KEGG   ORTHOLOGY: K11600Help
Entry
K11600                      KO                                     

Name
RRP41, EXOSC4, SKI6
Definition
exosome complex component RRP41
Pathway
ko03018  RNA degradation
Module
M00390  Exosome, archaea
M00391  Exosome, eukaryotes
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 Genetic Information Processing
  Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K11600  RRP41, EXOSC4, SKI6; exosome complex component RRP41
KEGG modules [BR:ko00002]
 Structural complex
  Genetic information processing
   RNA processing
    M00390  Exosome, archaea
     K11600  RRP41, EXOSC4, SKI6; exosome complex component RRP41
    M00391  Exosome, eukaryotes
     K11600  RRP41, EXOSC4, SKI6; exosome complex component RRP41
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic Type
  mRNA degradation factors
   3'-5' decay
    Core exosome factors
     K11600  RRP41, EXOSC4, SKI6; exosome complex component RRP41
 Prokaryotic Type
  Archeal mRNA degradation factors
   Exosome components
    Cofactors
     K11600  RRP41, EXOSC4, SKI6; exosome complex component RRP41
BRITE hierarchy
Other DBs
COG: COG0689
Genes
HSA: 54512(EXOSC4)
PTR: 740889(EXOSC4)
PPS: 100967791(EXOSC4)
GGO: 101132450 101134148(EXOSC4)
PON: 100458925(EXOSC4)
NLE: 100599803(EXOSC4)
MCC: 700012(EXOSC4)
MCF: 102144723(EXOSC4)
CSAB: 103237603(EXOSC4)
RRO: 104671689(EXOSC4)
RBB: 108536589(EXOSC4)
CJC: 100393370(EXOSC4)
SBQ: 101043625(EXOSC4)
MMU: 109075(Exosc4)
RNO: 300045(Exosc4)
CGE: 100766618(Exosc4)
NGI: 103735267(Exosc4)
HGL: 101703302(Exosc4)
CCAN: 109690799(Exosc4)
OCU: 100342181(EXOSC4)
TUP: 102470676(EXOSC4)
CFA: 482086(EXOSC4)
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UMR: 103656702(EXOSC4)
ORO: 101363521(EXOSC4)
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PTG: 102954582(EXOSC4)
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BOM: 102269917(EXOSC4)
BIU: 109568394(EXOSC4)
PHD: 102331167(EXOSC4)
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CJO: 107307591(EXOSC4)
APLA: 101789569(EXOSC4)
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PSS: 102453382(EXOSC4)
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XTR: 549190(exosc4)
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SANH: 107660424(exosc4)
SGH: 107600330
IPU: 108267326(exosc4)
AMEX: 103035194(exosc4)
TRU: 101066522(exosc4)
LCO: 104931533(exosc4)
NCC: 104941191(exosc4)
MZE: 101480542(exosc4)
OLA: 101170622(exosc4)
XMA: 102237477(exosc4)
PRET: 103479662(exosc4)
NFU: 107383896(exosc4)
CSEM: 103396313(exosc4)
LCF: 108883402(exosc4)
HCQ: 109521324(exosc4)
BPEC: 110158872(exosc4)
SASA: 100195803(exos4)
ELS: 105019298(exosc4)
SFM: 108938308(exosc4)
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CIN: 100179476
SPU: 580695
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CRE: CHLREDRAFT_130648(RNPH1)
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TVE: TRV_00655
PTE: PTT_08574
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CNE: CND05300
CNB: CNBD1030
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ABP: AGABI1DRAFT101423(AGABI1DRAFT_101423)
