KEGG   ENZYME: 1.1.98.6Help
Entry
EC 1.1.98.6                 Enzyme                                 

Name
ribonucleoside-triphosphate reductase (formate);
nrdD (gene name);
class III ribonucleoside-triphosphate reductase;
anaerobic ribonucleotide reductase;
anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase
Class
Oxidoreductases;
Acting on the CH-OH group of donors;
With other, known, physiological acceptors
BRITE hierarchy
Sysname
ribonucleoside-5'-triphosphate:formate 2'-oxidoreductase
Reaction(IUBMB)
ribonucleoside 5'-triphosphate + formate = 2'-deoxyribonucleoside 5'-triphosphate + CO2 + H2O [RN:R11592]
Reaction(KEGG)
Substrate
ribonucleoside 5'-triphosphate [CPD:C03802];
formate [CPD:C00058]
Product
2'-deoxyribonucleoside 5'-triphosphate [CPD:C00677];
CO2 [CPD:C00011];
H2O [CPD:C00001]
Comment
The enzyme, which is expressed in the bacterium Escherichia coli during anaerobic growth, contains an iron sulfur center. The active form of the enzyme contains an oxygen-sensitive glycyl (1-amino-2-oxoethan-1-yl) radical that is generated by the activating enzyme NrdG via chemistry involving S-adenosylmethionine (SAM) and a [4Fe-4S] cluster. The glycyl radical is involved in generation of a transient thiyl (sulfanyl) radical on a cysteine residue, which attacks the substrate, forming a ribonucleotide 3'-radical, followed by water loss to form a ketyl (alpha-oxoalkyl) radical. The ketyl radical gains an electron from a cysteine residue and a proton from formic acid, forming 3'-keto-deoxyribonucleotide and generating a thiosulfuranyl (1lambda4-disulfan-1-yl) radical bridge between methionine and cysteine residues. Oxidation of formate by the thiosulfuranyl radical results in the release of CO2 and regeneration of the thiyl radical. cf. EC 1.17.4.1, ribonucleoside-diphosphate reductase and EC 1.17.4.2, ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin).
History
EC 1.1.98.6 created 2017
Pathway
ec00230  Purine metabolism
ec00240  Pyrimidine metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K21636  ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
Genes
ECO: b4238(nrdD)
ECJ: JW4197(nrdD)
ECD: ECDH10B_4433(nrdD)
EBW: BWG_3946(nrdD)
ECOK: ECMDS42_3679(nrdD)
ECE: Z5848(nrdD)
ECS: ECs5215
ECF: ECH74115_5758(nrdD)
ETW: ECSP_5339(nrdD)
ELX: CDCO157_4901
EOJ: ECO26_5408(nrdD)
EOI: ECO111_5123(nrdD)
EOH: ECO103_5034(nrdD)
ECOO: ECRM13514_5502(nrdD)
ECOH: ECRM13516_5110(nrdD)
ECG: E2348C_4564(nrdD)
EOK: G2583_5067(nrdD)
ESO: O3O_02935
ESM: O3M_22355
ESL: O3K_22450
ECW: EcE24377A_4809(nrdD)
ELH: ETEC_4586
EUN: UMNK88_5184(nrdD)
ECC: c5337(nrdD)
ECP: ECP_4487
ECI: UTI89_C4842(nrdD)
ECV: APECO1_2154(nrdD)
ECX: EcHS_A4492(nrdD)
ECM: EcSMS35_4718(nrdD)
ECY: ECSE_4543
ECR: ECIAI1_4470(nrdD)
ECQ: ECED1_5093(nrdD)
ECK: EC55989_4796(nrdD)
ECT: ECIAI39_4713(nrdD)
EOC: CE10_4984(nrdD)
EUM: ECUMN_4771(nrdD)
ECZ: ECS88_4828(nrdD)
ELO: EC042_4716(nrdD)
ESE: ECSF_4127
EBR: ECB_04106(nrdD)
EBD: ECBD_3796
EKF: KO11_22825(nrdD)
EAB: ECABU_c48040(nrdD)
EDJ: ECDH1ME8569_4094(nrdD)
EIH: ECOK1_4754(nrdD)
ENA: ECNA114_4460(nrdD)
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ELC: i14_4840(nrdD)
ELD: i02_4840(nrdD)
ELP: P12B_c4343(nrdD) P12B_c4344(nrdD)
EBL: ECD_04106(nrdD)
EBE: B21_04070(nrdD)
ELF: LF82_1513(nrdD)
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ECOJ: P423_23600
ECOS: EC958_4731(nrdD)
EFE: EFER_4320(nrdD)
EAL: EAKF1_ch1586(nrdD)
STY: STY4791(nrdD)
STT: t4486(nrdD)
STM: STM4452(nrdD)
SEO: STM14_5343(nrdD)
SEY: SL1344_4382(nrdD)
SEJ: STMUK_4437(nrdD)
SEB: STM474_4648(nrdD)
SEF: UMN798_4819(nrdD)
SENR: STMDT2_42981(nrdD)
SEND: DT104_44401(nrdD)
SENI: CY43_23190
SPT: SPA4252(nrdD)
SEK: SSPA3950
SEI: SPC_4584(nrdD)
SEC: SCH_4307(nrdD)
SEH: SeHA_C4853(nrdD)
SHB: SU5_0501
SEE: SNSL254_A4798(nrdD)
SEW: SeSA_A4703(nrdD)
SEA: SeAg_B4734(nrdD)
SENS: Q786_21935
SED: SeD_A4832(nrdD)
SEG: SG4277(nrdD)
SEL: SPUL_4425(nrdD)
SEGA: SPUCDC_4411(nrdD)
SET: SEN4202(nrdD)
SENA: AU38_21690
SENO: AU37_21705
SENV: AU39_21725
SENQ: AU40_24250
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SENB: BN855_45270(nrdD)
SENE: IA1_21705
SBG: SBG_3875(nrdD)
SBZ: A464_4441
SFL: SF4252(nrdD)
SFX: S4514(nrdD)
SFV: SFV_4253(nrdD)
SFE: SFxv_4637(nrdD)
SFN: SFy_6101
SFS: SFyv_6170
SFT: NCTC1_04618(nrdD)
SSN: SSON_4419(nrdD)
SBO: SBO_4208(nrdD)
SBC: SbBS512_E4846(nrdD)
SDY: SDY_4257(nrdD)
ENC: ECL_00656
ECLO: ENC_43570
EEC: EcWSU1_00452(nrdD)
ECLX: LI66_02460
ECLY: LI62_02920
ECLZ: LI64_02600
ESA: ESA_00260
CSK: ES15_0555(nrdD)
CTU: CTU_36130(nrdD)
KPN: KPN_04646(nrdD)
KPU: KP1_0525(nrdD)
KPP: A79E_4551
KPT: VK055_2818(nrdD)
KPE: KPK_5019(nrdD)
KPR: KPR_0622(nrdD)
KPJ: N559_4650
KPX: PMK1_02114(nrdD)
KPNU: LI86_23915
KPNK: BN49_4791(nrdD)
KVA: Kvar_4605
KOX: KOX_09230
EAE: EAE_09665
EAR: CCG32106
CKO: CKO_03580
CRO: ROD_33091(nrdD)
CAMA: F384_24445
EBT: EBL_c35120(nrdD)
EBF: D782_4012
YPE: YPO3454(nrdD)
YPK: y0733(nrdD)
YPH: YPC_3791(nrdD)
YPA: YPA_2956
YPN: YPN_0634
YPM: YP_0631(nrdD)
