GenomeNet

Database: Pfam
Entry: Phage_F
LinkDB: Phage_F
Original site: Phage_F 
#=GF ID   Phage_F
#=GF AC   PF02305.16
#=GF DE   Capsid protein (F protein)
#=GF AU   Mian N, Bateman A, Haft D
#=GF SE   Pfam-B_10357 (release 5.2)
#=GF GA   25.00 25.00;
#=GF TC   69.80 26.40;
#=GF NC   22.60 21.90;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 26740544 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF RN   [1]
#=GF RM   8642594
#=GF RT   Atomic structure of the degraded procapsid particle of the
#=GF RT   bacteriophage G4: induced structural changes in the presence of
#=GF RT   calcium ions and functional implications. 
#=GF RA   McKenna R, Bowman BR, Ilag LL, Rossmann MG, Fane BA; 
#=GF RL   J Mol Biol 1996;256:736-750.
#=GF DR   INTERPRO; IPR003514;
#=GF DR   SCOP; 2bpa; fa;
#=GF CC   This is a family of proteins from single-stranded DNA
#=GF CC   bacteriophages. Protein F is the major capsid component, sixty
#=GF CC   copies of which are found in the virion.
#=GF SQ   154
#=GS A0A0P1GKH5_9RHOB/185-425  AC A0A0P1GKH5.1
#=GS R6P598_9CLOT/15-533       AC R6P598.1
#=GS A0A0M7B7E7_9RHOB/185-425  AC A0A0M7B7E7.1
#=GS A0A085MQ25_9BILA/1-126    AC A0A085MQ25.1
#=GS A0A161LSW1_9MICO/2-189    AC A0A161LSW1.1
#=GS W6TN90_9SPHI/2-189        AC W6TN90.1
#=GS A0A0P1F782_THAGE/2-189    AC A0A0P1F782.1
#=GS U7UB17_9BURK/2-189        AC U7UB17.1
#=GS A0A0S4T5X0_HYMMI/1-142    AC A0A0S4T5X0.1
#=GS A0A183L7Q5_9TREM/46-138   AC A0A183L7Q5.1
#=GS A0A0M3HGF0_ASCLU/2-188    AC A0A0M3HGF0.1
#=GS A0A0G2FSR7_9EURO/2-104    AC A0A0G2FSR7.1
#=GS S7IL89_CHLPS/1-57         AC S7IL89.1
#=GS A0A0C2YT55_9PROT/12-193   AC A0A0C2YT55.1
#=GS A0A0M7B7E7_9RHOB/2-189    AC A0A0M7B7E7.1
#=GS A0A0N5C5A0_STREA/2-188    AC A0A0N5C5A0.1
#=GS A0A0P1EVF8_9RHOB/185-425  AC A0A0P1EVF8.1
#=GS U2KFM1_9STRE/1-137        AC U2KFM1.1
#=GS A0A095ZKH6_9BACT/259-551  AC A0A095ZKH6.1
#=GS S9ZL04_9RHOO/2-189        AC S9ZL04.1
#=GS B7AJX1_BACEV/9-148        AC B7AJX1.1
#=GS CAPSD_BPPHM/13-529        AC Q9G059.1
#=GS U2QND4_9FIRM/1-210        AC U2QND4.1
#=GS A0A0P1F782_THAGE/185-425  AC A0A0P1F782.1
#=GS A0A0P1IJ60_9RHOB/185-425  AC A0A0P1IJ60.1
#=GS A0A183A0S1_9TREM/2-189    AC A0A183A0S1.1
#=GS L1NWC8_9NEIS/1-178        AC L1NWC8.1
#=GS A0A0D2HMM3_9DELT/1-94     AC A0A0D2HMM3.1
#=GS W6TSV4_9SPHI/185-425      AC W6TSV4.1
#=GS A0A0P1FZ68_9RHOB/185-425  AC A0A0P1FZ68.1
#=GS A0A0R3VY80_TAEAS/2-188    AC A0A0R3VY80.1
#=GS L8D581_9GAMM/185-425      AC L8D581.1
#=GS U7UB17_9BURK/185-425      AC U7UB17.1
#=GS U2B012_9CLOT/134-310      AC U2B012.1
#=GS CAPSD_BPCHP/16-593        AC P19192.2
#=GS U4L5C1_PYROM/46-285       AC U4L5C1.1
#=GS V7IAI0_9CLOT/2-189        AC V7IAI0.1
#=GS CAPSD_SPV4/16-550         AC P11333.1
#=GS A0A0A1PM56_9FUNG/46-285   AC A0A0A1PM56.1
#=GS S9P5R3_9DELT/2-189        AC S9P5R3.1
#=GS B7AJX1_BACEV/161-577      AC B7AJX1.1
#=GS A0A063BCG5_9BURK/185-425  AC A0A063BCG5.1
#=GS A0A0U1NPE4_9RHOB/185-425  AC A0A0U1NPE4.1
#=GS A0A0D2J0S4_9DELT/185-331  AC A0A0D2J0S4.1
#=GS CAPSD_BPPHS/2-189         AC P03641.2
#=GS CAPSD_BPPHS/2-189         DR PDB; 1AL0 F; 184-421;
#=GS CAPSD_BPPHS/2-189         DR PDB; 1CD3 F; 184-424;
#=GS CAPSD_BPPHS/2-189         DR PDB; 2BPA 1; 184-424;
#=GS A0A0K8JKK8_9FIRM/2-189    AC A0A0K8JKK8.1
#=GS F0F5W9_9BACT/225-531      AC F0F5W9.1
#=GS S7JC19_CHLPS/1-90         AC S7JC19.1
#=GS A0A060UT12_9PROT/2-189    AC A0A060UT12.1
#=GS A0A135TKS6_9PEZI/2-189    AC A0A135TKS6.1
#=GS A0A0M6YCI8_9RHOB/2-189    AC A0A0M6YCI8.1
