KEGG   ORTHOLOGY: K06215
Entry
K06215                      KO                                     

Name
pdxS, pdx1
Definition
pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxS subunit [EC:4.3.3.6]
Pathway
ko00750  Vitamin B6 metabolism
ko01100  Metabolic pathways
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09108 Metabolism of cofactors and vitamins
   00750 Vitamin B6 metabolism
    K06215  pdxS, pdx1; pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxS subunit
Enzymes [BR:ko01000]
 4. Lyases
  4.3  Carbon-nitrogen lyases
   4.3.3  Amine-lyases
    4.3.3.6  pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
     K06215  pdxS, pdx1; pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxS subunit
Other DBs
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FAI: FAD_0719
CDIV: CPM_1450
ABI: Aboo_1346
PFU: PF1529
PFI: PFC_06875
PHO: PH1355(PH1355)
PAB: PAB0537
PYN: PNA2_1927
PYS: Py04_1232
TKO: TK0217
TON: TON_1890
TGA: TGAM_0629
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THA: TAM4_735
THM: CL1_0796
TLT: OCC_05264
TNU: BD01_1762
TEU: TEU_00770
PPAC: PAP_00670
MBAR: MSBR2_0869
MBAK: MSBR3_1226
MAC: MA_1567(pyrOA)
MMA: MM_2432
MMAC: MSMAC_2184
METM: MSMTP_1005
MTHR: MSTHT_0882
MTHE: MSTHC_2390
MHOR: MSHOH_2868
MFZ: AOB57_011945(pdxS)
MBU: Mbur_0421
MMET: MCMEM_1066
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MPY: Mpsy_2853
MZI: HWN40_08465(pdxS)
MTP: Mthe_0919
MCJ: MCON_2351
MHI: Mhar_0111
MHU: Mhun_2322
MLA: Mlab_0077
MBG: BN140_0009(pdxS)
MEMA: MMAB1_0010(pdxS)
MPI: Mpet_2118
MBN: Mboo_0008
MPL: Mpal_2228
MPD: MCP_1448(pdxS)
MEZ: Mtc_1361(pdxS)
RCI: RRC68(pdxS)
HAL: VNG_1793C
HSL: OE_3524F(pdxS)
HHB: Hhub_3061(pdxS)
SALR: FQU85_07000(pdxS)
HALR: EFA46_001260(pdxS)
HMA: rrnAC1732
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HALJ: G9465_16045(pdxS) G9465_21790(pdxS)
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HME: HFX_2345(snz1)
HALE: G3A49_14890(pdxS)
HAER: DU502_15265(pdxS)
HRA: EI982_15130(pdxS)
HALM: FCF25_03535(pdxS)
HLA: Hlac_2223
HALB: EKH57_16960(pdxS)
HEZZ: EO776_11795(pdxS)
HALQ: Hrr1229_010460(pdxS)
HALN: B4589_002115(pdxS)
HALG: HUG10_01180(pdxS)
HALU: HUG12_16395(pdxS)
HDF: AArcSl_2523(pdxS) AArcSl_2670(pdxS2)
HALY: HYG82_10305(pdxS)
NMG: Nmag_1248(pdxS)
NAT: NJ7G_2476
NVR: FEJ81_03340(pdxS)
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SAI: Saci_1555
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SIR: SiRe_1434
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NEV: NTE_01229
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NFN: NFRAN_0677(pdxS)
NCV: NCAV_1448(pdxS)
NBV: T478_0323
NDV: NDEV_1750(pdxS)
KCR: Kcr_0774
 » show all
Reference
  Authors
Chen H, Xiong L
  Title
Pyridoxine is required for post-embryonic root development and tolerance to osmotic and oxidative stresses.
  Journal
Plant J 44:396-408 (2005)
DOI:10.1111/j.1365-313X.2005.02538.x
  Sequence
[ath:AT5G01410]
Reference
  Authors
Raschle T, Amrhein N, Fitzpatrick TB
  Title
On the two components of pyridoxal 5'-phosphate synthase from Bacillus subtilis.
