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Database: Pfam
Entry: TFIIA
LinkDB: TFIIA
Original site: TFIIA 
#=GF ID   TFIIA
#=GF AC   PF03153.11
#=GF DE   Transcription factor IIA, alpha/beta subunit
#=GF AU   Mifsud W
#=GF SE   Pfam-B_3542 (release 6.5)
#=GF GA   35.40 35.40;
#=GF TC   35.40 35.50;
#=GF NC   35.30 35.30;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 17690987 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   11089979
#=GF RT   A transcription reinitiation intermediate that is stabilized by
#=GF RT   activator. 
#=GF RA   Yudkovsky N, Ranish JA, Hahn S; 
#=GF RL   Nature 2000;408:225-229.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   8224848
#=GF RT   A single cDNA, hTFIIA/alpha, encodes both the p35 and p19
#=GF RT   subunits of human TFIIA. 
#=GF RA   DeJong J, Roeder RG; 
#=GF RL   Genes Dev 1993;7:2220-2234.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   8610010
#=GF RT   Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex. 
#=GF RA   Tan S, Hunziker Y, Sargent DF, Richmond TJ; 
#=GF RL   Nature 1996;381:127-151.
#=GF DR   INTERPRO; IPR004855;
#=GF DR   SCOP; 1nh2; fa;
#=GF CC   Transcription initiation factor IIA (TFIIA) is a heterotrimer,
#=GF CC   the three subunits being known as alpha, beta, and gamma, in
#=GF CC   order of molecular weight. The N and C-terminal domains of the
#=GF CC   gamma subunit are represented in Pfam:PF02268 and Pfam:PF02751,
#=GF CC   respectively. This family represents the precursor that yields
#=GF CC   both the alpha and beta subunits. The TFIIA heterotrimer is an
#=GF CC   essential general transcription initiation factor for the
#=GF CC   expression of genes transcribed by RNA polymerase II. Together
#=GF CC   with TFIID, TFIIA binds to the promoter region; this is the
#=GF CC   first step in the formation of a pre-initiation complex (PIC).
#=GF CC   Binding of the rest of the transcription machinery follows this
#=GF CC   step [1]. After initiation, the PIC does not completely
#=GF CC   dissociate from the promoter. Some components, including TFIIA,
#=GF CC   remain attached and re-initiate a subsequent round of
#=GF CC   transcription.
#=GF SQ   1044
#=GS A0A094EGY1_9PEZI/9-44       AC A0A094EGY1.1
#=GS A0A0N1HVJ8_9EURO/9-355      AC A0A0N1HVJ8.1
#=GS D3B937_POLPA/199-338        AC D3B937.1
#=GS G1SMS4_RABIT/3-261          AC G1SMS4.1
#=GS A0A0G2ER98_9PEZI/9-386      AC A0A0G2ER98.1
#=GS L0PCC2_PNEJ8/224-307        AC L0PCC2.1
#=GS E2LFL6_MONPE/12-156         AC E2LFL6.1
#=GS Q173T9_AEDAE/11-257         AC Q173T9.1
#=GS A0A0F2MA49_SPOSC/9-48       AC A0A0F2MA49.1
#=GS C5M2I7_CANTT/146-268        AC C5M2I7.1
#=GS U5GUJ6_POPTR/9-405          AC U5GUJ6.1
#=GS L2GMY5_VITCO/20-116         AC L2GMY5.1
#=GS D4B0C8_ARTBC/60-448         AC D4B0C8.1
