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Database: Pfam
Entry: Peripla_BP_1
LinkDB: Peripla_BP_1
Original site: Peripla_BP_1 
#=GF ID   Peripla_BP_1
#=GF AC   PF00532.18
#=GF DE   Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family
#=GF PI   periplasmic_binding_like; 
#=GF AU   Bateman A, Griffiths-Jones SR
#=GF SE   MRC-LMB Genome group
#=GF GA   21.70 21.70;
#=GF TC   21.70 21.70;
#=GF NC   21.60 21.60;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 11927849 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF RN   [1]
#=GF RM   1583688
#=GF RT   1.7 A X-ray structure of the periplasmic ribose receptor from
#=GF RT   Escherichia coli. 
#=GF RA   Mowbray SL, Cole LB; 
#=GF RL   J Mol Biol 1992;225:155-175.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   8638105
#=GF RT   Crystal structure of the lactose operon repressor and its
#=GF RT   complexes with DNA and inducer. 
#=GF RA   Lewis M, Chang G, Horton NC, Kercher MA, Pace HC, Schumacher MA,
#=GF RA   Brennan RG, Lu P; 
#=GF RL   Science 1996;271:1247-1254.
#=GF DR   INTERPRO; IPR001761;
#=GF DR   SCOP; 8abp; sf;
#=GF DR   HOMSTRAD; sugbp;
#=GF DR   TC; 3.A.1;
#=GF CC   This family includes the periplasmic binding proteins, and the
#=GF CC   LacI  family transcriptional regulators. The periplasmic binding
#=GF CC    proteins are the primary receptors for chemotaxis and transport
#=GF CC   of many sugar based solutes.  The LacI family of proteins
#=GF CC   consist of  transcriptional regulators related to the lac
#=GF CC   repressor. In this case, generally the sugar binding domain
#=GF CC   binds a sugar which changes the DNA binding activity of the
#=GF CC   repressor domain (Pfam:PF00356).
#=GF SQ   1054
#=GS R6CGA7_9FIRM/60-328       AC R6CGA7.1
#=GS H6NNS1_9BACL/60-328       AC H6NNS1.1
#=GS A4WGA3_ENT38/58-325       AC A4WGA3.1
#=GS R5IVC9_9CLOT/58-330       AC R5IVC9.1
#=GS X4ZGZ1_9BACL/60-327       AC X4ZGZ1.1
#=GS C4L869_TOLAT/58-322       AC C4L869.1
#=GS G7LWL9_9ENTR/76-339       AC G7LWL9.1
#=GS R6TGW4_9FIRM/60-321       AC R6TGW4.1
#=GS Q6LUU6_PHOPR/59-244       AC Q6LUU6.1
#=GS L7WAI1_NONDD/59-332       AC L7WAI1.1
#=GS U3U0R2_9ENTR/77-225       AC U3U0R2.1
#=GS R7BXD1_9FIRM/60-320       AC R7BXD1.1
#=GS R7HCI2_9FIRM/64-332       AC R7HCI2.1
#=GS A7MPW6_CROS8/64-341       AC A7MPW6.1
#=GS T0VJA5_9ENTE/25-294       AC T0VJA5.1
#=GS R5XCR9_9CLOT/62-173       AC R5XCR9.1
#=GS A8H7X4_SHEPA/60-346       AC A8H7X4.1
#=GS E2XBB9_SHIDY/44-337       AC E2XBB9.1
#=GS D2AZE6_STRRD/69-356       AC D2AZE6.1
#=GS D4BLP5_BIFBR/60-195       AC D4BLP5.1
#=GS A0ZZH3_BIFAA/59-194       AC A0ZZH3.1
#=GS Q1GM33_RUEST/64-320       AC Q1GM33.1
#=GS B2UCB5_RALPJ/33-324       AC B2UCB5.1
#=GS A9KNI6_CLOPH/58-329       AC A9KNI6.1
#=GS A0A0A7EL87_9GAMM/80-339   AC A0A0A7EL87.1
#=GS R7C0F4_9FIRM/60-321       AC R7C0F4.1
#=GS G3XD97_PSEAE/70-333       AC G3XD97.1
#=GS Q9KLN3_VIBCH/45-327       AC Q9KLN3.1
