GenomeNet

Database: PROSITE
Entry: PS50013
LinkDB: PS50013
Original site: PS50013 
ID   CHROMO_2; MATRIX.
AC   PS50013;
DT   01-NOV-1995 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
DE   Chromo and chromo shadow domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4848000; R2=0.0181000; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3396.3852539; R2=2.6844263; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=443; H_SCORE=4586; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4290; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-17,-26,-17,-13,19,-27,0,-3,-13,4,0,-17,-25,-12,-11,-18,-11,-6,4,28,-13;
MA   /M: SY='E'; M=3,-6,-20,-4,9,-18,-18,-15,-7,-7,-11,-9,-9,-6,-4,-12,3,1,0,-30,-17,2;
MA   /M: SY='V'; M=3,-24,-21,-24,-17,-9,-23,-25,9,-16,-1,-1,-23,-1,-19,-20,-10,-6,14,-16,-12,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-10,7,-31,17,53,-30,-16,-2,-30,8,-21,-20,-1,4,17,-2,-1,-10,-30,-30,-21,34;
MA   /M: SY='R'; M=-10,1,-24,3,7,-26,-17,-6,-29,28,-24,-13,1,-14,7,32,-6,-8,-19,-24,-13,5;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-28,-26,-35,-27,2,-35,-28,36,-27,16,14,-21,-15,-21,-26,-17,-6,25,-21,-2,-27;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-26,-22,-28,-18,2,-31,-21,22,-21,29,16,-24,-25,-17,-16,-22,-9,15,-22,-3,-19;
MA   /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
MA   /M: SY='D'; M=-4,14,-21,21,10,-32,1,-7,-31,-1,-24,-20,5,-12,3,-6,1,-10,-24,-30,-20,6;
MA   /M: SY='A'; M=3,-8,-15,-13,-9,-17,-12,1,-14,-4,-12,-6,-4,-17,-6,-2,1,2,-7,-26,-9,-9;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-4,-26,-6,2,-21,-18,-6,-20,18,-20,-9,2,-15,7,29,-1,-1,-14,-25,-11,2;
MA   /M: SY='B'; M=-8,5,-22,5,-1,-20,-11,-9,-13,2,-15,-6,4,-17,-5,-2,-3,-5,-6,-30,-15,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-2,-17,-4,0,-22,-13,-9,-19,7,-20,-12,1,-12,1,10,0,-3,-13,-28,-16,-1;
MA   /M: SY='R'; M=-10,5,-22,2,5,-27,-11,-4,-27,21,-27,-13,9,-15,10,22,0,-6,-22,-27,-14,7;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-4,-25,-5,-10,-23,40,-11,-31,-12,-25,-17,5,-17,-11,-11,3,-12,-25,-20,-20,-11; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-9,1,-24,1,4,-21,-7,-6,-19,6,-14,-8,3,-14,6,8,-4,-5,-17,-23,-13,4; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-23,-21,-23,-16,6,-25,-13,9,-17,16,6,-21,-14,-16,-11,-17,-7,6,-14,6,-17; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='E'; M=-9,0,-25,3,22,-18,-21,-5,-13,2,-11,-4,-5,-9,10,-4,-3,-5,-12,-25,-12,16; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='Y'; M=-18,-25,-25,-30,-25,46,-31,-2,5,-20,8,2,-21,-29,-23,-16,-20,-10,-1,15,49,-25;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-26,-23,-28,-20,19,-30,-11,12,-23,29,12,-24,-28,-17,-15,-25,-10,3,-7,18,-19;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-29,-10,-32,-27,1,-31,-25,28,-24,20,17,-26,-27,-23,-22,-17,-6,31,-26,-6,-26;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-1,-29,-1,9,-29,-20,-8,-28,42,-27,-9,0,-11,12,29,-7,-6,-19,-21,-10,10;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-39,-48,-40,-30,15,-21,-29,-19,-21,-18,-19,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140,30,-21;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-7,-25,-8,3,-21,-21,-11,-16,22,-11,-4,-7,-15,6,15,-10,-6,-11,-21,-9,4;
