#=GF ID DEAD_2
#=GF AC PF06733.10
#=GF DE DEAD_2
#=GF AU Vella Briffa B
#=GF SE Pfam-B_1713 (release 10.0)
#=GF GA 20.60 20.60;
#=GF TC 20.60 20.60;
#=GF NC 20.50 20.50;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 10915862
#=GF RT Nucleotide excision repair in yeast.
#=GF RA Prakash S, Prakash L;
#=GF RL Mutat Res 2000;451:13-24.
#=GF DR INTERPRO; IPR010614;
#=GF CC This represents a conserved region within a number of RAD3-like
#=GF CC DNA-binding helicases that are seemingly ubiquitous - members
#=GF CC include proteins of eukaryotic, bacterial and archaeal origin.
#=GF CC RAD3 is involved in nucleotide excision repair, and forms part
#=GF CC of the transcription factor TFIIH in yeast [1].
#=GF SQ 3488
#=GS F2T9X0_AJEDA/47-231 AC F2T9X0.1
#=GS F7E2B1_ORNAN/111-272 AC F7E2B1.1
#=GS F0A7N6_NEIME/201-286 AC F0A7N6.1
#=GS G4CH99_9NEIS/221-308 AC G4CH99.1
#=GS D4ACH4_RAT/111-272 AC D4ACH4.1
#=GS G4GIQ1_9EURY/110-196 AC G4GIQ1.1
#=GS Q57YJ9_TRYB2/88-262 AC Q57YJ9.1
#=GS E1V9B6_HALED/266-399 AC E1V9B6.1
#=GS A1ABX7_ECOK1/169-247 AC A1ABX7.1
#=GS D5W3P7_CLOB2/256-407 AC D5W3P7.1
#=GS Q7YYD0_CRYPV/121-318 AC Q7YYD0.1
#=GS Q9RNA2_AERHY/184-275 AC Q9RNA2.1
#=GS H2T3N2_TAKRU/241-408 AC H2T3N2.1
#=GS B9RQN2_RICCO/213-270 AC B9RQN2.1
#=GS A6T6P6_KLEP7/149-269 AC A6T6P6.1
#=GS YOAA_ECOLI/169-247 AC P76257.1
#=GS E3LVY6_CAERE/109-275 AC E3LVY6.1
#=GS D1RFT9_LEGLO/80-257 AC D1RFT9.1
#=GS G7II52_MEDTR/140-306 AC G7II52.1
#=GS C6E9P8_GEOSM/251-410 AC C6E9P8.1
#=GS E1BNG9_BOVIN/184-351 AC E1BNG9.2
#=GS F8ZX47_VIBCL/164-250 AC F8ZX47.1
#=GS D4PW36_LISMN/245-395 AC D4PW36.1
#=GS G1L4K2_AILME/110-271 AC G1L4K2.1
#=GS B1R5S6_CLOPF/263-400 AC B1R5S6.1
#=GS A3MCY4_BURM7/5-133 AC A3MCY4.1
#=GS F7DF10_MONDO/72-256 AC F7DF10.1
#=GS G4Q1N8_ECOLX/169-247 AC G4Q1N8.1
#=GS C0WRQ9_LACBU/245-398 AC C0WRQ9.1
#=GS B6XIN8_9ENTR/139-270 AC B6XIN8.1
#=GS E7ZBE5_SALMO/169-247 AC E7ZBE5.1
#=GS Q5V471_HALMA/193-331 AC Q5V471.1
#=GS E5YEF4_9ENTR/170-247 AC E5YEF4.1
#=GS Q6FKF8_CANGA/71-257 AC Q6FKF8.1
#=GS F0AWY9_NEIME/201-286 AC F0AWY9.1
#=GS A7K263_VIBSE/99-279 AC A7K263.1
#=GS D0JLP4_YERPD/171-247 AC D0JLP4.1
#=GS A7ZY56_ECOHS/150-269 AC A7ZY56.1
#=GS H6MG86_ECOLX/169-247 AC H6MG86.1
#=GS H4FM10_ECOLX/169-247 AC H4FM10.1
#=GS H5L7B1_ECOLX/169-247 AC H5L7B1.1
#=GS E7LDB4_TRYCR/1-79 AC E7LDB4.1
#=GS H5P1E6_ECOLX/150-269 AC H5P1E6.1
#=GS G2KAI6_LISMN/245-395 AC G2KAI6.1
#=GS D3EG55_GEOS4/244-399 AC D3EG55.1
#=GS I0DXF3_PROST/141-270 AC I0DXF3.1
#=GS G3Z5C0_9NEIS/192-286 AC G3Z5C0.1
#=GS G5QI42_SALRU/169-247 AC G5QI42.1
#=GS B5R8Y0_SALG2/169-247 AC B5R8Y0.1
#=GS RTEL1_DROGR/113-276 AC B4JNS2.1
#=GS Q4MZ47_THEPA/144-303 AC Q4MZ47.1
#=GS H5QUK8_ECOLX/169-247 AC H5QUK8.1
#=GS C2I2H1_VIBCL/182-266 AC C2I2H1.1
#=GS H8WA95_MARHY/243-394 AC H8WA95.1
#=GS Q676B6_OIKDI/89-312 AC Q676B6.1
#=GS E0I6R0_9BACL/247-400 AC E0I6R0.1
#=GS Q5B7N6_EMENI/199-378 AC Q5B7N6.1
#=GS H3MNU5_KLEOX/170-247 AC H3MNU5.1
#=GS F5VGZ3_ENTSA/171-247 AC F5VGZ3.1
#=GS B0ETH3_ENTDS/87-240 AC B0ETH3.1
#=GS G7QIQ8_LEPII/158-245 AC G7QIQ8.1
#=GS H4SBR6_ECOLX/169-247 AC H4SBR6.1
#=GS B3HQV6_ECOLX/169-247 AC B3HQV6.1
#=GS H1EA28_ECOLX/150-269 AC H1EA28.1
#=GS C2CCK8_VIBCL/180-274 AC C2CCK8.1
#=GS H0FM29_BACAM/384-478 AC H0FM29.1
#=GS Q7NN01_GLOVI/219-300 AC Q7NN01.1
#=GS F6TV15_MONDO/111-272 AC F6TV15.1
#=GS D8RDK7_SELML/71-256 AC D8RDK7.1
#=GS D4XEF7_9BURK/247-392 AC D4XEF7.1
#=GS B0CSE7_LACBS/71-264 AC B0CSE7.1
#=GS Q73L75_TREDE/100-277 AC Q73L75.1
#=GS D8QTS9_SELML/98-260 AC D8QTS9.1
#=GS E4NSA7_HALBP/68-285 AC E4NSA7.1
#=GS B1EP02_9ESCH/150-269 AC B1EP02.1
#=GS E8BSD7_SALMO/173-271 AC E8BSD7.1
#=GS B5PH27_SALET/169-247 AC B5PH27.1
#=GS Q66AS6_YERPS/171-247 AC Q66AS6.1
#=GS F7R8L4_SHIFL/169-247 AC F7R8L4.1
#=GS B5QR30_LACRH/299-399 AC B5QR30.1
#=GS A7AYJ2_RUMGN/253-403 AC A7AYJ2.1
#=GS H9JCE6_BOMMO/31-174 AC H9JCE6.1
#=GS E1PDM5_ECOAB/150-269 AC E1PDM5.1
#=GS E0QVK2_ECOLX/150-269 AC E0QVK2.1
#=GS H2QDL5_PANTR/248-415 AC H2QDL5.1
#=GS C5DBG3_LACTC/215-390 AC C5DBG3.1
#=GS C9YFT6_9BURK/202-279 AC C9YFT6.1
#=GS C1FYI3_PARBD/119-207 AC C1FYI3.1
#=GS G2QQG8_THIHA/69-253 AC G2QQG8.1
#=GS F9AER2_VIBCL/164-250 AC F9AER2.1
#=GS G7V335_LACRH/299-399 AC G7V335.1
#=GS A7NJG8_ROSCS/401-489 AC A7NJG8.1
#=GS Q1CJF2_YERPN/171-247 AC Q1CJF2.1
#=GS D7UJ59_LISMN/245-395 AC D7UJ59.1
