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Database: Pfam
Entry: SepSecS
LinkDB: SepSecS
Original site: SepSecS 
#=GF ID   SepSecS
#=GF AC   PF05889.12
#=GF DE   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS
#=GF PI   SLA_LP_auto_ag;
#=GF AU   Moxon SJ
#=GF SE   Pfam-B_9614 (release 8.0)
#=GF GA   20.10 20.10;
#=GF TC   20.10 20.10;
#=GF NC   20.00 20.00;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 26740544 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF RN   [1]
#=GF RM   10801173
#=GF RT   Identification of target antigen for SLA/LP autoantibodies in
#=GF RT   autoimmune hepatitis. 
#=GF RA   Wies I, Brunner S, Henninger J, Herkel J, Kanzler S, Meyer zum
#=GF RA   Buschenfelde KH, Lohse AW; 
#=GF RL   Lancet 2000;355:1510-1515.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   11481605
#=GF RT   A bioinformatical approach suggests the function of the
#=GF RT   autoimmune hepatitis target antigen soluble liver antigen/liver
#=GF RT   pancreas. 
#=GF RA   Kernebeck T, Lohse AW, Grotzinger J; 
#=GF RL   Hepatology 2001;34:230-233.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   17194211
#=GF RT   Biosynthesis of selenocysteine on its tRNA in eukaryotes.
#=GF RA   Xu XM, Carlson BA, Mix H, Zhang Y, Saira K, Glass RS, Berry MJ,
#=GF RA   Gladyshev VN, Hatfield DL;
#=GF RL   PLoS Biol. 2007;5:e4.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   17512006
#=GF RT   Structural insights into the second step of RNA-dependent
#=GF RT   cysteine biosynthesis in archaea: crystal structure of
#=GF RT   Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase from Archaeoglobus fulgidus.
#=GF RA   Fukunaga R, Yokoyama S;
#=GF RL   J Mol Biol. 2007;370:128-141.
#=GF RN   [5]
#=GF RM   18093968
#=GF RT   Structure and catalytic mechanism of eukaryotic selenocysteine
#=GF RT   synthase.
#=GF RA   Ganichkin OM, Xu XM, Carlson BA, Mix H, Hatfield DL, Gladyshev
#=GF RA   VN, Wahl MC;
#=GF RL   J Biol Chem. 2008;283:5849-5865.
#=GF RN   [6]
#=GF RM   18158303
#=GF RT   Structural insights into RNA-dependent eukaryal and archaeal
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Araiso Y, Palioura S, Ishitani R, Sherrer RL, O'Donoghue P, Yuan
#=GF RA   J, Oshikane H, Domae N, Defranco J, Soll D, Nureki O;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2008;36:1187-1199.
#=GF RN   [7]
#=GF RM   19608919
#=GF RT   The human SepSecS-tRNASec complex reveals the mechanism of
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Palioura S, Sherrer RL, Steitz TA, Soll D, Simonovic M;
#=GF RL   Science. 2009;325:321-325.
#=GF DR   INTERPRO; IPR008829;
#=GF CC   Early annotation suggested this family, SepSecS, of several
#=GF CC   eukaryotic and archaeal proteins, was involved in
#=GF CC   antigen-antibodies responses in the liver and pancreas [1,2].
#=GF CC   Structural studies show that the family is
#=GF CC   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, an enzyme
#=GF CC   involved in the synthesis of the amino acid selenocysteine
#=GF CC   (Sec). Sec is the only amino acid whose biosynthesis occurs on
#=GF CC   its cognate transfer RNA (tRNA). SepSecS catalyses the final
#=GF CC   step in the formation of the amino acid [3,4,5,6].  The early
#=GF CC   observation that autoantibodies isolated from patients with type
#=GF CC   I autoimmune hepatitis targeted a ribonucleoprotein complex
#=GF CC   containing tRNASec led to the identification and
#=GF CC   characterisation of the archaeal and the human SepSecS [2].
#=GF CC   SepSecS forms its own branch in the family of fold-type I
#=GF CC   pyridoxal phosphate (PLP) enzymes that goes back to the last
#=GF CC   universal common ancestor which explains why the archaeal
#=GF CC   sequences Swiss:Q8TXK0 and Swiss:Q8TYR3 are annotated as being
#=GF CC   pyridoxal phosphate-dependent enzymes.