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EHI: EHI_040320(144.t00006)
PYO: PY17X_1018300(PY07159)
PCB: PCHAS_101760(PC300528.00.0)
TAN: TA20905
TPV: TP01_0398
BBO: BBOV_IV005940(23.m05757)
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SMIN: v1.2.039160.t1(symbB.v1.2.039160.t1)
NGD: NGA_2105900(RRP41)
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MBAR: MSBR2_0384
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MMA: MM_2623
MMAC: MSMAC_1027
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MTHE: MSTHC_0412
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MPD: MCP_2627
MEZ: Mtc_0866
RCI: RCIX2124(rrp41p)
MTH: MTH_683
MMG: MTBMA_c10700(rpr42)
METC: MTCT_0612
MWO: MWSIV6_1059(rrp41)
METE: tca_00657(rph_2)
MST: Msp_1251
MSI: Msm_0242
MRU: mru_1353(rrp41)
MEB: Abm4_0919(rrp41)
MMIL: sm9_0812
MEYE: TL18_06245
MOL: YLM1_0841
METH: MBMB1_0551
MFC: BRM9_1736
MCUB: MCBB_0472(rrp41)
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MKA: MK0381(rph)
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TAC: Ta1293
TVO: TVG0319949(TVG0319949)
PTO: PTO0394
FAI: FAD_0040
CDIV: CPM_0331
MARC: AR505_1485
PHO: PH1549(PH1549)
PAB: PAB0420(rph)
PFU: PF1568
PFI: PFC_07070
PYN: PNA2_0136
PYS: Py04_1444
TKO: TK1634
TON: TON_0030
TGA: TGAM_2036(rrp41p)
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THE: GQS_05110
THA: TAM4_251
THM: CL1_0668
TLT: OCC_08959
THS: TES1_0257
TNU: BD01_2095
TEU: TEU_04810
PPAC: PAP_02070
ABI: Aboo_0182
APE: APE_1447
ACJ: ACAM_0910
SMR: Smar_0859
IHO: Igni_0210
IIS: EYM_05080
DKA: DKAM_1324
TAG: Tagg_1334
IAG: Igag_1504
HBU: Hbut_0571
SSO: SSO0735(rph)
SOL: Ssol_1792
SSOA: SULA_1818
SSOL: SULB_1819
SSOF: SULC_1817
STO: STK_04430(rrp41)
SAI: Saci_0610(rph)
SID: M164_1400
SII: LD85_1611
SIH: SiH_1352
SIR: SiRe_1274
SIC: SiL_1265
MSE: Msed_0077
MCN: Mcup_1980
AHO: Ahos_0831
PAI: PAE2207
PIS: Pisl_0836
PCL: Pcal_0933
PAS: Pars_1937
PYR: P186_0442
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VDI: Vdis_0834
VMO: VMUT_1680
TPE: Tpen_0581
ASC: ASAC_1138
NMR: Nmar_0432
NID: NPIRD3C_1930(rrp)
NIN: NADRNF5_1742(rrp)
NCT: NMSP_1295
NGA: Ngar_c23860(ecx2)
NVN: NVIE_000250(ecx1)
NEV: NTE_01343
TAA: NMY3_00742(rph_1)
NCV: NCAV_0360(rrp)
NBV: T478_0405
NDV: NDEV_0387(rrp)
NEQ: NEQ248
MARH: Mia14_0051
KCR: Kcr_1370
BARC: AOA65_1463
BARB: AOA66_0262
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TaxonomyKoalaUniProt
Reference
  Authors
Wang HW, Wang J, Ding F, Callahan K, Bratkowski MA, Butler JS, Nogales E, Ke A
  Title
Architecture of the yeast Rrp44 exosome complex suggests routes of RNA recruitment for 3' end processing.
  Journal
Proc Natl Acad Sci U S A 104:16844-9 (2007)
DOI:10.1073/pnas.0705526104
  Sequence
[sce:YGR195W]
Reference
  Authors
Anderson JR, Mukherjee D, Muthukumaraswamy K, Moraes KC, Wilusz CJ, Wilusz J
  Title
Sequence-specific RNA binding mediated by the RNase PH domain of components of the exosome.
  Journal
RNA 12:1810-6 (2006)
DOI:10.1261/rna.144606
  Sequence
[hsa:54512]

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