#=GS H2T3N4_TAKRU/236-295 AC H2T3N4.1
#=GS G3PFN8_GASAC/57-235 AC G3PFN8.1
#=GS B3WT06_ECOLX/169-247 AC B3WT06.1
#=GS Q7N6M4_PHOLL/142-268 AC Q7N6M4.1
#=GS CHL1_NEOFI/211-401 AC A1D8E4.1
#=GS D4DNC2_NEIEG/215-301 AC D4DNC2.1
#=GS Q9I2M9_PSEAE/268-399 AC Q9I2M9.1
#=GS C5TPR4_NEIFL/201-286 AC C5TPR4.1
#=GS A4TJI7_YERPP/171-247 AC A4TJI7.1
#=GS Q9XYZ2_DROME/48-232 AC Q9XYZ2.1
#=GS E4ZSD9_LEPMJ/205-393 AC E4ZSD9.1
#=GS H5CLU0_ECOLX/169-247 AC H5CLU0.1
#=GS A9M327_NEIM0/201-286 AC A9M327.1
#=GS C8VRA9_EMENI/71-255 AC C8VRA9.1
#=GS A3H3U2_VIBCL/197-278 AC A3H3U2.1
#=GS E2YKW2_ENTFL/274-429 AC E2YKW2.1
#=GS C9R0H8_ECOD1/150-269 AC C9R0H8.1
#=GS D8EJV0_ECOLX/169-247 AC D8EJV0.1
#=GS C9ZKX7_TRYB9/83-249 AC C9ZKX7.1
#=GS CHL1_COCIM/199-398 AC Q1E5T3.1
#=GS E7UNA2_ECOLX/195-314 AC E7UNA2.1
#=GS C5XPK3_SORBI/110-272 AC C5XPK3.1
#=GS G6ALD8_LACRH/298-399 AC G6ALD8.1
#=GS G0QDZ8_9EURY/132-260 AC G0QDZ8.1
#=GS D5C6B0_ENTCC/171-247 AC D5C6B0.1
#=GS D3VB98_XENNA/145-268 AC D3VB98.1
#=GS H5EIL9_ECOLX/169-247 AC H5EIL9.1
#=GS Q8RFF8_FUSNN/117-300 AC Q8RFF8.1
#=GS Q6TY75_DROME/1-172 AC Q6TY75.1
#=GS D4AD12_RAT/245-304 AC D4AD12.1
#=GS E2RLA6_CANFA/111-272 AC E2RLA6.1
#=GS E1QKK7_DESB2/148-243 AC E1QKK7.1
#=GS F9ZS44_ACICS/175-251 AC F9ZS44.1
#=GS B4RPD7_NEIG2/229-314 AC B4RPD7.1
#=GS E9B7S5_LEIDB/402-467 AC E9B7S5.1
#=GS D4GXN3_HALVD/77-316 AC D4GXN3.1
#=GS Q1RAY6_ECOUT/169-247 AC Q1RAY6.1
#=GS D4E923_SEROD/146-271 AC D4E923.1
#=GS G9V4Y4_SALMO/169-247 AC G9V4Y4.1
#=GS H5WNE0_9BURK/259-398 AC H5WNE0.1
#=GS CHL1_DEBHA/195-374 AC Q6BZD9.2
#=GS Q5KLJ0_CRYNJ/192-370 AC Q5KLJ0.1
#=GS XPD_SULAC/52-202 AC Q4JC68.1
#=GS XPD_SULAC/52-202 DR PDB; 3CRV A; 52-202;
#=GS XPD_SULAC/52-202 DR PDB; 3CRW 1; 52-202;
#=GS G5WH70_ECOLX/195-314 AC G5WH70.1
#=GS C2EI25_9LACO/296-398 AC C2EI25.1
#=GS E6IUF1_ENTFL/274-429 AC E6IUF1.1
#=GS C3LNU1_VIBCM/164-250 AC C3LNU1.1
#=GS G8MEF3_9BURK/268-397 AC G8MEF3.1
#=GS E9TWR3_ECOLX/150-269 AC E9TWR3.1
#=GS B9C2D6_9BURK/262-390 AC B9C2D6.1
#=GS C2JH15_VIBCL/185-266 AC C2JH15.1
#=GS F2RSS0_TRIT1/184-381 AC F2RSS0.1
#=GS G0HR12_HALHT/87-196 AC G0HR12.1
#=GS G3RRM2_GORGO/111-272 AC G3RRM2.1
#=GS G3SN13_LOXAF/202-386 AC G3SN13.1
#=GS Q6L0N3_PICTO/60-238 AC Q6L0N3.1
#=GS G3S5E8_GORGO/111-272 AC G3S5E8.1
#=GS G1M1G2_AILME/72-256 AC G1M1G2.1
#=GS D9SRR0_CLOC7/245-398 AC D9SRR0.1
#=GS E2KE43_ECO57/196-315 AC E2KE43.1
#=GS Q7MJ34_VIBVY/99-278 AC Q7MJ34.1
#=GS C9PEQ2_VIBFU/85-266 AC C9PEQ2.1
#=GS H5I1N1_ECOLX/150-269 AC H5I1N1.1
#=GS A6C6H8_9PLAN/182-267 AC A6C6H8.1
#=GS H4J5B5_ECOLX/150-269 AC H4J5B5.1
#=GS D7ZSI2_ECOLX/186-305 AC D7ZSI2.1
#=GS A4A9L6_9GAMM/209-280 AC A4A9L6.1
#=GS B1T8L2_9BURK/264-390 AC B1T8L2.1
#=GS B3L8Z0_PLAKH/230-449 AC B3L8Z0.1
#=GS D2QZI1_PIRSD/186-268 AC D2QZI1.1
#=GS Q9YFB9_AERPE/62-228 AC Q9YFB9.2
#=GS B4MHZ2_DROWI/75-210 AC B4MHZ2.1
#=GS A8EL14_BURPE/265-393 AC A8EL14.1
#=GS G7EHC8_9GAMM/146-271 AC G7EHC8.1
#=GS ERCC2_DICDI/70-250 AC Q55G81.1
#=GS F9BN55_VIBCL/183-266 AC F9BN55.1
#=GS G0MYP1_CAEBE/31-213 AC G0MYP1.1
#=GS A8XWG9_CAEBR/239-412 AC A8XWG9.2
#=GS G4A6Y7_AGGAC/168-253 AC G4A6Y7.1
#=GS Q482M5_COLP3/176-272 AC Q482M5.1
#=GS A9MVU5_SALPB/169-247 AC A9MVU5.1
#=GS E2AJR2_CAMFO/130-290 AC E2AJR2.1
#=GS E7HD48_ECOLX/150-269 AC E7HD48.1
#=GS G2C505_ECOLX/169-247 AC G2C505.1
#=GS E6AM00_ECOLX/150-269 AC E6AM00.1
#=GS D1JIC7_9ARCH/66-234 AC D1JIC7.1
#=GS E1ZBS7_CHLVA/188-337 AC E1ZBS7.1
#=GS A2FEA7_TRIVA/47-208 AC A2FEA7.1
#=GS F6AXQ0_DELSC/214-291 AC F6AXQ0.1
#=GS G0SIH4_VIBMI/99-279 AC G0SIH4.1
#=GS Q8SRT4_ENCCU/74-241 AC Q8SRT4.1
#=GS F3QB88_9ENTR/149-269 AC F3QB88.1
#=GS H9KDJ5_APIME/139-317 AC H9KDJ5.1
#=GS G9EIB0_9GAMM/203-278 AC G9EIB0.1
#=GS D4IEE2_ERWAE/171-247 AC D4IEE2.1
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#=GS B5NGG3_SALET/173-271 AC B5NGG3.1
#=GS H4ZWG8_ECOLX/169-247 AC H4ZWG8.1
#=GS E9YEI6_ECOLX/150-269 AC E9YEI6.1
#=GS Q321V0_SHIBS/169-247 AC Q321V0.1
#=GS H5UWL2_ESCHE/171-247 AC H5UWL2.1
#=GS E8Y5A2_ECOKO/195-314 AC E8Y5A2.1
#=GS I0A9X0_SALET/169-247 AC I0A9X0.1
#=GS E8HH39_ECOLX/169-247 AC E8HH39.1
#=GS C9ANV5_ENTFC/244-400 AC C9ANV5.1
#=GS B9XI74_9BACT/96-277 AC B9XI74.1
#=GS Q46NW4_CUPPJ/252-400 AC Q46NW4.1
#=GS F9C0C0_VIBCL/164-250 AC F9C0C0.1
#=GS A1CP70_ASPCL/47-231 AC A1CP70.1
#=GS E1TS46_LACPS/297-398 AC E1TS46.1
#=GS B7ETN7_ORYSJ/3-101 AC B7ETN7.1
#=GS A1IU23_NEIMA/200-286 AC A1IU23.1
#=GS H9JTN8_BOMMO/29-200 AC H9JTN8.1
#=GS G5UJ94_ECOLX/195-314 AC G5UJ94.1
#=GS G4FYA0_9GAMM/205-277 AC G4FYA0.1
#=GS G5MVM5_SALET/32-119 AC G5MVM5.1
#=GS B5F099_SALA4/173-271 AC B5F099.1
#=GS RTEL1_DROER/111-274 AC B3NSW1.1
#=GS C6M1G6_NEISI/192-285 AC C6M1G6.1
#=GS B8I7B6_CLOCE/246-400 AC B8I7B6.1
#=GS G2RIE0_THITE/71-255 AC G2RIE0.1
#=GS D0LRT5_HALO1/180-259 AC D0LRT5.1
#=GS C9BC76_ENTFC/244-400 AC C9BC76.1
#=GS F2FV22_SALGL/169-247 AC F2FV22.1
#=GS E7EVE9_HUMAN/72-124 AC E7EVE9.1
#=GS CHL1_ASPNC/355-414 AC A2QY22.1
#=GS D4QLL8_ENTFC/244-400 AC D4QLL8.1
#=GS F2MPZ8_ENTFO/274-429 AC F2MPZ8.1
#=GS C9LBF4_RUMHA/248-402 AC C9LBF4.1
#=GS H1RJ89_COMTE/211-289 AC H1RJ89.1
#=GS D9PPS1_PEPMA/248-400 AC D9PPS1.1
#=GS C0PX09_SALPC/176-271 AC C0PX09.1
#=GS E1HMJ7_ECOLX/169-247 AC E1HMJ7.1
#=GS E7WFS4_SALMO/169-247 AC E7WFS4.1
#=GS D2HPK6_AILME/248-415 AC D2HPK6.1
#=GS E4UX03_ARTGP/218-415 AC E4UX03.1
#=GS B5PYT2_SALHA/173-271 AC B5PYT2.1
#=GS Q4YMZ2_PLABA/235-435 AC Q4YMZ2.1
#=GS G3R0I1_GORGO/248-415 AC G3R0I1.1
#=GS G6IXM9_LACRH/298-399 AC G6IXM9.1
#=GS H4YTG4_ECOLX/150-269 AC H4YTG4.1
#=GS E8Y5W3_ECOKO/169-247 AC E8Y5W3.1
#=GS A5ID80_LEGPC/80-257 AC A5ID80.1
#=GS RTEL1_PONAB/112-273 AC Q5RE34.1
#=GS D3UQS2_LISSS/244-395 AC D3UQS2.1
#=GS H3N9Z8_KLEOX/147-269 AC H3N9Z8.1
#=GS Q18E27_HALWD/68-289 AC Q18E27.1
#=GS C8RVT0_CORJE/184-262 AC C8RVT0.1
#=GS F0MQ42_NEIMM/201-286 AC F0MQ42.1
#=GS G2EYT3_ECOLX/186-305 AC G2EYT3.1
#=GS F9QZK6_ECOLX/186-305 AC F9QZK6.1
#=GS B8KSR7_9GAMM/194-275 AC B8KSR7.1
#=GS D3AFR4_9CLOT/251-405 AC D3AFR4.1
#=GS B5FTL2_SALDC/169-247 AC B5FTL2.1
#=GS H4NP08_ECOLX/169-247 AC H4NP08.1
#=GS G2S2Y2_ENTAL/149-269 AC G2S2Y2.1
#=GS E6AAD0_ECOLX/150-269 AC E6AAD0.1
#=GS Q050H5_LEPBL/151-245 AC Q050H5.1
#=GS A1JU46_YERE8/151-269 AC A1JU46.1
#=GS E6GMV2_ENTFL/274-429 AC E6GMV2.1
#=GS H3M6W9_KLEOX/170-247 AC H3M6W9.1
#=GS B5QB11_SALVI/173-271 AC B5QB11.1
#=GS Q46CQ5_METBF/68-285 AC Q46CQ5.1
#=GS B9GPS0_POPTR/146-310 AC B9GPS0.1
#=GS B5FFQ4_VIBFM/167-250 AC B5FFQ4.1
#=GS C3THS7_ECOLX/150-269 AC C3THS7.1
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#=GS D6JJA8_NEIGO/211-296 AC D6JJA8.1
