#=GF ID RtcB
#=GF AC PF01139.12
#=GF DE tRNA-splicing ligase RtcB
#=GF PI UPF0027;
#=GF AU Finn RD, Bateman A, Eberhardt R
#=GF SE Prosite
#=GF GA 20.00 20.00;
#=GF TC 20.00 20.20;
#=GF NC 17.80 19.90;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 21757685
#=GF RT RtcB, a novel RNA ligase, can catalyze tRNA splicing and HAC1
#=GF RT mRNA splicing in vivo.
#=GF RA Tanaka N, Meineke B, Shuman S;
#=GF RL J Biol Chem. 2011;286:30253-30257.
#=GF RN [2]
#=GF RM 21224389
#=GF RT RtcB is the RNA ligase component of an Escherichia coli RNA
#=GF RT repair operon.
#=GF RA Tanaka N, Shuman S;
#=GF RL J Biol Chem. 2011;286:7727-7731.
#=GF RN [3]
#=GF RM 21311021
#=GF RT HSPC117 is the essential subunit of a human tRNA splicing ligase
#=GF RT complex.
#=GF RA Popow J, Englert M, Weitzer S, Schleiffer A, Mierzwa B, Mechtler
#=GF RA K, Trowitzsch S, Will CL, Luhrmann R, Soll D, Martinez J;
#=GF RL Science. 2011;331:760-764.
#=GF DR INTERPRO; IPR001233;
#=GF DR PROSITE; PDOC00990;
#=GF DR SCOP; 1uc2; fa;
#=GF CC This family of RNA ligases (EC:6.5.1.3) join 2',3'-cyclic
#=GF CC phosphate and 5'-OH ends. They catalyse the splicing of tRNA and
#=GF CC may also participate in tRNA repair and recovery from
#=GF CC stress-induced RNA damage [1-3].
#=GF SQ 2812
#=GS F7WWG7_MYCTD/1-432 AC F7WWG7.1
#=GS G2A5E2_ECOLX/9-408 AC G2A5E2.1
#=GS E7VB91_SALMO/108-373 AC E7VB91.1
#=GS H4SYJ7_ECOLX/9-408 AC H4SYJ7.1
#=GS E2NPE7_9FIRM/7-398 AC E2NPE7.1
#=GS H4U9L3_ECOLX/9-408 AC H4U9L3.1
#=GS H3T0X1_PSEAE/10-113 AC H3T0X1.1
#=GS D4T339_9XANT/18-410 AC D4T339.1
#=GS D7D9W8_STAHD/25-483 AC D7D9W8.1
#=GS E1HWR2_ECOLX/117-382 AC E1HWR2.1
#=GS A8ZWP3_DESOH/19-477 AC A8ZWP3.1
#=GS G8X548_FLACA/83-466 AC G8X548.1
#=GS B4D8H5_9BACT/29-495 AC B4D8H5.1
#=GS D3AJU6_9CLOT/140-385 AC D3AJU6.1
#=GS C6LPB7_GIAIB/5-566 AC C6LPB7.1
#=GS E6UC33_RUMA7/11-411 AC E6UC33.1
#=GS H1N641_9PLAN/29-489 AC H1N641.1
#=GS D7VHM0_9SPHI/81-462 AC D7VHM0.1
#=GS E7WQ19_SALMO/9-121 AC E7WQ19.1
#=GS G5WG42_ECOLX/104-373 AC G5WG42.1
#=GS H5MLL9_ECOLX/9-408 AC H5MLL9.1
#=GS B7UJC3_ECO27/105-373 AC B7UJC3.1
#=GS A9KFN2_COXBN/23-477 AC A9KFN2.2
#=GS G6BQ41_CLODI/103-355 AC G6BQ41.1
#=GS B4I5U9_DROSE/60-506 AC B4I5U9.1
#=GS E7TR66_ECO57/9-408 AC E7TR66.1
#=GS D3ATC9_9CLOT/9-80 AC D3ATC9.1
#=GS G9VRL8_SALMO/9-121 AC G9VRL8.1
#=GS G5WJU6_ECOLX/9-408 AC G5WJU6.1
#=GS E7GC37_9FIRM/94-336 AC E7GC37.1
#=GS D7Z199_ECOLX/30-429 AC D7Z199.1
#=GS E7GSS7_CLOSY/10-116 AC E7GSS7.1
#=GS F6GAF2_RALS8/108-373 AC F6GAF2.1
#=GS RTCB_MONBE/27-497 AC A9UXG6.1
#=GS Q4MLQ6_BACCE/8-394 AC Q4MLQ6.1
#=GS E8RYH5_MICSL/117-370 AC E8RYH5.1
#=GS G0H2D7_METMI/23-480 AC G0H2D7.1
#=GS D3DI24_HYDTT/25-480 AC D3DI24.1
#=GS B1KFI6_SHEWM/9-386 AC B1KFI6.1
#=GS G7VSF3_PAETH/26-483 AC G7VSF3.1
#=GS B9B1X6_9BURK/34-428 AC B9B1X6.1
#=GS C2QUP7_BACCE/8-394 AC C2QUP7.1
#=GS E2AA83_CAMFO/54-506 AC E2AA83.1
#=GS F3WEA4_SHIBO/93-373 AC F3WEA4.1
#=GS Q2SC80_HAHCH/14-402 AC Q2SC80.1
#=GS H1DIC6_9PORP/8-434 AC H1DIC6.1
#=GS B1MTS3_CALMO/37-505 AC B1MTS3.1
#=GS B7N8G4_ECOLU/14-126 AC B7N8G4.1
#=GS G6BQ41_CLODI/1-112 AC G6BQ41.1
#=GS I0WWY0_9NOCA/9-401 AC I0WWY0.1
#=GS Q8TU09_METAC/43-500 AC Q8TU09.1
#=GS F4NND4_9ENTR/9-408 AC F4NND4.1
#=GS H6NWI3_SALTI/109-373 AC H6NWI3.1
#=GS E7U1H1_ECOLX/30-429 AC E7U1H1.1
#=GS A0YUJ4_LYNSP/306-624 AC A0YUJ4.1
#=GS I0VHU5_SHIFL/9-408 AC I0VHU5.1
#=GS D1R5X5_9CHLA/20-476 AC D1R5X5.1
#=GS G4PV99_ECOLX/9-123 AC G4PV99.1
#=GS D5YKM8_MYCTU/1-432 AC D5YKM8.1
#=GS F7KEQ2_9FIRM/10-411 AC F7KEQ2.1
#=GS H5VIQ7_SALSE/9-404 AC H5VIQ7.1
#=GS G5I753_9CLOT/10-331 AC G5I753.1
#=GS F3XU42_9FLAO/113-493 AC F3XU42.1
#=GS G9UZP5_SALMO/108-373 AC G9UZP5.1
#=GS G7RRB0_ECOC1/14-119 AC G7RRB0.1
#=GS B7IHM1_THEAB/12-445 AC B7IHM1.1
#=GS Q3TJ01_MOUSE/38-505 AC Q3TJ01.1
#=GS D4N776_9CREN/31-490 AC D4N776.1
#=GS C8NS73_COREF/1-383 AC C8NS73.1
#=GS H4W673_ECOLX/9-70 AC H4W673.1
#=GS C8U1W6_ECO10/104-373 AC C8U1W6.1
#=GS F5XJ30_MICPN/7-391 AC F5XJ30.1
#=GS E0R5Z7_ECOLX/9-408 AC E0R5Z7.1
#=GS H0Q381_9RHOO/22-476 AC H0Q381.1
#=GS F4Y268_9CYAN/10-148 AC F4Y268.1
#=GS E8NNA9_SALET/9-373 AC E8NNA9.1
#=GS A4YHK5_METS5/1-460 AC A4YHK5.1
#=GS E4VST7_BACFG/83-463 AC E4VST7.1
#=GS A5WQN8_MYCTF/1-432 AC A5WQN8.1
#=GS D1AEL9_THECD/21-475 AC D1AEL9.1
#=GS Q0TC47_ECOL5/9-408 AC Q0TC47.1
#=GS E9VIC2_ECOLX/10-115 AC E9VIC2.1
#=GS B3I3P2_ECOLX/104-373 AC B3I3P2.1
#=GS E8DJ46_SALMO/108-373 AC E8DJ46.1
#=GS E8XEM3_SALT4/10-405 AC E8XEM3.1
#=GS C8TJL0_ECO26/9-408 AC C8TJL0.1
#=GS H0Q7G2_ECOLI/9-408 AC H0Q7G2.1
#=GS Q3IS30_NATPD/2-456 AC Q3IS30.1
#=GS A9FQ19_SORC5/67-520 AC A9FQ19.1
#=GS F3VTP7_SHIBO/43-115 AC F3VTP7.1
#=GS H5FKJ0_ECOLX/9-408 AC H5FKJ0.1
#=GS A3M700_ACIBT/29-422 AC A3M700.2
#=GS I0AEA9_SALET/10-405 AC I0AEA9.1
#=GS B2REA2_HUMAN/22-124 AC B2REA2.1
#=GS G4KT52_OSCVS/8-104 AC G4KT52.1
#=GS A3ZWI3_9PLAN/74-454 AC A3ZWI3.1
#=GS A2G6F6_TRIVA/1-87 AC A2G6F6.1
#=GS F8KVU0_PARAV/20-476 AC F8KVU0.1
#=GS C2UNF3_BACCE/8-72 AC C2UNF3.1
#=GS D7Z9Y2_ECOLX/109-377 AC D7Z9Y2.1
#=GS I0N1L7_SALET/109-373 AC I0N1L7.1
#=GS E8EH94_SALMO/9-121 AC E8EH94.1
#=GS G5KTP0_ECOLX/30-148 AC G5KTP0.1
#=GS F0G5N5_9BURK/4-72 AC F0G5N5.1
#=GS E8CIK1_SALMO/108-373 AC E8CIK1.1
#=GS E3MT87_CAERE/31-505 AC E3MT87.1
#=GS B0KL83_PSEPG/8-401 AC B0KL83.1
#=GS H5CH51_ECOLX/10-115 AC H5CH51.1
#=GS H3TE32_PSEAE/10-113 AC H3TE32.1
#=GS F0R728_BACSH/5-419 AC F0R728.1
#=GS I0MWG2_SALET/109-373 AC I0MWG2.1
#=GS I0LNP2_CORGL/1-382 AC I0LNP2.1
#=GS A7LX68_BACOV/8-389 AC A7LX68.1
#=GS B7A8C7_THEAQ/19-476 AC B7A8C7.1
#=GS D5S079_CLODI/1-113 AC D5S079.1
#=GS I0NE52_SALET/9-404 AC I0NE52.1
#=GS A6UTA4_META3/21-121 AC A6UTA4.1
#=GS C8U1W6_ECO10/10-115 AC C8U1W6.1
#=GS F4G085_METCR/1-460 AC F4G085.1
#=GS H3J0Y0_STRPU/382-622 AC H3J0Y0.1
#=GS G5VYX1_ECOLX/10-115 AC G5VYX1.1
#=GS B5NRY4_SALET/9-373 AC B5NRY4.1
#=GS Q2YAL5_NITMU/24-475 AC Q2YAL5.1
#=GS B5FKD9_SALDC/10-405 AC B5FKD9.1
#=GS G4KT51_OSCVS/6-286 AC G4KT51.1
#=GS D7YCL3_ECOLX/19-124 AC D7YCL3.1
#=GS H0KSA4_9FLAO/56-442 AC H0KSA4.1
#=GS H5CH51_ECOLX/104-373 AC H5CH51.1
#=GS B4KK68_DROMO/52-506 AC B4KK68.1
#=GS H5Q571_ECOLX/9-408 AC H5Q571.1
#=GS A6DQK2_9BACT/12-409 AC A6DQK2.1
#=GS D0ZJF3_SALT1/10-405 AC D0ZJF3.1
#=GS G0LKS4_HALWC/9-480 AC G0LKS4.1
#=GS D6TES4_9CHLR/26-485 AC D6TES4.1
#=GS H6CMG8_9BACL/7-464 AC H6CMG8.1
#=GS RTCB_DANRE/45-505 AC Q6NZS4.1
#=GS F6DF68_THETG/19-127 AC F6DF68.1
#=GS D8N004_RALSL/117-373 AC D8N004.1
#=GS D7WWN4_9BACI/6-395 AC D7WWN4.1
#=GS Q2NGL4_METST/25-482 AC Q2NGL4.1
#=GS D5U1S0_THEAM/24-482 AC D5U1S0.1
#=GS Q12U04_METBU/29-486 AC Q12U04.1
#=GS E9TFS9_ECOLX/9-408 AC E9TFS9.1
#=GS B5S4I2_RALSL/10-119 AC B5S4I2.1
#=GS H5MB67_ECOLX/106-373 AC H5MB67.1
#=GS H4S7D8_ECOLX/9-70 AC H4S7D8.1
#=GS G8N8N6_9DEIN/19-476 AC G8N8N6.1
#=GS A8UTW0_9AQUI/560-942 AC A8UTW0.1
#=GS E2CFS4_9RHOB/71-452 AC E2CFS4.1
#=GS H4N128_ECOLX/9-70 AC H4N128.1
#=GS E5UHS9_NEIMU/113-371 AC E5UHS9.1
#=GS H5IVU8_ECOLX/1-150 AC H5IVU8.1
#=GS C6UAW0_ECOBR/13-74 AC C6UAW0.1
#=GS H4YRM7_ECOLX/10-115 AC H4YRM7.1
#=GS H5SPL9_9ZZZZ/22-476 AC H5SPL9.1
#=GS B7L3Y7_ECO55/113-382 AC B7L3Y7.1
#=GS H8HUC3_MYCTU/1-400 AC H8HUC3.1
#=GS F4Y268_9CYAN/284-605 AC F4Y268.1
#=GS E9TSH9_ECOLX/30-429 AC E9TSH9.1
#=GS B3J0M9_BACAN/8-394 AC B3J0M9.1
#=GS G7R4F4_ECOC2/14-119 AC G7R4F4.1
#=GS E9VUR7_ECOLX/9-408 AC E9VUR7.1
#=GS D3UZ39_XENBS/18-413 AC D3UZ39.1
#=GS H3STE0_PSEAE/11-404 AC H3STE0.1
#=GS H0QQE6_ARTGO/2-387 AC H0QQE6.1
#=GS C1AFA4_MYCBT/1-432 AC C1AFA4.1
#=GS B1LHT1_ECOSM/106-373 AC B1LHT1.1
#=GS E4P5Q4_ECO8N/10-123 AC E4P5Q4.1
#=GS E8IHU9_ECOLX/13-74 AC E8IHU9.1
#=GS H4ZQ23_ECOLX/10-115 AC H4ZQ23.1
#=GS E8GLP4_SALMO/9-121 AC E8GLP4.1
#=GS RTCB1_ENTHI/56-524 AC C4M244.1
#=GS G2NL52_9ACTO/9-397 AC G2NL52.1
#=GS B5MRS5_SALET/9-373 AC B5MRS5.1
#=GS H1DVC7_ECOLX/9-408 AC H1DVC7.1
#=GS E3A506_PSEAI/10-113 AC E3A506.1
#=GS C0Z9V8_BREBN/19-491 AC C0Z9V8.1
#=GS E8CYN1_SALMO/9-121 AC E8CYN1.1
#=GS C3SPV3_ECOLX/9-408 AC C3SPV3.1
#=GS I0MC11_SALET/109-373 AC I0MC11.1
#=GS RTCB1_CULQU/40-506 AC B0WCT9.1
#=GS B4UFX4_ANASK/27-487 AC B4UFX4.1
#=GS C1HEK5_9ESCH/14-119 AC C1HEK5.1
#=GS H4PB27_ECOLX/9-367 AC H4PB27.1
#=GS Q0S1E4_RHOSR/9-401 AC Q0S1E4.1
#=GS Q20JW2_9BACT/27-432 AC Q20JW2.1
#=GS G4CGG7_9NEIS/14-409 AC G4CGG7.1
#=GS C2YT55_BACCE/8-394 AC C2YT55.1
#=GS C3A819_BACMY/8-72 AC C3A819.1
#=GS D3AJU6_9CLOT/31-139 AC D3AJU6.1
#=GS H1F2I9_ECOLX/106-373 AC H1F2I9.1
#=GS E7EVP9_HUMAN/31-139 AC E7EVP9.1
#=GS RTCB_PLAKH/45-511 AC B3L4K9.1
#=GS A8AT76_BPA51/8-402 AC A8AT76.1
#=GS G5P486_SALET/9-373 AC G5P486.1
#=GS A3DC10_CLOTH/8-394 AC A3DC10.1
#=GS Q12DH1_POLSJ/10-410 AC Q12DH1.1
#=GS D3S5Q6_METSF/23-169 AC D3S5Q6.1
#=GS D7K0X4_9BACE/8-389 AC D7K0X4.1
#=GS H5LWY2_ECOLX/10-115 AC H5LWY2.1
#=GS F5MAZ0_ECOLX/10-115 AC F5MAZ0.1
#=GS E7JDK4_ECOLX/9-115 AC E7JDK4.1
#=GS G2ML49_9ARCH/26-485 AC G2ML49.1
#=GS F4VK56_ECOLX/9-408 AC F4VK56.1
#=GS H0T6F0_9BRAD/11-125 AC H0T6F0.1
#=GS F0G5N6_9BURK/1-210 AC F0G5N6.1
#=GS D7CBY4_STRBB/1-60 AC D7CBY4.1
