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ゲノムネット統合データベースの概要

data hierarchy  ライフサイエンス分野の統合データベースとしては、米国 NCBI がすでに存在し、また Google に代表される民間企業の情報検索サービスが学術分野でも大きな影響力をもちつつある現状の下で、我が国として独自にこれらと相補的でかつ最先端の知的情報基盤を整備し、知的財産権の確保と国際競争力の増大を通して、経済・社会の発展に寄与できる体制作りが急務となっています。ゲノムネット統合データベースは図に示したように、KEGG を核にして世界中のライフサイエンスデータベースを、さらには一般社会へつながるインターネットリソースを統合した環境を提供します。

統合されるデータベースの分類
 ゲノムネット統合データベースでは、データベースを以下の5つのカテゴリーに分類して統合化を行っています。
 カテゴリー検索コマンド データベースの場所
bgetbfindblinkbrite
1. KEGGデータベースyesyesyesyesゲノムネットでミラリング
2. その他のDBGETデータベースyesyesyesno
3. Web上の検索可能データベースnoyesyesno各サイトのサービスを利用
4. Web上のリンクのみのデータベースnonoyesno
5. PubMedデータベースyesnoyesno
 カテゴリー1,2 のデータベースは DBGET データベースとよび、その一覧は DBGET の概要にあります。RefSeq, UniProt, PDB といった主要な分子生物学データベースはゲノムネットでミラリングされ、DBGET データベースとして扱われています。またゲノムネットでは、INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) として GenBank/EMBL/DDBJ の重複を取り除いたデータベースを維持していますが、これは DBGET データベースの形にはなっておらず、実際のエントリーは各サイトから取得します。INSDC のようにキーワード検索が可能な Web 上のデータベースをカテゴリー3、キーワード検索はできずリンク情報のみ維持しているデータベースをカテゴリー4 と分類しています。カテゴリー4 には KEGG からリンクづけが行われている多数のデータベースが含まれます。上記すべてのデータベース間のリンク情報は LinkDB データベースとしてされ、検索できるようになっています。

基本的な検索
 ゲノムネットの各ページの一番上にある検索ボックスにキーワードを英語で入れて、Go ボタンをクリックすると、DBGET の bfind 検索と KEGG の brite 検索が実行されます。bfind 検索は各データベースエントリーの定義文に対するキーワード検索、brite 検索は KEGG BRITE データベースに蓄積された知識の階層 (オントロジー) に対するキーワード検索です。検索結果の一覧から実際のエントリーを取得するには、DBGET の bget コマンド (BRITE の場合は get_htext プログラム)、または各サイトの URL を利用します。RefSeq, UniProt, PDB などカテゴリー2 のデータベースでは、ゲノムネット (bget) またはオリジナルサイト (URL) を選択できます。INSDC, InterPro などカテゴリー3 のデータベースではオリジナルサイトのみです。

Java Web Start によるプログラム起動
 タンパク質の立体構造や化合物の化学構造は、テキスト情報としてだけでなく可視化されたグラフィックス情報として取り扱う必要があります。統合データベースの検索結果一覧画面には、Jmol や KegDraw といった可視化・描画のプログラムへのリンクがつけられ、これらを Java Web Start で直接起動することができるようになっています。

Last updated: March 28, 2013
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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター