KEGG   Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC PG1: MSC_0856
Entry
MSC_0856          CDS       T00161                                 
Symbol
rnr
Name
(GenBank) Ribonulease R
  KO
K12573  ribonuclease R [EC:3.1.13.1]
Organism
mmy  Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC PG1
Pathway
mmy03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:mmy00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    MSC_0856 (rnr)
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis [BR:mmy03019]
    MSC_0856 (rnr)
   03016 Transfer RNA biogenesis [BR:mmy03016]
    MSC_0856 (rnr)
Enzymes [BR:mmy01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.13  Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
    3.1.13.1  exoribonuclease II
     MSC_0856 (rnr)
Messenger RNA biogenesis [BR:mmy03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   RNA degradosome components
    Ribonucreases
     MSC_0856 (rnr)
Transfer RNA biogenesis [BR:mmy03016]
 Prokaryotic type
  tRNA degradation factors
   MSC_0856 (rnr)
SSDB
Motif
Pfam: RNB S1 OB_RNB CSD2 RNase_II_C_S1
Other DBs
NCBI-ProteinID: CAE77468
UniProt: Q6MSC2
Position
973459..975573
AA seq 704 aa
MESKIIEVLKTNKHKVSLNKLLTYFNALDYSLIKNYLDQLEKNNKITISLENNIYLLDQI
YKKGTIKLNPKGFGFINDINKIDGEDHFIARVDLNNSIHQDEVVYILKQEEDNRLKAIVI
ELIKRNKIYLIGEINRSFDKRFLDFIPNDKSFDSFRFVIVNKNEFKYEEFNIIKAKIISC
KERKIFIRLIKIIGNSKKASDRILAIAEEFEIKTSFDKQTLDNAKQINLSTDKLEKEFLK
RQNNSLVNKTIVTIDGIDSKDLDDAICVEKLKNNNYKLFVAIADVSYFVRYKTALDKEAL
LRGNSTYLANKVIPMLPNILSDDLCSLNPNTKKLVFVCEMEFDNNANMLNKKVYESVIIS
KARLNYDEVNNYFKTKTWTHCEQTKKMLDVAYELYKKLEDLKAKKGTISFDVREPKIILD
KNLNVIDIKTKTADQAEKLIEQFMVSCNEAVAELIYQKDLPFLYRNHNKPDEDELINWYK
SLKTFGINPKLTNKQVLDPIFINHTLTQIKEQIKDETEVELLNISLLRYMDKAKYGLENI
GHFGLASDCYTHFTSPIRRYSDLLVHRYLKQYLITKDLEKTSLENNTNYINKVSNIINDT
ETKSVECEREVIKACMCEYMLNKINTTYTATISAVLKFGIFIQLDNLVEGLVHISNMNSD
LVYDETNRILIKPDNTYYRIGQKVKVKLISVDIKKRTIDFVLIE
NT seq 2115 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atggaatctaaaattattgaagttttaaaaactaacaaacataaagttagtttaaataaa
ctattaacttattttaatgctttagattattcattaattaaaaactacttagaccaatta
gaaaaaaataataaaattactatttcattagaaaataatatttacttattagatcaaatt
tacaaaaagggaactattaaattaaatccaaaaggttttggatttataaatgatattaat
aaaattgatggtgaagatcattttatagctagagttgatttaaataatagtattcatcaa
gatgaagtagtttatattttaaaacaagaagaagataatagattaaaagctatagttatt
gaactaattaaaagaaataaaatttatttaattggtgaaataaatagaagttttgataaa
aggtttttagatttcattccaaacgataaatcatttgatagttttagatttgtaattgtt
aataaaaacgaatttaaatatgaagagttcaatattattaaagcaaaaattataagttgt
aaagaacgtaaaatttttataagacttataaaaattattggaaacagtaaaaaagcaagt
gatcgcatcttagcaatagctgaagaatttgaaataaaaaccagttttgataaacaaact
ctagataatgcaaaacaaattaatttatcaactgataaactagaaaaagaatttttaaaa
agacaaaataattctttagttaataaaacgatcgttacaattgatggaattgattcaaaa
gatttagatgatgctatttgtgttgaaaaattaaaaaataataattataaactatttgtt
gctattgctgatgtttcttattttgttagatacaaaaccgctttagataaagaagcttta
ttaagaggtaattcaacttatttagcaaataaagtaattccaatgttaccaaacatttta
tctgatgatttgtgttcattaaatccaaacactaaaaaactagtttttgtgtgtgaaatg
gaatttgataataacgcaaacatgttaaataaaaaagtttatgaatcagtgattatttct
aaagctagattaaattatgatgaagtaaataattattttaaaactaaaacatgaactcat
tgtgaacaaactaaaaaaatgttagatgtagcttatgaattgtataaaaaactagaagat
ctaaaagctaaaaagggaactattagttttgatgttagagaaccaaaaattattttagat
aaaaacttaaatgtaattgatattaaaacaaaaacagctgatcaagctgaaaaattaatt
gaacaatttatggtaagttgtaatgaagcagtagctgaattaatctatcaaaaagattta
ccatttttatatagaaatcataataaaccagatgaagatgaattaattaattgatataag
tcactaaaaacatttggaatcaatcctaaattaactaataaacaagttttagatccaata
tttattaatcacactttaactcaaatcaaagagcaaattaaagatgaaactgaggttgaa
ctattaaatatttctttattaagatatatggacaaagctaaatatggattagaaaatatt
ggtcattttggtttagctagtgattgttatactcattttacttctccaattagaagatat
tcagatttattagttcatagatatctaaaacaatacttaattacaaaagatctagaaaaa
actagtttagaaaataatacaaattatattaataaagtaagtaatattattaatgatact
gaaactaaaagtgttgaatgtgaaagagaagttattaaagcgtgtatgtgtgaatatatg
ctaaataaaattaatactacttatacagcaacaatttcagcagttttaaaatttggaatt
tttattcaattagataatttagttgaaggattagttcatatttcaaatatgaatagtgat
ttagtttatgatgaaactaaccgtattttaattaaaccagataatacttattatagaata
ggacaaaaagttaaagttaaactaattagtgttgatattaaaaaaagaacaattgatttt
gttttaatagaataa

  All links  
Ontology (4)   
   KEGG BRITE (4)   
Pathway (1)   
   KEGG PATHWAY (1)   
Chemical reaction (1)   
   KEGG ENZYME (1)   
Genome (1)   
   KEGG GENOME (1)   
Gene (3)   
   KEGG ORTHOLOGY (1)   
   NCBI-PROTEINID (1)   
   OC (1)   
Protein sequence (1)   
   UniProt (1)   
Protein domain (5)   
   Pfam (5)   
All databases (16)   

Download RDF
DBGET integrated database retrieval system