#=GS B9XDR4_9BACT/5-370 AC B9XDR4.1
#=GS H1BR92_ECOLX/9-70 AC H1BR92.1
#=GS E3ZVN8_LISSE/8-392 AC E3ZVN8.1
#=GS H6CES7_9BACL/4-208 AC H6CES7.1
#=GS D9ULK4_9ACTO/9-397 AC D9ULK4.1
#=GS B4T7P7_SALHS/9-124 AC B4T7P7.1
#=GS G5XLG1_ECOLX/10-115 AC G5XLG1.1
#=GS Q4KEC2_PSEF5/13-408 AC Q4KEC2.2
#=GS E7JTG9_SHISO/9-115 AC E7JTG9.1
#=GS Q2BN90_9GAMM/9-385 AC Q2BN90.1
#=GS H9UXU8_ECOLX/9-408 AC H9UXU8.1
#=GS H4JHQ6_ECOLX/9-118 AC H4JHQ6.1
#=GS B9LJ51_CHLSY/56-432 AC B9LJ51.1
#=GS H4QNS2_ECOLX/1-37 AC H4QNS2.1
#=GS D1AQ53_SEBTE/2-107 AC D1AQ53.1
#=GS H8D5H7_ECOLX/104-373 AC H8D5H7.1
#=GS Q8YA97_LISMO/8-392 AC Q8YA97.1
#=GS B7UKC5_ECO27/9-408 AC B7UKC5.1
#=GS A9AXP6_HERA2/3-381 AC A9AXP6.1
#=GS B3T534_9ZZZZ/83-547 AC B3T534.1
#=GS C0EPA8_NEIFL/5-120 AC C0EPA8.1
#=GS RTCB1_ENTDS/75-535 AC B0EAV2.1
#=GS Q8KET1_CHLTE/24-465 AC Q8KET1.1
#=GS B1LI81_ECOSM/9-408 AC B1LI81.1
#=GS A3RTM5_RALSL/109-373 AC A3RTM5.1
#=GS Q5LBU5_BACFN/85-463 AC Q5LBU5.1
#=GS D9PU94_METTM/25-482 AC D9PU94.1
#=GS D5CVI0_ECOKI/108-377 AC D5CVI0.1
#=GS C3Q131_9BACE/10-420 AC C3Q131.1
#=GS D8H2B5_BACAI/8-394 AC D8H2B5.1
#=GS C9QWL3_ECOD1/9-408 AC C9QWL3.1
#=GS E6P7K1_9ARCH/563-962 AC E6P7K1.1
#=GS G2MW93_9THEO/34-485 AC G2MW93.1
#=GS H2Z8E0_CIOSA/58-508 AC H2Z8E0.1
#=GS F7RGB5_SHIFL/9-408 AC F7RGB5.1
#=GS G0MMB0_CAEBE/30-505 AC G0MMB0.1
#=GS B5NXG8_SALET/9-124 AC B5NXG8.1
#=GS F7NMP9_9FIRM/8-398 AC F7NMP9.1
#=GS F1Y688_ECO57/9-70 AC F1Y688.1
#=GS Q3A0N7_PELCD/77-457 AC Q3A0N7.1
#=GS H4RQ45_ECOLX/9-70 AC H4RQ45.1
#=GS A6CAJ4_9PLAN/78-458 AC A6CAJ4.1
#=GS H5R4T6_ECOLX/10-115 AC H5R4T6.1
#=GS D8SNU5_SELML/1-356 AC D8SNU5.1
#=GS H6RJ69_BLASD/3-394 AC H6RJ69.1
#=GS B6YYH5_9RHOB/1-302 AC B6YYH5.1
#=GS F0LKB8_THEBM/21-479 AC F0LKB8.1
#=GS C2NJ85_BACCE/1-246 AC C2NJ85.1
#=GS Q6D132_ERWCT/115-368 AC Q6D132.1
#=GS E1XZ35_LEGPN/22-476 AC E1XZ35.1
#=GS F4Q952_DICFS/46-504 AC F4Q952.1
#=GS B7M264_ECO8A/113-382 AC B7M264.1
#=GS G4C556_SALIN/13-126 AC G4C556.1
#=GS H5PQQ7_ECOLX/9-408 AC H5PQQ7.1
#=GS I0AJ03_9BACT/24-484 AC I0AJ03.1
#=GS A1AGU4_ECOK1/9-408 AC A1AGU4.1
#=GS G5MU17_SALET/13-377 AC G5MU17.1
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#=GS G5BPE1_HETGA/37-505 AC G5BPE1.1
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