#=GS R4YP18_OLEAN/61-346       AC R4YP18.1
#=GS Q2NQC9_SODGM/63-325       AC Q2NQC9.1
#=GS W0HTH7_9ENTR/25-320       AC W0HTH7.1
#=GS A0A0B5DXZ1_9RHOB/59-324   AC A0A0B5DXZ1.1
#=GS D4LR42_9FIRM/59-324       AC D4LR42.1
#=GS R6KZD0_9FIRM/59-327       AC R6KZD0.1
#=GS U4KCV9_9VIBR/44-305       AC U4KCV9.1
#=GS A5VML6_LACRD/60-314       AC A5VML6.1
#=GS B2VEI0_ERWT9/67-327       AC B2VEI0.1
#=GS D6D279_9BACE/61-333       AC D6D279.1
#=GS B7VS35_VIBTL/40-335       AC B7VS35.1
#=GS X1XCV9_ACYPI/61-125       AC X1XCV9.2
#=GS W8U2U0_YEREN/59-186       AC W8U2U0.1
#=GS A0A089MT37_9BACL/59-328   AC A0A089MT37.1
#=GS F8F332_TRECH/66-317       AC F8F332.1
#=GS B4EDK3_BURCJ/60-324       AC B4EDK3.1
#=GS A0A0C5WB45_9FLAO/59-331   AC A0A0C5WB45.1
#=GS Q32DI0_SHIDS/60-329       AC Q32DI0.1
#=GS V5XLI2_ENTMU/50-287       AC V5XLI2.1
#=GS C4L8B1_TOLAT/26-321       AC C4L8B1.1
#=GS R5QLH8_9FIRM/59-333       AC R5QLH8.1
#=GS R6R3U8_9FIRM/63-246       AC R6R3U8.1
#=GS G8PWD7_PSEFL/58-321       AC G8PWD7.1
#=GS D9R026_CLOSW/58-329       AC D9R026.1
#=GS F2L930_BURGS/27-315       AC F2L930.1
#=GS N6X7Y5_9RHOO/60-323       AC N6X7Y5.1
#=GS Q9CMG1_PASMU/63-322       AC Q9CMG1.1
#=GS R6TIY2_9FIRM/60-332       AC R6TIY2.1
#=GS TORT_ECOLI/44-337         AC P38683.3
#=GS B5H4C8_STRPR/57-327       AC B5H4C8.1
#=GS A0A088QDY3_9CORY/67-354   AC A0A088QDY3.1
#=GS E8NCP8_MICTS/60-332       AC E8NCP8.1
#=GS CCPB_BACSU/59-311         AC P37517.1
#=GS R6LSJ1_9FIRM/63-177       AC R6LSJ1.1
#=GS Q029E0_SOLUE/66-335       AC Q029E0.1
#=GS G9Z0S6_9ENTR/63-320       AC G9Z0S6.1
#=GS A0A075LMV7_9BACI/59-318   AC A0A075LMV7.1
#=GS B5I0S6_9ACTN/135-252      AC B5I0S6.2
#=GS D4W436_9FIRM/59-320       AC D4W436.1
#=GS K8W0F4_PRORE/63-321       AC K8W0F4.1
#=GS W0EY71_9SPHI/61-332       AC W0EY71.1
#=GS G8LSD8_CLOCD/58-266       AC G8LSD8.1
#=GS F5YEA8_TREAZ/69-280       AC F5YEA8.1
#=GS A6TB51_KLEP7/25-320       AC A6TB51.1
#=GS H2IR40_RAHAC/61-326       AC H2IR40.1
#=GS A0KI64_AERHH/68-343       AC A0KI64.1
#=GS Q4KBP2_PSEF5/62-330       AC Q4KBP2.1
#=GS A0A0A0Z1N5_9ENTR/63-322   AC A0A0A0Z1N5.1
#=GS T1HMJ0_RHOPR/56-136       AC T1HMJ0.1
#=GS D1BY69_XYLCX/66-322       AC D1BY69.1
#=GS A0A075K7F7_9FIRM/60-324   AC A0A075K7F7.1
#=GS R3TIJ0_9ENTE/59-328       AC R3TIJ0.1
#=GS R5EX87_9CLOT/58-332       AC R5EX87.1
#=GS C8W857_ATOPD/63-322       AC C8W857.1
#=GS A0A089PFA4_PLUGE/60-329   AC A0A089PFA4.1
#=GS R5MMW6_9FIRM/62-329       AC R5MMW6.1
#=GS R6TPQ5_9FIRM/64-305       AC R6TPQ5.1
#=GS U3TVR3_9ENTR/59-226       AC U3TVR3.1
#=GS J9W4R2_LACBU/1-252        AC J9W4R2.1
#=GS CRA_ECOLI/61-327          AC P0ACP1.1
#=GS CRA_ECOLI/61-327          DR PDB; 2IKS A; 61-327;
#=GS CRA_ECOLI/61-327          DR PDB; 2IKS B; 61-327;
#=GS D4KII7_9FIRM/59-187       AC D4KII7.1
#=GS Q8EHJ2_SHEON/58-345       AC Q8EHJ2.1
#=GS D2PLE1_KRIFD/70-338       AC D2PLE1.1
#=GS A7GSM6_BACCN/59-312       AC A7GSM6.1
#=GS V5WDS4_9SPIO/67-331       AC V5WDS4.1
#=GS D5WLQ7_BURSC/81-352       AC D5WLQ7.1
#=GS B4EY42_PROMH/63-324       AC B4EY42.1
#=GS F4CF89_SPHS2/61-328       AC F4CF89.1
#=GS Q9HY54_PSEAE/61-295       AC Q9HY54.1
#=GS M4RCY3_9BIFI/59-195       AC M4RCY3.1
#=GS R5HWX8_9FIRM/63-225       AC R5HWX8.1
#=GS A1A3I5_BIFAA/63-317       AC A1A3I5.1
#=GS A0A089MMF1_9BACL/60-328   AC A0A089MMF1.1
#=GS C9ABU1_ENTCA/61-330       AC C9ABU1.1
#=GS G8QCG1_PSEFL/70-329       AC G8QCG1.1
#=GS Q03FJ7_PEDPA/59-302       AC Q03FJ7.1
#=GS D4LR67_9FIRM/61-321       AC D4LR67.1
#=GS A1S317_SHEAM/67-332       AC A1S317.1
#=GS A0A097R2F2_HAFAL/25-320   AC A0A097R2F2.1
#=GS S0NG06_9ENTE/60-229       AC S0NG06.1
#=GS D3EM79_GEOS4/59-322       AC D3EM79.1
#=GS A0A0A1B5Z9_9ENTR/61-325   AC A0A0A1B5Z9.1
#=GS A0A0A6ZRQ1_SHIDY/42-220   AC A0A0A6ZRQ1.1
#=GS A0A0D3VD06_9BACL/66-334   AC A0A0D3VD06.1
#=GS PURR_ACTP2/59-325         AC A3N0H9.1
#=GS R6VM05_9BACT/63-328       AC R6VM05.1
#=GS B8IEE6_METNO/83-337       AC B8IEE6.1
#=GS G8Q167_PSEFL/31-326       AC G8Q167.1
#=GS A5HXZ7_CLOBH/60-328       AC A5HXZ7.1
#=GS C6PV06_9CLOT/60-335       AC C6PV06.1
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         AC P02924.2
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 1BAP A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 7ABP A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 6ABP A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 1ABF A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 5ABP A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 2WRZ B; 2-295;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 9ABP A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 1APB A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 1ABE A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 2WRZ A; 2-297;
#=GS ARAF_ECOLI/25-320         DR PDB; 8ABP A; 2-297;
#=GS Q92W55_RHIME/25-319       AC Q92W55.1
#=GS F0RGX0_CELLC/63-328       AC F0RGX0.1
#=GS A0A0A1B0M2_9ENTR/67-307   AC A0A0A1B0M2.1
#=GS A4WBR5_ENT38/25-320       AC A4WBR5.1
#=GS E1R3U6_SPISS/59-257       AC E1R3U6.1
#=GS A0A0A1GVG5_9LACO/64-298   AC A0A0A1GVG5.1
#=GS S5Y1C6_PARAH/70-255       AC S5Y1C6.1
#=GS R5U9S6_9FIRM/64-330       AC R5U9S6.1
#=GS A0A089NLY9_9BACL/68-195   AC A0A089NLY9.1
#=GS YKVZ_BACSU/59-319         AC O31690.1
#=GS Q87FK6_VIBPA/32-327       AC Q87FK6.1
#=GS A0A0A1D3G5_9MICC/59-324   AC A0A0A1D3G5.1
#=GS A0A0C5W518_9GAMM/63-336   AC A0A0C5W518.1
#=GS X2H887_9GAMM/62-332       AC X2H887.1
#=GS Q9CDR9_LACLA/59-136       AC Q9CDR9.1
#=GS E0SBY8_DICD3/25-320       AC E0SBY8.1
#=GS C1DMI0_AZOVD/62-330       AC C1DMI0.1
#=GS D8IH75_LACFC/63-315       AC D8IH75.1
#=GS A4JNE1_BURVG/60-329       AC A4JNE1.1
#=GS A9KIY3_CLOPH/65-334       AC A9KIY3.1
#=GS A0A077LI36_9PSED/61-323   AC A0A077LI36.1
#=GS D4BRK2_BIFBR/44-308       AC D4BRK2.1
#=GS D1AFZ7_SEBTE/54-325       AC D1AFZ7.1
#=GS V5XLK7_ENTMU/64-331       AC V5XLK7.1
#=GS G8QUM4_SPHPG/60-326       AC G8QUM4.1
#=GS R6R3E2_9FIRM/63-345       AC R6R3E2.1
