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ゲノムネット計算ツール

ゲノムネットでは以下の3つのカテゴリーで計算サービスを提供しています。 配列解析の標準的なプログラム以外はすべて京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開発されたものです。

      配列解析
BLAST
FASTA
配列類似性検索
MOTIF 配列モチーフ探索
CLUSTALW
MAFFT
PRRN
配列のマルチプルアライメント、および進化系統樹解析
      ゲノム情報解析
OC Viewer KEGG OC (KEGG Ortholog Cluster) へのインタフェース Nakaya et al. (2013)
KAAS ゲノムまたはESTコンティグの自動アノテーションとパスウェイマッピング Moriya et al. (2007)
MAPLE ゲノム・メタゲノムに潜む代謝・生理機能ポテンシャル評価システム Takami et al. (2012)
EGassembler 大量のESTデータからコンセンサスコンティグ自動生成 Masoudi-Nejad et al. (2006)
GENIES カーネル法での多様なオミクスデータ統合による遺伝子ネットワーク予測 Yamanishi et al. (2005) /
Kotera et al. (2012)
DINIES 医薬品と標的タンパク質のネットワーク推定 Yamanishi et al. (2010)
GECS マイクロアレイデータからの糖鎖構造予測 Kawano et al. (2005)
Suga et al. (2007)
      ケミカル情報解析
SIMCOMP 化合物類似構造検索 Hattori et al. (2003) / (2010)
SUBCOMP 化合物部分構造検索 Hattori et al. (2010)
KCaM 糖鎖類似構造検索 Aoki et al. (2004)
PathPred 合成・分解反応経路予測 Moriya et al. (2010)
E-zyme 化合物間の酵素反応予測 Kotera et al. (2004)
Oh et al. (2007)
PathComp 化合物間の反応経路計算 Goto et al. (1997)
PathSearch 類似反応経路検索

» その他のツール

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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター