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Database: Pfam
Entry: TFIIA
LinkDB: TFIIA
Original site: TFIIA 
#=GF ID   TFIIA
#=GF AC   PF03153.8
#=GF DE   Transcription factor IIA, alpha/beta subunit
#=GF AU   Mifsud W
#=GF SE   Pfam-B_3542 (release 6.5)
#=GF GA   30.50 30.50;
#=GF TC   30.70 30.70;
#=GF NC   30.20 30.20;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   11089979
#=GF RT   A transcription reinitiation intermediate that is stabilized by
#=GF RT   activator. 
#=GF RA   Yudkovsky N, Ranish JA, Hahn S; 
#=GF RL   Nature 2000;408:225-229.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   8224848
#=GF RT   A single cDNA, hTFIIA/alpha, encodes both the p35 and p19
#=GF RT   subunits of human TFIIA. 
#=GF RA   DeJong J, Roeder RG; 
#=GF RL   Genes Dev 1993;7:2220-2234.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   8610010
#=GF RT   Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex. 
#=GF RA   Tan S, Hunziker Y, Sargent DF, Richmond TJ; 
#=GF RL   Nature 1996;381:127-151.
#=GF DR   INTERPRO; IPR004855;
#=GF DR   SCOP; 1nh2; fa;
#=GF CC   Transcription initiation factor IIA (TFIIA) is a heterotrimer,
#=GF CC   the three subunits being known as alpha, beta, and gamma, in
#=GF CC   order of molecular weight. The N and C-terminal domains of the
#=GF CC   gamma subunit are represented in Pfam:PF02268 and Pfam:PF02751,
#=GF CC   respectively. This family represents the precursor that yields
#=GF CC   both the alpha and beta subunits. The TFIIA heterotrimer is an
#=GF CC   essential general transcription initiation factor for the
#=GF CC   expression of genes transcribed by RNA polymerase II. Together
#=GF CC   with TFIID, TFIIA binds to the promoter region; this is the
#=GF CC   first step in the formation of a pre-initiation complex (PIC).
#=GF CC   Binding of the rest of the transcription machinery follows this
#=GF CC   step [1]. After initiation, the PIC does not completely
#=GF CC   dissociate from the promoter. Some components, including TFIIA,
#=GF CC   remain attached and re-initiate a subsequent round of
#=GF CC   transcription.
#=GF SQ   563
#=GS G3XRH1_ASPNA/8-386     AC G3XRH1.1
#=GS I1LQM2_SOYBN/8-385     AC I1LQM2.1
#=GS C1BTM5_9MAXI/11-104    AC C1BTM5.1
#=GS Q3MIM1_HUMAN/713-1182  AC Q3MIM1.1
#=GS G6DD30_DANPL/12-274    AC G6DD30.1
#=GS C4R067_PICPG/122-240   AC C4R067.1
#=GS TF2AA_HUMAN/12-376     AC P52655.1
#=GS TF2AA_HUMAN/12-376     DR PDB; 1NVP B; 12-51;
