GenomeNet

Database: Pfam
Entry: Ycf1
LinkDB: Ycf1
Original site: Ycf1 
#=GF ID   Ycf1
#=GF AC   PF05758.10
#=GF DE   Ycf1
#=GF AU   Bateman A
#=GF SE   Pfam-B_6040 (release 8.0)
#=GF GA   27.00 27.00;
#=GF TC   28.00 28.00;
#=GF NC   21.90 26.40;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 17690987 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   10792825
#=GF RT   The two largest chloroplast genome-encoded open reading frames
#=GF RT   of higher plants are essential genes. 
#=GF RA   Drescher A, Ruf S, Calsa T Jr, Carrer H, Bock R; 
#=GF RL   Plant J 2000;22:97-104.
#=GF DR   INTERPRO; IPR008896;
#=GF CC   The chloroplast genomes of most higher plants contain two giant
#=GF CC   open reading frames designated ycf1 and ycf2. Although the
#=GF CC   function of Ycf1 is unknown, it is known to be an essential gene
#=GF CC   [1].
#=GF SQ   141
#=GS U5CVV8_AMBTC/6-302        AC U5CVV8.1
#=GS K4D777_SOLLC/3-78         AC K4D777.1
#=GS K4B955_SOLLC/1-49         AC K4B955.1
#=GS C7B2J9_SELML/330-520      AC C7B2J9.1
#=GS U5FEI8_POPTR/3-93         AC U5FEI8.1
#=GS K4DE15_SOLLC/1-54         AC K4DE15.1
#=GS A0A0D2VXQ1_GOSRA/1-66     AC A0A0D2VXQ1.1
#=GS TI214_POPTR/21-558        AC A4GYX4.1
#=GS U5G1J5_POPTR/1-85         AC U5G1J5.1
#=GS B9I1T0_POPTR/21-73        AC B9I1T0.1
#=GS U5G870_POPTR/1-47         AC U5G870.1
#=GS U5FZ25_POPTR/1-72         AC U5FZ25.1
#=GS TI214_PHYPA/240-518       AC Q6YXP5.1
#=GS K4B4I3_SOLLC/1-46         AC K4B4I3.1
#=GS M1APX7_SOLTU/6-44         AC M1APX7.1
#=GS G7JVL7_MEDTR/303-910      AC G7JVL7.2
#=GS TI214_SOLLC/21-964        AC Q2MI42.1
#=GS TI214_PHYPA/467-891       AC Q6YXP5.1
#=GS B9HG47_POPTR/787-836      AC B9HG47.2
#=GS V7BAC8_PHAVU/21-167       AC V7BAC8.1
#=GS A0A078G3S7_BRANA/21-910   AC A0A078G3S7.1
#=GS G7LAW7_MEDTR/1-209        AC G7LAW7.2
#=GS A0A0D2T234_GOSRA/1-130    AC A0A0D2T234.1
#=GS K7K9F2_SOYBN/58-105       AC K7K9F2.1
#=GS A0A058ZVS7_EUCGR/1-74     AC A0A058ZVS7.1
#=GS A0A0A0LLK2_CUCSA/2-57     AC A0A0A0LLK2.1
#=GS G7ICA3_MEDTR/3-53         AC G7ICA3.1
#=GS A0A022RTL7_ERYGU/204-294  AC A0A022RTL7.1
#=GS F6GYN3_VITVI/21-923       AC F6GYN3.1
#=GS K4CK75_SOLLC/1-71         AC K4CK75.1
#=GS A0A022QCQ1_ERYGU/102-176  AC A0A022QCQ1.1
#=GS S8D9F6_9LAMI/519-682      AC S8D9F6.1
#=GS G7ICA3_MEDTR/48-162       AC G7ICA3.1
#=GS TI214_PHYPA/25-247        AC Q6YXP5.1
#=GS K4C0X8_SOLLC/21-82        AC K4C0X8.1
#=GS K4AUQ5_SOLLC/1-118        AC K4AUQ5.1
#=GS B9TJR6_RICCO/1-118        AC B9TJR6.1
#=GS K7K375_SOYBN/6-84         AC K7K375.1
#=GS A0A0D2T8Q0_GOSRA/129-158  AC A0A0D2T8Q0.1
