ID LDLRA_2; MATRIX.
AC PS50068;
DT NOV-1997 (CREATED); NOV-1997 (DATA UPDATE); APR-2013 (INFO UPDATE).
DE LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile.
MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37;
MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.475; R2=.0125; TEXT='-LogE';
MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=797; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=637; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA /M: SY='T'; M=-4,-2,-21,-4,1,-17,-13,-9,-15,-2,-14,-9,-1,-9,0,-2,3,5,-11,-27,-13,0;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA /M: SY='S'; M=-4,-1,-25,0,2,-22,-8,-6,-20,-2,-20,-13,0,1,1,-4,3,-2,-17,-28,-16,0;
MA /I: II=-7; MI=-7; IM=-7; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA /M: SY='P'; M=-1,-5,-21,-3,3,-22,-10,-12,-18,-4,-19,-13,-5,11,-2,-8,1,-3,-16,-27,-18,-1; D=-3;
MA /I: DM=-17;
MA /M: SY='N'; M=-7,8,-23,8,1,-21,0,-3,-24,-5,-20,-15,9,-14,-3,-5,4,-1,-19,-28,-13,-2;
MA /I: DM=-17;
MA /M: SY='E'; M=-9,0,-27,3,19,-22,-15,3,-22,4,-17,-9,-1,-10,16,2,-2,-8,-22,-21,-9,17;
MA /M: SY='F'; M=-17,-27,-22,-34,-26,58,-29,-12,0,-24,7,1,-18,-28,-31,-16,-18,-10,0,7,27,-26;
MA /M: SY='Q'; M=-6,-3,-25,-4,6,-24,-17,0,-19,9,-17,-6,-2,-10,15,13,-1,-3,-17,-24,-10,9;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA /M: SY='S'; M=-2,-1,-24,-1,0,-22,-3,-7,-22,0,-20,-13,0,-6,-2,-1,2,-4,-17,-26,-15,-2;
MA /M: SY='N'; M=-5,18,-20,14,1,-22,-2,-1,-22,-4,-24,-17,22,-15,-2,-6,10,1,-20,-33,-17,-1;
MA /I: II=-4; MI=-5; IM=-5; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA /M: SY='G'; M=-5,-4,-26,-5,-8,-23,25,-8,-28,-8,-22,-14,2,-16,-8,-7,0,-11,-23,-23,-18,-9; D=-2;
MA /I: DM=-15;
MA /M: SY='R'; M=-8,-5,-24,-6,4,-19,-18,-2,-16,8,-14,-6,-2,-14,8,13,-1,-2,-13,-24,-8,5;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-30;
MA /M: SY='I'; M=-8,-29,-25,-36,-28,2,-36,-27,40,-27,20,17,-22,-23,-21,-26,-19,-8,29,-20,0,-28;
MA /M: SY='P'; M=-3,-4,-28,-1,2,-24,-13,-9,-19,-5,-23,-15,-4,27,-3,-10,2,-3,-21,-29,-19,-3; D=-4;
MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA /M: SY='R'; M=-5,-8,-24,-10,-2,-15,-14,-9,-11,-1,-9,-3,-5,-11,-1,1,-5,-6,-10,-21,-10,-3;
MA /M: SY='S'; M=-3,0,-21,0,2,-17,-9,-3,-18,-3,-16,-11,2,-14,0,-2,6,0,-14,-25,-10,1;
MA /M: SY='W'; M=-11,-17,-30,-19,-10,0,-20,-12,-13,-3,-8,-7,-15,-22,-5,-2,-17,-13,-15,25,8,-7;
MA /M: SY='V'; M=-8,-19,-22,-21,-14,-6,-24,-14,2,-4,2,3,-16,-22,-9,3,-13,-6,7,-16,-5,-12;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-29,-29,-20,-19,-20,-39,-28,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
MA /M: SY='D'; M=-17,46,-27,56,14,-34,-8,2,-34,0,-29,-27,29,-13,0,-8,2,-7,-29,-40,-20,7;
MA /M: SY='G'; M=-3,-5,-28,-6,-13,-25,42,-11,-33,-13,-25,-16,3,-19,-12,-11,-1,-15,-26,-22,-22,-13;
MA /M: SY='D'; M=-8,1,-24,3,2,-15,-18,-3,-12,-2,-12,-8,-2,-16,-1,-4,-4,-5,-8,-25,-6,0;
MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA /M: SY='B'; M=-7,8,-23,7,1,-18,-14,-6,-17,-3,-18,-13,8,-5,-3,-5,-1,-4,-15,-27,-13,-2;
MA /M: SY='D'; M=-18,44,-29,59,18,-37,-9,2,-37,0,-28,-27,21,-11,1,-8,0,-9,-29,-39,-19,10;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA /M: SY='G'; M=-3,-6,-26,-4,-1,-22,3,-9,-21,-5,-18,-12,-4,-2,-4,-6,0,-7,-18,-25,-16,-4;
MA /M: SY='D'; M=-16,39,-28,52,13,-33,-6,0,-35,-2,-28,-26,20,-11,-1,-9,1,-8,-28,-36,-17,6;
MA /M: SY='G'; M=-3,-4,-26,-6,-11,-24,33,-10,-30,-11,-24,-15,4,-18,-10,-11,0,-13,-25,-19,-19,-11;
MA /M: SY='S'; M=5,2,-15,2,5,-20,-4,-8,-20,-7,-24,-16,7,-11,1,-9,25,11,-13,-35,-17,3;
MA /M: SY='D'; M=-18,42,-29,60,18,-36,-10,0,-37,-1,-27,-27,16,-11,-1,-10,-1,-9,-27,-36,-18,8;
MA /M: SY='E'; M=-10,11,-29,20,53,-29,-18,-1,-29,8,-20,-20,1,-2,17,-1,1,-9,-28,-30,-19,35;
MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA /M: SY='E'; M=-1,-3,-22,-3,6,-19,-16,-6,-14,2,-11,-7,-3,-11,3,0,-2,-4,-12,-25,-11,4; D=-3;
MA /I: DM=-13;
MA /M: SY='N'; M=-8,8,-23,6,-1,-20,-2,-2,-19,-5,-17,-12,10,-15,-2,-5,0,-6,-18,-28,-12,-3;
MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA /M: SY='S'; M=-1,-3,-22,-3,0,-21,-4,-9,-19,-5,-19,-13,-1,-2,-4,-6,4,-1,-14,-28,-18,-3;
MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR /RELEASE=2013_06,540261;
NR /TOTAL=802(151); /POSITIVE=802(151); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR /FALSE_NEG=8; /PARTIAL=1;
CC /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC /SCALING_DB=reversed;
CC /AUTHOR=K_Hofmann;
CC /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=36;
CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=LDL-receptor class A;
CC /VERSION=1;
DR Q6UXC1, AEGP_HUMAN , T; A2AJA7, AEGP_MOUSE , T; Q63191, AEGP_RAT , T;
DR A6QNY1, CD320_BOVIN, T; Q9NPF0, CD320_HUMAN, T; Q9Z1P5, CD320_MOUSE, T;
DR Q5HZW5, CD320_RAT , T; P05156, CFAI_HUMAN , T; Q61129, CFAI_MOUSE , T;
DR Q5R5A4, CFAI_PONAB , T; Q9WUW3, CFAI_RAT , T; Q5VYJ5, CJ112_HUMAN, T;
DR Q29RU4, CO6_BOVIN , T; P13671, CO6_HUMAN , T; P61134, CO6_PANTR , T;
DR P61135, CO6_PONPY , T; Q811M5, CO6_RAT , T; Q29RQ1, CO7_BOVIN , T;
DR P10643, CO7_HUMAN , T; Q9TUQ3, CO7_PIG , T; Q5RAD0, CO7_PONAB , T;
DR P07357, CO8A_HUMAN , T; Q8K182, CO8A_MOUSE , T; P98136, CO8A_RABIT , T;
DR P07358, CO8B_HUMAN , T; Q8BH35, CO8B_MOUSE , T; Q90X85, CO8B_ONCMY , T;
DR Q9PVW7, CO8B_PAROL , T; P98137, CO8B_RABIT , T; P55314, CO8B_RAT , T;
DR Q3MHN2, CO9_BOVIN , T; P48770, CO9_HORSE , T; P02748, CO9_HUMAN , T;
DR P06683, CO9_MOUSE , T; P06682, CO9_ONCMY , T; P48747, CO9_RABIT , T;
DR Q62930, CO9_RAT , T; P79755, CO9_TAKRU , T; Q9Y5Q5, CORIN_HUMAN, T;
DR Q9Z319, CORIN_MOUSE, T; Q80YN4, CORIN_RAT , T; B2DCR8, CTX_SEPES , T;
DR P98072, ENTK_BOVIN , T; P98073, ENTK_HUMAN , T; P97435, ENTK_MOUSE , T;
DR P98074, ENTK_PIG , T; P16222, GLBL_LAMSP , T; P18207, GLBL_TYLHE , T;
DR P18208, GLBM_TYLHE , T; P46023, GR101_LYMST, T; P98153, IDD_HUMAN , T;
DR P98154, IDD_MOUSE , T; Q99087, LDLR1_XENLA, T; Q99088, LDLR2_XENLA, T;