#=GS W1PLJ1_AMBTC/9-219          AC W1PLJ1.1
#=GS X0KU18_FUSOX/1-301          AC X0KU18.1
#=GS N4TDU3_FUSC1/9-114          AC N4TDU3.1
#=GS M7Z1J6_TRIUA/176-402        AC M7Z1J6.1
#=GS G3VCP6_SARHA/1-254          AC G3VCP6.1
#=GS M0Y859_HORVD/180-402        AC M0Y859.1
#=GS Q5BF64_EMENI/13-419         AC Q5BF64.1
#=GS A0A0A2L4V1_PENIT/9-372      AC A0A0A2L4V1.1
#=GS E3KFM0_PUCGT/73-189         AC E3KFM0.1
#=GS D3B937_POLPA/6-235          AC D3B937.1
#=GS E3RRM2_PYRTT/9-383          AC E3RRM2.1
#=GS A0A086T290_ACRCH/9-375      AC A0A086T290.1
#=GS A0A094K497_9PEZI/9-240      AC A0A094K497.1
#=GS L5JP22_PTEAL/261-373        AC L5JP22.1
#=GS G4TGV1_PIRID/228-477        AC G4TGV1.1
#=GS H2VA00_TAKRU/13-270         AC H2VA00.1
#=GS X0CY17_FUSOX/9-397          AC X0CY17.1
#=GS A0A0F9ZYI2_TRIHA/9-374      AC A0A0F9ZYI2.1
#=GS Q2UL91_ASPOR/9-411          AC Q2UL91.1
#=GS G8JVT7_ERECY/9-124          AC G8JVT7.1
#=GS U3K936_FICAL/1-367          AC U3K936.1
#=GS E2AFV2_CAMFO/11-265         AC E2AFV2.1
#=GS A0A0L6VRD1_9BASI/49-146     AC A0A0L6VRD1.1
#=GS S6F8C6_ZYGB2/9-164          AC S6F8C6.1
#=GS I0Z712_9CHLO/9-175          AC I0Z712.1
#=GS D2VU95_NAEGR/14-154         AC D2VU95.1
#=GS TF2AA_DICDI/238-309         AC Q54G80.1
#=GS T1EXP9_HELRO/16-454         AC T1EXP9.1
#=GS M7UWG9_BOTF1/9-455          AC M7UWG9.1
#=GS A7EK82_SCLS1/9-236          AC A7EK82.1
#=GS A0A0E9NA97_9ASCO/1158-1279  AC A0A0E9NA97.1
#=GS Q4WRX7_ASPFU/9-392          AC Q4WRX7.1
#=GS R0J2X7_SETT2/9-392          AC R0J2X7.1
#=GS M0Y859_HORVD/9-194          AC M0Y859.1
#=GS D5GD47_TUBMM/9-373          AC D5GD47.1
#=GS C9SQY7_VERA1/9-416          AC C9SQY7.1
#=GS A0A0L9SSA0_9HYPO/9-376      AC A0A0L9SSA0.1
#=GS G4UB39_NEUT9/9-422          AC G4UB39.1
#=GS W5AEZ9_WHEAT/9-193          AC W5AEZ9.1
#=GS W7LVH6_GIBM7/1-301          AC W7LVH6.1
#=GS Q7SG05_NEUCR/9-421          AC Q7SG05.1
#=GS A0A0D3C8A6_BRAOL/8-218      AC A0A0D3C8A6.1
#=GS A7TGI8_VANPO/10-221         AC A7TGI8.1
#=GS U1GFG5_ENDPU/40-418         AC U1GFG5.1
#=GS J9NWE1_CANLF/29-285         AC J9NWE1.1
#=GS B3SC95_TRIAD/13-116         AC B3SC95.1
#=GS J9EMT5_WUCBA/14-98          AC J9EMT5.1
#=GS T1F3V4_HELRO/18-538         AC T1F3V4.1
#=GS F6RR58_MACMU/1-122          AC F6RR58.1
#=GS W9S509_9ROSA/8-220          AC W9S509.1
#=GS D8TAW4_SELML/8-137          AC D8TAW4.1
#=GS G3R9V5_GORGO/718-1187       AC G3R9V5.1
#=GS K5WYP8_AGABU/9-207          AC K5WYP8.1
#=GS D7KH26_ARALL/10-218         AC D7KH26.1
#=GS A0A0D3DYK9_BRAOL/191-375    AC A0A0D3DYK9.1
#=GS A0A061GWZ2_THECC/195-393    AC A0A061GWZ2.1
#=GS A0A015JS43_9GLOM/200-293    AC A0A015JS43.1
#=GS A0A087ZQ42_APIME/11-273     AC A0A087ZQ42.1
#=GS K7VU39_MAIZE/53-221         AC K7VU39.1
#=GS A0A0K9Q385_ZOSMR/168-370    AC A0A0K9Q385.1