#=GS TF2AA_HUMAN/12-376     DR PDB; 1NVP C; 330-376;
#=GS G3VCP5_SARHA/12-377    AC G3VCP5.1
#=GS G1KSI3_ANOCA/5-166     AC G1KSI3.1
#=GS C9J2C1_HUMAN/7-164     AC C9J2C1.1
#=GS F1R8F7_DANRE/468-917   AC F1R8F7.1
#=GS Q6MV51_NEUCS/198-421   AC Q6MV51.1
#=GS E7NN50_YEASO/8-171     AC E7NN50.1
#=GS C5GKC0_AJEDR/170-437   AC C5GKC0.1
#=GS F2U7Q5_SALS5/528-848   AC F2U7Q5.1
#=GS F7IH84_CALJA/12-376    AC F7IH84.1
#=GS E2AFV2_CAMFO/10-169    AC E2AFV2.1
#=GS F9FGR5_FUSOF/185-402   AC F9FGR5.1
#=GS E9GM63_DAPPU/10-176    AC E9GM63.1
#=GS F1NTD4_CHICK/14-107    AC F1NTD4.1
#=GS E4YRZ0_OIKDI/13-147    AC E4YRZ0.1
#=GS H9JQD1_BOMMO/10-111    AC H9JQD1.1
#=GS A8MXJ1_HUMAN/713-787   AC A8MXJ1.3
#=GS G1XRC0_ARTOA/66-320    AC G1XRC0.1
#=GS D8TDN9_SELML/7-148     AC D8TDN9.1
#=GS D5GD47_TUBMM/8-373     AC D5GD47.1
#=GS H3B9G9_LATCH/12-111    AC H3B9G9.1
#=GS E9GM63_DAPPU/151-335   AC E9GM63.1
#=GS A6S9M1_BOTFB/158-455   AC A6S9M1.1
#=GS G3QL68_GORGO/2-366     AC G3QL68.1
#=GS F2QTH9_PICP7/8-101     AC F2QTH9.1
#=GS G0WBE7_NAUDC/176-271   AC G0WBE7.1
#=GS Q641W8_RAT/9-468       AC Q641W8.1
#=GS C5M2I7_CANTT/146-268   AC C5M2I7.1
#=GS H0H1B1_9SACH/8-167     AC H0H1B1.1
#=GS G2X8D5_VERDV/8-412     AC G2X8D5.1
#=GS TOA1_YEAST/8-171       AC P32773.1
#=GS TOA1_YEAST/8-171       DR PDB; 1YTF B; 8-47;
#=GS TOA1_YEAST/8-171       DR PDB; 1RM1 C; 8-61;
#=GS TOA1_YEAST/8-171       DR PDB; 1NH2 B; 8-48;
#=GS A8NE66_BRUMA/13-388    AC A8NE66.1
#=GS Q0DJF8_ORYSJ/8-394     AC Q0DJF8.1
#=GS F2WVH1_SHEEP/1-148     AC F2WVH1.1
#=GS B9GJ87_POPTR/210-409   AC B9GJ87.1
#=GS A5KAG8_PLAVS/9-172     AC A5KAG8.1
#=GS G0VCF8_NAUCC/8-168     AC G0VCF8.1
#=GS Q5K753_CRYNJ/92-211    AC Q5K753.1
#=GS A8X6V8_CAEBR/9-353     AC A8X6V8.1
#=GS A1CNY5_ASPCL/8-402     AC A1CNY5.1
#=GS H0VTX6_CAVPO/712-1183  AC H0VTX6.1
#=GS Q0D044_ASPTN/8-44      AC Q0D044.1
#=GS D2VU95_NAEGR/305-486   AC D2VU95.1
#=GS B7Q5G2_IXOSC/1-123     AC B7Q5G2.1
#=GS B2AAN0_PODAN/96-369    AC B2AAN0.1
#=GS D6X0D4_TRICA/75-312    AC D6X0D4.1
#=GS G7DVJ2_MIXOS/128-217   AC G7DVJ2.1
#=GS H0GNR9_9SACH/8-170     AC H0GNR9.1
#=GS E4NKL3_DROME/23-376    AC E4NKL3.1
#=GS D8QBP9_SCHCM/31-224    AC D8QBP9.1
#=GS H0ZWP8_TAEGU/1-206     AC H0ZWP8.1
#=GS B2XDW5_9DIPT/1-57      AC B2XDW5.1
#=GS H2P690_PONAB/1-30      AC H2P690.1
#=GS F4PU78_DICFS/161-297   AC F4PU78.1
#=GS B5MCF5_HUMAN/713-1155  AC B5MCF5.1
#=GS G3H5R5_CRIGR/9-42      AC G3H5R5.1
#=GS E9E8K5_METAQ/8-363     AC E9E8K5.1
#=GS Q29A44_DROPS/10-356    AC Q29A44.2
