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Database: Pfam
Entry: Smg4_UPF3
LinkDB: Smg4_UPF3
Original site: Smg4_UPF3 
#=GF ID   Smg4_UPF3
#=GF AC   PF03467.10
#=GF DE   Smg-4/UPF3 family
#=GF AU   Bateman A
#=GF SE   Bateman A
#=GF GA   21.30 21.30;
#=GF TC   22.10 21.60;
#=GF NC   19.50 20.90;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   11368911
#=GF RT   Molecular identification of smg-4, required for mRNA
#=GF RT   surveillance in C. elegans. 
#=GF RA   Aronoff R, Baran R, Hodgkin J; 
#=GF RL   Gene 2001;268:153-164.
#=GF DR   INTERPRO; IPR005120;
#=GF DR   SCOP; 1uw4; fa;
#=GF CC   This family contains proteins that are involved in nonsense
#=GF CC   mediated mRNA decay. A process that is triggered by premature
#=GF CC   stop codons in mRNA. The family includes Smg-4 [1] and UPF3.
#=GF SQ   408
#=GS B3KSJ3_HUMAN/43-211     AC B3KSJ3.1
#=GS F1L5M8_ASCSU/13-187     AC F1L5M8.1
#=GS Q9P3I2_NEUCS/29-192     AC Q9P3I2.1
#=GS REN3B_HUMAN/43-214      AC Q9BZI7.1
#=GS REN3B_HUMAN/43-214      DR PDB; 1UW4 A; 50-140;
#=GS REN3B_HUMAN/43-214      DR PDB; 1UW4 C; 50-140;
#=GS A8ILB6_CHLRE/1-119      AC A8ILB6.1
#=GS B0WEG5_CULQU/53-221     AC B0WEG5.1
#=GS E7KCV6_YEASA/79-277     AC E7KCV6.1
#=GS Q5I0C8_RAT/59-226       AC Q5I0C8.1
#=GS E7QER6_YEASZ/79-131     AC E7QER6.1
#=GS D4A9C4_RAT/44-205       AC D4A9C4.1
#=GS E3QWG2_COLGM/34-212     AC E3QWG2.1
#=GS I1IY03_BRADI/1-170      AC I1IY03.1
#=GS G1K9N0_ANOCA/1-160      AC G1K9N0.1
#=GS G7IN71_MEDTR/1-164      AC G7IN71.1
#=GS G0PME8_CAEBE/6-180      AC G0PME8.1
#=GS Q80UI8_MOUSE/1-127      AC Q80UI8.1
#=GS G3U0F8_LOXAF/43-210     AC G3U0F8.1
#=GS C5FKC4_ARTOC/35-219     AC C5FKC4.1
#=GS E0VEA6_PEDHC/43-210     AC E0VEA6.1
#=GS F1QNX7_DANRE/30-197     AC F1QNX7.1
#=GS C4XX73_CLAL4/31-205     AC C4XX73.1
#=GS E3KLJ0_PUCGT/1-178      AC E3KLJ0.2
#=GS Q17EN9_AEDAE/76-243     AC Q17EN9.1
#=GS B4LNY5_DROVI/12-181     AC B4LNY5.1
#=GS D5G5H2_TUBMM/27-224     AC D5G5H2.1
#=GS A9S1K5_PHYPA/1-77       AC A9S1K5.1
#=GS Q9CTQ4_MOUSE/59-155     AC Q9CTQ4.1
#=GS Q7R9Y2_PLAYO/145-317    AC Q7R9Y2.1
#=GS Q9CS15_MOUSE/44-211     AC Q9CS15.1
#=GS H0WQC7_OTOGA/43-211     AC H0WQC7.1
#=GS Q1K5B7_NEUCR/29-192     AC Q1K5B7.1
#=GS Q9CUH6_MOUSE/59-226     AC Q9CUH6.1
#=GS Q0UNF3_PHANO/37-193     AC Q0UNF3.2
#=GS B9MWF3_POPTR/4-77       AC B9MWF3.1
#=GS C1H3B3_PARBA/29-204     AC C1H3B3.1
#=GS Q4Z6T2_PLABA/1-120      AC Q4Z6T2.1
#=GS G0NPM3_CAEBE/6-180      AC G0NPM3.1
#=GS H2RI40_PANTR/1-158      AC H2RI40.1
#=GS E9ENT0_METAR/81-258     AC E9ENT0.1
#=GS G7E1D3_MIXOS/46-243     AC G7E1D3.1
#=GS Q292Q8_DROPS/29-198     AC Q292Q8.2
#=GS C1BL00_OSMMO/28-196     AC C1BL00.1
#=GS D2HTR2_AILME/3-169      AC D2HTR2.1
#=GS G1SYU5_RABIT/43-211     AC G1SYU5.1
#=GS B9N750_POPTR/2-116      AC B9N750.1
#=GS E4X0R0_OIKDI/2-167      AC E4X0R0.1
#=GS I1MJU4_SOYBN/1-170      AC I1MJU4.1
#=GS G0RL23_HYPJQ/42-217     AC G0RL23.1
#=GS G7NRA7_MACMU/43-211     AC G7NRA7.1
#=GS H9EZ34_MACMU/61-143     AC H9EZ34.1
#=GS F7E8W7_ORNAN/1-160      AC F7E8W7.1
#=GS Q5BG25_EMENI/32-211     AC Q5BG25.1
#=GS H0V8N8_CAVPO/59-226     AC H0V8N8.1
#=GS G0SXM2_RHOG2/8-182      AC G0SXM2.1
#=GS A5BSM7_VITVI/76-245     AC A5BSM7.1
#=GS D3ZBE8_RAT/44-211       AC D3ZBE8.1
#=GS F7ISJ0_CALJA/41-208     AC F7ISJ0.1
#=GS E2B289_CAMFO/38-208     AC E2B289.1
#=GS E6R9A2_CRYGW/5-158      AC E6R9A2.1
#=GS C4QWH4_PICPG/12-183     AC C4QWH4.1
#=GS A6RH88_AJECN/31-204     AC A6RH88.1
#=GS C6HF02_AJECH/31-204     AC C6HF02.1
#=GS H3HFW4_STRPU/1226-1389  AC H3HFW4.1
#=GS D4D8J2_TRIVH/88-263     AC D4D8J2.1
#=GS G4UU57_NEUT9/30-193     AC G4UU57.1
#=GS C3ZF64_BRAFL/27-203     AC C3ZF64.1
#=GS C0SIV0_PARBP/29-204     AC C0SIV0.1
#=GS E3LBN3_PUCGT/1-178      AC E3LBN3.2
#=GS D8LCG9_ECTSI/136-224    AC D8LCG9.1
#=GS B9QA69_TOXGO/278-430    AC B9QA69.1
#=GS H2NKF2_PONAB/61-228     AC H2NKF2.1
#=GS G1KZX9_AILME/43-211     AC G1KZX9.1
#=GS B6QNL8_PENMQ/27-201     AC B6QNL8.1
#=GS B4GCY1_DROPE/29-198     AC B4GCY1.1
#=GS G3PZK2_GASAC/28-196     AC G3PZK2.1
#=GS H0EKM9_GLAL7/36-212     AC H0EKM9.1
#=GS F7WA87_SORMK/30-209     AC F7WA87.1
#=GS G1XUW6_ARTOA/45-239     AC G1XUW6.1
#=GS I1RCX9_GIBZE/42-219     AC I1RCX9.1
#=GS F1NA07_CHICK/1-167      AC F1NA07.1
#=GS B1N4T0_ENTHI/4-123      AC B1N4T0.1
#=GS D3ZFY9_RAT/1-119        AC D3ZFY9.1
#=GS B3MCL9_DROAN/26-195     AC B3MCL9.1
#=GS G7PVT1_MACFA/1-160      AC G7PVT1.1
#=GS Q149I6_MOUSE/44-199     AC Q149I6.1
#=GS B4DGE0_HUMAN/61-145     AC B4DGE0.1
#=GS B0D4A2_LACBS/32-201     AC B0D4A2.1
#=GS F0ZUD0_DICPU/2-166      AC F0ZUD0.1
#=GS I1LTB2_SOYBN/1-170      AC I1LTB2.1
#=GS G4NH83_MAGO7/34-211     AC G4NH83.1
#=GS F7AIY8_CALJA/61-228     AC F7AIY8.1
#=GS D6W8W1_TRICA/19-183     AC D6W8W1.1
#=GS G8C0B0_TETPH/59-261     AC G8C0B0.1
#=GS G7IN70_MEDTR/1-164      AC G7IN70.1
#=GS F6WLN3_MONDO/27-194     AC F6WLN3.1
