GenomeNet

Database: PROSITE
Entry: PS51425
LinkDB: PS51425
Original site: PS51425 
ID   SCD; MATRIX.
AC   PS51425;
DT   01-JAN-2009 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 25-OCT-2017 INFO UPDATE.
DE   Stromalin conservative (SCD) domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0093286; R2=0.0164597; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6050.4150391; R2=5.0283017; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=516; H_SCORE=8645; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; H_SCORE=7423; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-14; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='F'; M=-32,-50,-48,-58,-56,69,-53,-21,17,-55,21,5,-34,-51,-49,-44,-34,-29,-5,-16,47,-49;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-21,-39,-24,-18,-19,-24,-19,16,-15,9,13,-14,-19,-17,-16,-12,-4,18,-54,-27,-15;
MA   /M: SY='H'; M=-9,2,-45,-1,0,-38,-12,16,-14,0,-23,-12,7,-12,8,1,-3,-5,-13,-50,-28,5;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-8,-39,-18,-18,-51,-36,17,-20,39,-40,-9,1,-1,9,64,-8,-8,-29,14,-49,-1;
MA   /M: SY='F'; M=-26,-37,-21,-45,-44,28,-46,-15,5,-36,2,-3,-25,-39,-37,-29,-24,-20,-5,-26,28,-39;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-48,-18,-16,-44,-37,13,-16,33,-27,1,-1,-7,9,50,-11,-10,-24,0,-45,-1;
MA   /M: SY='D'; M=0,40,-60,50,40,-70,0,0,-30,0,-50,-40,30,-20,20,-20,0,0,-30,-80,-50,30;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-26,-23,-26,-23,-14,-23,-26,34,-24,12,12,-19,-21,-25,-24,-11,1,32,-67,-26,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-1,4,-40,6,4,-41,-8,-10,-8,-11,-26,-19,5,-16,-5,-16,-3,-3,-7,-63,-35,1;
MA   /M: SY='P'; M=4,4,-45,1,4,-48,-8,-3,-21,-12,-30,-25,4,23,3,-8,4,-2,-16,-66,-42,2;
MA   /M: SY='D'; M=-3,19,-49,21,20,-51,-6,5,-21,3,-34,-21,17,-11,13,-8,1,-1,-18,-60,-37,16;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-31,-32,-31,-30,9,-31,-30,57,-22,23,21,-21,-29,-29,-22,-21,-1,39,-59,-21,-29;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-40,-20,-20,-50,-40,20,-20,40,-40,-10,0,0,10,70,-10,-10,-30,20,-50,0;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-21,-16,-25,-24,-19,-25,-19,5,-24,-4,-4,-18,-18,-20,-21,-10,-5,4,-50,-20,-22;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-13,-50,-14,-7,-20,-23,-21,14,-19,14,12,-12,-21,-9,-26,-15,-7,16,-62,-32,-7;
MA   /M: SY='C'; M=-17,-34,73,-42,-49,-52,-25,-33,-20,-49,-53,-42,-33,-27,-51,-32,4,-14,-11,-78,-11,-50;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-32,-33,-36,-31,-1,-31,-29,30,-30,25,19,-26,-26,-28,-29,-19,-6,27,-54,-20,-28;
MA   /M: SY='D'; M=0,8,-48,10,9,-52,-8,-5,-17,9,-29,-14,8,-5,9,1,3,6,-16,-54,-43,9;
MA   /M: SY='E'; M=4,4,-43,5,10,-36,-4,-9,-15,-15,-22,-19,3,-9,0,-23,-1,-4,-9,-64,-28,6;