#=GS B2BXN9_9ROSI/60-251    AC B2BXN9.1
#=GS C9SQY7_VERA1/8-416     AC C9SQY7.1
#=GS E7R651_PICAD/6-99      AC E7R651.1
#=GS F2PVT8_TRIEC/8-429     AC F2PVT8.1
#=GS Q01EM7_OSTTA/70-179    AC Q01EM7.2
#=GS I1M4Z1_SOYBN/8-409     AC I1M4Z1.1
#=GS A7VMU6_CIOIN/11-233    AC A7VMU6.1
#=GS G2YWZ4_BOTF4/8-201     AC G2YWZ4.1
#=GS A1IIE6_CHICK/12-377    AC A1IIE6.1
#=GS G0RNN2_HYPJQ/8-354     AC G0RNN2.1
#=GS B2AAN0_PODAN/8-46      AC B2AAN0.1
#=GS Q7QD50_ANOGA/10-301    AC Q7QD50.5
#=GS Q39235_ARATH/9-190     AC Q39235.1
#=GS G4V7M1_SCHMA/6-322     AC G4V7M1.1
#=GS A9BL19_HEMAN/135-281   AC A9BL19.1
#=GS A6ZP40_YEAS7/8-171     AC A6ZP40.1
#=GS Q6CCD2_YARLI/138-249   AC Q6CCD2.1
#=GS I0Z712_9CHLO/8-183     AC I0Z712.1
#=GS H3AU85_LATCH/691-1169  AC H3AU85.1
#=GS Q9LNX1_ARATH/9-399     AC Q9LNX1.1
#=GS F9FGR5_FUSOF/8-230     AC F9FGR5.1
#=GS B9FK29_ORYSJ/39-331    AC B9FK29.1
#=GS G4UB39_NEUT9/8-246     AC G4UB39.1
#=GS G1PWG1_MYOLU/14-380    AC G1PWG1.1
#=GS D7KH29_ARALL/9-375     AC D7KH29.1
#=GS Q5BVJ9_SCHJA/91-185    AC Q5BVJ9.2
#=GS H2WEG3_CAEJA/10-264    AC H2WEG3.1
#=GS H2AZC9_KAZAF/8-192     AC H2AZC9.1
#=GS Q4SGX0_TETNG/2-76      AC Q4SGX0.1
#=GS G2YWZ4_BOTF4/158-456   AC G2YWZ4.1
#=GS H2RAZ7_PANTR/9-478     AC H2RAZ7.1
#=GS A9ULH8_XENTR/12-472    AC A9ULH8.1
#=GS G0MS72_CAEBE/9-353     AC G0MS72.1
#=GS Q08BV4_DANRE/10-376    AC Q08BV4.1
#=GS F2UEK5_SALS5/52-206    AC F2UEK5.1
#=GS Q173T9_AEDAE/10-367    AC Q173T9.1
#=GS H2UFH4_TAKRU/8-458     AC H2UFH4.1
#=GS F1PJI5_CANFA/2-366     AC F1PJI5.1
#=GS H2Q8Q5_PANTR/12-376    AC H2Q8Q5.1
#=GS TOA1_SCHPO/8-368       AC Q9USU9.1
#=GS F0XAM5_GROCL/8-429     AC F0XAM5.1
#=GS I1RAW5_GIBZE/157-374   AC I1RAW5.1
#=GS C5XZF2_SORBI/8-220     AC C5XZF2.1
#=GS B7XHS9_ENTBH/46-144    AC B7XHS9.1
#=GS Q2UL91_ASPOR/8-411     AC Q2UL91.1
#=GS B0XN20_ASPFC/8-392     AC B0XN20.1
#=GS F7AIB5_HORSE/2-366     AC F7AIB5.1
#=GS G7DVJ2_MIXOS/8-138     AC G7DVJ2.1
#=GS A1D1U2_NEOFI/13-409    AC A1D1U2.1
#=GS Q4N6S2_THEPA/8-210     AC Q4N6S2.1
#=GS A4RSS9_OSTLU/60-182    AC A4RSS9.1
#=GS F8WA59_HUMAN/3-337     AC F8WA59.1
#=GS Q28C10_XENTR/12-472    AC Q28C10.1
#=GS D7SKA9_VITVI/9-393     AC D7SKA9.1
#=GS Q0VGZ0_MOUSE/12-378    AC Q0VGZ0.1
#=GS E9EMY3_METAR/8-357     AC E9EMY3.1
#=GS E2B5F4_HARSA/10-367    AC E2B5F4.1
#=GS F0ZSA7_DICPU/147-308   AC F0ZSA7.1
#=GS Q6FP29_CANGA/119-248   AC Q6FP29.1
#=GS H3ET76_PRIPA/18-433    AC H3ET76.1
#=GS G5ANC0_HETGA/709-1174  AC G5ANC0.1
#=GS H9KCZ2_APIME/10-161    AC H9KCZ2.1