#=GS A0A0A6YYG5_HUMAN/714-788    AC A0A0A6YYG5.1
#=GS A0A087GC33_ARAAL/103-200    AC A0A087GC33.1
#=GS U6M2V3_EIMMA/13-332         AC U6M2V3.1
#=GS A0A0D9RGW3_CHLSB/13-270     AC A0A0D9RGW3.1
#=GS H8ZBK7_NEMS1/60-175         AC H8ZBK7.1
#=GS W1QB06_OGAPD/9-152          AC W1QB06.1
#=GS A0A068XHT0_HYMMI/347-623    AC A0A068XHT0.1
#=GS R9ADE9_WALI9/51-153         AC R9ADE9.1
#=GS I3LE29_PIG/1-211            AC I3LE29.1
#=GS H2M5H2_ORYLA/685-1098       AC H2M5H2.1
#=GS T1FMR7_HELRO/12-201         AC T1FMR7.1
#=GS Q5AFC5_CANAL/136-275        AC Q5AFC5.1
#=GS F0XAM5_GROCL/9-429          AC F0XAM5.1
#=GS A0A0K6GDL4_9HOMO/357-576    AC A0A0K6GDL4.1
#=GS J8LHY9_SACAR/134-280        AC J8LHY9.1
#=GS G1RBU4_NOMLE/714-1182       AC G1RBU4.1
#=GS U9UN52_RHIID/9-214          AC U9UN52.1
#=GS A2Y2S6_ORYSI/9-394          AC A2Y2S6.1
#=GS G3XRH1_ASPNA/9-386          AC G3XRH1.1
#=GS S9YBR8_9CETA/82-122         AC S9YBR8.1
#=GS H2UFH5_TAKRU/9-457          AC H2UFH5.1
#=GS A0A0G2JBB9_9EURO/9-436      AC A0A0G2JBB9.1
#=GS W6MFN9_9ASCO/9-128          AC W6MFN9.1
#=GS S8AFN3_DACHA/9-223          AC S8AFN3.1
#=GS A0A0J7KBC0_LASNI/11-270     AC A0A0J7KBC0.1
#=GS M5BZD4_THACB/9-155          AC M5BZD4.1
#=GS L8WC81_THACA/16-50          AC L8WC81.1
#=GS W5FTH9_WHEAT/9-113          AC W5FTH9.1
#=GS Q149E9_MOUSE/1-233          AC Q149E9.1
#=GS A0A063C594_9HYPO/9-413      AC A0A063C594.1
#=GS B4G3V6_DROPE/11-166         AC B4G3V6.1
#=GS A0A0Q9WU21_DROWI/11-279     AC A0A0Q9WU21.1
#=GS B3SC95_TRIAD/104-199        AC B3SC95.1
#=GS A0A091CN07_FUKDA/10-475     AC A0A091CN07.1
#=GS A0A091CKN0_FUKDA/1197-1310  AC A0A091CKN0.1
#=GS A0A067PWW6_9HOMO/9-175      AC A0A067PWW6.1
#=GS R0KXP9_NOSB1/67-137         AC R0KXP9.1
#=GS Q5K753_CRYNJ/149-240        AC Q5K753.2
#=GS G4V7M1_SCHMA/350-578        AC G4V7M1.1
#=GS B4QXF8_DROSI/3-115          AC B4QXF8.1
#=GS M4ERZ9_BRARP/10-217         AC M4ERZ9.1
#=GS B4NF77_DROWI/11-391         AC B4NF77.2
#=GS F2UEK5_SALR5/56-205         AC F2UEK5.1
#=GS A7TGI8_VANPO/63-297         AC A7TGI8.1
#=GS M7YTB1_TRIUA/6-111          AC M7YTB1.1
#=GS C5XZF2_SORBI/9-196          AC C5XZF2.1
#=GS A0A0K0E3L5_STRER/11-443     AC A0A0K0E3L5.1
#=GS A0A0D3DJB0_BRAOL/10-218     AC A0A0D3DJB0.1
#=GS G7DVJ2_MIXOS/9-135          AC G7DVJ2.1
#=GS L8GWV4_ACACA/7-156          AC L8GWV4.1
#=GS A0A099NTB7_PICKU/9-78       AC A0A099NTB7.1
#=GS E3LP02_CAERE/67-357         AC E3LP02.1
#=GS V5EZW9_PSEBG/61-206         AC V5EZW9.1
#=GS H2UFH3_TAKRU/9-463          AC H2UFH3.1
#=GS L9JBV4_TUPCH/41-416         AC L9JBV4.1
#=GS H0X5G6_OTOGA/715-1179       AC H0X5G6.1
#=GS W4ZX57_WHEAT/8-237          AC W4ZX57.1
#=GS Q5TYT6_DANRE/13-263         AC Q5TYT6.1
#=GS W5MR71_LEPOC/266-378        AC W5MR71.1
#=GS A0A094GFM9_9PEZI/9-41       AC A0A094GFM9.1