MA   /M: SY='G'; M=-4,3,-29,3,-12,-29,49,-13,-37,-13,-30,-21,10,-19,-14,-13,1,-16,-30,-25,-27,-13;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-21,-26,-21,-17,15,-20,-4,-2,-16,2,-2,-19,-26,-14,-14,-15,-8,-6,16,32,-17;
MA   /M: SY='D'; M=-2,14,-22,18,3,-28,-1,-4,-27,-7,-27,-21,11,-2,-3,-12,12,1,-21,-35,-20,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-11,9,-28,12,15,-19,-18,13,-19,-2,-17,-11,5,-13,9,-5,-3,-9,-21,-21,2,10;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-20; IM=0;
MA   /M: SY='A'; M=5,1,-18,0,-1,-16,-9,-11,-14,-3,-14,-11,0,-11,-4,-6,4,1,-10,-14,-11,-2; D=-5;
MA   /I: DM=-20;
MA   /M: SY='E'; M=-12,12,-26,20,29,-25,-16,22,-28,1,-20,-15,6,-8,10,-3,0,-10,-26,-28,-6,18; D=-5;
MA   /I: DM=-20;
MA   /M: SY='N'; M=-9,11,-7,1,-7,-17,-12,3,-14,-9,-14,-6,19,-13,-6,-9,-3,-6,-18,-35,-15,-7;
MA   /M: SY='T'; M=0,-5,-11,-11,-11,-11,-18,-12,-6,-12,-11,-8,-3,-14,-10,-11,17,32,5,-32,-10,-11;
MA   /M: SY='W'; M=-17,-34,-45,-33,-24,3,-21,-27,-17,-19,-17,-17,-34,-9,-18,-20,-32,-22,-26,101,16,-18;
MA   /M: SY='E'; M=3,5,-24,10,39,-27,-14,-5,-25,4,-20,-18,0,-3,12,-5,8,-3,-22,-30,-20,26;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-5,-28,-2,1,-25,-16,-15,-21,0,-26,-17,-4,35,-5,-8,3,5,-21,-31,-21,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-4,-5,-26,-1,22,-19,-17,-8,-14,-1,-9,-10,-8,-7,3,-6,-5,-9,-13,-24,-12,12;
MA   /M: SY='A'; M=11,-1,-19,-2,10,-20,-11,-12,-15,-3,-12,-12,-3,-10,-1,-10,6,2,-9,-27,-17,4;
MA   /M: SY='N'; M=-11,25,-22,16,0,-18,-8,7,-18,-4,-20,-14,34,-19,1,-4,4,-1,-23,-33,-12,0;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-25,-18,-29,-19,0,-31,-21,23,-21,24,17,-23,-24,-17,-18,-21,-9,17,-23,-4,-19;
MA   /M: SY='K'; M=-3,-2,-24,0,4,-22,-14,-13,-15,6,-15,-9,-4,-9,0,-2,-2,-4,-9,-27,-14,1;
MA   /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
MA   /M: SY='C'; M=-2,-5,31,-8,-15,-17,-13,-14,-22,-19,-16,-15,-8,-25,-18,-22,-5,-10,-11,-34,-18,-17;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-14,-28,-12,-2,-21,-18,-13,-13,-6,-14,-8,-13,28,0,-10,-4,-4,-17,-25,-16,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-26,2,15,-27,-20,-3,-19,11,-17,-8,-2,-12,21,14,-2,-4,-16,-25,-12,17;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-21,-14,-24,-16,-3,-26,-13,9,-11,16,17,-20,-24,-9,-8,-19,-9,6,-20,-2,-13;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-27,-21,-30,-22,3,-32,-21,28,-23,22,17,-25,-25,-19,-20,-19,-7,25,-20,1,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-9,1,-27,4,4,-19,-21,-9,-10,3,-9,-7,-3,-14,0,0,-8,-9,-10,-24,-7,1;
MA   /M: SY='E'; M=-1,8,-23,5,13,-21,-12,6,-19,-1,-18,-12,10,-12,9,-2,2,-6,-20,-27,-12,10;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-26,-24,-32,-26,57,-30,-5,1,-22,6,0,-20,-30,-28,-16,-20,-10,-2,16,48,-26;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-11,-22,-11,1,1,-25,9,-13,-3,-8,-3,-11,-20,5,-4,-13,-12,-17,-1,21,2;
MA   /M: SY='K'; M=-7,4,-26,3,17,-26,-16,-3,-25,18,-22,-13,6,-11,12,16,0,-5,-21,-26,-14,14;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-3,-26,-1,14,-23,-17,-1,-25,16,-20,-12,0,-12,10,21,-1,-5,-20,-21,-11,11;
MA   /M: SY='R'; M=-13,2,-27,-1,4,-13,-17,11,-21,4,-16,-10,8,-18,6,13,-6,-10,-22,-15,-1,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-5,-27,-5,-2,-19,-14,-6,-12,0,-5,-3,-3,-13,4,-1,-10,-10,-14,-24,-10,0;
MA   /M: SY='S'; M=0,-4,-19,-6,-4,-16,-9,-8,-10,-8,-11,-3,-3,-14,-5,-10,7,7,-6,-29,-12,-5;
MA   /M: SY='W'; M=-10,-10,-28,-10,-4,-8,-17,-13,-17,3,-16,-11,-10,-18,-6,1,-9,-6,-13,9,1,-4;
MA   /M: SY='H'; M=-12,0,-29,3,9,-20,-18,11,-21,5,-18,-8,-2,-5,4,4,-6,-8,-20,-23,-3,4;
MA   /M: SY='E'; M=-2,-1,-21,-2,7,-21,-11,-10,-19,2,-18,-12,1,-5,2,0,7,6,-14,-28,-16,4;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-3,-24,-1,0,-20,-16,-6,-21,-2,-22,-15,-2,12,1,-4,-5,-6,-23,-17,-9,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-2,-26,-1,5,-16,-18,-9,-11,-6,-14,-9,-2,5,-2,-8,-3,-6,-14,-28,-15,0;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-1,-27,-1,9,-22,-10,-7,-23,14,-20,-12,1,-7,3,9,-4,-8,-20,-22,-11,5;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2017_11,556196;
NR   /TOTAL=145(106); /POSITIVE=144(105); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=1(1);
NR   /FALSE_NEG=19; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=2;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=Chromo;
CC   /VERSION=5;
DR   P83916    , CBX1_HUMAN , T; P83917    , CBX1_MOUSE , T;
DR   Q14781    , CBX2_HUMAN , T; P30658    , CBX2_MOUSE , T;
DR   Q13185    , CBX3_HUMAN , T; P23198    , CBX3_MOUSE , T;
DR   Q5R6X7    , CBX3_PONAB , T; O00257    , CBX4_HUMAN , T;
DR   O55187    , CBX4_MOUSE , T; P45973    , CBX5_HUMAN , T;
DR   Q61686    , CBX5_MOUSE , T; O95503    , CBX6_HUMAN , T;
DR   Q9DBY5    , CBX6_MOUSE , T; O95931    , CBX7_HUMAN , T;
DR   Q8VDS3    , CBX7_MOUSE , T; P60889    , CBX7_RAT   , T;
DR   Q9HC52    , CBX8_HUMAN , T; Q9QXV1    , CBX8_MOUSE , T;
DR   Q9Y6F8    , CDY1_HUMAN , T; Q9Y6F7    , CDY2_HUMAN , T;
DR   Q8N8U2    , CDYL2_HUMAN, T; Q9D5D8    , CDYL2_MOUSE, T;
DR   Q9Y232    , CDYL_HUMAN , T; Q9WTK2    , CDYL_MOUSE , T;
DR   Q6AYK9    , CDYL_RAT   , T; P34618    , CEC1_CAEEL , T;
DR   P45968    , CEC3_CAEEL , T; Q19972    , CEC4_CAEEL , T;
DR   A9X4T1    , CHD1_BOMMO , T; B6ZLK2    , CHD1_CHICK , T;
DR   Q7KU24    , CHD1_DROME , T; O14646    , CHD1_HUMAN , T;
DR   P40201    , CHD1_MOUSE , T; P32657    , CHD1_YEAST , T;
DR   O14647    , CHD2_HUMAN , T; E9PZM4    , CHD2_MOUSE , T;
DR   Q22516    , CHD3_CAEEL , T; O16102    , CHD3_DROME , T;
DR   Q12873    , CHD3_HUMAN , T; Q14839    , CHD4_HUMAN , T;
DR   Q6PDQ2    , CHD4_MOUSE , T; Q8TDI0    , CHD5_HUMAN , T;
DR   A2A8L1    , CHD5_MOUSE , T; D3ZD32    , CHD5_RAT   , T;
DR   Q8TD26    , CHD6_HUMAN , T; A3KFM7    , CHD6_MOUSE , T;
