ID ZF_TFIIB; MATRIX.
AC PS51134;
DT JUN-2005 (CREATED); JUN-2005 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
DE Zinc finger TFIIB-type profile.
MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=32;
MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=29;
MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6841733; R2=0.0059513; TEXT='-LogE';
MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1146; N_SCORE=7.7; MODE=1; TEXT='!';
MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=810; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA /DEFAULT: M0=-13; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA /M: SY='E'; M=-3,-22,5,20,6,-1,3,-9,0,-12,-6,5,11,3,-4,6,0,-9,-20,1;
MA /M: SY='P'; M=-1,-23,2,7,-20,0,-6,-4,14,-12,-8,-3,21,7,7,3,2,0,-27,-15;
MA /M: SY='R'; M=-6,-1,-3,5,-9,-23,10,3,5,6,6,-9,-20,15,20,-8,-7,5,-22,2;
MA /M: SY='R'; M=-1,1,-12,-2,-6,-8,-12,4,13,-6,-1,-6,-17,6,13,-2,9,7,9,0;
MA /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA /M: SY='C'; M=-79,157,-99,-99,-89,-94,-99,-96,-94,-86,-87,-85,-109,-102,-101,-81,-79,-83,-119,-100;
MA /M: SY='P'; M=-11,-33,-13,-3,-26,-15,-13,-19,12,-24,-11,-13,87,-9,-8,-3,-3,-22,-24,-17;
MA /M: SY='E'; M=-2,-23,23,27,-19,-10,3,-9,4,-16,-9,25,-14,11,0,-1,-4,-10,-28,-6;
MA /M: SY='C'; M=-10,118,-25,-25,-19,-24,25,-27,-22,-17,-15,-12,-37,-27,-27,-11,-10,-16,-49,-22;
MA /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA /M: SY='G'; M=-5,-30,7,1,-25,39,-10,-34,-2,-32,-23,-1,24,-4,-4,-3,-13,-30,-28,-23; D=-13;
MA /I: I=-13; DM=-27;
MA /M: SY='S'; M=2,-6,18,4,-25,10,-3,-22,-2,-25,-18,9,18,1,-10,26,11,-16,-32,-17;
MA /M: SY='P'; M=8,-19,5,4,-24,14,-11,-18,4,-21,-14,5,22,2,3,9,15,-11,-29,-18;
MA /M: SY='N'; M=-62,-16,55,35,-92,-82,41,5,-30,-48,-82,66,6,11,-48,8,-24,-38,-105,-83;
MA /M: SY='I'; M=-12,-19,-32,-26,30,-34,-22,40,-23,31,20,-26,-27,-21,-18,-21,-8,24,-18,2;
MA /M: SY='V'; M=-4,-20,-6,4,-5,-30,-24,31,-14,9,7,-17,-20,-12,-16,-11,0,32,-30,-10;
MA /M: SY='E'; M=-7,-21,2,22,1,-18,-2,-5,5,-6,-6,-4,-14,2,8,0,10,1,-17,13;
MA /M: SY='D'; M=-14,-28,68,23,-34,-12,6,-33,-1,-31,-29,25,-14,0,6,-2,-5,-30,-48,-17;
MA /I: I=-14; MD=-29;
MA /M: SY='Y'; M=-9,-25,-4,1,15,-16,27,-9,-7,-5,-4,-1,10,-5,-4,-3,-3,-12,-2,40; D=-14;
MA /I: I=-14; MD=-29;
MA /M: SY='E'; M=10,-22,6,22,-28,-6,-6,-26,12,-24,-17,2,-13,11,18,13,-2,-18,-28,-18; D=-14;
MA /I: I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA /M: SY='R'; M=9,-21,-6,1,-22,-8,35,-24,15,-21,-10,8,-17,8,35,7,-1,-17,-29,-8;
MA /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
MA /M: SY='G'; M=9,-23,-12,-22,-31,70,-19,-36,-17,-32,-22,3,-17,-14,-24,4,-14,-28,-23,-26; D=-11;
MA /I: I=-11; DM=-23;
MA /M: SY='D'; M=-12,-28,50,40,-26,-18,-1,-30,-3,-26,-23,10,-11,10,-5,-3,-5,-26,-31,-5; D=-11;
MA /I: I=-11; DM=-23;
MA /M: SY='M'; M=0,-17,-20,-18,1,-22,0,15,-14,16,19,-10,-20,-12,-11,-4,11,12,-22,5; D=-11;
MA /I: I=-11; DM=-23;
MA /M: SY='V'; M=-6,-18,-30,-26,13,-33,-27,36,-23,15,11,-24,-25,-24,-25,-6,0,45,-21,-6;
MA /M: SY='C'; M=-79,157,-99,-99,-89,-94,-99,-96,-94,-86,-87,-85,-109,-102,-101,-81,-79,-83,-119,-100;
MA /M: SY='G'; M=10,-39,-5,6,-23,17,-11,-15,7,-19,-10,2,13,4,0,11,12,-10,-26,-17;