#=GS Q00V81_OSTTA/36-231     AC Q00V81.1
#=GS C5J7W6_DANRE/35-153     AC C5J7W6.1
#=GS G7IYF2_MEDTR/2-172      AC G7IYF2.1
#=GS G1TWE9_RABIT/43-211     AC G1TWE9.1
#=GS H1VTI4_COLHI/34-212     AC H1VTI4.1
#=GS E7KNP3_YEASL/40-238     AC E7KNP3.1
#=GS B2B1Y1_PODAN/30-205     AC B2B1Y1.1
#=GS G8ZTX3_TORDC/58-256     AC G8ZTX3.1
#=GS C6TAS1_SOYBN/1-60       AC C6TAS1.1
#=GS G1R7L8_NOMLE/62-229     AC G1R7L8.1
#=GS A1DNJ5_NEOFI/34-208     AC A1DNJ5.1
#=GS C7GXQ2_YEAS2/79-277     AC C7GXQ2.1
#=GS I1KFZ1_SOYBN/9-178      AC I1KFZ1.1
#=GS A7F795_SCLS1/32-209     AC A7F795.1
#=GS F2TMD1_AJEDA/30-204     AC F2TMD1.1
#=GS G5AVU4_HETGA/59-226     AC G5AVU4.1
#=GS G2WEF7_YEASK/79-277     AC G2WEF7.1
#=GS Q0VAK7_HUMAN/43-211     AC Q0VAK7.1
#=GS H2U5J3_TAKRU/38-206     AC H2U5J3.1
#=GS H2KV77_CLOSI/7-173      AC H2KV77.1
#=GS G3SHD9_GORGO/1-73       AC G3SHD9.1
#=GS H2L623_ORYLA/28-198     AC H2L623.1
#=GS C4JQR3_UNCRE/33-212     AC C4JQR3.1
#=GS F0X6S9_GROCL/42-240     AC F0X6S9.1
#=GS G5B863_HETGA/68-188     AC G5B863.1
#=GS Q5BVY7_SCHJA/3-182      AC Q5BVY7.2
#=GS B9R8X7_RICCO/5-175      AC B9R8X7.1
#=GS F6GYB6_VITVI/1-170      AC F6GYB6.1
#=GS H3AJN5_LATCH/28-196     AC H3AJN5.1
#=GS H0ZGT6_TAEGU/5-172      AC H0ZGT6.1
#=GS H9HLK3_ATTCE/36-206     AC H9HLK3.1
#=GS H2U5J4_TAKRU/2-170      AC H2U5J4.1
#=GS D7KJC7_ARALL/1-170      AC D7KJC7.1
#=GS F2DIH1_HORVD/30-199     AC F2DIH1.1
#=GS G7Q3K7_MACFA/43-211     AC G7Q3K7.1
#=GS E2BG06_HARSA/36-206     AC E2BG06.1
#=GS F7D7Z2_ORNAN/1-166      AC F7D7Z2.1
#=GS D4AZW4_ARTBC/34-209     AC D4AZW4.1
#=GS B3NQ17_DROER/21-191     AC B3NQ17.1
#=GS G3W3H2_SARHA/48-216     AC G3W3H2.1
#=GS B3H5N7_ARATH/1-172      AC B3H5N7.1
#=GS H2U5J1_TAKRU/11-179     AC H2U5J1.1
#=GS Q7Q545_ANOGA/60-230     AC Q7Q545.4
#=GS Q756Q0_ASHGO/111-314    AC Q756Q0.1
#=GS H9KW57_CALJA/61-142     AC H9KW57.1
#=GS F6VUW6_CIOIN/3-153      AC F6VUW6.2
#=GS C5DEE0_LACTC/58-263     AC C5DEE0.1
#=GS I1PLJ1_ORYGL/8-177      AC I1PLJ1.1
#=GS I1JZF3_SOYBN/3-172      AC I1JZF3.1
#=GS F6V224_MACMU/43-211     AC F6V224.1
#=GS C5DR43_ZYGRC/60-259     AC C5DR43.1
#=GS A9RK13_PHYPA/26-142     AC A9RK13.1
#=GS D8Q7T9_SCHCM/94-266     AC D8Q7T9.1
#=GS E5R363_ARTGP/35-210     AC E5R363.1
#=GS A7TN58_VANPO/87-289     AC A7TN58.1
#=GS F8NS65_SERL9/25-211     AC F8NS65.1
#=GS E3MHM6_CAERE/1-71       AC E3MHM6.1
#=GS F7IFT6_CALJA/61-143     AC F7IFT6.1
#=GS D8RM95_SELML/1-116      AC D8RM95.1