#=GS A0A017HMA9_9RHOB/46-285   AC A0A017HMA9.1
#=GS W1J290_9GAMM/2-189        AC W1J290.1
#=GS W2UJU7_9FLAO/2-242        AC W2UJU7.1
#=GS V2IZY9_9BURK/2-189        AC V2IZY9.1
#=GS W6TN90_9SPHI/185-425      AC W6TN90.1
#=GS A0A0W1NG07_9ACTN/2-189    AC A0A0W1NG07.1
#=GS A0A0D2J0S4_9DELT/2-188    AC A0A0D2J0S4.1
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#=GS A0A183I419_9BILA/114-278  AC A0A183I419.1
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#=GS A0A0R3SML9_HYMDI/2-100    AC A0A0R3SML9.1
#=GS S4N7D7_CHLPS/185-425      AC S4N7D7.1
#=GS CAPSD_BPPHS/185-425       AC P03641.2
#=GS CAPSD_BPPHS/185-425       DR PDB; 1AL0 F; 184-421;
#=GS CAPSD_BPPHS/185-425       DR PDB; 1CD3 F; 184-424;
#=GS CAPSD_BPPHS/185-425       DR PDB; 2BPA 1; 184-424;
#=GS A0A0F7U3T1_9EURO/185-291  AC A0A0F7U3T1.1
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#=GS A0A0N7M3V0_9RHOB/185-425  AC A0A0N7M3V0.1
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#=GS S7IM71_CHLPS/1-87         AC S7IM71.1
#=GS A0A0M3HGF0_ASCLU/185-284  AC A0A0M3HGF0.1
#=GS A0A0N7M3V0_9RHOB/2-189    AC A0A0N7M3V0.1
#=GS D1PY00_9BACT/8-127        AC D1PY00.1
#=GS A0A0P1ISW2_9RHOB/185-425  AC A0A0P1ISW2.1
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#=GS A0A183I419_9BILA/1-55     AC A0A183I419.1
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#=GS A0A0F7U3T1_9EURO/2-189    AC A0A0F7U3T1.1
#=GS S4N7D7_CHLPS/2-189        AC S4N7D7.1
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#=GS L8D581_9GAMM/2-189        AC L8D581.1
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#=GS A0A0G2FSR7_9EURO/101-340  AC A0A0G2FSR7.1
#=GS A0A017HMA9_9RHOB/1-48     AC A0A017HMA9.1
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#=GS U2B012_9CLOT/1-137        AC U2B012.1
#=GS S9QFJ2_9RHOB/1-117        AC S9QFJ2.1
#=GS A0A0N4Z2Y8_PARTI/2-188    AC A0A0N4Z2Y8.1
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#=GS A0A0U1NPE4_9RHOB/2-189    AC A0A0U1NPE4.1
#=GS S7KPA5_CHLPS/1-87         AC S7KPA5.1
#=GS K2G6L8_9BACI/186-360      AC K2G6L8.1
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#=GS A0A183I419_9BILA/53-116   AC A0A183I419.1
#=GS W2TEX7_NECAM/1-486        AC W2TEX7.1
#=GS M1WS61_9NOST/1-229        AC M1WS61.1
#=GS U2BBJ3_9PSED/2-189        AC U2BBJ3.1
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#=GS A0A060UT12_9PROT/185-425  AC A0A060UT12.1
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#=GS U4L5C1_PYROM/1-48         AC U4L5C1.1
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#=GS W6TSV4_9SPHI/2-189        AC W6TSV4.1
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A0A0P1GKH5_9RHOB/185-425             ..............................tt------------------------------------------------------------------------------.---------.----..........................---------------.---------------.-..........---..........-----------------------------------.........---------.............---....---------------------------....-------..........----------.....---------------....-------.......----------....---............-------STTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDY.FMQRYHDVISSFGGKTSYDAD-NRPLLVMRSNLWASGYDVDGTDQT...--...---.-........-S..LGQFSGRV.qQTYKHSV..PRFFV.pEHGTMFTLALVRFPPTAT.K.EIQYLNAKGALTYtDIAgDPVLyGNLPPREISMKDVF--.......................RS.GDSSKKF.KIAEG-QWYRYAPSYVSPAY-----HLLEGF.....PF..-.....-..-..IQ..EPPsgDLQERVLIRH.HD..YDQCFQ-....SV.QLLQWNS.QVKFNVTVYRNLPTTRDSIM............................................................