DR P35950, LDLR_CRIGR , T; P01130, LDLR_HUMAN , T; P35951, LDLR_MOUSE , T;
DR Q28832, LDLR_PIG , T; P20063, LDLR_RABIT , T; P35952, LDLR_RAT , T;
DR Q5T700, LRAD1_HUMAN, T; Q5SZI1, LRAD2_HUMAN, T; Q86YD5, LRAD3_HUMAN, T;
DR A2AR95, LRAD3_MOUSE, T; A4IHY6, LRAD3_XENTR, T; O15165, LRAD4_HUMAN, T;
DR Q8BWJ4, LRAD4_MOUSE, T; Q7Z4F1, LRP10_HUMAN, T; Q7TQH7, LRP10_MOUSE, T;
DR Q86VZ4, LRP11_HUMAN, T; Q8CB67, LRP11_MOUSE, T; Q9Y561, LRP12_HUMAN, T;
DR Q9BE74, LRP12_MACFA, T; Q8BUJ9, LRP12_MOUSE, T; Q5R662, LRP12_PONAB, T;
DR Q9NZR2, LRP1B_HUMAN, T; Q9JI18, LRP1B_MOUSE, T; P98157, LRP1_CHICK , T;
DR Q07954, LRP1_HUMAN , T; Q91ZX7, LRP1_MOUSE , T; P98164, LRP2_HUMAN , T;
DR A2ARV4, LRP2_MOUSE , T; P98158, LRP2_RAT , T; O75074, LRP3_HUMAN , T;
DR O88204, LRP3_RAT , T; O75096, LRP4_HUMAN , T; Q8VI56, LRP4_MOUSE , T;
DR Q9QYP1, LRP4_RAT , T; O75197, LRP5_HUMAN , T; Q91VN0, LRP5_MOUSE , T;
DR O75581, LRP6_HUMAN , T; O88572, LRP6_MOUSE , T; Q98931, LRP8_CHICK , T;
DR Q14114, LRP8_HUMAN , T; Q924X6, LRP8_MOUSE , T; Q04833, LRP_CAEEL , T;
DR Q9BY79, MFRP_HUMAN , T; Q8K480, MFRP_MOUSE , T; P34576, MUA3_CAEEL , T;
DR Q8TDF5, NETO1_HUMAN, T; Q8R4I7, NETO1_MOUSE, T; Q8NC67, NETO2_HUMAN, T;
DR Q8BNJ6, NETO2_MOUSE, T; C6K2K4, NETO2_RAT , T; P98159, NUDEL_DROME, T;
DR P98160, PGBM_HUMAN , T; Q05793, PGBM_MOUSE , T; P85831, PROH4_APIME, T;
DR P98162, RSVR_COTJA , T; Q9HBX9, RXFP1_HUMAN, T; Q6R6I7, RXFP1_MOUSE, T;
DR Q5R5V8, RXFP1_PONAB, T; Q6R6I6, RXFP1_RAT , T; Q5XM32, RXFP2_CANFA, T;
DR Q8WXD0, RXFP2_HUMAN, T; Q91ZZ5, RXFP2_MOUSE, T; Q98930, SORL_CHICK , T;
DR Q92673, SORL_HUMAN , T; O88307, SORL_MOUSE , T; Q95209, SORL_RABIT , T;
DR O43278, SPIT1_HUMAN, T; Q9R097, SPIT1_MOUSE, T; P98167, SSPO_BOVIN , T;
DR Q2PC93, SSPO_CHICK , T; A2VEC9, SSPO_HUMAN , T; Q8CG65, SSPO_MOUSE , T;
DR Q700K0, SSPO_RAT , T; Q0IIH7, ST14_BOVIN , T; Q9Y5Y6, ST14_HUMAN , T;
DR P56677, ST14_MOUSE , T; O15393, TMPS2_HUMAN, T; Q9JIQ8, TMPS2_MOUSE, T;
DR P57727, TMPS3_HUMAN, T; Q8K1T0, TMPS3_MOUSE, T; Q8IU80, TMPS6_HUMAN, T;
DR Q9DBI0, TMPS6_MOUSE, T; Q7RTY8, TMPS7_HUMAN, T; Q8BIK6, TMPS7_MOUSE, T;
DR P86091, TMPS7_RAT , T; Q7Z410, TMPS9_HUMAN, T; P69525, TMPS9_MOUSE, T;
DR P69526, TMPS9_RAT , T; Q06561, UNC52_CAEEL, T; Q6X0I2, VGR_SOLIN , T;
DR P98165, VLDLR_CHICK, T; P98155, VLDLR_HUMAN, T; P98156, VLDLR_MOUSE, T;
DR P35953, VLDLR_RABIT, T; P98166, VLDLR_RAT , T; P34434, YL54_CAEEL , T;
DR P98163, YL_DROME , T;
DR P01131, LDLR_BOVIN , P;
DR Q9UM73, ALK_HUMAN , N; P97793, ALK_MOUSE , N; P98161, PKD1_HUMAN , N;
DR O08852, PKD1_MOUSE , N; Q9NRS4, TMPS4_HUMAN, N; Q8VCA5, TMPS4_MOUSE, N;
DR Q9BYE2, TMPSD_HUMAN, N; Q5U405, TMPSD_MOUSE, N;
3D 1AJJ; 1CR8; 1D2J; 1D2L; 1F5Y; 1F8Z; 1J8E; 1JRF; 1K7B; 1LDL; 1LDR; 1N7D;
3D 1V9U; 1XFE; 2FCW; 2FYJ; 2FYL; 2I1P; 2JM4; 2KNX; 2KNY; 2KRI; 2LGP; 2M0P;
3D 2XRC; 3A7Q; 3DPR; 3M0C; 3OJY; 3P5C; 3T5O; 4A5W; 4E0S;
PR PRU00124;
DO PDOC00929;
//