MA   /M: SY='L'; M=-21,-41,-49,-49,-43,20,-47,-30,21,-40,46,28,-37,-34,-29,-37,-33,-19,16,-30,-10,-35;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-11,-23,-15,-15,-27,16,-20,-20,-24,-35,-29,-6,-17,-25,-32,1,-3,-15,-56,-19,-20;
MA   /M: M=-9,-9,-42,-11,-8,-28,-24,-9,-3,-13,-5,-4,-7,-18,-6,-13,-12,-6,-1,-49,-27,-5;
MA   /I: I=-15; MD=-32;
MA   /M: SY='W'; M=-48,-45,-62,-60,-67,-8,-53,-27,-47,-36,-24,-44,-37,-53,-49,4,-20,-43,-59,105,-9,-55; D=-15;
MA   /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-34,-42,-40,-36,13,-37,-28,27,-29,29,25,-27,-30,-28,-28,-24,-12,19,-44,-12,-31;
MA   /M: SY='N'; M=-7,2,-49,2,3,-38,-16,-5,-10,1,-20,-9,4,-16,1,-6,-5,-4,-11,-47,-32,1;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-2,-42,-4,-2,-37,-14,-5,-8,4,-18,-4,1,-9,1,-2,-1,4,-8,-46,-33,-1;
MA   /M: SY='Y'; M=-26,-34,-11,-43,-41,28,-45,-10,-4,-42,-3,-11,-23,-40,-37,-37,-23,-21,-9,-28,41,-38;
MA   /M: SY='P'; M=3,-12,-37,-21,-14,-48,-15,-10,-24,-19,-26,-25,-10,45,-5,-2,6,-1,-18,-56,-45,-13;
MA   /M: SY='E'; M=1,10,-47,10,11,-46,-4,-4,-16,-5,-25,-17,8,-6,5,-13,2,2,-12,-62,-38,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-22,-9,-27,-26,-5,-30,-10,-5,-29,-18,-17,-14,-25,-26,-26,-10,-11,-6,-49,11,-26;
MA   /M: SY='F'; M=-36,-52,-48,-62,-61,84,-56,-17,4,-62,13,-5,-34,-55,-54,-48,-36,-35,-19,-6,68,-54;
MA   /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='L'; M=-14,-27,-44,-34,-30,2,-34,-22,12,-26,24,16,-23,-23,-21,-25,-21,-10,10,-33,-17,-25;
MA   /M: SY='D'; M=0,20,-51,24,22,-56,-3,4,-23,8,-37,-20,18,-7,16,-4,5,3,-21,-61,-40,17;
MA   /M: SY='P'; M=4,7,-40,4,5,-55,-4,-5,-23,-3,-36,-25,6,16,3,-1,6,2,-18,-56,-48,3;
MA   /M: SY='T'; M=0,3,-32,0,-2,-41,-7,-8,-15,2,-29,-13,4,-3,-4,-4,6,8,-13,-47,-32,-5;
MA   /M: SY='Y'; M=-28,-23,-28,-30,-31,27,-43,5,-15,-34,-17,-20,-11,-40,-26,-27,-21,-24,-24,-23,42,-27;
MA   /M: SY='L'; M=-16,-35,-60,-43,-35,11,-42,-29,24,-30,54,38,-32,-28,-20,-33,-31,-12,23,-33,-22,-27;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-2,-51,-7,-7,-55,-24,4,-20,34,-35,-4,5,-6,8,36,-3,-3,-26,-23,-45,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-37,-36,-15,-45,-44,50,-56,1,-18,-43,-14,-24,-19,-52,-39,-38,-28,-28,-27,-6,78,-41;
MA   /M: SY='L'; M=-18,-33,-53,-40,-35,20,-40,-26,23,-34,35,23,-27,-32,-26,-33,-28,-15,15,-34,-8,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-16,-44,-18,-18,-13,12,-24,-12,-31,-21,-22,-11,-23,-27,-38,-6,-8,-13,-55,-20,-21;
MA   /M: SY='W'; M=-36,-29,-65,-39,-42,-20,-47,-14,-31,-18,-20,-27,-22,-38,-26,10,-16,-29,-41,60,-24,-31;
MA   /M: SY='A'; M=3,-8,-23,-13,-11,-32,-3,-21,-5,-15,-15,-7,-7,-6,-15,-21,2,3,0,-55,-34,-14;
MA   /M: SY='L'; M=-20,-37,-59,-45,-37,15,-45,-28,16,-38,50,31,-35,-31,-22,-37,-33,-20,15,-30,-15,-29;