#=GS V7AVN0_PHAVU/39-69        AC V7AVN0.1
#=GS A0A022Q8H4_ERYGU/51-106   AC A0A022Q8H4.1
#=GS M1BRJ6_SOLTU/1-54         AC M1BRJ6.1
#=GS G7JVL7_MEDTR/21-314       AC G7JVL7.2
#=GS M370_ARATH/21-196         AC P93296.1
#=GS V7CVI8_PHAVU/1-72         AC V7CVI8.1
#=GS D7LP60_ARALL/21-195       AC D7LP60.1
#=GS K4D767_SOLLC/21-67        AC K4D767.1
#=GS G1D7A4_RICCO/21-394       AC G1D7A4.1
#=GS G7KW22_MEDTR/14-71        AC G7KW22.2
#=GS S4T063_MEDTR/21-315       AC S4T063.1
#=GS A0A022RTL7_ERYGU/332-626  AC A0A022RTL7.1
#=GS B9RB98_RICCO/277-380      AC B9RB98.1
#=GS A0A0D2T8Q0_GOSRA/6-135    AC A0A0D2T8Q0.1
#=GS A0A0J8BAA0_BETVU/7-84     AC A0A0J8BAA0.1
#=GS K7L8Y1_SOYBN/1-58         AC K7L8Y1.1
#=GS TI214_SOYBN/21-307        AC Q2PMP0.1
#=GS A0A0D2SGC2_GOSRA/22-67    AC A0A0D2SGC2.1
#=GS K4D0A4_SOLLC/1-142        AC K4D0A4.1
#=GS K4D8D4_SOLLC/22-199       AC K4D8D4.1
#=GS A0A059AL72_EUCGR/4-143    AC A0A059AL72.1
#=GS K7MFI9_SOYBN/4-161        AC K7MFI9.1
#=GS TI214_POPTR/553-926       AC A4GYX4.1
#=GS K7KDU8_SOYBN/21-107       AC K7KDU8.1
#=GS A0A072TC23_MEDTR/6-115    AC A0A072TC23.1
#=GS K4AUQ6_SOLLC/69-115       AC K4AUQ6.1
#=GS A0A0D2V8X7_GOSRA/118-265  AC A0A0D2V8X7.1
#=GS E0CPA4_VITVI/1-126        AC E0CPA4.1
#=GS K4BGM6_SOLLC/1-51         AC K4BGM6.1
#=GS K4BRI4_SOLLC/1-60         AC K4BRI4.1
#=GS S4T063_MEDTR/303-937      AC S4T063.1
#=GS A0A022QKP8_ERYGU/1-53     AC A0A022QKP8.1
#=GS K4D780_SOLLC/21-252       AC K4D780.1
#=GS A0A022QWE4_ERYGU/1-63     AC A0A022QWE4.1
#=GS A0A078JEE6_BRANA/21-342   AC A0A078JEE6.1
#=GS V4S284_9ROSI/21-384       AC V4S284.1
#=GS A0A022QKP8_ERYGU/53-108   AC A0A022QKP8.1
#=GS A0A022QCQ1_ERYGU/53-109   AC A0A022QCQ1.1
#=GS TI214_ARATH/22-911        AC P56785.1
#=GS D7MJG7_ARALL/21-345       AC D7MJG7.1
#=GS K4BYY6_SOLLC/1-128        AC K4BYY6.1
#=GS K4B4I5_SOLLC/2-117        AC K4B4I5.1
#=GS B9I1T0_POPTR/69-134       AC B9I1T0.1
#=GS U5FEJ1_POPTR/26-83        AC U5FEJ1.1
#=GS A0A022Q8H4_ERYGU/1-53     AC A0A022Q8H4.1
#=GS K7K965_SOYBN/5-86         AC K7K965.1
#=GS K4D8D6_SOLLC/1-50         AC K4D8D6.1
#=GS M0ZYH1_SOLTU/1-223        AC M0ZYH1.1
#=GS K4CYY1_SOLLC/7-80         AC K4CYY1.1
#=GS A0A0D2ZUH0_BRAOL/1-47     AC A0A0D2ZUH0.1
#=GS A0A0D2TVK6_GOSRA/106-151  AC A0A0D2TVK6.1
#=GS G7KB70_MEDTR/1-89         AC G7KB70.1
#=GS A0A0A0LLK2_CUCSA/54-108   AC A0A0A0LLK2.1
#=GS K4D7W6_SOLLC/7-104        AC K4D7W6.1
#=GS A0A0D2Q6N4_GOSRA/1-136    AC A0A0D2Q6N4.1
#=GS A0A022QKP8_ERYGU/101-175  AC A0A022QKP8.1
#=GS S8D9F6_9LAMI/1-118        AC S8D9F6.1
#=GS K7K329_SOYBN/1-89         AC K7K329.1
#=GS Q6YSM2_BRANA/21-257       AC Q6YSM2.1
#=GS G1D7B6_RICCO/21-963       AC G1D7B6.1
#=GS K4CJC7_SOLLC/1-117        AC K4CJC7.1
#=GS A0A0D2T3B3_GOSRA/1-151    AC A0A0D2T3B3.1
#=GS K4B4I4_SOLLC/2-45         AC K4B4I4.1
#=GS D7MVM2_ARALL/21-345       AC D7MVM2.1
#=GS K4D778_SOLLC/1-181        AC K4D778.1
#=GS K3Z2U4_SETIT/11-30        AC K3Z2U4.1
#=GS E3W0Q0_PRUPE/21-956       AC E3W0Q0.1
#=GS A0A022RTL7_ERYGU/619-793  AC A0A022RTL7.1
#=GS TI214_AMBTC/538-867       AC Q70XV6.2
#=GS K4D780_SOLLC/247-387      AC K4D780.1
#=GS A0A0D2TVK6_GOSRA/1-107    AC A0A0D2TVK6.1
#=GS K4DEB1_SOLLC/1-43         AC K4DEB1.1
#=GS G7K1Z3_MEDTR/21-135       AC G7K1Z3.1
#=GS S8ENR1_9LAMI/25-126       AC S8ENR1.1
#=GS K4AUS9_SOLLC/1-126        AC K4AUS9.1
#=GS A0A0D2V8X7_GOSRA/1-123    AC A0A0D2V8X7.1
#=GS A0A022RTL7_ERYGU/4-205    AC A0A022RTL7.1
#=GS D7TRR1_VITVI/7-192        AC D7TRR1.1
#=GS M0T954_MUSAM/1-51         AC M0T954.1
#=GS G7KTU0_MEDTR/1-293        AC G7KTU0.2
#=GS S8D9F6_9LAMI/201-522      AC S8D9F6.1
#=GS K4D1M2_SOLLC/6-301        AC K4D1M2.1
#=GS K4BRI3_SOLLC/21-63        AC K4BRI3.1
#=GS K4B4I4_SOLLC/39-210       AC K4B4I4.1
#=GS W9RTI2_9ROSA/319-380      AC W9RTI2.1
#=GS I1LX98_SOYBN/3-84         AC I1LX98.1
#=GS TI214_SOYBN/303-920       AC Q2PMP0.1
#=GS K4BRI3_SOLLC/61-288       AC K4BRI3.1
#=GS B9SWJ2_RICCO/1-70         AC B9SWJ2.1
#=GS K4B4I6_SOLLC/31-101       AC K4B4I6.1
#=GS G7KB70_MEDTR/89-181       AC G7KB70.1
#=GS K4D8D5_SOLLC/1-158        AC K4D8D5.1
#=GS U5FEP0_POPTR/5-66         AC U5FEP0.1
#=GS TI214_AMBTC/21-541        AC Q70XV6.2
#=GS A0A059C2U8_EUCGR/477-565  AC A0A059C2U8.1
#=GS A0A022QCQ1_ERYGU/1-55     AC A0A022QCQ1.1
#=GS TI214_VITVI/21-949        AC Q0ZIW0.1
#=GS K4D779_SOLLC/1-177        AC K4D779.1
#=GS U5GBK2_POPTR/1-71         AC U5GBK2.1
#=GS K4DEB2_SOLLC/1-144        AC K4DEB2.1
#=GS TI214_SOLTU/21-962        AC Q2VEC3.1
#=GS C7B2J9_SELML/518-835      AC C7B2J9.1
U5CVV8_AMBTC/6-302                   .....................................................SVVVVGLYYGFLTTFSIGPSY.....LFLLRARVLEEGEEGTEKKVSATTGFITGQLMM.FISIYYVPLHLALGRPHTITVLALPYLLFHF.FWNNHKHF..........FDYGSTNR.NSMRNLSIQC....VFLNNL.IFQLFNHFILPSSMLVRLVNIYMFRCNNKMLFVTSSFVGWLIGHILFMKWVGLV.LVW..IQQNNSIRSNVLIRSNKY..LVAELRNFMARIFSILLFITCIYYLGRIPSPIVTKKLK..ATLET-------....EETDVEIETTSETKGTKQEQGGS..TEED..PSPSLFSEEKEDPDK..IDETEEIRVNGKEKTKDEF---..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..-------------------------------------------..-------..-..-..----------------------------......---......----------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------q...................................................
