3)
CLV: 
102083602(LIG3) 102093808(LIG4)
ASN: 
PSS: 
ACS: 
XLA: 
394389(lig4) 397978(lig1) 398275(lig3)
XTR: 
100271763(lig1) 549105(lig3) 549735(lig4)
DRE: 
556995(lig1) 563276(lig3) 569525(lig4)
TRU: 
MZE: 
OLA: 
XMA: 
LCM: 
BFO: 
CIN: 
SPU: 
581252(LIG3) 582203(lig4) 752989
DME: 
Dmel_CG12176(Lig4) Dmel_CG17227(lig3) Dmel_CG5602(DNA-ligI)
DPO: 
DAN: 
DER: 
DPE: 
DSE: 
DSI: 
DWI: 
DYA: 
DGR: 
DMO: 
DVI: 
AGA: 
CQU: 
AME: 
408752(GB20092) 413086(lig3) 726551(Lig4)
NVI: 
TCA: 
BMOR: 
API: 
PHU: 
ISC: 
CEL: 
CBR: 
CBG09168(Cbr-lig-4) CBG09716(Cbr-lig-1)
BMY: 
LOA: 
TSP: 
SMM: 
NVE: 
HMG: 
TAD: 
AQU: 
ATH: 
ALY: 
CRB: 
EUS: 
CIT: 
CIC: 
GMX: 
MTR: 
CAM: 
FVE: 
CSV: 
RCU: 
POP: 
POPTR_0009s01140g(POPTRDRAFT_1088868) POPTR_0018s13870g(POPTRDRAFT_911613) POPTR_555902
VVI: 
SLY: 
SOT: 
OSA: 
DOSA: 
Os10t0489200-01(Os10g0489200)
BDI: 
SBI: 
SORBI_01g018700(SORBIDRAFT_01g018700) SORBI_06g027820(SORBIDRAFT_06g027820)
ZMA: 
SITA: 
SMO: 
PPP: 
CRE: 
VCN: 
OLU: 
OTA: 
MIS: 
MPP: 
CSL: 
CVR: 
CME: 
GSL: 
CCP: 
SCE: 
YDL164C(CDC9) YOR005C(DNL4)
AGO: 
KLA: 
LTH: 
PPA: 
VPO: 
ZRO: 
CGR: 
NCS: 
NCAS_0A14110(NCAS0A14110) NCAS_0D02650(NCAS0D02650)
NDI: 
NDAI_0A01940(NDAI0A01940) NDAI_0I02260(NDAI0I02260)
TPF: 
TPHA_0D04570(TPHA0D04570) TPHA_0M00260(TPHA0M00260)
TBL: 
TBLA_0E02050(TBLA0E02050) TBLA_0G01040(TBLA0G01040)
TDL: 
TDEL_0C02040(TDEL0C02040) TDEL_0G04510(TDEL0G04510)
KAF: 
KAFR_0A05050(KAFR0A05050) KAFR_0B00830(KAFR0B00830)
DHA: 
PIC: 
PGU: 
LEL: 
CAL: 
CTP: 
CDU: 
COT: 
YLI: 
CLU: 
NCR: 
SMP: 
PAN: 
TTT: 
MTM: 
MGR: 
FGR: 
NHE: 
VAL: 
SSL: 
BFU: 
ANI: 
NFI: 
AFM: 
AOR: 
AOR_1_1174154(AO090003000668) AOR_1_1334054(AO090011000796)
ANG: 
ANI_1_2644024(An02g06890) ANI_1_594104(An12g04690)
AFV: 
ACT: 
PCS: 
CIM: 
CPW: 
PBL: 
URE: 
ABE: 
TVE: 
AJE: 
PNO: 
PTE: 
ZTR: 
TML: 
SPO: 
CNE: 
CNB: 
CGI: 
PPL: 
LBC: 
MPR: 
CCI: 
SCM: 
UMA: 
MGL: 
PGR: 
ECU: 
EIN: 
EHE: 
NCE: 
MBR: 
DDI: 
DPP: 
DFA: 
DFA_01086(lig3) DFA_03136(lig4) DFA_07246(lig1)
EHI: 
EHI_111060(1.t00017)
EDI: 
ACAN: 
PFA: 
MAL13P1.22(PfLigI)
PFD: 
PFH: 
PYO: 
PCB: 
PBE: 
PKN: 
PVX: 
PCY: 
TAN: 
TPV: 
BBO: 
BBOV_IV001520(21.m02964)
BEQ: 
CPV: 
CHO: 
TGO: 
TET: 
PTM: 
PTI: 
TPS: 
PIF: 
NGD: 
EHX: 
GTT: 
TBR: 
Tb11.02.4580 Tb927.6.4780(Tb06.26G9.80) Tb927.7.600(Tb07.29K4.770) Tb927.7.610(Tb07.29K4.760)
TCR: 
LMA: 
LIF: 
LDO: 
LMI: 
LBZ: 
NGR: 
TVA: 
GLA: 
HIT: 
NTHI1352(ligA)
HIP: 
HIQ: 
HIF: 
HIL: 
HIU: 
HIE: 
HIZ: 
HIK: 
HPR: 
HSO: 
HS_1324(ligA)
HSM: 
MSU: 
MS0939(cDC9)
MHT: 
MHQ: 
MHX: 
MHH_c10480(ligA1)
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
ASU: 
ASI: 
AAP: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
GAN: 
BTO: 
XCC: 
XCC0105 XCC1290(lig2) XCC2307(lig3)
XCB: 
XCA: 
XCV: 
XCP: 
XAC: 
XAC1341(lig2) XAC2414(lig3)
XAX: 
XAO: 
XOO: 
XOO1875(lig2)
XOM: 
XOP: 
XOR: 
XCI: 
SML: 
SMT: 
BUJ: 
SMZ: 
PSU: 
PSD: 
RHD: 
VCH: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VC0395_A1148(ligA-2)
VCR: 
VC395_1659(ligA-2)
VCM: 
VCM66_1483(ligA-2)
VCI: 
VCL: 
VVU: 
VVY: 
VVM: 
VPA: 
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VCA: 
VAG: 
VSP: 
VEX: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VFI: 
VFM: 
VSA: 
PPR: 
VAN: 
LAG: 
PAE: 
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PPU: 
PPF: 
PPG: 
PPW: 
PPT: 
PPB: 
PPI: 
PPX: 
PPUH: 
PPUT: 
PPUN: 
PST: 
PSB: 
PSP: 
PFO: 
PFS: 
PFE: 
PFC: 
PPZ: 
PEN: 
PSEEN2767(ligD)
PMY: 
PMK: 
PSA: 
PSZ: 
PSR: 
PSC: 
PSJ: 
PSH: 
PBA: 
PFV: 
PSV: 
PSK: 
PMON: 
PMOT: 
ABR: 
ABAZ: 
SON: 
SFR: 
SAZ: 
SBL: 
SBM: 
SBN: 
SBP: 
SBT: 
SBS: 
SBB: 
SLO: 
SPC: 
SHP: 
SSE: 
SPL: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
SHL: 
SWD: 
SWP: 
SVO: 
ILO: 
ILI: 
CPS: 
PHA: 
PAT: 
PSM: 
MAQ: 
MHC: 
MAD: 
MBS: 
AMC: 
AMAC: 
AMB: 
AMG: 
AMH: 
AMK: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAD: 
AMAI: 
AMAG: 
ALT: 
GAG: 
GNI: 
GPS: 
PIN: 
FBL: 
CBU: 
CBS: 
CBG: 
CBC: 
LPC: 
LPA: 
LLO: 
MAH: 
TCX: 
MEJ: 
MEC: 
CYQ: 
CZA: 
NHL: 
ALV: 
TVI: 
TMB: 
TKM: 
TNI: 
SSAL: 
SPIU: 
ABO: 
ABO_2702(ligA)
ADI: 
MMW: 
MME: 
MPC: 
TOL: 
OCE: 
NMA: 
NME: 
NMB2048(ligA-2)
NMP: 
NMBB_2353(ligA-2)
NMH: 
NMC: 
NMN: 
NMT: 
NMI: 
NMD: 
NMM: 
NMS: 
NMQ: 
NMW: 
NMZ: 
NGO: 
NGK: 
NGT: 
NLA: 
RSC: 
RSL: 
RPI: 
RPF: 
REU: 
REH: 
CTI: 
CNC: 
BPS: 
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPSE: 
BDL_5683(ligD)
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BBK_4987(ligD)
BTD: 
BVI: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BXE: 
BPH: 
BPY: 
BGL: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BRH: 
BGD: 
BYI: 
BUK: 
BPX: 
BUO: 
PPK: 
PRB: 
BBR: 
BB2845(ligD)
BBM: 
BBH: 
BPT: 
AXY: 
AXYL_00438(ligD1) AXYL_06730(ligD2)
AXO: 
AXN: 
PUT: 
AKA: 
RFR: 
POL: 
PNA: 
AAV: 
AJS: 
DIA: 
AAA: 
ACK: 
VEI: 
DAC: 
DEL: 
VAP: 
VPE: 
VPD: 
CTT: 
ADN: 
ADK: 
RTA: 
MPT: 
HAR: 
HSE: 
CFU: 
LCH: 
THI: 
RGE: 
NMU: 
EBA: 
AZO: 
azo0444(lig2) azo1741(ligD) azo3130(dnaL)
AZA: 
AZKH_2968(ligD)
DAR: 
TMZ: 
DSU: 
TBD: 
SDR: 
MEH: 
MEI: 
APP: 
HCP: 
HCB: 
TDN: 
CJE: 
CJB: 
CJJ: 
CJU: 
CJN: 
CJI: 
CJM: 
CJM1_1615(ligA-2)
CJS: 
CJP: 
CJEJ: 
CJEU: 
CJEN: 
CJEI: 
CJR: 
CJD: 
CJZ: 
CJX: 
CFF: 
CFV: 
CCV: 
CHA: 
CCO: 
CLA: 
CCOL: 
CCC: 
CCQ: 
CAMP: 
ABU: 
Abu_0698(ligA)
ABT: 
ABL: 
ANT: 
ARC: 
SDL: 
SBA: 
GME: 
GUR: 
GBM: 
Gbem_0128(ligD)
GEO: 
GEM: 
GEB: 
DAF: 
BBA: 
Bd2252(lig)
BBAT: 
DAT: 
HRM2_32340(ligA2)
ADE: 
ACP: 
AFW: 
ANK: 
MXA: 
MFU: 
MSD: 
CCX: 
SUR: 
SCL: 
SCU: 
HOH: 
DAO: 
DTI: 
DPB: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MES: 
PLA: 
SME: 
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
ATU: 
ARA: 
AVI: 
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
RLE: 
RLT: 
RLG: 
RTR: 
RIR: 
OAN: 
BJA: 
BJU: 
BRA: 
BBT: 
BRS: 
RPA: 
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
NWI: 
NHA: 
OCA: 
OCG: 
OCO: 
AOL: 
XAU: 
AZC: 
SNO: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
MCH: 
MRD: 
MET: 
MPO: 
MNO: 
BID: 
MSL: 
Msil_1736(ligD) Msil_3719(ligC)
HDN: 
HDT: 
HMC: 
HNI: 
RVA: 
PHL: 
MSC: 
CCR: 
CCS: 
CAK: 
CSE: 
PZU: 
BSB: 
AEX: 
RSP: 
RSH: 
RSQ: 
RSK: 
JAN: 
RDE: 
RD1_1817(dnlI)
RLI: 
PDE: 
PAMI: 
DSH: 
PGA: 
PGL: 
PGD: 
OAT: 
OAR: 
HNE: 
NAR: 
SAL: 
SWI: 
SPHM: 
SJP: 
SCH: 
SSY: 
ELI: 
GOH: 
GBE: 
ACR: 
AMV: 
GDI: 
GDJ: 
RCE: 
RPM: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
TMO: 
PBR: 
PGV: 
BSU: 
BSU13400(ligD) BSU20500(ligB)
BSR: 
I33_1508(ykoU)
BSL: 
BSH: 
BSY: 
BSS: 
BST: 
GYO_1664(ykoU)
BSO: 
BSN: 
BSQ: 
BSUB: 
BSX: 
