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Database: Pfam
Entry: CLN3
LinkDB: CLN3
Original site: CLN3 
#=GF ID   CLN3
#=GF AC   PF02487.16
#=GF DE   CLN3 protein
#=GF AU   Mian N, Bateman A
#=GF SE   Pfam-B_1060 (release 5.4)
#=GF GA   31.00 31.00;
#=GF TC   34.60 31.40;
#=GF NC   30.70 30.10;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 26740544 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   9490299
#=GF RT   Molecular screening of Batten disease: identification of a
#=GF RT   missense mutation (E295K) in the CLN3 gene. 
#=GF RA   Zhong N, Wisniewski KE, Kaczmarski AL, Ju W, Xu WM, Xu WW,
#=GF RA   Mclendon L, Liu B, Kaczmarski W, Sklower Brooks SS, Brown WT; 
#=GF RL   Hum Genet 1998;102:57-62.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   16291725
#=GF RT   btn1, the Schizosaccharomyces pombe homologue of the human
#=GF RT   Batten disease gene CLN3, regulates vacuole homeostasis.
#=GF RA   Gachet Y, Codlin S, Hyams JS, Mole SE;
#=GF RL   J Cell Sci. 2005;118:5525-5536.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   22261744
#=GF RT   Neuronal ceroid lipofuscinosis protein CLN3 interacts with motor
#=GF RT   proteins and modifies location of late endosomal compartments.
#=GF RA   Uusi-Rauva K, Kyttala A, van der Kant R, Vesa J, Tanhuanpaa K,
#=GF RA   Neefjes J, Olkkonen VM, Jalanko A;
#=GF RL   Cell Mol Life Sci. 2012;69:2075-2089.
#=GF DR   INTERPRO; IPR003492;
#=GF CC   This is a family of proteins from the CLN3 gene. A mis-sense
#=GF CC   mutation of glutamic acid (E) to lysine (K) at position 295 in
#=GF CC   the human protein (Swiss:Q13286) has been implicated in Juvenile
#=GF CC   neuronal ceroid lipofuscinosis (Batten disease) [1]. Batten
#=GF CC   disease is characterised by the accumulation of autofluorescent
#=GF CC   material in the lysosomes of most cells. Members of this family
#=GF CC   are transmembrane proteins functional in pre-vacuolar
#=GF CC   compartments. The protein in Sch.pombe is found to be localised
#=GF CC   to the vacuolar membrane, and a lack of functional protein
#=GF CC   clearly affects the size and pH of the vacuole. Thus the protein
#=GF CC   is necessary for vacuolar homeostasis [2]. It is important for
#=GF CC   localisation of late endosomal/lysosomal compartments, and it
#=GF CC   interacts with motor components driving both plus and minus end
#=GF CC   microtubular trafficking: tubulin, dynactin, dynein and
#=GF CC   kinesin-2 [3].
#=GF SQ   1008
#=GS A0A0B1SER6_OESDE/3-200      AC A0A0B1SER6.1
#=GS C5KHF3_PERM5/53-255         AC C5KHF3.1
#=GS J4WCW2_BEAB2/25-412         AC J4WCW2.1
#=GS S8BIH4_DACHA/46-445         AC S8BIH4.1
#=GS A0A0F4X803_HANUV/7-196      AC A0A0F4X803.1
#=GS S3C7L9_OPHP1/42-463         AC S3C7L9.1
#=GS E3QQA1_COLGM/42-448         AC E3QQA1.1