K4D777_SOLLC/3-78                    .................................................fnyq---------------------.....---------------------------------.-------------------------------.--------..........--------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..-------------------------------------------..-------..-..-..----------------------------......---......----------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.--KQNFPKNWLRDGIQIKILFPFCLKPWHIYELYPSC..RE..LIKK............QKQKDDFCFLTVWG..MEAELPF.GSPRKR..PSFF----....................................................
K4B955_SOLLC/1-49                    .....................................................---------------------.....--------------------------------M.FIPIYYALLYLVLGRPHTIIVLALSYFLFLF.FWNNHKDF..........L-------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..-------------------------------------------..-------..-..-..----------------------------......---......----------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------lswiyyqk............................................
C7B2J9_SELML/330-520                 .............................................tcheslsd---------------------.....---------------------------------.-------------------------------.--------..........--------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..------------ES..EELSWLDARP-ASVFDDQQSVRPFRDVKDCyDSTSP..LKNELSQYYFHTGVGPGKHILSLSSPPSLSIPDENLEKFVNLSllDIPPTTR..D..DppFKACIGTAGGRKESDLNNELTNRMEALN......KGY......YLVKVVDSNNGLYDH--EKSVLARMNDPFTSNKLRGRIVGFRSTWL..F--..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------tggsdrriadnsfr......................................
U5FEI8_POPTR/3-93                    ..............................................tygpekq---------------------.....---------------------------------.-------------------------------.--------..........--------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..-------------------------------------------..-------..-..-..----------------------------......---......----------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....SK..TKDTT....NFD.QTGEVALIRYSQQLDFRRDIIKGSMRTQRRKIAILKLFQA..NL..HSPFFLDRIDK.FLAK..SL.SYWQLF..SY..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------wirrtql.............................................
K4DE15_SOLLC/1-54                    .....................................................---------------------.....---------------------------------.-------------------------------.--------..........--------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..----------------------------------MIKRKIPLL..SLQKTLP..N..E..LDTQWVSTNKEKSNNLNKEFLNRLEILD......KES......LSL-------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------ap..................................................
A0A0D2VXQ1_GOSRA/1-66                ....................................................a---------------------.....---------------------------------.-------------------------------.--------..........--------.----------....------.------------------------------------------------------.---..------------------..--------------------------------------..------------....-----------------------..----..---------------..----------------------..------.....-----.......-------.....---..--------------..------------------------------.-----..-------------------------------------------..-------..-..-..----------------------------......---......----------------------------------------------..---..----..--------.---------.................--.-.----------...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...-N..ANTY....TN..TKDAN....DPD.QTDEVALIRYLQQSDFRRDIIKGSMCAQRRKPITWELFQA..NV..HSPFFW-----.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------te..................................................
TI214_POPTR/21-558                   .....................................................SVVVVGLYYGFLTTFSMGPSY.....LFLLRARVIEEGEEGTEKKVSATTGFITGQLMM.FISIYYAPLHLALGRPHTITVLALPYLLFHF.FWNNHKHF..........FDYGSTTR.NSMRNLSIQC....VFLNNL.IFQLFNHFILPSSMLVRLVNIYMFRCNNKMLFVTSSFVGWLIGHILFMKWVGLI.LVW..IQQNNSLRSNKYIRSNKY..LVSELRNSMARIFSILLFITCVYSLGRIPSPIFTKKLK..ETSETEER---E....EETDVEIETTPETKGTKQEQEGS..TEED..PSSSLFSEEKENPDK..IDETEEIRVNGKEKTKDEFHFH..FKETCY.....KNRPV.......YETFYLD.....GNQ..ENSKLEIFLDKKD-..KDLVWFEKPRVTILFDYKRWNRPFRYIKND.QFKNA..VRKEMSQYFFSTCRSDGKERISFTYPPSLSTFLEMIQRKMSLF..TTEKLSS..D..E..LYNHWNYNNEQKKKNLSNEFINRVEVLD......KGF......RVLNILEKKTRLCNDETKKEYLPKIYDPFLSGLYRGKVNFFFSPSI..INE..ISIK..NYIEMLWI.NKIYLILLI.................SN.Y.QEFEPKME--...--------------------.-------------.--.--.-------------.------------------........--------.-----------------------.------------------------.--...--..----....--..-----....---.----------------------------------------..--..-----------.----..--.------..--..---------.-.------....---------------....--------------------------------------------------------------------------------------.-------------------------------------..--..----............--------------..-------.------..--------dr..................................................
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