#=GS A7TGI8_VANPO/8-297     AC A7TGI8.1
#=GS C3Y0I0_BRAFL/9-202     AC C3Y0I0.1
#=GS G5DZU9_9PIPI/12-63     AC G5DZU9.1
#=GS H0Z5I7_TAEGU/706-1180  AC H0Z5I7.1
#=GS E4MYF1_THEHA/186-330   AC E4MYF1.1
#=GS B4M009_DROVI/10-379    AC B4M009.1
#=GS G4UB39_NEUT9/196-422   AC G4UB39.1
#=GS A8PYE1_MALGO/102-206   AC A8PYE1.1
#=GS G3AGR6_SPAPN/101-276   AC G3AGR6.1
#=GS F9WW52_MYCGM/1-72      AC F9WW52.1
#=GS Q6GMZ8_XENLA/12-472    AC Q6GMZ8.1
#=GS F7IHA4_CALJA/251-338   AC F7IHA4.1
#=GS E3RRM2_PYRTT/8-383     AC E3RRM2.1
#=GS B7ZL16_HUMAN/713-787   AC B7ZL16.1
#=GS Q2HS29_MEDTR/3-140     AC Q2HS29.1
#=GS F6UIY2_XENTR/452-653   AC F6UIY2.1
#=GS Q6BHF9_DEBHA/85-272    AC Q6BHF9.1
#=GS TF2AA_MOUSE/12-378     AC Q99PM3.2
#=GS B4QXF8_DROSI/3-115     AC B4QXF8.1
#=GS C5DY68_ZYGRC/102-242   AC C5DY68.1
#=GS H0WRL7_OTOGA/12-377    AC H0WRL7.1
#=GS B3SC95_TRIAD/112-199   AC B3SC95.1
#=GS H2M4R8_ORYLA/12-52     AC H2M4R8.1
#=GS G1N1Y3_MELGA/710-1194  AC G1N1Y3.2
#=GS A9V3D2_MONBE/92-557    AC A9V3D2.1
#=GS C8ZGV3_YEAS8/167-285   AC C8ZGV3.1
#=GS F7E9M9_XENTR/695-1173  AC F7E9M9.1
#=GS B6JYP5_SCHJY/26-371    AC B6JYP5.1
#=GS B2W4N7_PYRTR/17-389    AC B2W4N7.1
#=GS C1GHQ3_PARBD/8-41      AC C1GHQ3.1
#=GS G3HA77_CRIGR/873-1208  AC G3HA77.1
#=GS F0ZSA7_DICPU/5-201     AC F0ZSA7.1
#=GS Q4SGX0_TETNG/89-410    AC Q4SGX0.1
#=GS C5DGZ2_LACTC/8-150     AC C5DGZ2.1
#=GS C0SE37_PARBP/3-405     AC C0SE37.1
#=GS G3WQD7_SARHA/83-547    AC G3WQD7.1
#=GS H2AZC9_KAZAF/134-267   AC H2AZC9.1
#=GS C1BQF1_9MAXI/11-75     AC C1BQF1.1
#=GS G1KTW8_ANOCA/10-112    AC G1KTW8.1
#=GS F0JAF9_DROME/10-363    AC F0JAF9.1
#=GS I1LQM1_SOYBN/230-384   AC I1LQM1.1
#=GS C1MKV2_MICPC/48-158    AC C1MKV2.1
#=GS F6SFM4_CALJA/713-786   AC F6SFM4.1
#=GS Q4TCY9_TETNG/2-75      AC Q4TCY9.1
#=GS E4XCC0_OIKDI/13-334    AC E4XCC0.1
#=GS C1H3U6_PARBA/8-42      AC C1H3U6.1
#=GS D4B0C8_ARTBC/61-451    AC D4B0C8.1
#=GS F7IJL4_CALJA/1-337     AC F7IJL4.1
#=GS H2UFH3_TAKRU/8-463     AC H2UFH3.1
#=GS B9S3E9_RICCO/10-239    AC B9S3E9.1
#=GS B2XDW3_9DIPT/1-57      AC B2XDW3.1
#=GS F4RJK6_MELLP/8-102     AC F4RJK6.1
#=GS H3I4A0_STRPU/1-113     AC H3I4A0.1
#=GS I1C0B4_RHIO9/8-363     AC I1C0B4.1
#=GS B2XDW9_9DIPT/1-57      AC B2XDW9.1
#=GS D4D4W1_TRIVH/2-390     AC D4D4W1.1
#=GS G3H5R5_CRIGR/41-387    AC G3H5R5.1
#=GS Q0D044_ASPTN/68-441    AC Q0D044.1
#=GS A9TAV6_PHYPA/19-400    AC A9TAV6.1
#=GS H8ZBK7_NEMS1/70-175    AC H8ZBK7.1
#=GS B6HAS1_PENCW/244-324   AC B6HAS1.1
#=GS B2AAN0_PODAN/288-498   AC B2AAN0.1
