GenomeNet

Database: Pfam
Entry: Flavi_DEAD
LinkDB: Flavi_DEAD
Original site: Flavi_DEAD 
#=GF ID   Flavi_DEAD
#=GF AC   PF07652.13
#=GF DE   Flavivirus DEAD domain 
#=GF AU   Finn RD
#=GF SE   Pfam-B_199 (release 3.0)
#=GF GA   20.70 20.70;
#=GF TC   20.70 20.70;
#=GF NC   20.60 20.60;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 26740544 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF DR   INTERPRO; IPR011492;
#=GF SQ   15
#=GS A0A164NVM4_9CRUS/498-587  AC A0A164NVM4.1
#=GS W9T028_9PSED/35-99        AC W9T028.1
#=GS A0A059LHH8_9CHLO/287-428  AC A0A059LHH8.1
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       AC P27958.3
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       DR PDB; 1A1V A; 254-336;
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       DR PDB; 1JR6 A; 1-10;
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       DR PDB; 1HEI A; 254-336;
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       DR PDB; 1ONB A; 1-10;
#=GS POLG_HCVH/1280-1362       DR PDB; 1HEI B; 262-336;
#=GS POLG_DEN1W/1659-1806      AC P17763.2
#=GS POLG_DEN1W/1659-1806      DR PDB; 4LCY J; 1-9;
#=GS A0A147EKN7_9SPHN/25-171   AC A0A147EKN7.1
#=GS POLG_YEFV1/1672-1819      AC P03314.1
#=GS POLG_YEFV1/1672-1819      DR PDB; 1YKS A; 188-335;
#=GS POLG_YEFV1/1672-1819      DR PDB; 5FFM A; 188-335;
#=GS A0A0J8B0V1_BETVU/12-127   AC A0A0J8B0V1.1
#=GS A0A0K1RD34_9CORY/23-134   AC A0A0K1RD34.1
#=GS W5X1V6_BDEBC/18-161       AC W5X1V6.1
#=GS POLG_ZIKV/1682-1829       AC Q32ZE1.1
#=GS POLG_ZIKV/1682-1829       DR PDB; 5JRZ A; 184-331;
#=GS POLG_BVDVN/1895-2043      AC P19711.2
#=GS O41892_PEGIA/1159-1296    AC O41892.1
#=GS U6PZY9_HAECO/191-305      AC U6PZY9.1
#=GS K0CDN4_ALCDB/25-167       AC K0CDN4.1
A0A164NVM4_9CRUS/498-587             ............................................pnvafvgtgf------------..---------..----.........-..--..-..-..-...-..-..--..--.-..-..-....-....---........-.......-.......-....-....-....-....-.....-......-.......-.......-...-....-......---.....-.....-........-...-.....-...-...-...KKT.RK.AIVE...........V....MC.H.A..TL..ANRWL.....K....-V.....RK.DRYENYLIDESH....F..G.DP.A.....S.....I.A..MR.RA.VD..E.Q....V.M.N.N.Q..A.S.V.AFITAT.PPDRKGGKL----gsnf...............................................................................................
W9T028_9PSED/35-99                   .................................................ltahd-----SVVLQAQ..PGAGKTARV..SLAL.........V..NE..A..W..L...N..G..QS..IL.M..L..Q....P....RRV........A.......A.......R....A....A....A....E.....R......M.......-.......-...-....-......---.....-.....-........-...-.....-...-...-...---.--.----...........-....--.-.-..--..-----.....-....--.....--.------------....-..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------aselgekvgdti.......................................................................................
A0A059LHH8_9CHLO/287-428             .....................................................v-RENQIVVVVGE..TGSGKTTQM..TQYL.........V..ES..G..L..A...R..R..GC..VA.C..T..Q....P....RRV........A.......A.......M....S....V....A....A.....R......V......aE.......E...M....G......VEL.....G.....R........E...VgysirF...E...D...VTS.ED.TIIK...........Y....MT.D.G..VL..LRETM.....V....DA.....EL.DRYAAVIMDEAH....-..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------erslntdvlfgvlrrvvarrrdfrlvvtsat....................................................................
POLG_HCVH/1280-1362                  .........................................tgvrtittgspit------------..---------..----.........-..--..-..-..-...-..-..--..--.-..-..-....-....---........-.......-.......-....-....-....-....-.....-......-.......-.......-...-....-......---.....-.....-........-...-.....-...-...-...---.--.----...........-....--.Y.S..TY..GKFLA.....D...aGC.....SG.GAYDIIICDECH....S..T.DA.T.....S.....I.S..GI.GT.VL..D.Q....A.E.T.A.G..A.RlV.VLATAT.PPGSV--------tvshpni............................................................................................
#=GR POLG_HCVH/1280-1362       SS    .........................................ETTEEEXX--SEE------------..---------..----.........-..--..-..-..-...-..-..--..--.-..-..-....-....---........-.......-.......-....-....-....-....-.....-......-.......-.......-...-....-......---.....-.....-........-...-.....-...-...-...---.--.----...........-....--.E.E..EH..HHHHH.....T...TSC.....GS.SS-SEEEEETTT....-..-.SH.H.....H.....H.H..HH.HH.HH..H.H....T.T.T.T.T..-.SEE.EEEESS.-TT----------S---TTE............................................................................................