  Journal
J Biol Chem 280:32291-300 (2005)
DOI:10.1074/jbc.M501356200

KEGG   ORTHOLOGY: K08681
Entry
K08681                      KO                                     

Name
pdxT, pdx2
Definition
pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxT subunit [EC:4.3.3.6]
Pathway
ko00750  Vitamin B6 metabolism
ko01100  Metabolic pathways
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09108 Metabolism of cofactors and vitamins
   00750 Vitamin B6 metabolism
    K08681  pdxT, pdx2; pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxT subunit
Enzymes [BR:ko01000]
 4. Lyases
  4.3  Carbon-nitrogen lyases
   4.3.3  Amine-lyases
    4.3.3.6  pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
     K08681  pdxT, pdx2; pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxT subunit
Other DBs
RN: R07456 R10089
COG: COG0311
GO: 0036381
Genes
CIN: 100176842
LGI: LOTGIDRAFT_116826
PCAN: 112558922
CRG: 105317985
MYI: 110441275 110444099
OBI: 106881397
LAK: 106181317
NVE: 5502485
EPA: 110247081
ADF: 107341923
AMIL: 114960865
PDAM: 113676739
SPIS: 111331299
DGT: 114523842
AQU: 100641418
ATH: AT5G60540(PDX2)
ALY: 9300765
CRB: 17875026
BRP: 103845470
BOE: 106313498
RSZ: 108814262
THJ: 104814830
CPAP: 110806448
CIT: 102608556
TCC: 18590063
GRA: 105768688
GAB: 108453021
EGR: 104432864
VRA: 106773002
VAR: 108346268
VUN: 114165748
CCAJ: 109810140
CAM: 101488897
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LANG: 109361326
FVE: 101313491
RCN: 112201523
PPER: 18775539
PMUM: 103325150
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CNE: CNK01400
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DFA: DFA_07744
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HDU: HD_1592
HAEG: NCTC8502_01819(pdxT)
PMU: PM1233
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PMP: Pmu_21510(pdxT)
PMUL: DR93_733(pdxT)
MHQ: D650_2850
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MHX: MHH_c03060(pdxT)
MHAE: F382_06605
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MANN: GM695_04165(pdxT)
APL: APL_0573(pdxT)
APJ: APJL_0566
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ALIG: NCTC10568_00963(pdxT)
BTO: WQG_7790
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PYN: PNA2_1926
PYS: Py04_1233
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TGA: TGAM_0630(pdxT)
THE: GQS_05820
THA: TAM4_685
THM: CL1_0795
TLT: OCC_05269
TNU: BD01_1761
TEU: TEU_00765
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MBAR: MSBR2_0870
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MAC: MA_1566(pyrOB)
MMA: MM_2433
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MTHE: MSTHC_2391
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MTP: Mthe_0920
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MEZ: Mtc_1286(pdxT)
RCI: LRC426(pdxT)
HAL: VNG_2598G(hisH1)
HSL: OE_4644R(pdxT)
HHB: Hhub_1116(pdxT)
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HMU: Hmuk_0551
HALZ: E5139_05890(pdxT)
HALL: LC1Hm_3032(pdxT)
HRR: HZS55_00500(pdxT)
HPEL: HZS54_00575(pdxT)
HWA: HQ_1301A(pdxT)
HWC: Hqrw_1336(pdxT)
HVO: HVO_0436(pdxT)
HME: HFX_0401(hisH1)
HALE: G3A49_02260(pdxT)
HAER: DU502_03205(pdxT)
HRA: EI982_10215(pdxT)
HALM: FCF25_08125(pdxT)
HLA: Hlac_0370
HALB: EKH57_10140(pdxT)
HEZZ: EO776_01285(pdxT)
HALQ: Hrr1229_004915(pdxT)
HALG: HUG10_16890(pdxT)
HALU: HUG12_19505(pdxT)
HDF: AArcSl_1784(pdxT)
HTU: Htur_3543
HALY: HYG82_11095(pdxT)
NMG: Nmag_1565(pdxT)
NAT: NJ7G_2873
NVR: FEJ81_01535(pdxT)
NPL: FGF80_08295(pdxT)
SALI: L593_04500
NAS: GCU68_07820(pdxT)
APE: APE_0244.1(pdxT)
ACJ: ACAM_0187(pdxT)
SMR: Smar_0585
IHO: Igni_0155
IIS: EYM_04130
DKA: DKAM_0481
TAG: Tagg_0015
IAG: Igag_0542
HBU: Hbut_1033
STO: STK_14420(pdxT)
SOH: D1869_08115(pdxT)
SSO: SSO0571
SOL: Ssol_1638
SSOA: SULA_1666(pdxT)
SSOL: SULB_1667(pdxT)
SSOF: SULC_1665(pdxT)
SAI: Saci_1556
SID: M164_1555
SII: LD85_1766
SIH: SiH_1524
SIR: SiRe_1433
SIC: SiL_1436
MSE: Msed_1924
MCN: Mcup_0360
MHK: DFR87_08890(pdxT)
MTEN: GWK48_03120(pdxT)
AHO: Ahos_1169
ABRI: DFR85_09555(pdxT)
ASUL: DFR86_08615(pdxT)
AAMB: D1866_00725(pdxT)
SAZO: D1868_05155(pdxT)
STEP: IC006_1295
PAI: PAE2820
PIS: Pisl_1336
PCL: Pcal_0209
PAS: Pars_0227
PYR: P186_1719
POG: Pogu_2237
TNE: Tneu_0268
CMA: Cmaq_1787
TTN: TTX_0289(pyrOB)
VDI: Vdis_0574
NMR: Nmar_1478
NID: NPIRD3C_2124(pdxT)
NIN: NADRNF5_0418(pdxT)
NIW: Nisw_06570(pdxT)
NCL: C5F47_07725(pdxT)
NOX: C5F49_07610(pdxT)
NUE: C5F50_10920(pdxT)
NCT: NMSP_0287(pdxT)
NIC: DSQ20_08635(pdxT)
NGA: Ngar_c28470(pdxT)
NVN: NVIE_029420(pdxT)
NEV: NTE_01228
TAA: NMY3_03283(pdxT)
NFN: NFRAN_0678(pdxT)
NCV: NCAV_1449(pdxT)
NBV: T478_0325(pdxT)
NDV: NDEV_1749(pdxT)
KCR: Kcr_0775
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Reference
  Authors
Wrenger C, Eschbach ML, Muller IB, Warnecke D, Walter RD
  Title
Analysis of the vitamin B6 biosynthesis pathway in the human malaria parasite Plasmodium falciparum.
  Journal
J Biol Chem 280:5242-8 (2005)
DOI:10.1074/jbc.M412475200
  Sequence
Reference
  Authors
Raschle T, Amrhein N, Fitzpatrick TB
  Title
On the two components of pyridoxal 5'-phosphate synthase from Bacillus subtilis.
  Journal
J Biol Chem 280:32291-300 (2005)
DOI:10.1074/jbc.M501356200

KEGG   ENZYME: 4.3.3.6
Entry
EC 4.3.3.6                  Enzyme                                 

Name
pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing);
PdxST
Class
Lyases;
Carbon-nitrogen lyases;
Amine-lyases
Sysname
D-ribose 5-phosphate,D-glyceraldehyde 3-phosphate pyridoxal 5'-phosphate-lyase
Reaction(IUBMB)
D-ribose 5-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate + L-glutamine = pyridoxal 5'-phosphate + L-glutamate + 3 H2O + phosphate (overall reaction) [RN:R10089];
(1a) L-glutamine + H2O = L-glutamate + NH3 [RN:R00256];
(1b) D-ribose 5-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate + NH3 = pyridoxal 5'-phosphate + 4 H2O + phosphate [RN:R10088]
Reaction(KEGG)
R00256 R10088 R10089;
(other) R07456
Substrate
D-ribose 5-phosphate [CPD:C00117];
D-glyceraldehyde 3-phosphate [CPD:C00118];
L-glutamine [CPD:C00064];
H2O [CPD:C00001];
NH3 [CPD:C00014]
Product
pyridoxal 5'-phosphate [CPD:C00018];
L-glutamate [CPD:C00025];
H2O [CPD:C00001];
phosphate [CPD:C00009];
NH3 [CPD:C00014]
Comment
The ammonia is provided by the glutaminase subunit and channeled to the active site of the lyase subunit by a 100 A tunnel. The enzyme can also use ribulose 5-phosphate and dihydroxyacetone phosphate. The enzyme complex is found in aerobic bacteria, archaea, fungi and plants.
History
EC 4.3.3.6 created 2011
Pathway
ec00750  Vitamin B6 metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K06215  pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxS subunit
K08681  pyridoxal 5'-phosphate synthase pdxT subunit
Genes
CIN: 100176842 100179166
LGI: LOTGIDRAFT_116826 LOTGIDRAFT_232087
PCAN: 112558919 112558922
CRG: 105317985 105318005
MYI: 110441274 110441275 110444099
OBI: 106876231 106881397
LAK: 106181317
NVE: 5502476 5502485
EPA: 110247081 110247087
ADF: 107341663 107341923
PDAM: 113676739
ATH: AT2G38230(PDX1.1) AT3G16050(PDX1.2) AT5G01410(RSR4) AT5G60540(PDX2)
LJA: Lj0g3v0021599.1(Lj0g3v0021599.1) Lj0g3v0021599.2(Lj0g3v0021599.2) Lj3g3v2284470.1(Lj3g3v2284470.1) Lj3g3v2286550.1(Lj3g3v2286550.1) Lj6g3v1967070.1(Lj6g3v1967070.1)
DOSA: Os02t0130100-01(Os02g0130100) Os07t0100200-01(Os07g0100200) Os10t0100700-01(Os10g0100700) Os10t0191600-00(Os10g0191600) Os11t0708500-01(Os11g0708500)
ATS: 109731717(LOC109731717) 109757789(LOC109757789) 109766728(LOC109766728) 109771478(LOC109771478)
ZMA: 100272732 100280630 100280887(AY109859)
SCE: YFL059W(SNZ3) YFL060C(SNO3) YMR095C(SNO1) YMR096W(SNZ1) YNL333W(SNZ2) YNL334C(SNO2)
KMX: KLMA_30724(SNZ3) KLMA_30726(SNO3)
NCS: NCAS_0H03630(NCAS0H03630) NCAS_0H03640(NCAS0H03640)
TPF: TPHA_0G03060(TPHA0G03060) TPHA_0G03070(TPHA0G03070)
TDL: TDEL_0A02410(TDEL0A02410) TDEL_0A02420(TDEL0A02420)
SLB: AWJ20_5148(SNZ1)
NCR: NCU06549(pdx-2) NCU06550(pdx-1)
NTE: NEUTE1DRAFT116296(NEUTE1DRAFT_116296) NEUTE1DRAFT128413(NEUTE1DRAFT_128413)
SSCK: SPSK_03480
ANG: ANI_1_1718104(An12g03940) ANI_1_504034(An03g04280)
ABP: AGABI1DRAFT111385(AGABI1DRAFT_111385) AGABI1DRAFT63730(AGABI1DRAFT_63730)
ABV: AGABI2DRAFT190607(AGABI2DRAFT_190607) AGABI2DRAFT230018(AGABI2DRAFT_230018)
PCB: PCHAS_091250(PC000116.05.0) PCHAS_111970(PC000552.03.0)
SMIN: v1.2.024463.t1(symbB.v1.2.024463.t1)
NGD: NGA_0217100(PDXT)