KEGG   ORTHOLOGY: K14279
Entry
K14279            RNA       KO                                     
Symbol
U5snRNA
Name
U5 spliceosomal RNA
Pathway
map03040  Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03040 Spliceosome
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03041 Spliceosome
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
  09184 RNA family
   03100 Non-coding RNAs
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Spliceosome [BR:ko03041]
 Splicing related RNAs
  K14279 U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Non-coding RNAs [BR:ko03100]
 Small non-coding RNA
  Small nuclear RNA
   K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Genes
HSA: 26828(RNU5F-1) 26829(RNU5E-1) 26830(RNU5D-1) 26831(RNU5A-1) 26832(RNU5B-1)
PTR: 112204343 112205798 112205799 112206943 112206944 112206950 112207112
PPS: 112437375 112437376 112438246 112438248 112438661
GGO: 115930987 115930988 115932091 115932094 115932100 115932443 115935748 115936436
PON: 112129308 112129309 112130891 112130892 112130896 112131074 112134859
NLE: 115833067 115833518 115835808 115836562 115837191 115837687 115837688
HMH: 116462188 116474084 116474085 116482848 116482849 116812422 116814068
MCC: 114671251 114674763 114674766 114674770 114675301 114680080 114680081 114680555
MCF: 123567846 123570739 123571556 123575065 123575066
MTHB: 126931958 126944399 126944409 126947098 126960498 126960499
MMU: 115487325(Gm25313) 115487549(Gm23793) 115487699(Gm24871) 115487700(Gm22265) 115488443(Gm24043) 115488862(Gm23102) 115489060(Gm22365) 115490087(Gm23287) 115490088(Gm23143) 115490089(Gm25099) 97418(Rnu5g)
TPAI: 128076580
LMUT: 125688500
AFUL: 116492259
TGU: 115496318
PMOA: 120503382
OTC: 121345243
PRUF: 121349344
OMA: 130256534
ZAB: 113459648
MMEA: 130572113
ACUN: 113483194
TALA: 116963577
ACAR: 114819045
AROW: 112976089
DNE: 112991481
TST: 117888366
STOW: 125443178
EMC: 129336390
XTR: 116410569
NWH: 119424246
SSCV: 125976486
PSEX: 120517049
LPIC: 129275299
DME: Dmel_CR31853(snRNA:U5:34A) Dmel_CR32877(snRNA:U5:35D) Dmel_CR32880(snRNA:U5:38ABb) Dmel_CR32881(snRNA:U5:38ABa) Dmel_CR32908(snRNA:U5:63BC) Dmel_CR32914(snRNA:U5:14B) Dmel_CR32999(snRNA:U5:23D)
DYA: Dyak_GE27265(Dyak_snRNA:U5:1) Dyak_GE27267(Dyak_snRNA:U5:3) Dyak_GE27269(Dyak_snRNA:U5:5) Dyak_GE27270(Dyak_snRNA:U5:6) Dyak_GE27271(Dyak_snRNA:U5:7) Dyak_GE27272(Dyak_snRNA:U5:8)
DMO: Dmoj_GI25465(Dmoj_snRNA:U5:1) Dmoj_GI25466(Dmoj_snRNA:U5:2) Dmoj_GI25467(Dmoj_snRNA:U5:3) Dmoj_GI25469(Dmoj_snRNA:U5:5) Dmoj_GI25470(Dmoj_snRNA:U5:6)
MDE: 131807107
AALI: 118467987
CPII: 120420811
ADR: 116184953
AFLR: 116414718
BBIF: 117206450
BVK: 117242900
BVAN: 117163822
BAFF: 126921588
BPYO: 122573993
CFO: 112637579
PFUC: 122523709
VCRB: 124430925
TPRE: 111693531
LHT: 122500108
LBD: 127289128
DSM: 124410113
NPT: 124218337
NFB: 124181766
NLO: 124294278
NVG: 124304178
DPA: 125502702
SOY: 115876104
AGRG: 126738070
CSET: 123308839
BMOR: 119629649
AGS: 114120995
ACOO: 126847293
HVI: 124361637
CSEC: 111863933
IEL: 124167385
PCHN: 125030148
PCLA: 123750852
EAF: 111706654
ISC: 120841501
RSAN: 119378173
RMP: 119182911
UDV: 129228808
PMEO: 129591345
CEL: CELE_F07C6.5(F07C6.5)
HRJ: 124283356
CANU: 128168412
OED: 125677764
OSN: 115224603
DGT: 114525842
ATH: AT1G70185
BNA: 125584859
RSZ: 130495404
PVY: 116108007
MINC: 123224602
GRA: 128035102
EGR: 120289274
GSJ: 114372763
TPRA: 123911944
PCIN: 129294007
MSYL: 126614110
CSAV: 115711812
CMO: 127151503
PALZ: 118054758
CILL: 122302086
CAVE: 132188921
QLO: 115958639
VVI: 132254704
LBB: 132618463
SMIL: 130991089
RVL: 131302201
AEW: 130763219
SOE: 130466383
ATRI: 130803343
MOF: 131161228
TSS: 122646925
OBR: 121055057
OGL: 127783407
BDI: 112270339
TAES: 123088714
LRD: 124679862
SVS: 117862283
PVIR: 120680385
PHAI: 112898621
ZOF: 121992924
SCE: YNCG0044C(SNR7-L)
KLA: KLLA0_E15929r(SNR7)
LTH: KLTH0C01914r(SNR7)
ZRO: ZYRO0B15334r(SNR7)
DHA: DEHA2B02662r(SNR7)
 » show all
Reference
  Authors
Yu AT, Ge J, Yu YT
  Title
Pseudouridines in spliceosomal snRNAs.
  Journal
Protein Cell 2:712-25 (2011)
DOI:10.1007/s13238-011-1087-1
Reference
PMID:6200827
  Authors
Branlant C, Krol A, Lazar E, Haendler B, Jacob M, Galego-Dias L, Pousada C
  Title
High evolutionary conservation of the secondary structure and of certain nucleotide sequences of U5 RNA.
  Journal
Nucleic Acids Res 11:8359-67 (1983)
DOI:10.1093/nar/11.23.8359
  Sequence
[hsa:26831]

DBGET integrated database retrieval system