GenomeNet

Database: Pfam
Entry: XRCC4
LinkDB: XRCC4
Original site: XRCC4 
#=GF ID   XRCC4
#=GF AC   PF06632.7
#=GF DE   DNA double-strand break repair and V(D)J recombination protein XRCC4
#=GF AU   Moxon SJ
#=GF SE   Pfam-B_21077 (release 10.0)
#=GF GA   26.60 26.60;
#=GF TC   26.60 26.60;
#=GF NC   26.50 26.50;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 23193494 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   12517771
#=GF RT   Requirement for XRCC4 and DNA ligase IV in alignment-based gap
#=GF RT   filling for nonhomologous DNA end joining in vitro. 
#=GF RA   Lee JW, Yannone SM, Chen DJ, Povirk LF; 
#=GF RL   Cancer Res 2003;63:22-24.
#=GF DR   INTERPRO; IPR010585;
#=GF DR   SCOP; 1fu1; fa;
#=GF CC   This family consists of several eukaryotic DNA double-strand
#=GF CC   break repair and V(D)J recombination protein XRCC4 sequences. In
#=GF CC   the non-homologous end joining pathway of DNA double-strand
#=GF CC   break repair, the ligation step is catalysed by a complex of
#=GF CC   XRCC4 and DNA ligase IV. It is thought that XRCC4 and ligase IV
#=GF CC   are essential for alignment-based gap filling, as well as for
#=GF CC   final ligation of the breaks [1].
#=GF SQ   165
#=GS Q6PBP2_DANRE/4-355    AC Q6PBP2.1
#=GS C5GS18_AJEDR/3-273    AC C5GS18.1
#=GS H2SF17_TAKRU/1-101    AC H2SF17.1
#=GS F0XTH4_GROCL/77-291   AC F0XTH4.1
#=GS I1GNH6_BRADI/22-271   AC I1GNH6.1
#=GS D5AA21_PICSI/18-316   AC D5AA21.1
#=GS E5FGL6_HYLSY/1-332    AC E5FGL6.1
#=GS B3RLH3_TRIAD/4-333    AC B3RLH3.1
#=GS B8NRF3_ASPFN/9-291    AC B8NRF3.1
#=GS H3D7S8_TETNG/4-308    AC H3D7S8.1
#=GS A8WH10_XENTR/1-335    AC A8WH10.1
#=GS A9RXM1_PHYPA/97-328   AC A9RXM1.1
#=GS G7P7W4_MACFA/1-334    AC G7P7W4.1
#=GS B3NCG6_DROER/114-203  AC B3NCG6.1
#=GS B9HUC8_POPTR/20-233   AC B9HUC8.1
#=GS E9IV31_SOLIN/103-215  AC E9IV31.1
#=GS G1T8M3_RABIT/1-207    AC G1T8M3.1
#=GS G1DEX4_WHEAT/25-275   AC G1DEX4.1
#=GS A2XLU8_ORYSI/23-268   AC A2XLU8.1
#=GS H2QR69_PANTR/1-334    AC H2QR69.1
#=GS F7D0M0_CALJA/1-332    AC F7D0M0.1
#=GS Q058G5_ARATH/3-117    AC Q058G5.1
#=GS H6BUV7_EXODN/33-378   AC H6BUV7.1
#=GS H1UVJ5_COLHI/65-332   AC H1UVJ5.1
#=GS E5FGL1_MACFA/1-332    AC E5FGL1.1
#=GS I1NI57_SOYBN/19-241   AC I1NI57.1
#=GS F6ZI68_MONDO/1-331    AC F6ZI68.1
#=GS E5FGK3_9PRIM/1-332    AC E5FGK3.1
#=GS D7T7A5_VITVI/13-255   AC D7T7A5.1
#=GS G7XMW3_ASPKW/117-301  AC G7XMW3.1
#=GS I1GD25_AMPQE/66-362   AC I1GD25.1
#=GS G3XLW4_ASPNA/132-356  AC G3XLW4.1
#=GS E5FGK2_PAPAN/1-332    AC E5FGK2.1
#=GS F7VP97_SORMK/82-283   AC F7VP97.1
#=GS E5FGL7_PONPY/1-332    AC E5FGL7.1
#=GS E5FGL0_SAISC/1-332    AC E5FGL0.1
#=GS G1KKY3_ANOCA/1-176    AC G1KKY3.1
#=GS O64779_ARATH/60-220   AC O64779.1
#=GS G0R878_HYPJQ/81-285   AC G0R878.1
#=GS G1LLM7_AILME/1-228    AC G1LLM7.1
#=GS F6ZIC4_MONDO/1-326    AC F6ZIC4.1
#=GS F7FZ54_CALJA/1-298    AC F7FZ54.1
#=GS H0VL10_CAVPO/1-333    AC H0VL10.1
#=GS E5FGK9_ALOSA/1-332    AC E5FGK9.1
#=GS G4UT47_NEUT9/82-316   AC G4UT47.1
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     AC Q13426.2
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR R; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR K; 501-657;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 1IK9 B; 1-201;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3SR2 E; 1-140;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3Q4F H; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3II6 B; 1-201;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 1FU1 A; 1-178;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR J; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3SR2 A; 1-139;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR B; 501-657;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3Q4F C; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3II6 C; 1-201;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3II6 D; 1-201;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3MUD B; 2-133;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3Q4F D; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3SR2 F; 1-140;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR N; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3II6 A; 1-201;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR A; 1-147;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR G; 501-657;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR V; 501-657;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR P; 501-657;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR U; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 1FU1 B; 401-603;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3MUD A; 2-133;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 1IK9 A; 1-211;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR F; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3Q4F G; 1-157;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3SR2 B; 1-140;
#=GS XRCC4_HUMAN/1-334     DR PDB; 3RWR Y; 501-657;
#=GS F7CK13_MONDO/1-329    AC F7CK13.1
#=GS C5X199_SORBI/29-275   AC C5X199.1
#=GS E5FGK1_PONAB/1-332    AC E5FGK1.1
#=GS F7E440_MACMU/1-332    AC F7E440.1
#=GS F0Z6B8_DICPU/10-406   AC F0Z6B8.1
#=GS Q7Y1H0_ORYSJ/23-268   AC Q7Y1H0.1
#=GS C0SH26_PARBP/95-356   AC C0SH26.1
#=GS G5AT30_HETGA/1-294    AC G5AT30.1
#=GS D3B6S3_POLPA/121-377  AC D3B6S3.1
#=GS E5FGK8_NOMLE/1-332    AC E5FGK8.1
#=GS H0WZS2_OTOGA/1-333    AC H0WZS2.1
#=GS B1H122_XENTR/1-260    AC B1H122.1
#=GS E0CZC8_MOUSE/1-94     AC E0CZC8.1
#=GS G7MV75_MACMU/1-334    AC G7MV75.1
#=GS Q7Z763_HUMAN/1-59     AC Q7Z763.1
#=GS A3AMJ1_ORYSJ/23-268   AC A3AMJ1.1
#=GS C1N1K9_MICPC/149-337  AC C1N1K9.1
#=GS C1BYZ6_ESOLU/1-176    AC C1BYZ6.1
#=GS Q29EF4_DROPS/148-235  AC Q29EF4.1
#=GS E5FGK4_9PRIM/1-332    AC E5FGK4.1
#=GS H0Z963_TAEGU/1-289    AC H0Z963.1
#=GS F2RNM2_TRIT1/99-355   AC F2RNM2.1
#=GS H2VEI6_TAKRU/2-277    AC H2VEI6.1
#=GS H2M1R7_ORYLA/4-138    AC H2M1R7.1
#=GS B4H1Y4_DROPE/148-235  AC B4H1Y4.1
#=GS G2HH94_PANTR/1-332    AC G2HH94.1
#=GS Q6GR07_XENLA/1-360    AC Q6GR07.1
#=GS Q4S1W0_TETNG/2-326    AC Q4S1W0.1
#=GS G7I3Z1_MEDTR/1-254    AC G7I3Z1.1
#=GS F7DHF1_HORSE/1-246    AC F7DHF1.1
#=GS F9FA82_FUSOF/84-323   AC F9FA82.1
#=GS F2D2L2_HORVD/28-276   AC F2D2L2.1
#=GS F7EH01_ORNAN/1-101    AC F7EH01.1
#=GS E5FGL2_HYLAG/1-332    AC E5FGL2.1
#=GS E0VI21_PEDHC/66-300   AC E0VI21.1
#=GS F1NDC0_CHICK/1-190    AC F1NDC0.1
#=GS F7F774_CALJA/1-334    AC F7F774.1
#=GS F6PMH9_MACMU/1-334    AC F6PMH9.1
#=GS C6TLZ4_SOYBN/19-255   AC C6TLZ4.1
#=GS E1ZV31_CAMFO/59-140   AC E1ZV31.1
#=GS G9KY90_MUSPF/1-331    AC G9KY90.1
#=GS B4HKQ9_DROSE/147-234  AC B4HKQ9.1
#=GS B6HPW9_PENCW/37-335   AC B6HPW9.1
#=GS E5FGK6_9PRIM/1-332    AC E5FGK6.1
#=GS C3YDS9_BRAFL/9-319    AC C3YDS9.1
#=GS B2W0I3_PYRTR/101-349  AC B2W0I3.1
#=GS Q1K4W5_NEUCR/83-308   AC Q1K4W5.1
#=GS F8MPW5_NEUT8/82-316   AC F8MPW5.1
#=GS Q4RUP2_TETNG/1-101    AC Q4RUP2.1
#=GS H3JD81_STRPU/1-282    AC H3JD81.1
#=GS Q2U9V9_ASPOR/98-296   AC Q2U9V9.1
#=GS I1LC95_SOYBN/20-255   AC I1LC95.1
#=GS F4PNE7_DICFS/71-390   AC F4PNE7.1
#=GS A1CZM5_NEOFI/9-327    AC A1CZM5.1
#=GS C5JZ49_AJEDS/3-264    AC C5JZ49.1
#=GS XRCC4_DICDI/9-297     AC Q54YJ7.1
#=GS B4MMU6_DROWI/130-245  AC B4MMU6.1
#=GS E3RF68_PYRTT/96-351   AC E3RF68.1
#=GS G3HKI1_CRIGR/1-143    AC G3HKI1.1
#=GS E4UV39_ARTGP/97-355   AC E4UV39.1
#=GS G3JFW1_CORMM/31-187   AC G3JFW1.1
#=GS E2QS66_CANFA/1-330    AC E2QS66.1
#=GS H2PG13_PONAB/1-330    AC H2PG13.1
#=GS C1BYI8_ESOLU/1-168    AC C1BYI8.1
#=GS E9CT38_COCPS/3-277    AC E9CT38.1
#=GS H9EXP1_MACMU/1-332    AC H9EXP1.1
#=GS A2QUU9_ASPNC/103-370  AC A2QUU9.1
#=GS G4NAR9_MAGO7/94-340   AC G4NAR9.1
#=GS F2TQA3_AJEDA/3-273    AC F2TQA3.1
#=GS E1ZFN4_CHLVA/146-306  AC E1ZFN4.1
#=GS F2SNI0_TRIRC/96-357   AC F2SNI0.1
#=GS G4VPG1_SCHMA/31-219   AC G4VPG1.1
#=GS D7L2J5_ARALL/14-246   AC D7L2J5.1
#=GS B4IXD8_DROGR/6-240    AC B4IXD8.1
#=GS C1FIJ8_MICSR/175-374  AC C1FIJ8.1
#=GS A1C4P6_ASPCL/8-360    AC A1C4P6.1
#=GS H2VEI5_TAKRU/4-311    AC H2VEI5.1
#=GS Q4R3G3_MACFA/1-332    AC Q4R3G3.1
#=GS F1REZ3_PIG/1-333      AC F1REZ3.1
#=GS H3AV79_LATCH/1-329    AC H3AV79.1
#=GS B7QNT6_IXOSC/75-394   AC B7QNT6.1
#=GS F2PQE3_TRIEC/94-350   AC F2PQE3.1
#=GS XRCC4_ARATH/30-262    AC Q682V0.2
#=GS D2I6D6_AILME/1-105    AC D2I6D6.1
#=GS G1RS74_NOMLE/1-334    AC G1RS74.1
#=GS B4G0P1_MAIZE/29-280   AC B4G0P1.1
#=GS E2R3N8_CANFA/1-333    AC E2R3N8.1
#=GS I0YMV9_9CHLO/36-299   AC I0YMV9.1
#=GS Q0KJ39_POPNI/20-250   AC Q0KJ39.1
#=GS F4W6E1_ACREC/86-307   AC F4W6E1.1
#=GS F5H0F2_HUMAN/1-59     AC F5H0F2.1
#=GS C5FIB2_ARTOC/98-373   AC C5FIB2.1
#=GS A2VDW3_BOVIN/1-331    AC A2VDW3.1
#=GS G6CLX1_DANPL/2-166    AC G6CLX1.1
#=GS H1A4L8_TAEGU/1-89     AC H1A4L8.1
#=GS F6ZI76_MONDO/1-330    AC F6ZI76.1
#=GS E5FGL3_MIOTA/1-332    AC E5FGL3.1
#=GS H9HLH0_ATTCE/18-262   AC H9HLH0.1
#=GS E5FGK5_CALJA/1-332    AC E5FGK5.1
#=GS E3QGM8_COLGM/70-344   AC E3QGM8.1
#=GS Q0CEB1_ASPTN/11-229   AC Q0CEB1.1
#=GS D2HY15_AILME/1-226    AC D2HY15.1
#=GS Q5XI44_RAT/1-323      AC Q5XI44.1
#=GS E5FGL5_TRAFR/1-332    AC E5FGL5.1
#=GS I1PFB6_ORYGL/23-268   AC I1PFB6.1
#=GS G3QR56_GORGO/1-334    AC G3QR56.1
#=GS G1PNJ3_MYOLU/1-251    AC G1PNJ3.1
#=GS Q28C93_XENTR/1-160    AC Q28C93.1