#=GS Q23DR7_TETTS/2-91       AC Q23DR7.1
#=GS H0XWH7_OTOGA/43-212     AC H0XWH7.1
#=GS A9RK13_PHYPA/178-258    AC A9RK13.1
#=GS F7IFT2_CALJA/1-87       AC F7IFT2.1
#=GS G3RVN9_GORGO/43-214     AC G3RVN9.1
#=GS F9FIC6_FUSOF/69-246     AC F9FIC6.1
#=GS H0WQP1_OTOGA/60-227     AC H0WQP1.1
#=GS H3G1Z1_PRIPA/340-511    AC H3G1Z1.1
#=GS H9K1B8_APIME/4-199      AC H9K1B8.1
#=GS F4W6B3_ACREC/36-206     AC F4W6B3.1
#=GS H9G7V6_ANOCA/37-204     AC H9G7V6.1
#=GS G7XKU9_ASPKW/34-208     AC G7XKU9.1
#=GS Q6BWF3_DEBHA/18-210     AC Q6BWF3.2
#=GS B8P4V0_POSPM/30-206     AC B8P4V0.1
#=GS A4S0Y5_OSTLU/36-238     AC A4S0Y5.1
#=GS Q6CS59_KLULA/15-204     AC Q6CS59.1
#=GS F6V236_MACMU/43-211     AC F6V236.1
#=GS G3NB66_GASAC/1-160      AC G3NB66.1
#=GS G2RGY7_THITE/29-206     AC G2RGY7.1
#=GS C1BIS4_OSMMO/28-147     AC C1BIS4.1
#=GS G5E7D9_LOXAF/1-160      AC G5E7D9.1
#=GS Q3ULL6_MOUSE/44-211     AC Q3ULL6.1
#=GS B8AU35_ORYSI/8-177      AC B8AU35.1
#=GS B4QB18_DROSI/22-191     AC B4QB18.1
#=GS E2LBD8_MONPE/3-91       AC E2LBD8.1
#=GS F7DV73_MACMU/35-91      AC F7DV73.1
#=GS H3DBX9_TETNG/6-174      AC H3DBX9.1
#=GS G3SNA2_LOXAF/43-211     AC G3SNA2.1
#=GS F6SWJ4_MACMU/1-124      AC F6SWJ4.1
#=GS C5JG72_AJEDS/30-204     AC C5JG72.1
#=GS A6ZV55_YEAS7/79-277     AC A6ZV55.1
#=GS G3GZN7_CRIGR/59-174     AC G3GZN7.1
#=GS F6WXU6_HORSE/1-160      AC F6WXU6.1
#=GS B5VJ20_YEAS6/79-277     AC B5VJ20.1
#=GS B9IQD6_POPTR/2-173      AC B9IQD6.1
#=GS H2TQB5_TAKRU/28-196     AC H2TQB5.1
#=GS A5AQH0_VITVI/1-156      AC A5AQH0.1
#=GS E9BYE0_CAPO3/20-186     AC E9BYE0.1
#=GS Q7SXF0_DANRE/30-197     AC Q7SXF0.1
#=GS G0RZ83_CHATD/28-206     AC G0RZ83.1
#=GS Q4RTC8_TETNG/28-197     AC Q4RTC8.1
#=GS I1JZF4_SOYBN/3-172      AC I1JZF4.1
#=GS H3ACX5_LATCH/1-55       AC H3ACX5.1
#=GS B4KMD0_DROMO/12-181     AC B4KMD0.1
#=GS H8X5L8_9ASCO/50-230     AC H8X5L8.1
#=GS F0UN91_AJEC8/31-204     AC F0UN91.1
#=GS G4VQR0_SCHMA/3-181      AC G4VQR0.1
#=GS E6ZJY2_SPORE/113-341    AC E6ZJY2.1
#=GS D2HJS9_AILME/43-211     AC D2HJS9.1
#=GS G3SJC9_GORGO/1-73       AC G3SJC9.1
#=GS F4NSD5_BATDJ/53-238     AC F4NSD5.1
#=GS F6XYT4_HORSE/3-171      AC F6XYT4.1
#=GS H3DE96_TETNG/28-199     AC H3DE96.1
#=GS A7T2J9_NEMVE/1-87       AC A7T2J9.1
#=GS F1NQA5_CHICK/48-215     AC F1NQA5.1
#=GS A8QH56_BRUMA/37-167     AC A8QH56.1
#=GS F7CD44_ORNAN/1-85       AC F7CD44.1
#=GS A7SEE5_NEMVE/1-105      AC A7SEE5.1
#=GS A6S207_BOTFB/32-209     AC A6S207.1
