#=GF ID Gag_spuma
#=GF AC PF03276.9
#=GF DE Spumavirus gag protein
#=GF AU Mifsud W
#=GF SE Pfam-B_1878 (release 6.5)
#=GF GA 19.60 19.60;
#=GF TC 19.90 19.90;
#=GF NC 19.10 18.60;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 9261397
#=GF RT Characterization of the genome of feline foamy virus and its
#=GF RT proteins shows distinct features different from those of primate
#=GF RT spumaviruses.
#=GF RA Winkler I, Bodem J, Haas L, Zemba M, Delius H, Flower R, Flugel
#=GF RA RM, Lochelt M;
#=GF RL J Virol 1997;71:6727-6741.
#=GF DR INTERPRO; IPR004957;
#=GF DR MEROPS; A9;
#=GF SQ 132
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#=GS Q7SIS7_9RETR/1-596 AC Q7SIS7.1
#=GS P87702_FFV/1-173 AC P87702.1
#=GS B3FXH3_9RETR/1-204 AC B3FXH3.1
#=GS B3FXG3_9RETR/1-204 AC B3FXG3.1
#=GS Q6XZR9_9RETR/1-213 AC Q6XZR9.1
#=GS B3FXE1_9RETR/1-204 AC B3FXE1.1
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#=GS P87702_FFV/166-489 AC P87702.1
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#=GS B3FXF7_9RETR/1-204 AC B3FXF7.1
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#=GS Q6XZR7_9RETR/1-204 AC Q6XZR7.1
#=GS Q98826_9RETR/1-618 AC Q98826.1
#=GS D5JWV0_9RETR/1-611 AC D5JWV0.1
#=GS B3FXG6_9RETR/1-204 AC B3FXG6.1
#=GS GAG_SFVCP/1-623 AC Q87039.1
#=GS B4HBJ4_DROPE/67-155 AC B4HBJ4.1
#=GS B3FXC2_9RETR/1-204 AC B3FXC2.1
#=GS Q70LW5_FFV/166-489 AC Q70LW5.1
#=GS GAG_FFV/165-489 AC O56860.1
#=GS Q45QE9_SFV1/1-613 AC Q45QE9.1
#=GS B3FXE6_9RETR/1-204 AC B3FXE6.1
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#=GS GAG_FOAMV/1-618 AC P14349.2
#=GS B3FXC7_9RETR/1-204 AC B3FXC7.1
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B3FXG3_9RETR/1-204 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..--------------------------------------------------------..--.---------------------------------------......--------------.--.-----.--...........----.-..----........-------.....................-------...--------.........---...---....----.......----------------......--...------..-----------------------------AIDGVFPVTTPDLRCRIINAILGGNLGLSLTPADCVTWDSAVGTLFVRTHGQFPMHQLGTVIQGIVNQEGVATAYTLGMMLSGQNYPLVSGIIRGYLPGQAVVTALQQRLDQEIDDQARAETFIQHLNAVYEIL.GLNARGQSIR..-..ASVT.PQPRP-SRG.RGRGQSTPRPSQ.....----GPASSGRGRQRPAS.GQYDRgSNNQNQN..QGNISQ------.-------------------------.......------------------..----.---------------.----------------ggy.................................
Q6XZR9_9RETR/1-213 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..--------------------------------------------------------..--.---------------------------------------......--------------.--.-----.--...........----.-..----........-------.....................-------...--------.........---...---....----.......----------------......--...------..-----------------------------AIEGVFPITTPDIRCRVVNALLGGSLGLAVEPVHCINWATVVATLYVRTHGSYPLHQLADVLRAVVNQEGIATAFTLGSMLTNNNFDLIWGVLRPLLPGQAVVTAMQQRLDQEINDAARIASFVGHLHDVYAIL.GLNARGQSIN..-..RSQG.VAQSGSSSS.TGRGRGRRNQQR.....QSVQPQPGQQRRSGQNNQ.GQGN-.-QNSNQR..QSSGGN---QGR.GGYNLRP------------------.......------------------..----.---------------.----------------....................................
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B3FXD4_9RETR/1-204 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..--------------------------------------------------------..--.---------------------------------------......--------------.--.-----.--...........----.-..----........-------.....................-------...--------.........---...---....----.......----------------......--...------..-----------------------------AIDGVFPVTTPDLRCRIINAILGGNLGLSLTPADCVTWDSAVGTLFVRTHGQFPMHQLGTVIQGIVNQEGVATAYTLGMMLSGQNYPLVSGIIRGYLPGQAVVTALQQRLDQEVDDQARAETFIQHLNAVYEIL.GLNARGQSIR..-..ASVT.PQPRP-SRG.RGRGQSTPRPSQ.....----GPASSGRGRQRPAS.GQYDRgSNNQNQN..QGNTSQ------.-------------------------.......------------------..----.---------------.----------------ggy.................................
