Eukaryotes (真核生物) (190)

 Prokaryotes (原核生物) (2471)

   Bacteria (真正細菌) (2318)

     Gammaproteobacteria (ガンマプロテオバクテリア) (497)

       Escherichia (エシェリキア, 大腸菌) (61)

       Salmonella (サルモネラ) (30)

       Yersinia (エルシニア) (19)

       Shigella (シゲラ, 赤痢菌) (9)

       Pectobacterium (ペクトバクテリウム) (5)

       Erwinia (エルウィニア) (7)

       Photorhabdus (フォトラブダス, 線虫共生菌) (2)

       Buchnera (ブフネラ, アブラムシ共生菌) (13)

       Wigglesworthia (ウィグルスウォーチア, ツェツェバエ共生菌) (2)

       Sodalis (ソダリス, ツェツェバエ共生菌) (1)

       Enterobacter (エンテロバクター) (10)

       Cronobacter (クロノバクター) (4)

       Klebsiella (クレブシェラ) (9)

       Citrobacter (シトロバクター) (2)

       Serratia (セラチア) (7)

       Proteus (プロテウス) (1)

       Edwardsiella (エドワージエラ) (4)

       Blochmannia (4)

       Hamiltonella (1)

       Dickeya (4)

       Xenorhabdus (2)

       Pantoea (6)

       Riesia (1)

       Rahnella (3)

       Moranella (2)

       Providencia (1)

       Morganella (1)

       Raoultella (1)

       Other Enterobacteria (3)

       Haemophilus (ヘモフィルス) (12)

       Histophilus (2)

       Pasteurella (パスツレラ) (4)

       Mannheimia (マンヘミア) (4)

       Actinobacillus (アクチノバチルス) (5)

       Aggregatibacter (4)

       Gallibacterium (1)

       Bibersteinia (1)

       Xylella (キシレラ, 植物病原菌) (5)

       Xanthomonas (キサントモナス, 植物病原菌) (14)

       Stenotrophomonas (ステノトロホモナス) (4)

       Pseudoxanthomonas (2)

       Frateuria (1)

       Rhodanobacter (1)

       Vibrio (ビブリオ, コレラ菌, 腸炎ビブリオ菌) (18)

       Aliivibrio (3)

       Photobacterium (フォトバクテリウム) (1)

       Listonella (1)

       Pseudomonas (シュードモナス, 緑膿菌) (39)

       Cellvibrio (セルビブリオ) (1)

       Azotobacter (アゾトバクター) (3)

       Psychrobacter (サイクロバクター) (3)

       Acinetobacter (アシネトバクター) (15)

       Moraxella (1)

       Shewanella (シュワネラ) (24)

       Idiomarina (1)

       Colwellia (1)

       Pseudoalteromonas (3)

       Saccharophagus (1)

       Marinobacter (4)

       Alteromonas (アルテロモナス) (7)

       Glaciecola (3)

       Psychromonas (2)

       Teredinibacter (1)

       Ferrimonas (1)

       Coxiella (5)

       Legionella (レジオネラ, 在郷軍人病菌) (10)

       Methylococcus (1)

       Methylomonas (1)

       Methylomicrobium (1)

       Francisella (フランシセラ) (18)

       Thiomicrospira (1)

       Thioalkalimicrobium (1)

       Methylophaga (2)

       Cycloclasticus (1)

       Nitrosococcus (3)

       Allochromatium (1)

       Thiocystis (1)

       Thioflavicoccus (1)

       Alkalilimnicola (1)

       Halorhodospira (1)

       Thioalkalivibrio (3)

       Halothiobacillus (1)

       Hahella (1)

       Chromohalobacter (1)

       Halomonas (1)

       Portiera (5)

       Alcanivorax (2)

       Kangiella (1)

       Marinomonas (3)

       Thalassolituus (1)

       Aeromonas (3)

       Tolumonas (1)

       Oceanimonas (1)

       Dichelobacter (1)

       Acidithiobacillus (4)

       Baumannia (1)

       Carsonella (カルソネラ) (6)

       Simiduia (1)

       Ruthia (1)

       Vesicomyosocius (1)

       Unclassified Gammaproteobacteria (1)

     Betaproteobacteria (ベータプロテオバクテリア) (145)

     Epsilonproteobacteria (イプシロンプロテオバクテリア) (90)

     Deltaproteobacteria (デルタプロテオバクテリア) (57)

     Alphaproteobacteria (アルファプロテオバクテリア) (238)

     Other proteobacteria (その他のプロテオバクテリア) (1)

     Chrysiogenetes (1)

     Firmicutes (グラム陽性菌) (520)

     Tenericutes (テネリキューテス) (70)

     Actinobacteria (アクチノバクテリア, 放線菌) (261)

     Chlamydiae (クラミジア) (89)

     Spirochaetes (スピロヘータ) (54)

     Acidobacteria (アシドバクテリア) (8)

     Bacteroidetes (バクテロイデス) (94)

     Fibrobacteres (フィブロバクテレス) (2)

     Fusobacteria (フソバクテリア) (5)

     Verrucomicrobia (ヴェルコミクロビア) (4)

     Gemmatimonadetes (ゲマティモナス) (1)

     Planctomycetes (プランクトミセス) (7)

     Elusimicrobia (エルシミクロビア) (2)

     Synergistetes (シネルギステス) (5)

     Cyanobacteria (シアノバクテリア) (73)

     Green sulfur bacteria (緑色硫黄細菌) (13)

     Green nonsulfur bacteria (緑色非硫黄細菌) (18)

     Deinococcus-Thermus (デイノコックス・テルムス) (20)

     Hyperthermophilic bacteria (超好熱細菌) (42)

     Unknown division (1)

   Archaea (古細菌) (153)