C663_1379(ykoU)
BSP: 
BLI: 
BL00865(ligB) BL03626(ligD)
BLD: 
BLi01494(ykoU) BLi01538(ligB)
BLH: 
BAO: 
BAMF_0926(ligB) BAMF_1421(ykoU)
BAY: 
BAQ: 
BYA: 
BAMP: 
BAML: 
BAMA: 
RBAU_1296(ykoU) RBAU_2060(ligB)
BAMN: 
BASU_1275(ykoU)
BAMB: 
BAZ: 
BQL: 
LL3_01440(ykoU) LL3_02285(ligB)
BXH: 
BQY: 
MUS_1417(ligD) MUS_2008(ligB)
BAMI: 
BAMC: 
BAMF: 
BAE: 
BHA: 
BH2209(ligD)
BCL: 
ABC1601(ligD) ABC2809(ligB)
BPU: 
BPUM_1666(ligD)
BPF: 
BCO: 
BCK: 
BAG: 
BJS: 
BACI: 
BIF: 
OIH: 
OB3034(ligD)
LSP: 
HHD: 
SUW: 
SAUZ: 
SER: 
BBE: 
PJD: 
GYM: 
PPY: 
PPM: 
PPO: 
PPM_0359(lig) PPM_1132(ykoU) PPM_2737(ligB3)
PPOL: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PTA: 
PLV: 
TCO: 
AAC: 
AAD: 
SIV: 
CPY: 
CCE: 
CSH: 
CLB: 
CSS: 
CSD: 
Clst_1549(ligD1) Clst_1550(ligD2)
STH: 
SWO: 
SLP: 
DSY: 
DHD: 
DDH: 
DDL: 
DRM: 
DCA: 
DKU: 
DRU: 
DGI: 
PTH: 
DAU: 
TJR: 
SGY: 
DOR: 
DAI: 
DMI: 
DED: 
DEC: 
DRS: 
HMO: 
FPA: 
TMR: 
SAY: 
SAP: 
TEX: 
THX: 
TPD: 
TIT: 
TMT: 
TBO: 
TWI: 
CHY: 
MTA: 
TPZ: 
Tph_c08080(ligD1) Tph_c09930(ligD2)
TOC: 
TTM: 
TTO: 
TXY: 
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HAH: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:4295584]
  Authors
Becker A, Lyn G, Gefter M, Hurwitz J.
  Title
The enzymatic repair of DNA, II. Characterization of phage-induced sealase.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 58 (1967) 1996-2003.
  Organism
Escherichia coli [GN:eco]
Reference
2  [PMID:4641251]
  Authors
Bertazzoni U, Mathelet M, Campagnari F.
  Title
Purification and properties of a polynucleotide ligase from calf thymus glands.
  Journal
Biochim. Biophys. Acta. 287 (1972) 404-14.
  Organism
Bos taurus [GN:bta]
Reference
3  [PMID:5340583]
  Authors
Weiss B, Richardson CC.
  Title
Enzymatic breakage and joining of deoxyribonucleic acid, I. Repair of single-strand breaks in DNA by an enzyme system from Escherichia coli infected with T4 bacteriophage.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 57 (1967) 1021-8.
  Organism
Escherichia coli [GN:eco]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 
CAS: 
9015-85-4

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