Q45QF3_SFV1/1-610 ......................................................MAAiEGDLDVQALTDLFNNLGINRDPRHREVIALRMTGGWWGPATRYNLVTVLLQDD.QGQPLQQPRWRAEG.RAANPAVM..FTLEAPWQDLRMAFDNIDLADDTLRFGPLANGNYIPGDEYSLEFIPPAMQEIAQMQ..RD.ELENVLDIVGQITMQMSDLIGMQDAQIRGL-----EGQI......RGLRGNLPVAGTPP.PP.PPSLE.PAap......spyVASA.P..LAPAa.....pvASADLGWfaggpg.........pgsvdpRLARVAY...NPFLPGPSdgs...gvaPVQ...PSA....PPAAspl.lplPPAQPVQPVIQYVHPP......PI...NPAQQI..IPIQHIRAVTGNAPTNPREIPMWIGRNASAIEGVFPMTTPDLRCRVINALLGGNLGLNLEPQHCVTWASAIATLYVRTHGSYPIHQLAEVLRGVANSEGVAAAYQLGMMLTNRDYNLIWGIIRPLLPGQAVVTAMQHRLDQEINDAARVASFINHLNGVYELL.GLNARGQSLR..-..IPAS.GGQTTAGTS.AGRGTRGRRSQQgtpgrQSSGQSQQQGRRSSQGQS.RQSDS.SDQNVQR..QSQGGN----GR.GGYNLRPRTYQPQRYGGGRGRRWND.......QPARSDNQQRSQSQQPQS..EARG.EQSRTSGAGRGQGGR.GNQNRNQRSAGGNAD-r...................................
B2CGB8_9RETR/1-375 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..----------------IDLADDTLRFGPLANGNYIPGDEYSLEFIPPAMQEIAQMQ..RD.ELENILDIVGQITMQMSDLIGMQDAQIRGL-----EGQL......RGLQGNLPVAGTPP.PP.PPSLD.LQpaaa...sspfV--A.P..LPPAp......aASAAAADlgwfagg......pssgsvdpRLARVAY...NPFLPGPSdgt...gaaPVQ...PSA....PPAAspl.pslQPAQPMQPVIQYVHPP......PI...NPAQQV..IPIQHIRAVTGSAPTNPREIXMWIGRNASAIEGVXPIPTPDIRCRVINALLGGQLGLTLDPQHCITWASAIATLYVRTHGAYPIHQLAEVLRGVSNSEXVAAAWQLGMMLTNRDYNLVWGIIRPLLPGQAVVTAMQHRLDQEVNDPARIVSFTNHLNAVYELL.GLNARGQSLR..-..----.---------.------------.....------------------.-----.-------..------------.-------------------------.......------------------..----.---------------.----------------lsv.................................
D5JWU5_9RETR/1-563 ......................................................MAR.-GNLDIARLTVLLQENSLSGNPPHLTHYVLRMTEGWWGPFPRYTRVRIILQDE.SGNPLSQPRWELVD.RMFNPLRD..PILETTLDEMDRVFDGINLSPGTERYGPLCDGNFLYTDDAWNDFNPMSALEVADVEltPA.LYREHLNFLSRVAEGMLGDIIMLKQENEDAHETITRLRE......RIINQPTSAPIITS.TP.GGVSG.LP...........PSV-.-..----........-------.....................YQPTGLH...ETYIQPSR.........PMQ...PSA....P---.......-PLPLMGDL-------......-G...SGILSV..LPISQIRTVIGNTPVDPKKVPLWIAKSASAIEGVMPTNTPDIRCRLVNALLPQHGGLILQPHECNSWTQIASALYTRVNGMIPLHALPQTLSQVTKEEGILVAYQIGMTFTGQNFPLTWGILRPLLPGQAVVAMMQGYLDQYPTDDLKAVNFASILRRVFDIL.GLNYMGQNIR..N..QSSP.SLTVSSARGaTGRGRGRSRNIG....rGRGTTPNFQGRGQPATTP.TVTTS.----GST..SSTTESQGRNSN.PNYNFRPRVNQPPRYGGGPNPYRNRep...lnNPPNRENTTQNNTRRPGSqgQNRNrNQNRTVNA-------.----------------vqvvpnqdntnqpninpnqnvst.............
B3FXH5_9RETR/1-204 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..--------------------------------------------------------..--.---------------------------------------......--------------.--.-----.--...........----.-..----........-------.....................-------...--------.........---...---....----.......----------------......--...------..-----------------------------AIDGVFPVTTPDLRCRIINAILGGNLGLSLTPADCVTWDSAVGTLFIRTHGQFPMHQLGTVLQGIVNQEGVATAYTLGMMLSGQNYQLVSGIIRGFLPGQAVVTALQQRLDQEVDDQARAETYIHHLNAVYEIL.GLNTRGQSIR..-..ASVT.PQPRP-SRG.RGRGQNSSRPSQ.....----GPANSGRGRQRPAS.GQNERgSNTQNQN..QGNTSQ------.-------------------------.......------------------..----.---------------.----------------ggy.................................
B3FXG9_9RETR/1-204 ......................................................---.-----------------------------------------------------.--------------.--------..--------------------------------------------------------..--.---------------------------------------......--------------.--.-----.--...........----.-..----........-------.....................-------...--------.........---...---....----.......----------------......--...------..-----------------------------AIDGVFPVTTPDLRCRIINAILGGNLGLSLTPADCITWDSAVGTLFIRTHGQFPMHQLGTVLQGIVNQEGVATAYTLGMMLSGQNYQLVSGIIRGFLPGQAVVTALQQRLDQEVDDQARAETYIHHLNAVYEIL.GLNTRGQSIR..-..ASVT.PQPRP-SRG.RGRGQNSSRPSP.....----GPANSGRGRQRPAS.GQNERgSNTQNQN..QGNTSQ------.-------------------------.......------------------..----.---------------.----------------ggy.................................
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