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サービス

2017年10月11日 Virus-Host DB を Release 84 に更新しました。RefSeq 84 と GenBank 221.0 を含んでいます。
2017年10月10日 KEGG OC を10月10日版に更新しました。新規 231 生物種(6月5日版からの更新)を含む 4,948 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2017年10月1日 KEGG の新バージョンを10月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2017年7月31日 Virus-Host DB を Release 83 に更新しました。RefSeq 83 と GenBank 220.0 を含んでいます。
2017年7月1日 KEGG の新バージョンを7月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2017年6月5日 Virus-Host DB を Release 82 に更新しました。RefSeq 82 と GenBank 219.0 を含んでいます。
KEGG OC を6月5日版に更新しました。新規 316 生物種(11月24日版からの更新)を含む 4,717 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2017年4月1日 KEGG の新バージョンを4月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2017年1月1日 KEGG の新バージョンを1月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2016年11月24日 KEGG OC を11月24日版に更新しました。新規 124 生物種(8月8日版からの更新)を含む 4,401 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2016年10月1日 KEGG の新バージョンを10月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2016年8月8日 KEGG OC を8月8日版に更新しました。新規 87 生物種(6月17日版からの更新)を含む 4,277 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2016年7月1日 Virus-Host DB を RefSeq 75 版に更新しました。この更新では EBI Genome に登録されているゲノムも組み込みました。また、FTP によるデータのダウンロードもはじめました。
KEGG OC を6月17日版に更新しました。新規 130 生物種(1月16日版からの更新)を含む 4,190 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
main タイプに限定した KEGG RPAIR を含む KEGG の新バージョンを7月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2016年4月21日 ETE3 を利用した系統解析パイプライン を公開しました。それに伴い、RAxML と FastTree のウェブページは廃止され、ETE3 に組み込まれました。
2016年4月1日 KEGG MEDICUS の医薬品相互作用チェックツール を含む KEGG の新バージョンを4月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2016年2月1日 KEGG API の link および conv に新しいデータを使うようにした KEGG の新バージョンを2月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2016年1月16日 KEGG OC を1月16日版に更新しました。新規 157 生物種(8月13日版からの更新)を含む 4,060 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2016年1月1日 KEGG GENES Addendum を KO のアノテーションに使うようにした KEGG の新バージョンを1月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2015年12月5日 ウイルスとその宿主の情報をアノテーションした新しいデータベース Virus-Host DB を公開しました。
新しいアルゴリズムを実装した E-zyme2 を公開しました。
2015年11月20日 メタゲノム解析システム MAPLE の新バージョン 2.1 を公開しました。統計的有意性の指標 Q 値を返します。
2015年10月20日 系統樹作成ツール RAxMLFastTree を公開しました。
2015年10月1日 Brite Join Table を含む KEGG の新バージョンを10月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2015年9月1日 NCBI GI に代わり ProteinID を使用するようにした KEGG の新バージョンを9月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2015年8月13日 KEGG OC を8月13日版に更新しました。新規 67 生物種(6月23日版からの更新)を含む 3,903 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2015年7月1日 KEGG GENES Addendum> を含む KEGG の新バージョンを7月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2015年6月23日 KEGG OC を6月23日版に更新しました。新規 353 生物種(3月19日版からの更新)を含む 3,836 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2015年5月25日 MGENES データベースに TARA Oceans プロジェクトの 243 サンプルが追加されました。
2015年4月3日 GhostKOALAPathgen Checker を含む KEGG の新バージョンを4月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
KAAS で BLAST より高速な GHOSTX と GHOSTZ を利用できるようにしました。
KEGG OC を3月19日版に更新しました。新規 389 生物種(7月31日版からの更新)を含む 3,487 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2015年3月3日 MGENES をゲノムネット FTP からダウンロードできるようにしました。
2015年2月1日 ウイルスプラスミド の情報を加えた KEGG GENES を含む KEGG の新バージョンを2月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2015年1月1日 KEGG Annotation と KEGG DGROUP の構造情報を含む KEGG の新バージョンを1月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年12月11日 MOTIFDBGET での NCBI-CDD (Conserved Domain Database) 検索機能を追加しました。