#=GS G0RYA9_CHATD/98-340   AC G0RYA9.1
#=GS E5FGL4_COLGU/1-332    AC E5FGL4.1
#=GS B9RTD9_RICCO/11-261   AC B9RTD9.1
#=GS A7RTE3_NEMVE/5-298    AC A7RTE3.1
#=GS G3W756_SARHA/3-333    AC G3W756.1
#=GS Q9P5Y7_NEUCS/83-308   AC Q9P5Y7.2
#=GS E5FGK7_9PRIM/1-332    AC E5FGK7.1
#=GS XRCC4_MOUSE/1-326     AC Q924T3.1
#=GS H9J6D7_BOMMO/3-210    AC H9J6D7.1
#=GS E0CY05_MOUSE/1-83     AC E0CY05.1
#=GS B4PEW4_DROYA/146-237  AC B4PEW4.1
Q6PBP2_DANRE/4-355               .....................................................................................................r-SSSVRQISISSEPQRCFF..LKLE.WA.E.DLGS.GFVIFLCDGES..AWSGEVSEEDVSR....EAREMEME.RDR...YVCDLQLALTGAPSGSga.....sdeGEFTFQL.......TP.ERP.GR.P...QLQLSYE...K.VQ..K..D.I....SF....RL..G.V.V.DLQPVPEP.TE.VIR.........E.LITHG...LEQSSRLQA..SNQ...H...L..LE....EN...Q...K...L....R...R...EQ...Q...HIT...EEMERYVKGKEALERDLYSRFVLVLNEKKAKLRALQ.QR...V.....RE.....LE...EA.EEe...rSPRKK..K.ADSedh..........eaveAAA..DKSPD.EE....S.....-.....-D...YG.G.S...T.EDE.Q.EA..E..PK.RLD.PK............................................PP....TE.EMPECSPMD.DSLN.--..D.I..TD..VAP.CR....KR...R.HR.HLQQLEAQAKRKTLEQQHRSRE..K..P..VEETKAATSRT.SSVPVKPANTAANL.DPDELFD......................................................................................................
C5GS18_AJEDR/3-273               ..................................................................ketilriprsdspgdfilvkvtrpgsseldlklvat-------------------..----.--.-.----.-------EGEA..PYRGSVKSAQIDK...lRAKNYHGA.DDE...WTGILAYALGQKQSASvpekhksgleIAATVKQ.......DE.DDE.SE.K...DIVISLR...K.RI..D..T.I....TQ....RL..G.T.I.SLKQDDDQ.AI.QLF.........D.WTGMA...VARADGLED..ELA...S...L..TA....KY...D...A...L....E...S...TI...N...KLN...SQLKELIKAKTEHEDQLIAKFAQLLNEKKLKIRNQQ.RL...L.....AS.....AK...I-.DP.....SKVDE..M.SAS.................APS..ETGS-.--....-.....-.....--...--.-.-...-.---.-.--..-..--.---.--............................................--....--.---------.----.--..-.-..--..---.--....--...-.--.----------------------..-..-..-----------.--------------.-------tkrrgkrkaeepavsseseggfdtmdvdkarkqgk...................................................................
H2SF17_TAKRU/1-101               ......................................................................................................-------------------..----.--.-.----.-----------..-------------....--------.---...----------------..........-------.......--.---.--.-...-------...-.--..-..-.-....--....-L..G.S.V.ELQPALDP.VD.LNR.........D.MIGQS...LKRSTDLES..ENC...R...L..LE....EN...D...R...L....K...Q...EH...R...RIL...HELEQQVVDKEAMERELYSRFVVVLNEKKAKIRSLQ.DT...L.....HQ.....LQ...QA.EE.....E----..-.---.................---..-----.--....-.....-.....--...--.-.-...-.---.-.--..-..--.---.--............................................--....--.---------.----.--..-.-..--..---.--....--...-.--.----------------------..-..-..-----------.--------------.-------r.....................................................................................................
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