DR   D3ZA12    , CHD6_RAT   , T; Q06A37    , CHD7_CHICK , T;
DR   Q9P2D1    , CHD7_HUMAN , T; A2AJK6    , CHD7_MOUSE , T;
DR   B0R0I6    , CHD8_DANRE , T; Q9HCK8    , CHD8_HUMAN , T;
DR   Q09XV5    , CHD8_MOUSE , T; Q9JIX5    , CHD8_RAT   , T;
DR   B5DE69    , CHD8_XENTR , T; Q3L8U1    , CHD9_HUMAN , T;
DR   Q8BYH8    , CHD9_MOUSE , T; O97159    , CHDM_DROME , T;
DR   Q10103    , CHP1_SCHPO , T; O42934    , CHP2_SCHPO , T;
DR   F4KBP5    , CHR4_ARATH , T; F4IV99    , CHR5_ARATH , T;
DR   F4JTF6    , CHR7_ARATH , T; O60016    , CLR4_SCHPO , T;
DR   O49139    , CMT1_ARATH , T; Q9AXT8    , CMT1_MAIZE , T;
DR   A0A0P0VUY4, CMT1_ORYSJ , T; Q94F87    , CMT2_ARATH , T;
DR   Q9ARI6    , CMT2_MAIZE , T; Q5KQL9    , CMT2_ORYSJ , T;
DR   Q94F88    , CMT3_ARATH , T; Q8LPU5    , CMT3_MAIZE , T;
DR   C0SQ89    , CMT3_ORYSJ , T; O14134    , ELF1_SCHPO , T;
DR   P05205    , HP1_DROME  , T; P29227    , HP1_DROVI  , T;
DR   Q9US25    , HRP1_SCHPO , T; O14139    , HRP3_SCHPO , T;
DR   G5EBZ4    , LE418_CAEEL, T; Q946J8    , LHP1_ARATH , T;
DR   Q339W7    , LHP1_ORYSJ , T; Q944N1    , LHP1_SOLLC , T;
DR   Q99549    , MPP8_HUMAN , T; Q3TYA6    , MPP8_MOUSE , T;
DR   G3V8T1    , MPP8_RAT   , T; Q08972    , NEW1_YEAST , T;
DR   P26017    , PC_DROME   , T; Q9S775    , PKL_ARATH  , T;
DR   O22265    , SR43C_ARATH, T; Q8LSQ2    , SR43C_ORYSJ, T;
DR   P45975    , SUV39_DROME, T; Q294B9    , SUV39_DROPS, T;
DR   Q2NL30    , SUV91_BOVIN, T; O43463    , SUV91_HUMAN, T;
DR   O54864    , SUV91_MOUSE, T; Q5RB81    , SUV91_PONAB, T;
DR   Q6NRE8    , SUV91_XENLA, T; Q32PH7    , SUV92_BOVIN, T;
DR   Q5F3W5    , SUV92_CHICK, T; Q9H5I1    , SUV92_HUMAN, T;
DR   Q4R3E0    , SUV92_MACFA, T; Q9EQQ0    , SUV92_MOUSE, T;
DR   Q28CQ7    , SUV92_XENTR, T; Q6DGD3    , SV91A_DANRE, T;
DR   P40381    , SWI6_SCHPO , T;
DR   Q9Y4B6    , DCAF1_HUMAN, N; Q80TR8    , DCAF1_MOUSE, N;
DR   Q2UMQ5    , ESA1_ASPOR , N; O94446    , ESA1_SCHPO , N;
DR   Q08649    , ESA1_YEAST , N; Q9H7Z6    , KAT8_HUMAN , N;
DR   Q9D1P2    , KAT8_MOUSE , N; Q5XI06    , KAT8_RAT   , N;
DR   Q94C32    , MRG1_ARATH , N; Q4V3E2    , MRG2_ARATH , N;
DR   Q8N5Y2    , MS3L1_HUMAN, N; Q9WVG9    , MS3L1_MOUSE, N;
DR   Q5R6Y9    , MS3L1_PONAB, N; P0C860    , MS3L2_HUMAN, N;
DR   P50536    , MSL3_DROME , N; Q9NBL2    , MSL3_DROVI , N;
DR   Q9FLF7    , MYST1_ARATH, N; Q8LI34    , MYST1_ORYSJ, N;
DR   Q9LXD7    , MYST2_ARATH, N;
DR   Q9M2Z3    , GENL2_ARATH, F;
3D   1AP0; 1DZ1; 1E0B; 1G6Z; 1GUW; 1KNA; 1KNE; 1PDQ; 1PFB; 1Q3L; 1S4Z; 1X32;
3D   1X3P; 2B2T; 2B2U; 2B2V; 2B2W; 2B2Y; 2D9U; 2DNT; 2DNV; 2DY7; 2DY8; 2EE1;
3D   2EPB; 2FMM; 2H1E; 2K1B; 2K28; 2KVM; 2L11; 2L12; 2L1B; 2MJ8; 2N88; 2RSN;
3D   2RSO; 2RVL; 2RVM; 2RVN; 3DM1; 3F2U; 3FDT; 3G7L; 3GV6; 3H91; 3I3C; 3I8Z;
3D   3I90; 3I91; 3KUP; 3LWE; 3MTS; 3MWY; 3P7J; 3Q6S; 3QO2; 3R93; 3SVM; 3TZD;
3D   4FSX; 4FT2; 4FT4; 4HAE; 4MN3; 4NW2; 4O42; 4O9I; 4X3K; 4X3S; 4X3T; 4X3U;
3D   5AFW; 5E4W; 5E4X; 5EJW; 5EPJ; 5EPK; 5EPL; 5EQ0; 5JJZ; 5T1G; 5T1I;
PR   PRU00053;
DO   PDOC00517;
//
DBGET integrated database retrieval system