2014年12月1日 BlastKOALA を用いた Annotate Sequence を含む KEGG の新バージョンを12月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年10月9日 KAAS での PATHWAY および BRITE ファイルのダウンロードサービスを終了しました。
2014年10月1日 BlastKOALA を含む KEGG の新バージョンを10月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年9月1日 KEGG の新バージョンを9月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年8月1日 KEGG OC を7月31日版に更新しました。新規 98 生物種(4月28日版からの更新)を含む 3,098 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
LinkDB SPARQL endpoint を公開しました。
BLAST の検索対象としてリボソーム RNA データベースを選択できるようにしました。
2014年7月1日 KEGG の新バージョンを7月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年6月1日 KEGG の新バージョンを6月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年4月28日 KEGG OC を4月28日版に更新しました。新規 36 生物種(3月13日版からの更新)を含む 3,000 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
EGassembler のホストが HGC から ICR に変わりました。
2014年4月17日 E-zyme を機能強化しました。EC 番号に加えて、オーソログ情報を予測できるようになりました。
KEGG OC を3月13日に更新しました。新規 79 生物種(12月2日版からの更新)を含む 2,964 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
DBGETMOTIF でサービス中の以下のデータベースサービスを終了しました。PRF, LITDB, BLOCKS, PRODOM, PRINTS
KEGG の新バージョンを4月1日に公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2014年1月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
MAPLE を公開しました。ゲノムやメタゲノムに潜む代謝・生理機能ポテンシャルを評価するシステムです。
DINIES を更新しました。化合物の構造や ID 入力に対して標的タンパク質の候補を検索できるようになりました。
2013年12月2日 KEGG OC を更新しました。新規 168 生物種(8月6日版からの更新)を含む 2,885 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
LinkDB の API インタフェースを正式公開しました。
DBGETMOTIF でサービス中の以下のデータベースは 2014 年初頭に終了する予定です。PRF, LITDB, BLOCKS, PRODOM, PRINTS
2013年10月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
GenomeNet 計算ツールの一部を API でアクセスできるようにしました。 SIMCOMPOC のドキュメントをご覧下さい。
その他のツールの PLOC, TSEG, HAMSTER のサービスを終了しました。
2013年8月6日 KEGG OC を更新しました。新規 261 生物種(3月19日版からの更新)を含む 2,717 生物種の遺伝子からなるクラスタです。
2013年7月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
Metagenome に HMP のデータを追加しました。他のサンプルと合わせて 716 サンプルの KAAS アノテーションが公開されています。
2013年4月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
KEGG show_pathway プログラムを http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway に一本化し、http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway のサービスを停止しました。
2013年3月7日 LinkDB の新しいページを公開しました。データベース関連図から二つのデータベースを指定してリンク情報をダウンロードすることができます。
医薬品と標的タンパク質のネットワークを推定するソフトウェア DINIES を公開しました。
2013年1月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2012年12月3日 ゲノムネット FTP のページを公開しました。DBGET や SIMCOMP/SUBCOMP のパッケージや反応オントロジーをダウンロードすることができます。
KEGG OC を更新しました。新規 195 生物種を含む 2,307 生物種の遺伝子からなるクラスタです。新たに各クラスタの生物種分布パイチャートを表示するようにしました。
2012年10月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2012年9月1日 LinkDB のホームページを更新しました。等価リンクのリストを RDF 形式でダウンロードできるようにしました。また、REST 形式での API や DBGET/LinkDB で用いている各種データベースへのリンク用 URI のリストも公開しました。
MOTIF の Search Sequence Database ページで生物種ごとの配列データを選択できるようにしました。
E-zyme での化合物アライメントの結果から、類似 RCLASS の検索ができるようになりました。
2012年7月1日 官能基の変換パターンや KEGG Atom type による反応分類を含む 反応オントロジー を公開しました。
配列類似性を元に KEGG GENES の遺伝子を自動でオーソログ分類した KEGG OC (Ortholog Cluster) を公開しました。
KEGG のバージョン 63.0 を公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2012年4月1日 LinkDB で RDF 形式のダウンロードサービスを開始しました。hsa:126LinkDB 検索結果やエントリー表示の All links にある Download RDF をご覧下さい。
ゲノムネット医薬品データベースは KEGG MEDICUS に移行しました。
KEGG のバージョン 62.0 を公開しました。英文の release notes をご覧下さい。
2012年1月1日 KEGG の新バージョンを公開しました。英文の release notes をご覧下さい。

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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター