KEGG U.urealyticum: UU188

Ureaplasma parvum serovar 3 ATCC 700970: UU188

Entry

UU188 CDS U.urealyticum

Gene name rpoC

Definition DNA-directed RNA polymerase subunit beta' (EC:2.7.7.6)

Orthology K03046 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:2.7.7.6]

Pathway uur00230 Purine metabolism
uur00240 Pyrimidine metabolism
uur01100 Metabolic pathways
uur03020 RNA polymerase

Class Metabolism; Nucleotide Metabolism; Purine metabolism [PATH:uur00230]
Metabolism; Nucleotide Metabolism; Pyrimidine metabolism
[PATH:uur00240]
Genetic Information Processing; Transcription; RNA polymerase
[PATH:uur03020]
Genetic Information Processing; Replication and Repair; DNA repair
and recombination proteins

SSDB

Motif Pfam: RNA_pol_Rpb1_1 RNA_pol_Rpb1_5 RNA_pol_Rpb1_2 RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4 Peptidase_M23 Apocytochr_F_C

Other DBs NCBI-GI: 13357746
NCBI-GeneID: 875923
UniProt: Q9PQV5

Position 229931..233848

AA seq 1305 aa
MSQKGIKSLTISIASPEQILNWSKGEITKPETINYKSLKPEPNGLFDESIFGPSKDYECY
CGKYRKVKHKGKICERCHVEITESIVRRERMGHIELAAPVAHIWFTKELPSPSKISLLLD
ITYKEVDQVVYFVNYIVLDEGNNVYDGKSIFNKKEVLDLTSPKNSIRSRNKLRRTLRNIQ
ERIEDELNHEREALIQDFDYRLAVTYDQMLKDSNIPFSVKDVMAFIEKHTGVRFGIGAEA
IRELLEKLNLEEEHEKIKQAIQNSPNAYDQKTKRLLRRLECVRWIKDSGSKPEWMVMTRI
PVTPSETRPIISLDGGRFTTSDTNNFYRKIIIRNERLKQMQATDAPEILLDNEKRLLQEA
VDSLFDNNSRKKPVVGKDKRPLKSLSNHLKGKQGLFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPELK
MYEVGIPALMILKLFRPYIISELIRKRDELGNEIQPICANIKLAEQKILAQDNEIWPVVE
KVIKQRPVILNRAPTLHRLGIQAFEPKMVDGKAIRLHPLVTTAFNADFDGDQMAVHIPLS
KEAVAEARSILLASWHILGPKDGKPIITPTQDMILGIYYLTKEKFPQVIEEMMAKDPTQA
RVEFINNFHIFSTQDEAIRAYKLKTIRINDVIGITTKAFNNKTFSKEGILVTTVGKIIFN
QAFPVNFPYINDVKNLYGENQFEIIGMHESILDYLKAYNLKEPLTKKTLSTVIDYLYKVS
EIEVVPQTMDKIKALGFKYSMISATSISAFDIPSYDQKYEYFKETDELVSKLREFYLDGK
LTDDERYTKVVQAWSQTKDKVTHDIEKLINSNEYKDNPIVIMAKSGARGNTSNFTQLAGM
RGLMSKSYNYDQKNNNGVIKDTIEIPIKHSFIEGLSVSEYFNSSFGARKGMTDTAMKTAK
SGYMTRKLVDSTQAVVIKDHDCGTKEGIIVREIRNTKDNTSIESLKDRIVGRYSINTIYD
TKNKLIIESDKLITSEIANIIQNSGIREVEVRSPLHCASLYGVCQKCFGLDLSTNKLIET
GTAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDTNITQGFERIKQLFDCIQPQENEKAVIS
QVKGTVERIEKDSNTNGYNVVIKYNKDNYVNYPTRSNAVLRVKTGDEIIAGQKITEGSID
VNDLLKYAGIENVRHYIIKEVQKVYRMQGIEISDKYIEVIISQLTNKITITNPGDSGLFV
GETISINEFTEVAQNMLVNKKKPPSAINQVFGLDHAPSKSGSFLSAASFQDTKKILTDAA
ARSQKDMLIGLKENVILGNLIPAGTGLKDVEEVIAYGEEMYKKQY

NT seq 3918 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgagtcaaaaagggattaaatcattaacgatttccattgcttcacctgaacaaatttta
aattgatcaaaaggtgaaatcactaaacctgaaacaattaattacaaatcattaaaacca
gaacctaatgggttgtttgatgaaagtatttttgggccttcaaaagattatgaatgttat
tgtggaaaatatcgtaaagtaaaacataaaggtaaaatttgtgaacgttgtcatgttgaa
attactgaatcaattgtacgtcgtgaacgaatgggacatattgagttagctgctcctgtt
gcccatatttgatttacaaaagaattaccttcgccatcaaaaatctcattattattagat
attacatataaagaagttgatcaggtagtttattttgttaattacattgttttagatgaa
ggaaataatgtatatgatggtaaatcaatttttaataaaaaagaagttttagatttaaca
tcaccaaaaaattcaattcgatcacgtaataaattacgtcgaacattacgtaatattcaa
gaacgaattgaagatgaattaaatcatgaacgtgaagcattaattcaagattttgattat
cgtttagctgtaacatatgatcaaatgttaaaagattctaatattcctttttcagtgaaa
gatgtaatggcttttattgaaaaacatacaggcgttcgttttggtattggtgctgaagct
attcgtgaattattagaaaaactaaatcttgaagaagaacatgaaaagattaaacaagca
attcaaaattcacctaatgcttatgatcaaaaaacaaaacgcttattgcgtcgtttagaa
tgtgtaagatgaattaaggattcaggttcaaaaccagaatgaatggtaatgacaagaatc
cctgtcacaccatctgaaacaagaccaattatttctttagatggcggtcgttttacgacc
tctgacacaaataatttttatcgtaaaatcattattcgtaatgaacgtttaaaacaaatg
caagcaacagatgctcctgaaattttattagataatgaaaaacgtttattacaagaagca
gttgattcattatttgataataattcacgtaaaaaaccagttgtaggtaaagataaacgt
cctttaaaatcattgtcaaatcatcttaaaggaaaacaaggattatttagacaaaattta
ttaggaaaacgtgttgactattcaggtcgttctgtaattgttgttggtcctgaattaaaa
atgtatgaagtaggaattcctgctttaatgattttaaaattatttagaccatatattatt
tctgaattaatacgtaaacgtgatgaattaggtaatgaaattcaaccaatttgtgccaat
attaaattagcagaacaaaaaattcttgcgcaagataatgagatttgacccgttgttgaa
aaagttattaagcaacgtcctgtaattttaaaccgtgcaccaaccttacaccgtttaggg
atccaagcttttgaaccaaaaatggtggacggtaaagctattcgtttacatcctctagtt
acaaccgcttttaatgcggattttgacggagaccaaatggctgttcatatccccttatcc
aaagaagcagtggctgaagcacgatcaattttattagcctcatgacatattcttggtcca
aaagatgggaaacctatcattacacccacacaggatatgattttaggtatttattattta
acaaaagaaaaatttccacaagtaattgaagaaatgatggctaaagatccaacgcaagcg
agagttgaatttattaataattttcacattttttcaacacaagacgaagctattcgtgct
tataaattaaaaacaattcgtattaatgacgtaattggaattacaacaaaagcttttaac
aataaaacatttagtaaagaaggtattttggttacaacggttggaaaaattatcttcaac
caagcttttcctgttaattttccatatattaatgatgttaaaaatctatatggcgaaaat
caatttgaaattattggaatgcatgaaagtattttagattatttaaaagcctataattta
aaagaaccattaactaaaaaaactttatcaacagtaattgattatttatataaagtttct
gaaatcgaagtcgtaccacaaacaatggataaaattaaagctttaggatttaaatattca
atgatttcagcgacaagcatttctgcctttgatattccatcttatgatcaaaaatatgaa
tattttaaagaaactgatgaattggtttcaaaacttcgtgaattctatttagatggtaaa
ttaactgatgatgagcgatatactaaagttgttcaagcttgatcacaaacaaaagataaa
gttactcatgatattgaaaaactaattaattctaatgaatataaagataatccgattgtg
attatggcaaaatcaggagctcgtggaaacacgtcaaactttacacagttagcaggaatg
cgtggtttaatgtcaaaatcatataactatgaccaaaaaaataataatggtgttattaaa
gatacaattgaaattccaattaagcattcatttattgaaggattatcagttagtgaatac
tttaattcatcatttggagcacgtaaagggatgactgatacggcgatgaaaaccgcaaaa
tcaggttatatgacacgtaagttagttgattcaacacaggctgttgtaattaaagatcat
gattgtggcacaaaagaaggtattattgttcgtgaaattcgaaatacaaaagataataca
tcaattgaatcactaaaagatcgtattgttggaagatatagtattaatacaatttatgat
acaaaaaataaattaattatcgaaagtgataaattaattacaagcgaaatagctaatatc
attcaaaattcaggtattcgtgaagttgaggttcgttctccattacattgtgcatcactt
tatggtgtttgtcaaaaatgttttggtttagatctatcaacaaataaattaattgaaacc
ggtacagcgattggagtaattgcagcgcaatcaattggtgaacctggaacacagttaaca
atgcgtactttccatactggaggggttgctggtgatacgaatattactcaagggtttgaa
agaattaaacaattatttgattgcattcaaccacaagaaaatgagaaagcagttatttca
caagtaaaaggaactgttgaacgaatcgaaaaagattcaaacaccaatggttataatgtt
gtaattaaatataataaagataattatgtaaattatccaacacgttcgaatgctgtatta
cgtgttaaaacaggagatgaaattattgctggtcaaaaaattactgaaggatcaattgat
gttaatgatttactaaaatatgcaggtattgaaaatgtgcgtcattacattattaaagaa
gttcaaaaagtttatcgtatgcaaggaattgagatttcagataagtatattgaagtaatc
atttcacaacttacaaataaaattacaattacaaatccaggagattcaggattatttgtt
ggagaaacaattagtattaatgaatttactgaagtggctcaaaatatgcttgttaataag
aaaaaaccaccaagtgcaattaatcaagtatttggtttagaccatgcgccaagtaaatca
ggttcattcttatctgctgcttcgttccaagatactaagaaaatattaactgacgctgct
gcgcgttcacaaaaagatatgttaatcggcttgaaagaaaacgttattctaggaaattta
attcctgctggaacaggattaaaggatgttgaagaagtgattgcttatggtgaagaaatg
tataaaaagcaatactaa

All links

Pathway (4)   
   KEGG PATHWAY (4)   
Chemical reaction (1)   
   KEGG ENZYME (1)   
Genome (1)   
   KEGG GENOME (1)   
Gene (4)   
   KEGG ORTHOLOGY (1)   
   NCBI-Gene (1)   
   NCBI-GI (2)   
Protein sequence (2)   
   UniProt (1)   
   RefSeq(pep) (1)   
DNA sequence (2)   
   GenBank (1)   
   EMBL (1)   
Protein domain (7)   
   Pfam (7)   
All databases (21)

DBGET integrated database retrieval system