#=GF SQ   531
#=GS D0P365_PHYIT/63-474       AC D0P365.1
#=GS A0A125YXH4_TOXGV/62-449   AC A0A125YXH4.1
#=GS F9WD19_TRYCI/61-171       AC F9WD19.1
#=GS A0A183PTN9_9TREM/7-98     AC A0A183PTN9.1
#=GS A0A087UQK2_9ARAC/60-457   AC A0A087UQK2.1
#=GS SPCS_METJA/57-434         AC Q58027.1
#=GS A0A0M9FWW0_9TRYP/265-442  AC A0A0M9FWW0.1
#=GS V9FZ63_PHYPR/61-472       AC V9FZ63.1
#=GS A0A0V1NWG6_9BILA/60-342   AC A0A0V1NWG6.1
#=GS A0A093HR89_GAVST/27-425   AC A0A093HR89.1
#=GS F0YCD2_AURAN/61-501       AC F0YCD2.1
#=GS A0A026WUD2_CERBI/61-459   AC A0A026WUD2.1
#=GS F1NHJ1_CHICK/24-422       AC F1NHJ1.2
#=GS A0A075ADS6_9TREM/202-399  AC A0A075ADS6.1
#=GS A0A091KSS1_9GRUI/1-278    AC A0A091KSS1.1
#=GS H3D183_TETNG/61-240       AC H3D183.1
#=GS W4YWN4_STRPU/69-405       AC W4YWN4.1
#=GS J9NRL3_CANLF/61-459       AC J9NRL3.1
#=GS M3YZ68_MUSPF/61-459       AC M3YZ68.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/1-75     AC A0A0R3U9M3.1
#=GS U6MXB9_9EIME/87-169       AC U6MXB9.1
#=GS A0A0V0WBK9_9BILA/312-465  AC A0A0V0WBK9.1
#=GS A0A0V0UYN7_9BILA/65-467   AC A0A0V0UYN7.1
#=GS A0A0V1ACD5_9BILA/337-504  AC A0A0V1ACD5.1
#=GS A0A061IWK3_TRYRA/229-511  AC A0A061IWK3.1
#=GS W2UKJ8_9FLAO/2-106        AC W2UKJ8.1
#=GS A0A151WTE9_9HYME/304-515  AC A0A151WTE9.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/255-338  AC A0A0R3X3W6.1
#=GS F2KT01_ARCVS/38-372       AC F2KT01.1
#=GS A0A183TG05_SCHSO/1-111    AC A0A183TG05.1
#=GS A0A0Q3PUT7_AMAAE/61-459   AC A0A0Q3PUT7.1
#=GS G3VY14_SARHA/61-459       AC G3VY14.1
#=GS A0A0F8CZW5_LARCR/1-134    AC A0A0F8CZW5.1
#=GS F6XQ07_XENTR/63-465       AC F6XQ07.1
#=GS Q4D135_TRYCC/225-523      AC Q4D135.1
#=GS T1KND2_TETUR/59-457       AC T1KND2.1
#=GS W4HC62_9STRA/62-464       AC W4HC62.1
#=GS A0A061IWK3_TRYRA/61-212   AC A0A061IWK3.1
#=GS A0A0V1MKE4_9BILA/62-462   AC A0A0V1MKE4.1
#=GS A0A0N1IGI4_LEPSE/61-169   AC A0A0N1IGI4.1
#=GS A0A183LCC0_9TREM/61-218   AC A0A183LCC0.1
#=GS A0A0S4KH93_BODSA/61-462   AC A0A0S4KH93.1
#=GS A0A152A322_9MYCE/61-469   AC A0A152A322.1
#=GS A8IYD3_CHLRE/62-474       AC A8IYD3.1
#=GS SPSS1_ARCFU/33-368        AC O30207.1
#=GS SPSS1_ARCFU/33-368        DR PDB; 2E7J B; 53-368;
#=GS SPSS1_ARCFU/33-368        DR PDB; 2E7I B; 53-368;
#=GS SPSS1_ARCFU/33-368        DR PDB; 2E7I A; 53-368;
#=GS SPSS1_ARCFU/33-368        DR PDB; 2E7J A; 53-368;
#=GS X6M2Q0_RETFI/3-336        AC X6M2Q0.1
#=GS M4A1Y8_XIPMA/61-459       AC M4A1Y8.1
#=GS A0A0M9FWW0_9TRYP/61-181   AC A0A0M9FWW0.1
#=GS K2MUX2_TRYCR/61-214       AC K2MUX2.1
#=GS A0A094LBM9_9AVES/30-373   AC A0A094LBM9.1
#=GS G1SUT9_RABIT/126-524      AC G1SUT9.2
#=GS A0A024UQK2_9STRA/62-464   AC A0A024UQK2.1
#=GS V8N432_OPHHA/11-72        AC V8N432.1
#=GS A0A0P9E813_9ARCH/63-391   AC A0A0P9E813.1
#=GS D1YWV7_METPS/44-380       AC D1YWV7.1
#=GS A0A0N4U935_DRAME/44-412   AC A0A0N4U935.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/66-234   AC A0A0R3X3W6.1
#=GS D2I455_AILME/61-459       AC D2I455.1
#=GS A0A0D8XQK0_DICVI/36-114   AC A0A0D8XQK0.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/61-237   AC A0A0D2NS52.1
#=GS G1P5S1_MYOLU/61-459       AC G1P5S1.1
#=GS G3UQ10_MELGA/34-432       AC G3UQ10.1
#=GS A0A091DDG8_FUKDA/61-459   AC A0A091DDG8.1
#=GS E1Z5M8_CHLVA/90-489       AC E1Z5M8.1
#=GS A0A091GSW0_BUCRH/32-430   AC A0A091GSW0.1
#=GS SPSS2_METBU/45-384        AC Q12W26.1
#=GS A0A095C2X8_SCHHA/224-524  AC A0A095C2X8.1
#=GS A0A183AV23_9TREM/14-123   AC A0A183AV23.1
#=GS W7JR84_PLAFO/67-439       AC W7JR84.1
#=GS A0A0V1ABP5_9BILA/60-344   AC A0A0V1ABP5.1
#=GS M7BZ80_CHEMY/311-397      AC M7BZ80.1
#=GS SPSS2_METB6/152-446       AC A7I9Z8.1
#=GS L5K6Q3_PTEAL/61-459       AC L5K6Q3.1
#=GS U6MXB9_9EIME/203-249      AC U6MXB9.1
#=GS A0A183E8R2_9BILA/307-400  AC A0A183E8R2.1
#=GS A0A091Q0N8_LEPDC/2-284    AC A0A091Q0N8.1
#=GS D2RFQ7_ARCPA/81-367       AC D2RFQ7.1
#=GS A0A150JAA0_9EURY/98-372   AC A0A150JAA0.1
#=GS A0A0C2CT48_9BILA/103-317  AC A0A0C2CT48.1
#=GS L9KG20_TUPCH/103-501      AC L9KG20.1
#=GS A0A0N4TMM8_BRUPA/48-446   AC A0A0N4TMM8.1
#=GS SPSS_METKA/72-385         AC Q8TYR3.1
#=GS G0N8B2_CAEBE/1-344        AC G0N8B2.1
#=GS B3LWG9_DROAN/61-461       AC B3LWG9.1
#=GS A7SVD0_NEMVE/61-465       AC A7SVD0.1
#=GS C5M1I5_PERM5/1-188        AC C5M1I5.1
#=GS SPCS_CAEBR/53-450         AC Q61JN8.1
#=GS A0A0C2CT48_9BILA/1-106    AC A0A0C2CT48.1
#=GS A0A101DVZ2_9EURY/86-376   AC A0A101DVZ2.1
#=GS A4H5S3_LEIBR/337-646      AC A4H5S3.1
#=GS F6YLP3_MOUSE/1-116        AC F6YLP3.1
#=GS L8GD45_ACACA/65-415       AC L8GD45.1
#=GS W7U6F9_9STRA/223-370      AC W7U6F9.1
#=GS A0A183TG06_SCHSO/3-92     AC A0A183TG06.1
#=GS A0A0L8FM85_OCTBM/61-457   AC A0A0L8FM85.1
#=GS V8N709_OPHHA/63-168       AC V8N709.1
#=GS A0A0B2VNM1_TOXCA/141-460  AC A0A0B2VNM1.1
#=GS A0A091S7P1_9GRUI/38-436   AC A0A091S7P1.1
#=GS H0ZGK2_TAEGU/24-422       AC H0ZGK2.1
#=GS A0A0B2VNM1_TOXCA/454-606  AC A0A0B2VNM1.1
#=GS H2PD16_PONAB/61-459       AC H2PD16.1
#=GS A0A093GV76_PICPB/27-425   AC A0A093GV76.1
#=GS SPSS1_METLZ/97-392        AC A2SQB8.1
#=GS SPSS2_ARCFU/95-382        AC O30056.1
#=GS A0A091NHZ5_9PASS/24-422   AC A0A091NHZ5.1
#=GS SPCS_METMP/58-436         AC Q6LZM9.1
#=GS SPCS_METMP/58-436         DR PDB; 2Z67 C; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436         DR PDB; 2Z67 A; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436         DR PDB; 2Z67 B; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436         DR PDB; 2Z67 D; 58-434;
#=GS E5SI57_TRISP/60-342       AC E5SI57.1
#=GS T1HM80_RHOPR/1-117        AC T1HM80.1
#=GS A0A0P1A4N1_9STRA/163-214  AC A0A0P1A4N1.1
#=GS C5KXA2_PERM5/1-144        AC C5KXA2.1
#=GS W2TKN9_NECAM/1-154        AC W2TKN9.1
#=GS X6LCX4_RETFI/1-102        AC X6LCX4.1
#=GS A4H5S3_LEIBR/116-222      AC A4H5S3.1
#=GS Q382M9_TRYB2/61-167       AC Q382M9.1
#=GS A0A147JVZ6_9EURY/59-395   AC A0A147JVZ6.1
#=GS B5DWF3_DROPS/61-461       AC B5DWF3.1
#=GS A5K0F0_PLAVS/65-421       AC A5K0F0.1
#=GS Q4Z3A7_PLABA/384-517      AC Q4Z3A7.1
#=GS A0A024W525_PLAFA/67-439   AC A0A024W525.1
#=GS A0A0L1KWD6_9EUGL/57-498   AC A0A0L1KWD6.1
#=GS A0A087QNR5_APTFO/30-428   AC A0A087QNR5.1
#=GS A0A0N1IGI4_LEPSE/259-587  AC A0A0N1IGI4.1
#=GS Q382M9_TRYB2/235-540      AC Q382M9.1
#=GS A0A078AE47_STYLE/29-438   AC A0A078AE47.1
#=GS A0A024VXB0_PLAFA/67-439   AC A0A024VXB0.1
#=GS A0A091JFH3_9AVES/29-427   AC A0A091JFH3.1
#=GS A0A158QE85_HYMDI/251-579  AC A0A158QE85.1
#=GS F6UI72_XENTR/74-452       AC F6UI72.1
#=GS SPSS_METMA/45-381         AC Q8PVS9.1
#=GS SPSS_METAC/45-381         AC Q8TSS3.1
#=GS S7NCN7_MYOBR/61-131       AC S7NCN7.1
#=GS B2GV97_RAT/61-459         AC B2GV97.1
#=GS SPSS2_METHJ/133-446       AC Q2FTY4.1
#=GS A0A135VPF9_9ARCH/62-438   AC A0A135VPF9.1
#=GS A0A044SVS8_ONCVO/51-449   AC A0A044SVS8.1
#=GS A0A091M9L7_CARIC/30-428   AC A0A091M9L7.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/66-234   AC A0A0R3W7F5.1
#=GS A0A067CXP0_SAPPC/62-323   AC A0A067CXP0.1
#=GS E2A6V2_CAMFO/61-459       AC E2A6V2.1
#=GS A0A183WV30_TRIRE/29-112   AC A0A183WV30.1
#=GS A0A0D2UPI5_CAPO3/63-461   AC A0A0D2UPI5.1
#=GS K4MDY0_9EURY/45-381       AC K4MDY0.1
#=GS SPSS1_METHJ/126-389       AC Q2FLN5.1
#=GS A0A0Q1AFG2_9EURY/98-392   AC A0A0Q1AFG2.1
#=GS D7E9E2_METEZ/45-381       AC D7E9E2.1
#=GS F7FAU8_CALJA/61-459       AC F7FAU8.1
#=GS A0A183P5W7_9TREM/61-131   AC A0A183P5W7.1
#=GS A0A0V0WBL0_9BILA/57-455   AC A0A0V0WBL0.1
#=GS H3ENV5_PRIPA/1-52         AC H3ENV5.1
#=GS F6Q7N6_HORSE/61-459       AC F6Q7N6.1
#=GS D7DS07_METV3/58-177       AC D7DS07.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/260-353  AC A0A0R3W7F5.1
#=GS Q4XWE5_PLACH/28-408       AC Q4XWE5.1
#=GS V4AS80_LOTGI/61-457       AC V4AS80.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/385-470  AC A0A0D2NS52.1
#=GS F4PUC7_DICFS/61-483       AC F4PUC7.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/249-460  AC A0A0R3U9M3.1
#=GS E3N792_CAERE/95-492       AC E3N792.1
#=GS F2UHQ7_SALR5/6-189        AC F2UHQ7.1
#=GS A0A0N4VV69_HAEPC/15-109   AC A0A0N4VV69.1
#=GS S7NCN7_MYOBR/126-406      AC S7NCN7.1
#=GS A0A0N8WA67_9EURY/144-456  AC A0A0N8WA67.1
#=GS W5K4P0_ASTMX/61-459       AC W5K4P0.1
#=GS G3I841_CRIGR/1-372        AC G3I841.1
#=GS D8UCG3_VOLCA/61-471       AC D8UCG3.1
#=GS G1NIM0_MELGA/28-426       AC G1NIM0.2
#=GS I1GBC6_AMPQE/61-457       AC I1GBC6.1
#=GS A0A091T6W2_NESNO/30-428   AC A0A091T6W2.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/355-554  AC A0A0R3X3W6.1
#=GS Q7QAU9_ANOGA/62-471       AC Q7QAU9.4
#=GS A0A067RNI3_ZOONE/61-459   AC A0A067RNI3.1
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