#=GS G0RPA4_HYPJQ/29-429         AC G0RPA4.1
#=GS W4XUZ0_STRPU/120-214        AC W4XUZ0.1
#=GS W6KWC6_9TRYP/38-504         AC W6KWC6.1
#=GS I4YGF0_WALMC/18-200         AC I4YGF0.1
#=GS A2QCT0_ASPNC/41-439         AC A2QCT0.1
#=GS A0A074S6Y0_9HOMO/32-460     AC A0A074S6Y0.1
#=GS A0A0M9EXW7_9HYPO/18-393     AC A0A0M9EXW7.1
#=GS U6NKQ3_HAECO/16-434         AC U6NKQ3.1
#=GS U6P6I1_HAECO/34-461         AC U6P6I1.1
#=GS A0A0N4XX06_NIPBR/1-203      AC A0A0N4XX06.1
#=GS K1PV41_CRAGI/150-306        AC K1PV41.1
#=GS L8GNX5_ACACA/19-435         AC L8GNX5.1
#=GS A0A183FQI1_HELBK/1-161      AC A0A183FQI1.1
#=GS F6YSX9_MACMU/39-79          AC F6YSX9.1
#=GS A0A158NZR4_ATTCE/30-244     AC A0A158NZR4.1
#=GS A0A0K8LFM1_9EURO/43-433     AC A0A0K8LFM1.1
#=GS C5LYT3_PERM5/1-153          AC C5LYT3.1
#=GS A2ERW0_TRIVA/193-378        AC A2ERW0.1
#=GS A0A183N8I5_9TREM/3-82       AC A0A183N8I5.1
#=GS A0A137Q9Y1_9AGAR/210-439    AC A0A137Q9Y1.1
#=GS A4HT21_LEIIN/75-519         AC A4HT21.2
#=GS A0A0L9SV55_9HYPO/77-468     AC A0A0L9SV55.1
#=GS M2TIX1_COCSN/29-437         AC M2TIX1.1
#=GS L9KV92_TUPCH/39-437         AC L9KV92.1
#=GS S9TXZ5_9TRYP/1-429          AC S9TXZ5.1
#=GS A0A0K0CSU5_ANGCA/215-296    AC A0A0K0CSU5.1
#=GS A0A120E8I1_9BASI/28-495     AC A0A120E8I1.1
#=GS I1R9V6_GIBZE/18-393         AC I1R9V6.1
#=GS A0A0H5C0H9_CYBJA/177-365    AC A0A0H5C0H9.1
#=GS A0A0D0CYB5_9AGAR/66-460     AC A0A0D0CYB5.1
#=GS E3QLM1_COLGM/24-403         AC E3QLM1.1
#=GS T1FVL2_HELRO/122-433        AC T1FVL2.1
#=GS A0A0L6WVE3_9AGAR/331-511    AC A0A0L6WVE3.1
#=GS K2MP92_TRYCR/3-274          AC K2MP92.1
#=GS A0A0P7U4Y5_9TELE/30-416     AC A0A0P7U4Y5.1
#=GS H2MRZ3_ORYLA/1-397          AC H2MRZ3.1
#=GS K7HRP7_CAEJA/161-246        AC K7HRP7.1
#=GS A0A0L0DTU0_THETB/43-315     AC A0A0L0DTU0.1
#=GS U1MPN3_ASCSU/12-344         AC U1MPN3.1
#=GS A0A158QEQ2_HYMDI/303-421    AC A0A158QEQ2.1
#=GS T1HTH0_RHOPR/167-564        AC T1HTH0.1
#=GS A0A016X100_9BILA/37-445     AC A0A016X100.1
#=GS M7WV93_RHOT1/25-469         AC M7WV93.1
#=GS A0A0G2J7D4_9EURO/42-462     AC A0A0G2J7D4.1
#=GS W5NYE1_SHEEP/39-437         AC W5NYE1.1
#=GS U6NQY0_HAECO/16-425         AC U6NQY0.1
#=GS BTN1_USTMA/65-533           AC Q4P4U7.2
#=GS A0A158R0L1_NIPBR/16-476     AC A0A158R0L1.1
#=GS A0A165UJN1_9HOMO/62-473     AC A0A165UJN1.1
#=GS F7GNH7_CALJA/39-274         AC F7GNH7.1
#=GS N1JCT0_BLUG1/41-461         AC N1JCT0.1
#=GS A0A0A1TLS4_9HYPO/41-424     AC A0A0A1TLS4.1
#=GS S9YE89_CAMFR/39-388         AC S9YE89.1
#=GS A0A166I4V6_9HOMO/45-453     AC A0A166I4V6.1
#=GS A0A0N4V8X0_ENTVE/15-457     AC A0A0N4V8X0.1
#=GS A0A0G4ISJ2_PLABS/21-215     AC A0A0G4ISJ2.1
#=GS A0A0N7L7E8_9STRA/15-392     AC A0A0N7L7E8.1
#=GS A0A183CNL6_GLOPA/146-199    AC A0A183CNL6.1
#=GS K3WDH7_PYTUL/16-401         AC K3WDH7.1