POLG_DEN1W/1659-1806                 ......................................................FRKRNLTIMDLH..PGSGKTRRY..LPAI.........V..RE..A..I..R...R..N..VR..TL.V..L..A....P....TRV........V.......A.......S....E....M....A....E.....A......L.......K.......G...M....P......IRY.....Q.....T........T...A.....V...K...S...EHT.GK.EIVD...........L....MC.H.A..TF..TMRLL.....S....PV.....RV.PNYNMIIMDEAH....F..T.DP.A.....S.....I.A..AR.GY.IS..T.R....V.G.M.G.E..A.A.A.IFMTAT.PPGSVEAFPQSNA...................................................................................................
#=GR POLG_DEN1W/1659-1806      SS    ......................................................XXXXXXXXXXXX..XXXXXXXXX..XXXX.........X..XX..X..X..X...X..X..XX..XX.X..X..X....X....XXX........X.......X.......X....X....X....X....X.....X......X.......X.......X...X....X......XXX.....X.....X........X...X.....X...X...X...XXX.XX.XXXX...........X....XX.X.X..X-..---S-.....-....--.....XX.XXXXXXXXXXXX....X..X.XX.X.....X.....X.X..XX.XX.XX..X.X....X.X.X.X.X..X.X.X.XXXXXX.XXXXXXXXXXXXX...................................................................................................
A0A147EKN7_9SPHN/25-171              ................................................ldrega------AVLIAP..PGAGKTTAV..APAL.........L..NR..D..W..C...T..G..-T..VI.L..L..S....P....RRV........A.......Ara...aaE....R....M....A....E.....T......Lg....ekA.......G...E....T......IGY.....L.....T........R...L.....D...-...S...RRS.GR.TRVL...........V....MT.E.A..IF..VATIL.....D....DP.....EL.AGVSAILFDEAH....-..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------erhldsdlglalaiecrevlrpdlrlcvmsatidgtr..............................................................
POLG_YEFV1/1672-1819                 .....................................................l-KKGMTTVLDFH..PGAGKTRRF..LPQI.........L..AE..C..A..R...R..R..LR..TL.V..L..A....P....TRV........V.......L.......S....E....M....K....E.....A......F.......H.......G...L....D......VKF.....H.....T........Q...A.....F...S...A...HGS.GR.EVID...........A....MC.H.A..TL..TYRML.....E....PT.....RV.VNWEVIIMDEAH....F..L.DP.A.....S.....I.A..AR.GW.AA..H.R....A.R.A.N.E..S.A.T.ILMTAT.PPGTSDEFPHSN-g..................................................................................................
#=GR POLG_YEFV1/1672-1819      SS    .....................................................T-STT-EEEE---..TTSSTTTTH..HHHH.........H..HH..H..H..H...C..T..--..EE.E..E..E....S....SHH........H.......H.......H....H....H....H....H.....H......T.......T.......T...S....-......EEE.....-.....S........S...-.....-...-...-...---.SS.--EE...........E....EE.H.H..HH..HHHHT.....S....SS.....--.---SEEEECTTT....-..-.SH.H.....H.....H.H..HH.HH.HH..H.H....H.H.T.T.S..-.E.E.EEE-SS.-TT---SS---S-S..................................................................................................
A0A0J8B0V1_BETVU/12-127              ............................................ivgctqprrv------------..---------..----.........-..--..-..-..-...-..-..--..-A.A..M..S....V....AKR........V.......S.......E....E....M....E....T.....D......L.......G.......D...-....K......VGY.....A.....I........R...F.....E...-...D...VTG.PN.TIIK...........Y....MT.D.G..VL..LRETL.....K....DA.....EL.EKYRVIVMDEAH....E..R.SL.S.....T.....D.V..LF.GI.LK..K.V....V.ArR.R.D..F.K.L.IVTSAT.-------------lnaqkfsd...........................................................................................
A0A0K1RD34_9CORY/23-134              ..................................................agpl-------VVEAP..PGTGKTT-L..IPPA.........V..AN..A..-..-...-..H..GK..TL.V..T..A....P....RRV........A.......V.......R....A....A....F....R.....R......L.......S.......L...L....D......APS.....L.....S.......gY...A.....I...R...G...EAK.RG.ELVE...........F....VT.P.G..VL..LNRLL.....K....DP.....EL.HGVNAVILDEVH....-..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------erqldtdlalamc......................................................................................
W5X1V6_BDEBC/18-161                  ....................................................la--KSPNIVLTAA..PGAGKTTRL..PPFL.........L..KH..C..Q..K...-..-..-K..VV.V..L..E....P....RRM........A.......AvaathriA....E....E....N....N.....W......Q.......V.......G...N....E......VGY.....T.....V........R...F.....A...N...E...SSA.ET.RLI-...........F....MT.E.A..LF..ARKLL.....E....DS.....EL.SDIDIIVLDEFH....E..R.SL.T.....V.....D.I..CL.GL.IR..E.L....Q.E.L.G.H.pV.K.L.VVMSAT.-------------lnaak..............................................................................................