R6P598_9CLOT/15-533                  ................................SRVPQIRKQRSIFPVNFSRKQTQVASYLVPIFYQEVLPGDTWQINLQSFIRLETQLTSPIDNLWVKTYFFFDPHRLQW.ENFPKQHGE.RKNP..........................NDTIDYLTPTITYPD.G-IEYKSLADYLGRTrC..........GIK..........NTKMTSLGHRMYNRIYNAYFRSERLQDSLF--END.........TDEDDRPEN.............YKL....VKIGKDRDYFTNCLPDLQLGEQVQIPL....GTRAPILga.....yksASNAEGTENV.....GTLNNIYDNQYQMQS....LYMTKSF.......VNNNQIVYSG....-QE............GLYADLSQAVSATISAMRLAIDTQEILERDNR.NGTRYTEQLEGRYGCLNPDLLMYRPQYLGGTSSPLFTTPVVQTSGTgstGQ...ATP.Q........GN..IAGFGTNA..-DRGEVV..RASFG..EFGAIMGLAVIKAIPEYQ.Q.GMGKCWNR-MERY.DYY.YPEF.NGLSDQAVTNSEIFYQ.......................AN.EQDDEVF.GYIPRYDDYRTFINEICGELRSEYQYTQDIW.....HY..G.....E..K..FE..TLP..KLNDDFIQDK.TNeiVKRTIAVqndeNG.DAEQFLC.DFQFTGSVTRGMPSHAIP--qt..........................................................
A0A0M7B7E7_9RHOB/185-425             ..............................tt------------------------------------------------------------------------------.---------.----..........................---------------.---------------.-..........---..........-----------------------------------.........---------.............---....---------------------------....-------..........----------.....---------------....-------.......----------....---............-------STTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDY.FMQRYHDVISSFGGKTSYDAD-NRPLLVMRSNLWASGYDVDGTDQT...--...---.-........-S..LGQFSGRV.qQTYKHSV..PRFFV.pEHGTMFTLALVRFPPTAT.K.EIQYLNAKGALTYtDIAgDPVLyGNLPPREISMKDVF--.......................RS.GDSSKKF.KIAEG-QWYRYAPSYVSPAY-----HLLEGF.....PF..-.....-..-..IQ..EPPsgDLQERVLIRH.HD..YDQCFQ-....SV.QLLQWNS.QVKFNVTVYRNLPTTRDSIM............................................................
A0A085MQ25_9BILA/1-126               ................................------------------------------------------------------------------------------.---------.----..........................---------------.---------------.-..........---..........-----------------------------------.........---------.............---....---------------------------....-------..........----------.....---------------....-------.......----------....---............--------------------------------.----------------------------------------------...--...---.-........--..---YALST..-DSKRLF..TKSFV..EHGWILGLCSVTADLTYQ.Q.GLDKMWSR-FSKY.DFY.WPTF.AHLGEQPVLNKELYCQpdsv..............kdsatGA.AVNDLPF.GYQERYAEYRYKRSLITGRFRSNSSSPLDSW.....HL..S.....Q..K..F-..---..----------.--..-------....--.-------.--------------------g...........................................................
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W6TN90_9SPHI/2-189                   ................................SNIQTG-AERMPHDLSHLGFLAGQIGRLITISTTPVIAGDSFEMDAVGALRLSPLRRGLAIDSTVDIFTFYVPHRHVYgEQWIKFMKD.GVNA..........................------------TPL.PTVNTXGYIDHAAFL.G..........TINp........dTNKIPKHLFQGYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPNE.........LNQDDARYG.............---....FRCCHLKNIWTAPLP-PETELSRQMTT....S------..........----------.....---------------....-------.......----------....---............--------------------------------.----------------------------------------------...--...---.-........--..--------..-------..-----..------------------.-.-------------.---.----.----------------.......................--.-------.-------------------------------.....--..-.....-..-..--..---..----------.--..-------....--.-------.--------------------tt..........................................................
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