#=GS G3UTF9_MELGA/12-381    AC G3UTF9.1
#=GS F0UGD0_AJEC8/6-425     AC F0UGD0.1
#=GS G7YDB6_CLOSI/6-320     AC G7YDB6.1
#=GS F2UEK5_SALS5/16-62     AC F2UEK5.1
#=GS G1NJW3_MELGA/2-367     AC G1NJW3.2
#=GS E1GDD8_LOALO/13-409    AC E1GDD8.1
#=GS G0SCR3_CHATD/8-392     AC G0SCR3.1
#=GS H8X7H5_9ASCO/73-282    AC H8X7H5.1
#=GS G1S4M7_NOMLE/12-376    AC G1S4M7.1
#=GS E6ZYS7_SPORE/8-109     AC E6ZYS7.1
#=GS G1PIZ0_MYOLU/713-1182  AC G1PIZ0.1
#=GS I0Z712_9CHLO/171-258   AC I0Z712.1
#=GS A5E453_LODEL/8-79      AC A5E453.1
#=GS B8M2X7_TALSN/8-374     AC B8M2X7.1
#=GS G1LIX0_AILME/9-477     AC G1LIX0.1
#=GS B3LJM4_YEAS1/8-171     AC B3LJM4.1
#=GS C9JJY0_HUMAN/9-335     AC C9JJY0.1
#=GS A8N7A3_COPC7/1-186     AC A8N7A3.2
#=GS G3UMX4_LOXAF/12-352    AC G3UMX4.1
#=GS E4YRZ0_OIKDI/123-303   AC E4YRZ0.1
#=GS G3U1R9_LOXAF/9-477     AC G3U1R9.1
#=GS F1SQI6_PIG/737-1026    AC F1SQI6.1
#=GS C0NEZ6_AJECG/6-424     AC C0NEZ6.1
#=GS B3P634_DROER/10-366    AC B3P634.1
#=GS H3CWE9_TETNG/12-340    AC H3CWE9.1
#=GS Q98S40_GUITH/68-266    AC Q98S40.1
#=GS C3Y0I0_BRAFL/179-311   AC C3Y0I0.1
#=GS C5FUT3_ARTOC/8-414     AC C5FUT3.1
#=GS Q5BF64_EMENI/12-419    AC Q5BF64.1
#=GS H2P691_PONAB/1-225     AC H2P691.1
#=GS Q3USX2_MOUSE/84-297    AC Q3USX2.1
#=GS A2Y2S6_ORYSI/8-394     AC A2Y2S6.1
#=GS B9S3E9_RICCO/229-383   AC B9S3E9.1
#=GS G4V7M0_SCHMA/205-448   AC G4V7M0.1
#=GS E3KFM0_PUCGT/72-189    AC E3KFM0.1
#=GS G3JJE4_CORMM/8-41      AC G3JJE4.1
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#=GS G3SHY7_GORGO/9-478     AC G3SHY7.1
#=GS F7AYY7_MONDO/10-473    AC F7AYY7.1
#=GS Q2HS28_MEDTR/8-258     AC Q2HS28.2
#=GS H3DGQ9_TETNG/497-960   AC H3DGQ9.1
#=GS B7Q5G2_IXOSC/167-303   AC B7Q5G2.1
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#=GS Q0U9N8_PHANO/8-46      AC Q0U9N8.2
#=GS E9CF24_CAPO3/7-202     AC E9CF24.1
#=GS AIM44_YEAS2/290-667    AC C7GJB0.1
#=GS A2T6Z9_PANTR/1-35      AC A2T6Z9.1
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#=GS E4MWD4_THEHA/9-228     AC E4MWD4.1
#=GS A9NX18_PICSI/25-398    AC A9NX18.1
#=GS G7IRY2_MEDTR/8-388     AC G7IRY2.1
#=GS G1SMS4_RABIT/2-367     AC G1SMS4.1
#=GS F8N111_NEUT8/8-408     AC F8N111.1
#=GS Q4RQ65_TETNG/497-936   AC Q4RQ65.1
#=GS F8PW57_SERL3/3-226     AC F8PW57.1
#=GS F6WXR8_CALJA/713-1182  AC F6WXR8.1
#=GS C5K0S6_AJEDS/4-197     AC C5K0S6.1
#=GS Q149E9_MOUSE/1-339     AC Q149E9.1
#=GS B9WG02_CANDC/8-153     AC B9WG02.1
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