MA   /M: SY='H'; M=-5,0,-33,-4,-4,-25,-15,6,-15,-6,-26,-15,4,-9,-1,-4,-1,-2,-15,-36,-16,-3;
MA   /M: SY='D'; M=1,38,-57,47,38,-68,1,-1,-29,0,-49,-39,29,-18,18,-19,1,1,-29,-77,-49,28;
MA   /M: SY='K'; M=-2,1,-36,-1,-1,-50,-8,-13,-12,12,-31,-8,4,-6,-3,3,5,6,-11,-54,-39,-5;
MA   /M: SY='N'; M=-2,5,-31,3,2,-38,-10,1,-12,-7,-24,-13,7,-9,0,-9,1,0,-8,-51,-29,0;
MA   /M: SY='A'; M=8,0,-30,-3,-3,-42,7,-14,-10,-11,-25,-15,2,2,-9,-17,8,8,-3,-62,-38,-6;
MA   /M: SY='K'; M=-9,5,-55,6,8,-55,-16,0,-16,19,-29,-7,8,-12,12,12,-2,-1,-18,-50,-44,9;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-23,-27,-23,-18,-20,-20,-25,31,-21,11,13,-15,-19,-23,-21,-10,1,34,-68,-31,-17;
MA   /M: SY='R'; M=-22,-14,-40,-23,-23,-48,-39,8,-20,30,-34,-8,-5,-9,2,52,-10,-12,-28,9,-45,-7;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-5,-59,-4,2,-35,-21,-8,-5,-2,-2,3,-4,-15,6,-8,-12,-8,-5,-52,-38,4;
MA   /M: M=-10,-7,-3,-7,-8,-54,-18,-12,-19,-17,-41,-28,-8,-17,-10,-13,0,-9,-15,-70,-29,-9;
MA   /M: SY='C'; M=2,-15,6,-20,-20,-41,-6,-23,-6,-24,-28,-20,-13,-10,-26,-20,4,1,2,-63,-29,-22;
MA   /M: SY='L'; M=-14,-36,-52,-42,-34,11,-39,-29,28,-36,47,29,-32,-28,-25,-35,-28,-12,27,-40,-19,-28;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='K'; M=-13,-2,-53,-3,-3,-47,-19,-4,-14,21,-25,-1,4,-16,4,12,-4,-1,-18,-42,-36,-1;
MA   /M: SY='A'; M=6,-8,-34,-10,-9,-23,-4,-17,3,-17,-11,-7,-5,-8,-14,-20,0,4,4,-56,-29,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-35,-46,-40,-34,7,-38,-30,29,-34,43,26,-31,-27,-25,-33,-28,-11,26,-41,-22,-29;
MA   /M: M=-8,-9,-42,-11,-8,-22,-21,-4,-4,-10,-10,-5,-4,-12,-3,-9,-9,-5,-6,-45,-23,-5;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-5,-40,-8,-8,-36,-16,-1,-14,7,-28,-12,1,-8,-2,9,-3,-3,-17,-37,-28,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-19,-36,-61,-43,-34,16,-45,-27,17,-38,53,29,-33,-30,-21,-38,-34,-18,17,-29,-14,-27;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-26,-21,-32,-31,13,-34,-11,-5,-31,-9,-12,-16,-33,-29,-30,-17,-16,-10,-35,23,-30;
MA   /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
MA   /M: SY='E'; M=1,8,-44,7,9,-50,-3,1,-19,6,-34,-18,9,-4,7,2,3,0,-17,-51,-41,8;
MA   /M: SY='K'; M=-8,8,-49,7,5,-50,-13,7,-17,22,-33,-8,13,-10,9,16,2,2,-19,-42,-36,5;
MA   /M: SY='E'; M=1,10,-40,11,13,-57,-6,-4,-23,0,-36,-22,8,-2,8,-7,4,1,-18,-66,-41,10;
MA   /I: I=-10; MD=-21;
MA   /M: SY='D'; M=2,12,-46,13,12,-46,-6,-4,-17,-4,-25,-18,10,-2,6,-12,2,2,-14,-59,-38,8; D=-10;
MA   /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-10,-46,-13,-11,-7,-23,-9,-1,-15,2,1,-7,-21,-8,-18,-12,-8,-4,-38,-12,-9; D=-10;
MA   /I: I=-10; DM=-21;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-11,-39,-16,-14,-24,-25,-7,2,0,-9,0,-6,-13,-7,4,-10,-5,-3,-29,-30,-9; D=-10;
MA   /I: I=-10; DM=-21;
MA   /M: SY='A'; M=5,1,-40,1,3,-41,-5,-12,-12,-12,-24,-18,2,2,-3,-15,2,2,-8,-63,-37,0;
MA   /M: SY='N'; M=0,8,-47,9,9,-52,-1,-2,-19,9,-33,-14,10,-7,7,1,3,0,-17,-53,-43,7;
MA   /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='L'; M=-18,-37,-17,-44,-43,-6,-38,-28,7,-37,8,2,-32,-31,-35,-26,-19,-18,5,-37,-13,-37;
MA   /M: M=-7,-7,-45,-9,-7,-37,-18,-7,-5,0,-11,-2,-3,-13,-2,0,-8,-5,-4,-43,-39,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,2,-49,0,4,-34,-15,3,-14,-8,-11,-8,2,-9,8,-10,-6,-4,-10,-49,-32,6;
MA   /M: SY='F'; M=-25,-45,-59,-52,-48,51,-48,-22,14,-50,31,12,-34,-41,-37,-40,-34,-26,-1,-19,22,-40;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-17,-27,-21,-21,-20,-9,-24,2,-24,-4,-4,-14,-13,-22,-26,-2,5,5,-52,-24,-21;
MA   /M: SY='E'; M=0,4,-43,5,7,-39,-10,-7,-14,-5,-25,-15,5,-8,2,-14,0,0,-11,-62,-28,4;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-8,-49,-14,-13,-40,-31,5,-16,26,-31,-3,1,-11,3,35,-8,-9,-24,-13,-35,-3;
MA   /M: SY='F'; M=-30,-46,-45,-55,-54,67,-48,-19,10,-53,12,-1,-30,-47,-48,-42,-30,-27,-11,-12,47,-48;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-4,-49,-7,-7,-47,-21,-6,-14,27,-30,-2,3,-13,2,22,-3,-1,-20,-32,-37,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-4,10,-49,10,12,-52,-10,0,-21,9,-31,-13,10,-1,11,2,1,-1,-19,-51,-42,10;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-3,-34,-8,-10,-44,-23,6,-17,14,-35,-14,2,-3,2,24,-2,-4,-21,-24,-37,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-35,-56,-42,-35,14,-40,-29,27,-30,47,35,-30,-28,-22,-31,-30,-13,23,-36,-20,-28;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-32,-46,-37,-30,3,-31,-29,28,-30,36,27,-27,-26,-25,-32,-23,-9,27,-49,-23,-26;
MA   /M: SY='E'; M=2,14,-46,16,18,-46,0,-6,-18,-7,-29,-20,11,-9,5,-19,2,-1,-12,-64,-36,11;
MA   /M: SY='M'; M=-16,-33,-52,-40,-32,6,-39,-30,31,-16,42,49,-26,-29,-19,-23,-25,-10,28,-47,-25,-25;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2017_10,556006;
NR   /TOTAL=17(17); /POSITIVE=17(17); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=SCD;
CC   /VERSION=4;
DR   Q92380    , REC11_SCHPO, T; O82265    , SCC3_ARATH , T;
DR   Q19555    , SCC3_CAEEL , T; O13816    , SCC3_SCHPO , T;
DR   P40541    , SCC3_YEAST , T; P0CL83    , ST3L1_HUMAN, T;
DR   P0CL84    , ST3L2_HUMAN, T; P0CL85    , ST3L3_HUMAN, T;
DR   Q8WVM7    , STAG1_HUMAN, T; Q9D3E6    , STAG1_MOUSE, T;
DR   Q9DGN1    , STAG1_XENLA, T; Q8N3U4    , STAG2_HUMAN, T;
DR   O35638    , STAG2_MOUSE, T; Q9DGN0    , STAG2_XENLA, T;
DR   Q9UJ98    , STAG3_HUMAN, T; O70576    , STAG3_MOUSE, T;
DR   Q99M76    , STAG3_RAT  , T;
3D   4PJU; 4PJW; 4PK7;
PR   PRU00750;
DO   PDOC51425;
//
DBGET integrated database retrieval system