#=GS I1IY02_BRADI/1-170      AC I1IY02.1
#=GS Q9FX10_ARATH/1-170      AC Q9FX10.1
#=GS F7D850_ORNAN/71-127     AC F7D850.1
#=GS B0BMB0_XENTR/30-197     AC B0BMB0.1
#=GS Q20445_CAEEL/1-175      AC Q20445.2
#=GS G8Y215_PICSO/15-185     AC G8Y215.1
#=GS B2VQW6_PYRTR/28-199     AC B2VQW6.1
#=GS B1APM6_MOUSE/1-86       AC B1APM6.1
#=GS G3PZJ9_GASAC/28-196     AC G3PZJ9.1
#=GS F0VNX1_NEOCL/264-405    AC F0VNX1.1
#=GS F4PUL9_DICFS/2-153      AC F4PUL9.1
#=GS B9SKB6_RICCO/2-172      AC B9SKB6.1
#=GS F6XS77_CIOIN/3-171      AC F6XS77.2
#=GS Q6FNB3_CANGA/128-333    AC Q6FNB3.1
#=GS F8MNM9_NEUT8/30-193     AC F8MNM9.1
#=GS F7IFT6_CALJA/139-195    AC F7IFT6.1
#=GS A1CU31_ASPCL/32-206     AC A1CU31.1
#=GS B4J641_DROGR/12-181     AC B4J641.1
#=GS F6GYB4_VITVI/1-170      AC F6GYB4.1
#=GS D0P3T5_PHYIT/79-246     AC D0P3T5.1
#=GS G2QPA8_THIHA/32-209     AC G2QPA8.1
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#=GS REN3A_HUMAN/61-228      DR PDB; 2L08 A; 12-97;
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F1L5M8_ASCSU/13-187                ..................................kekvk---RKAPI..KIVLRRLPRGMTWKELQM.QL..D...P.....-.LP.ET....--...............................................--.EF...S.Q.....FV.......AvGV...DA.P..........K.I..A.F..........P..............R...AYF.V..FK..ND..E.D...IIAFRD..RFNGYV...................F.IDSQ...............................GS.E..S...MGL......VELAPN..PK...V....SR.-.HKle.........dsKKRD..KK.....CATI...DTE...VEYKKFVDD..R....E....N..P.P...K.P.V...IVPI....--EQRIKE......................IEM.KE.....KN.A.....L..E....NAVQ..ETPLT......QYMI.RKNEEK......................................................................................
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#=GR REN3B_HUMAN/43-214      SS    .....................................XX-XXXXX--..EEEEEEE-TT--HHHHHH.HH..-...S.....-.--.-E....--...............................................-E.EE...E.E.....EE.......S.--...SS.T..........T.-..-.-..........E..............E...EEE.E..ES..SC..H.H...HHHHHH..HHTT-E...................E.E-TT...............................S-.E..E...E-E......EEE-SS..--...-....-X.X.XX.............XXXX..XX.....XXXX...XXX...XXXXXXXXX..X....X....X..X.X...X.X.X...XXXX....--XXXXXX......................--X.XX.....XX.X.....X..X....XXXX..XXXXX......XXXX.XXXX--XXXXX.................................................................................
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