#=GS Q16UH7_AEDAE/40-442         AC Q16UH7.1
#=GS B4HKX1_DROSE/1-188          AC B4HKX1.1
#=GS CLN3_CANLF/39-437           AC Q29611.1
#=GS Q2TA70_HUMAN/1-359          AC Q2TA70.1
#=GS A0A0F7TFG9_9EURO/43-454     AC A0A0F7TFG9.1
#=GS C5E360_LACTC/9-390          AC C5E360.1
#=GS A0A0C2FVU5_9BILA/1-107      AC A0A0C2FVU5.1
#=GS A0A094D8D3_9PEZI/29-424     AC A0A094D8D3.1
#=GS E3KTT4_PUCGT/76-476         AC E3KTT4.1
#=GS T0L0T0_COLGC/16-366         AC T0L0T0.1
#=GS A0A0L0NC09_9HYPO/77-476     AC A0A0L0NC09.1
#=GS F6YTF2_MACMU/11-319         AC F6YTF2.1
#=GS A0A016U5U7_9BILA/231-648    AC A0A016U5U7.1
#=GS A0A087YNU4_POEFO/38-433     AC A0A087YNU4.1
#=GS F7BZW3_XENTR/132-332        AC F7BZW3.1
#=GS H3BR84_HUMAN/35-175         AC H3BR84.1
#=GS A0A183CTP8_GLOPA/1-83       AC A0A183CTP8.1
#=GS X0JQ48_FUSOX/42-439         AC X0JQ48.1
#=GS M3ZSK2_XIPMA/32-283         AC M3ZSK2.1
#=GS A0A135TU42_9PEZI/22-394     AC A0A135TU42.1
#=GS A0A084QTG4_9HYPO/21-405     AC A0A084QTG4.1
#=GS X6P277_RETFI/19-182         AC X6P277.1
#=GS A0A067P0H5_PLEOS/43-469     AC A0A067P0H5.1
#=GS A0A010RXP8_9PEZI/42-439     AC A0A010RXP8.1
#=GS F7VQ33_SORMK/42-450         AC F7VQ33.1
#=GS A0A0A2L1I1_PENIT/43-444     AC A0A0A2L1I1.1
#=GS G9NNH7_HYPAI/25-407         AC G9NNH7.1
#=GS D6W6J6_TRICA/25-222         AC D6W6J6.2
#=GS A3GFZ9_PICST/13-391         AC A3GFZ9.2
#=GS F6TI76_HUMAN/71-284         AC F6TI76.1
#=GS W9WXN7_9EURO/33-432         AC W9WXN7.1
#=GS Q5U392_DANRE/26-446         AC Q5U392.1
#=GS C5KMH5_PERM5/4-171          AC C5KMH5.1
#=GS A0A061IWN3_TRYRA/23-538     AC A0A061IWN3.1
#=GS A0A094H3H7_9PEZI/102-497    AC A0A094H3H7.1
#=GS A0A0J9WGW8_FUSO4/21-396     AC A0A0J9WGW8.1
#=GS G7X578_ASPKW/32-425         AC G7X578.1
#=GS A0A0C2GCV9_9BILA/1-69       AC A0A0C2GCV9.1
#=GS B6K0Z8_SCHJY/13-391         AC B6K0Z8.1
#=GS A0A0L0CK96_LUCCU/220-405    AC A0A0L0CK96.1
#=GS A0A0P1BMG2_9BASI/39-484     AC A0A0P1BMG2.1
#=GS B8ML54_TALSN/46-451         AC B8ML54.1
#=GS A7RG15_NEMVE/20-156         AC A7RG15.1
#=GS K3W185_FUSPC/18-393         AC K3W185.1
#=GS A0A0D9SF04_HUMAN/39-81      AC A0A0D9SF04.1
#=GS A0A0C2GMC9_9BILA/42-125     AC A0A0C2GMC9.1
#=GS N4UFG7_FUSC1/42-439         AC N4UFG7.1
#=GS A0A158R6H1_TAEAS/383-540    AC A0A158R6H1.1
#=GS BTN1_SCHPO/14-384           AC Q9US09.1
#=GS A7TMP2_VANPO/12-409         AC A7TMP2.1
#=GS A0A0C2GK60_9BILA/4-128      AC A0A0C2GK60.1
#=GS A0A0C3KNN5_PISTI/75-492     AC A0A0C3KNN5.1
#=GS A0A0S6XFE8_9FUNG/32-435     AC A0A0S6XFE8.1
#=GS A0A0C4EAS0_MAGP6/41-474     AC A0A0C4EAS0.1
#=GS A6R2E1_AJECN/229-630        AC A6R2E1.1
#=GS A0A094ZEG6_SCHHA/1-376      AC A0A094ZEG6.1
#=GS A0A183BWU8_GLOPA/16-158     AC A0A183BWU8.1
#=GS A0A0Q9XD36_DROMO/61-266     AC A0A0Q9XD36.1
#=GS A0A0C2D7X7_9BILA/1-136      AC A0A0C2D7X7.1
#=GS D6W6J6_TRICA/201-390        AC D6W6J6.2