MA /M: SY='D'; M=-1,-22,33,21,-27,-4,-3,-21,10,-23,-17,19,-13,7,8,6,0,-14,-33,-17;
MA /M: SY='C'; M=-79,157,-99,-99,-89,-94,-99,-96,-94,-86,-87,-85,-109,-102,-101,-81,-79,-83,-119,-100;
MA /M: SY='G'; M=8,-34,-4,-21,-31,75,-18,-38,-17,-33,-23,2,-16,-14,-24,3,-15,-31,-22,-25;
MA /M: SY='C'; M=-4,31,-22,-18,8,-23,-13,11,-15,25,10,-16,-25,-8,-10,-2,3,9,-17,10;
MA /M: SY='V'; M=-1,-15,-31,-26,-1,-33,-34,36,-23,4,11,-36,-26,-25,-25,-15,1,50,-34,-9;
MA /M: SY='I'; M=-8,-18,-40,-26,4,-34,-26,34,-24,29,17,-26,-26,-22,-25,-18,-1,32,-26,-5;
MA /M: SY='E'; M=1,-25,23,47,-30,20,-6,-30,7,-25,-20,1,-9,12,-4,1,-3,-23,-28,-20;
MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR /RELEASE=2013_05,540052;
NR /TOTAL=77(77); /POSITIVE=77(77); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR /FALSE_NEG=5; /PARTIAL=0;
CC /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC /SCALING_DB=window20;
CC /AUTHOR=N_Hulo;
CC /TAXO-RANGE=A?EPV; /MAX-REPEAT=1;
CC /FT_KEY=ZN_FING; /FT_DESC=TFIIB-type;
CC /VERSION=1;
DR Q29S07, BRF2_BOVIN , T; A8KBY2, BRF2_DANRE , T; Q9HAW0, BRF2_HUMAN , T;
DR Q4R318, BRF2_MACFA , T; Q3UAW9, BRF2_MOUSE , T; Q4V8D6, BRF2_RAT , T;
DR Q66IW8, BRF2_XENLA , T; A4QNR3, BRF2_XENTR , T; P48512, TF2B1_ARATH, T;
DR Q9HNA2, TF2B1_HALSA, T; Q5JGN1, TF2B1_PYRKO, T; Q9HJM7, TF2B1_THEAC, T;
DR Q979Q3, TF2B1_THEVO, T; Q9SS44, TF2B2_ARATH, T; Q9HRE6, TF2B2_HALSA, T;
DR P58109, TF2B2_PYRKO, T; P58110, TF2B2_SULSO, T; Q9HJM2, TF2B2_THEAC, T;
DR Q979P7, TF2B2_THEVO, T; Q9HHK5, TF2B3_HALSA, T; Q9HR45, TF2B4_HALSA, T;
DR Q9HSB3, TF2B6_HALSA, T; Q9HSF7, TF2B7_HALSA, T; O28970, TF2B_ARCFU , T;
DR Q2KIN8, TF2B_BOVIN , T; O16991, TF2B_CAEEL , T; A8MCX6, TF2B_CALMQ , T;
DR Q54FD6, TF2B_DICDI , T; P29052, TF2B_DROME , T; Q9NHP7, TF2B_DROVI , T;
DR Q8SRP3, TF2B_ENCCU , T; Q00403, TF2B_HUMAN , T; A8AC96, TF2B_IGNH4 , T;
DR Q05959, TF2B_KLULA , T; Q4R3J5, TF2B_MACFA , T; A6UW60, TF2B_META3 , T;
DR Q8TT29, TF2B_METAC , T; A7IAR4, TF2B_METB6 , T; Q58192, TF2B_METJA , T;
DR Q8TX21, TF2B_METKA , T; A4G0F2, TF2B_METM5 , T; A9A8Q0, TF2B_METM6 , T;
DR A6VI28, TF2B_METM7 , T; P0CW15, TF2B_METMA , T; A3CSQ6, TF2B_METMJ , T;
DR Q6M176, TF2B_METMP , T; P0CW14, TF2B_METMZ , T; B8GJQ9, TF2B_METPE , T;
DR A5UKA1, TF2B_METS3 , T; Q2NEL6, TF2B_METST , T; O26971, TF2B_METTH , T;
DR Q9P9I7, TF2B_METTL , T; A0B5T8, TF2B_METTP , T; P62915, TF2B_MOUSE , T;
DR Q8W0W3, TF2B_ORYSJ , T; Q5R886, TF2B_PONAB , T; Q9V0V5, TF2B_PYRAB , T;
DR Q8ZWS3, TF2B_PYRAE , T; A4WMA6, TF2B_PYRAR , T; P61998, TF2B_PYRFU , T;
DR O59151, TF2B_PYRHO , T; A1RV37, TF2B_PYRIL , T; B1YCX0, TF2B_PYRNV , T;
DR P61999, TF2B_PYRWO , T; P62916, TF2B_RAT , T; O13749, TF2B_SCHPO , T;
DR P48513, TF2B_SOYBN , T; P29054, TF2B_XENLA , T; P29055, TF2B_YEAST , T;
DR P43072, TF3B_CANAL , T; Q92994, TF3B_HUMAN , T; P46070, TF3B_KLULA , T;
DR Q8CFK2, TF3B_MOUSE , T; Q9P6R0, TF3B_SCHPO , T; P29056, TF3B_YEAST , T;
DR Q9YGA5, TFB2_HALVD , T; P46221, YTF2_SULSH , T;
DR Q980W8, LYSW_SULSO , N; Q976J8, LYSW_SULTO , N; Q5SH22, LYSW_THET8 , N;
DR Q9HHH8, TF2B5_HALSA, N; Q5UPT1, TF2B_MIMIV , N;
3D 1DL6; 1PFT; 1RLY; 1RO4; 3K1F; 3K7A; 4BBR; 4BBS;
PR PRU00469;
DO PDOC51134;
//