#=GS Q1REC6_ECOUT/150-269 AC Q1REC6.1
#=GS B0HSK8_YERPE/171-247 AC B0HSK8.1
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#=GS C1F796_ACIC5/136-256 AC C1F796.1
#=GS F0CKE1_SALMO/173-271 AC F0CKE1.1
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#=GS G5N9Z4_SALET/173-271 AC G5N9Z4.1
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#=GS D0KS05_SULS9/51-200 AC D0KS05.1
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#=GS F0CM91_SALMO/173-271 AC F0CM91.1
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#=GS Q5SBJ3_CANFA/1-46 AC Q5SBJ3.1
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#=GS E7Y9T5_SALMO/169-247 AC E7Y9T5.1
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#=GS Q64EP0_9ARCH/66-236 AC Q64EP0.1
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#=GS G6Z7W3_VIBCL/164-250 AC G6Z7W3.1
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#=GS I1FY44_AMPQE/95-255 AC I1FY44.1
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#=GS F0N3S2_NEIMO/201-286 AC F0N3S2.1
#=GS A4S8U9_OSTLU/181-363 AC A4S8U9.1
#=GS A7Z5Z1_BACA2/386-478 AC A7Z5Z1.1
#=GS C4UR20_YERRO/154-269 AC C4UR20.1
#=GS A1F9T8_VIBCL/48-134 AC A1F9T8.1
#=GS Q97IG9_CLOAB/258-411 AC Q97IG9.1
#=GS A2DZG3_TRIVA/98-262 AC A2DZG3.1
#=GS H4XIC7_ECOLX/150-269 AC H4XIC7.1
#=GS A0B9R4_METTP/89-301 AC A0B9R4.1
#=GS H3DU89_PRIPA/256-410 AC H3DU89.1
#=GS G7TUZ3_VIBCL/188-274 AC G7TUZ3.1
#=GS C3N601_SULIA/53-200 AC C3N601.1
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#=GS E1I340_ECOLX/186-305 AC E1I340.1
#=GS F4W6K7_ACREC/115-277 AC F4W6K7.1
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#=GS E7J3H9_ECOLX/150-269 AC E7J3H9.1
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#=GS Q4Y133_PLACH/98-301 AC Q4Y133.1
#=GS D4QW77_ENTFC/244-400 AC D4QW77.1
#=GS F9MYL6_PEPMA/248-400 AC F9MYL6.1
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#=GS B4T077_SALNS/173-271 AC B4T077.1
#=GS B0GG44_YERPE/173-269 AC B0GG44.1
#=GS G1XKZ3_ARTOA/227-418 AC G1XKZ3.1
#=GS F3AQY0_9FIRM/268-418 AC F3AQY0.1
#=GS G2T177_ROSHA/289-438 AC G2T177.1
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