#=GS Q481A3_COLP3/67-332       AC Q481A3.1
#=GS C4ZP40_THASP/55-329       AC C4ZP40.1
#=GS A0A089UCE2_9ENTR/61-335   AC A0A089UCE2.1
#=GS GNTR_ECOLI/63-319         AC P0ACP5.1
#=GS I3U4N6_ENTFC/59-195       AC I3U4N6.1
#=GS A0A0A6ZX95_SHIDY/126-167  AC A0A0A6ZX95.1
#=GS Q8NR13_CORGL/70-332       AC Q8NR13.1
#=GS R5BQ41_9FIRM/62-333       AC R5BQ41.1
#=GS R5UUZ6_9FIRM/63-185       AC R5UUZ6.1
#=GS I0DQP8_PROSM/61-295       AC I0DQP8.1
#=GS Q32HR6_SHIDS/44-337       AC Q32HR6.1
#=GS A4APD6_MARSH/63-332       AC A4APD6.1
#=GS M4U3J9_9GAMM/61-263       AC M4U3J9.1
#=GS D4LN25_9FIRM/59-232       AC D4LN25.1
#=GS G0GEM2_SPITZ/64-332       AC G0GEM2.1
#=GS A8AQY9_CITK8/81-337       AC A8AQY9.1
#=GS C1DJU3_AZOVD/70-326       AC C1DJU3.1
#=GS B4RGH5_PHEZH/71-189       AC B4RGH5.1
#=GS C6D6C6_PAESJ/99-366       AC C6D6C6.1
#=GS X1WZJ4_ACYPI/196-460      AC X1WZJ4.1
#=GS A1WPD2_VEREI/28-322       AC A1WPD2.1
#=GS E4RQZ7_LEAB4/61-333       AC E4RQZ7.1
#=GS Q035V9_LACC3/59-253       AC Q035V9.1
#=GS A0A0D5VEZ0_9BURK/33-323   AC A0A0D5VEZ0.1
#=GS Q13WQ4_BURXL/60-329       AC Q13WQ4.1
#=GS I0GW39_SELRL/59-323       AC I0GW39.1
#=GS H2J0W8_RAHAC/26-321       AC H2J0W8.1
#=GS K8W3I8_PRORE/47-339       AC K8W3I8.1
#=GS I2F8R7_9BACT/61-311       AC I2F8R7.1
#=GS D2Q5I0_BIFDB/61-331       AC D2Q5I0.1
#=GS E6WCZ4_PANSA/59-319       AC E6WCZ4.1
#=GS A4VI83_PSEU5/61-322       AC A4VI83.1
#=GS A1R2D6_ARTAT/6-284        AC A1R2D6.1
#=GS A1VIS1_POLNA/59-321       AC A1VIS1.1
#=GS B1M1W0_METRJ/70-321       AC B1M1W0.1
#=GS Q8Y3U4_LISMO/59-316       AC Q8Y3U4.1
#=GS R5WUH5_9FIRM/63-253       AC R5WUH5.1
#=GS B8I9A7_CLOCE/59-324       AC B8I9A7.1
#=GS I3WGN4_BIFBI/61-323       AC I3WGN4.1
#=GS R5X1B5_9FIRM/64-345       AC R5X1B5.1
#=GS B1ZXT8_OPITP/87-227       AC B1ZXT8.1
#=GS R5SVR8_9CLOT/65-326       AC R5SVR8.1
#=GS R5TLJ1_9FIRM/59-326       AC R5TLJ1.1
#=GS D5AKQ2_RHOCB/70-331       AC D5AKQ2.1
#=GS E4T6S1_PALPW/62-330       AC E4T6S1.1
#=GS MALI_ECOLI/64-342         AC P18811.2
#=GS A9WLE6_RENSM/85-308       AC A9WLE6.1
#=GS A9BS23_DELAS/104-308      AC A9BS23.1
#=GS F6AJ73_PSEF1/61-260       AC F6AJ73.1
#=GS D2Q7G4_BIFDB/59-319       AC D2Q7G4.1
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#=GS K0AYX8_CLOA9/60-325       AC K0AYX8.1
#=GS I3VRA5_THESW/60-326       AC I3VRA5.1
#=GS A4W7I7_ENT38/61-336       AC A4W7I7.1
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#=GS A3HS03_9BACT/62-331       AC A3HS03.1
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#=GS Q81M22_BACAN/59-308       AC Q81M22.1
#=GS R5UM75_9FIRM/74-330       AC R5UM75.1
#=GS A8G9R6_SERP5/61-326       AC A8G9R6.1
#=GS A7MNZ8_CROS8/59-289       AC A7MNZ8.1
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#=GS F0S7B6_PSESL/61-329       AC F0S7B6.1
#=GS S5XKD7_PARAH/68-328       AC S5XKD7.1
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#=GS X1XKF0_ACYPI/78-292       AC X1XKF0.1
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