#=GS A0A0M9F3C3_9HYPO/9-416      AC A0A0M9F3C3.1
#=GS B8PGU7_POSPM/3-152          AC B8PGU7.1
#=GS A0A078F602_BRANA/10-222     AC A0A078F602.1
#=GS TF2AA_HUMAN/262-376         AC P52655.1
#=GS TF2AA_HUMAN/262-376         DR PDB; 1NVP C; 330-376;
#=GS Q5TYT6_DANRE/255-369        AC Q5TYT6.1
#=GS I1LQM1_SOYBN/194-384        AC I1LQM1.1
#=GS A8N7A3_COPC7/182-305        AC A8N7A3.2
#=GS G6DD30_DANPL/150-274        AC G6DD30.1
#=GS A0A084QNH7_9HYPO/9-382      AC A0A084QNH7.1
#=GS A0A072P8A6_9EURO/14-351     AC A0A072P8A6.1
#=GS A0A0D9ZWS9_9ORYZ/104-363    AC A0A0D9ZWS9.1
#=GS Q29A44_DROPS/11-247         AC Q29A44.2
#=GS U6LHW5_9EIME/20-365         AC U6LHW5.1
#=GS J9K8X1_ACYPI/285-407        AC J9K8X1.1
#=GS G0WBE7_NAUDC/9-173          AC G0WBE7.1
#=GS K5WYP8_AGABU/177-323        AC K5WYP8.1
#=GS A9TAV6_PHYPA/20-216         AC A9TAV6.1
#=GS F0UGD0_AJEC8/6-425          AC F0UGD0.1
#=GS I3M6T2_ICTTR/714-1179       AC I3M6T2.1
#=GS A0A067FGW2_CITSI/9-168      AC A0A067FGW2.1
#=GS F9FGR5_FUSOF/9-402          AC F9FGR5.1
#=GS A0A0A8L8P1_9SACH/9-129      AC A0A0A8L8P1.1
#=GS E9CY39_COCPS/9-362          AC E9CY39.1
#=GS B6HAS1_PENRW/9-324          AC B6HAS1.1
#=GS A0A0G2FQC3_9PEZI/9-426      AC A0A0G2FQC3.1
#=GS M7Z1J6_TRIUA/9-194          AC M7Z1J6.1
#=GS N1PVP0_DOTSN/1-72           AC N1PVP0.1
#=GS E4XCC0_OIKDI/14-338         AC E4XCC0.1
#=GS A0A0N5D308_THECL/14-419     AC A0A0N5D308.1
#=GS A0A0D2VXE3_CAPO3/8-228      AC A0A0D2VXE3.1
#=GS X6N067_RETFI/3-112          AC X6N067.1
#=GS C3Y0I0_BRAFL/10-206         AC C3Y0I0.1
#=GS M7WTY4_RHOT1/90-197         AC M7WTY4.1
#=GS G3SMZ0_LOXAF/3-260          AC G3SMZ0.1
#=GS A0A0F4ZF87_9PEZI/152-321    AC A0A0F4ZF87.1
#=GS G8BXN3_TETPH/64-257         AC G8BXN3.1
#=GS E0VTQ3_PEDHC/197-359        AC E0VTQ3.1
#=GS G1XRC0_ARTOA/9-222          AC G1XRC0.1
#=GS A0A0P7YZK8_9TELE/1013-1124  AC A0A0P7YZK8.1
#=GS M1WE08_CLAP2/202-457        AC M1WE08.1
#=GS H3ET76_PRIPA/19-433         AC H3ET76.1
#=GS A0A0N4UZR3_ENTVE/12-416     AC A0A0N4UZR3.1
#=GS W6QDC2_PENRO/9-371          AC W6QDC2.1
#=GS G9MIK7_HYPVG/9-68           AC G9MIK7.1
#=GS A0A066X956_COLSU/9-376      AC A0A066X956.1
#=GS G1L565_AILME/271-356        AC G1L565.1
#=GS A0A0E1S2P4_COCIM/9-388      AC A0A0E1S2P4.1
#=GS L2GWW3_VAVCU/44-120         AC L2GWW3.1
#=GS W1PK23_AMBTC/12-175         AC W1PK23.1
#=GS A0A0D3C8A6_BRAOL/200-367    AC A0A0D3C8A6.1
#=GS M1CZK9_SOLTU/9-247          AC M1CZK9.1
#=GS X0CZ96_FUSOX/9-372          AC X0CZ96.1
#=GS K7JB00_NASVI/3-117          AC K7JB00.1
#=GS A0A016PEI2_GIBZA/9-413      AC A0A016PEI2.1
#=GS V4L1I3_EUTSA/191-375        AC V4L1I3.1
#=GS Q4N6S2_THEPA/9-210          AC Q4N6S2.1
#=GS I3LE29_PIG/207-317          AC I3LE29.1
#=GS O49349_ARATH/10-204         AC O49349.1
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