#=GS F6REH1_ORNAN/39-432         AC F6REH1.2
#=GS Q0CYN3_ASPTN/280-422        AC Q0CYN3.1
#=GS W2SXU8_NECAM/1-173          AC W2SXU8.1
#=GS A0A0F0HYC1_ASPPU/1-336      AC A0A0F0HYC1.1
#=GS BTN1_GIBZE/42-438           AC Q4HX89.2
#=GS A0A0R3P8R6_DROPS/228-413    AC A0A0R3P8R6.1
#=GS A0A158QRN3_HAEPC/1-402      AC A0A158QRN3.1
#=GS B6QGY8_TALMQ/58-468         AC B6QGY8.1
#=GS A0A0F9XXT7_TRIHA/25-407     AC A0A0F9XXT7.1
#=GS B3M3V6_DROAN/226-413        AC B3M3V6.1
#=GS A0A0C2FJA7_9BILA/1-82       AC A0A0C2FJA7.1
#=GS A0A0S7DUI4_9EURO/44-443     AC A0A0S7DUI4.1
#=GS A0A078B0A8_STYLE/431-851    AC A0A078B0A8.1
#=GS A0A183FQI0_HELBK/2-138      AC A0A183FQI0.1
#=GS C4A0I4_BRAFL/218-336        AC C4A0I4.1
#=GS A0A135U518_9PEZI/150-349    AC A0A135U518.1
#=GS A7RSH3_NEMVE/20-208         AC A7RSH3.1
#=GS A0A0D0APC6_9HOMO/34-447     AC A0A0D0APC6.1
#=GS N1QAL5_PSEFD/32-435         AC N1QAL5.1
#=GS A0A0M9EPV9_9HYPO/42-438     AC A0A0M9EPV9.1
#=GS A7T389_NEMVE/1-110          AC A7T389.1
#=GS A0A0D7AEG4_9AGAR/8-446      AC A0A0D7AEG4.1
#=GS B4HKX1_DROSE/173-359        AC B4HKX1.1
#=GS A0A158RBG6_THECL/3-445      AC A0A158RBG6.1
#=GS A0A095D332_CRYGR/60-514     AC A0A095D332.1
#=GS B4N4N0_DROWI/41-243         AC B4N4N0.1
#=GS A7SE53_NEMVE/161-351        AC A7SE53.1
#=GS A0A0K0DKI2_ANGCA/5-167      AC A0A0K0DKI2.1
#=GS F6YTI2_MACMU/281-419        AC F6YTI2.1
#=GS A0A081CJD0_PSEA2/147-624    AC A0A081CJD0.1
#=GS A7SV41_NEMVE/15-219         AC A7SV41.1
#=GS A0A0R3TA40_HYMNN/17-382     AC A0A0R3TA40.1
#=GS W4JUY9_9HOMO/14-437         AC W4JUY9.1
#=GS G5ECU8_CAEEL/16-433         AC G5ECU8.1
#=GS G3NPE6_GASAC/6-426          AC G3NPE6.1
#=GS A0A183I0E8_9BILA/29-368     AC A0A183I0E8.1
#=GS S0E0C6_GIBF5/42-439         AC S0E0C6.1
#=GS A0A0F4Z943_9PEZI/42-414     AC A0A0F4Z943.1
#=GS F7BZW3_XENTR/1-121          AC F7BZW3.1
#=GS A0A165K918_EXIGL/41-460     AC A0A165K918.1
#=GS A0A0L0DTU0_THETB/312-433    AC A0A0L0DTU0.1
#=GS A0A0U1M1K6_9EURO/33-428     AC A0A0U1M1K6.1
#=GS A0A0L0CK96_LUCCU/435-635    AC A0A0L0CK96.1
#=GS A0A0Q9XD36_DROMO/251-436    AC A0A0Q9XD36.1
#=GS V6LJ97_9EUKA/15-404         AC V6LJ97.1
#=GS T5A7I8_OPHSC/43-458         AC T5A7I8.1
#=GS A0A0N0P2N3_LEPSE/361-531    AC A0A0N0P2N3.1
#=GS A0A0W7VFJ0_9HYPO/25-407     AC A0A0W7VFJ0.1
#=GS A0A0N4UQ98_DRAME/1-453      AC A0A0N4UQ98.1
#=GS H2WXQ7_CAEJA/1-260          AC H2WXQ7.2
#=GS W7I653_9PEZI/36-431         AC W7I653.1
#=GS A0A161WM07_9PEZI/23-400     AC A0A161WM07.1
#=GS H9GAZ3_ANOCA/42-445         AC H9GAZ3.1
#=GS A0A0B4GDW7_9HYPO/24-325     AC A0A0B4GDW7.1
#=GS E4UQI6_ARTGP/32-456         AC E4UQI6.1
#=GS A0A059LH82_9CHLO/17-424     AC A0A059LH82.1
#=GS T0JV92_COLGC/20-395         AC T0JV92.1
#=GS M7UJJ3_BOTF1/42-439         AC M7UJJ3.1
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