POLG_ZIKV/1682-1829                  .....................................................l-KKKQLTVLDLH..PGAGKTRRV..LPEI.........V..RE..A..I..K...K..R..LR..TV.I..L..A....P....TRV........V.......A.......A....E....M....E....E.....A......L.......R.......G...L....P......VRY.....M.....T........T...A.....V...N...V...THS.GT.EIVD...........L....MC.H.A..TF..TSRLL.....Q....PI.....RV.PNYNLNIMDEAH....F..T.DP.S.....S.....I.A..AR.GY.IS..T.R....V.E.M.G.E..A.A.A.IFMTAT.PPGTRDAFPDSNS...................................................................................................
#=GR POLG_ZIKV/1682-1829       SS    .....................................................G-STT-EEEEE--..TTS-TTTTH..HHHH.........H..HH..H..H..H...T..T..--..EE.E..E..E....S....SHH........H.......H.......H....H....H....H....H.....H......T.......T.......T...S....-......EEE.....-.....S........T...T.....-...-...-...---.S-.--EE...........E....EE.H.H..HH..HHHHH.....S....SS.....--.---SEEEEESTT....-..-.SH.H.....H.....H.H..HH.HH.HH..H.H....H.H.T.T.S..-.E.E.EEEESS.-TT---SS---SS...................................................................................................
POLG_BVDVN/1895-2043                 ....................................................mn--RGDFKQITLA..TGAGKTTE-..LPKA.........V..IE..E..I..G...R..H..KR..VL.V..L..I....P....LRA........A.......A.......E....S....V....Y....Q.....Y......M.......R.......L...K....H......PSI.....S.....F........N...L.....R...I...G...DMK.EG.DMAT...........G....IT.Y.A..SY..GYFCQ.....M....PQpklraAM.VEYSYIFLDEYH....C..A.TP.E.....Q.....L.A..II.GK.IH..R.F....S.E.S.I.-..-.R.V.VAMTAT.PAGSVT-------ttgqkh.............................................................................................
O41892_PEGIA/1159-1296               .................................................lylpt------------..-GSGKSTRI..PA--.........-..-E..Y..A..K...A..G..HK..VL.V..L..N....P....SIA........T.......V.......R....A....M....G....P.....Y......M.......E.......K...L....T......GQH.....P.....S........V...Y.....C...G...Hd.tTAY.SR.TTQS...........N....LT.Y.C..TY..GRFMA.....N....PR.....KYlRGHDVVICDECH....S..T.DG.V.....S.....V.L..GM.GR.AR..L.L....A.K.E.C.R..V.R.LlLFATAT.PPGA---------pmaahdn............................................................................................
U6PZY9_HAECO/191-305                 ...................................................vss----HVTYVLAH..SGAGKTRKV..AVNM.........A..RE..A..L..K...E..K..KK..VL.I..T..V....P....TNV........I.......A.......T....Q....L....M....E.....V......L.......Y.......E...N....K......VYA.....R.....S........L...T.....F...E...ArpvHRR.VG.ALVA...........V....IT.H.G..HL..THRLI.....N...ePR.....YL.DRYGIVVVDEAH....V..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------kqfetm.............................................................................................
K0CDN4_ALCDB/25-167                  ................................................lrqhgg------AVLEAP..PGAGKSTRV..PLAL.........L..DA..D..W..R...Q..E..RR..IL.M..L..E....P....RRV........A.......A.......R....S....V....A....Ty...mA......L.......Qlg..epvG...Q....R......IGY.....R.....T........R...L.....D...-...S...RAG.KD.TVIE...........V....VT.E.G..VL..TRMLH.....E....DP.....AL.ERYAAVLFDEFH....-..-.--.-.....-.....-.-..--.--.--..-.-....-.-.-.-.-..-.-.-.------.-------------erslqadlglalvqevrqalredlrllvmsat...................................................................
#=GC SS_cons                         .........................................ETTEEE....SEC-STT-EEEEE--..TTSSTTTTH..HHHH.........H..HH..H..H..H...C..T..--..EE.E..E..E....S....SHH........H.......H.......H....H....H....H....H.....H......T.......T.......T...S....-......EEE.....-.....S........T...T.....-...-...-...---.SS.--EE...........E....EE.H.H..HH..HHHHH.....S...TSS.....GS.SS-SEEEEETTT....-..-.SH.H.....H.....H.H..HH.HH.HH..H.H....H.H.T.T.S..-.EEE.EEEESS.-TT---SS---SSS...TTE............................................................................................
#=GC seq_cons                        .....................................................s......hll.h...sGuGKTpch...s.h.........l..tc..s..h..t...p..t..h+..sl.l..L..t....P....pRV........s.......A.......p....p....h....t....p.....t......h.......t.......t........p......lth.....h.....s........p...h.....h.......s...pts.tp.pllp...........h....hT.c.u..sh..spchl.....p....ss.....cl.spYshllhDEsH.......h.s...................hh.th.h.......................t.h.hhhoAT..............tpthp..............................................................................................
//
DBGET integrated database retrieval system