YPG: YpAngola_A4035(nrdD)
YPZ: YPZ3_3049(nrdD)
YPD: YPD4_3037
YPX: YPD8_3036(nrdD)
YPW: CH59_2593(nrdD)
YPJ: CH55_2036(nrdD)
YPV: BZ15_68(nrdD)
YPL: CH46_1636(nrdD)
YPS: YPTB0519(nrdD)
YPO: BZ17_2043(nrdD)
YPI: YpsIP31758_3556(nrdD)
YPY: YPK_3691
YPB: YPTS_0550
YPQ: DJ40_1868(nrdD)
YPU: BZ21_3896(nrdD)
YPR: BZ20_1587(nrdD)
YPC: BZ23_4166(nrdD)
YPF: BZ19_3997(nrdD)
YEN: YE0482(nrdD)
YEY: Y11_37171
YEW: CH47_2994(nrdD)
YET: CH48_1111(nrdD)
YEE: YE5303_28581(nrdD)
YAL: AT01_3000(nrdD)
YFR: AW19_3847(nrdD)
YIN: CH53_1251(nrdD)
YKR: CH54_1943(nrdD)
YRO: CH64_3090(nrdD)
YRU: BD65_2386(nrdD)
SPE: Spro_0525
SRL: SOD_c04060(nrdD)
SPLY: Q5A_002235(nrdD)
SMAF: D781_0445
SMW: SMWW4_v1c04710(nrdD)
SMAR: SM39_4812(nrdD)
SMAC: SMDB11_4595(nrdD)
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RAA: Q7S_02580
ECA: ECA0375(nrdD)
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PATO: GZ59_04060(nrdD)
PCT: PC1_0360
PEC: W5S_0430
SOD: Sant_3837
DDD: Dda3937_01273(nrdD)
DDQ: DDI_0131
ETA: ETA_03590(nrdD)
EPY: EpC_03730(nrdD)
EPR: EPYR_00387(nrdD)
EAM: EAMY_0361(nrdD)
EAY: EAM_3059(nrdD)
EBI: EbC_39860(nrdD)
ERJ: EJP617_15350(nrdD)
EGE: EM595_3007(nrdD)
PAM: PANA_0474(nrdD)
PLF: PANA5342_3826(nrdD)
PAJ: PAJ_3622(nrdD)
PVA: Pvag_3699(nrdD)
PSTW: DSJ_04155
PLU: plu4499(nrdD)
PAY: PAU_04002(nrdD)
PMR: PMI3451(nrdD)
PMIB: BB2000_3492(nrdD)
XNE: XNC1_0521(nrdD)
XNM: XNC2_0510(nrdD)
XDO: XDD1_0499(nrdD)
XPO: XPG1_0569(nrdD)
PSI: S70_12290
PSX: DR96_714(nrdD)
PRG: RB151_040810(nrdD)
MMK: MU9_153
ETR: ETAE_0423(nrdD)
ETD: ETAF_0378
ETE: ETEE_2184(nrdD)
PSHI: SAMEA2665130_1595(nrdD)
HIN: HI0075(nrdD)
HIT: NTHI0088(nrdD)
HIU: HIB_00680
HIE: R2846_0571(nrdD)
HIZ: R2866_0629(nrdD)
HIK: HifGL_001576(nrdD)
HIA: H733_0661
HIW: NTHI477_01104(nrdD)
HIC: NTHIC486_00967(nrdD)
HIX: NTHI723_01640(nrdD)
HDU: HD_0393
HAP: HAPS_1167(nrdD)
HPAZ: K756_00800
HPAS: JL26_11535
HPAK: JT17_08935
HSO: HS_1468(nrdD)
HSM: HSM_0537
PMU: PM0940(nrdD)
PMV: PMCN06_0293(nrdD)
PMP: Pmu_02350(nrdD)
PMUL: DR93_1041(nrdD)
PDAG: 4362423_01295(nrdD)
MSU: MS0633(nrdD)
MHT: D648_5570(nrdD)
MHQ: D650_22560(nrdD)
MHAT: B824_21200(nrdD)
MHAE: F382_10655
MHAM: J450_09575
MHAO: J451_10885
MHAL: N220_02765
MHAQ: WC39_11080
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MVR: X781_4910
MVI: X808_4530
MVG: X874_4620
APL: APL_0163
APJ: APJL_0164
APA: APP7_0166
ASU: Asuc_1407
APOR: DDU33_10520(nrdD)
AAT: D11S_2128
AAN: D7S_00748
AACN: AANUM_1109
BTO: WQG_9650
BTRE: F542_12400
BTRH: F543_13940
BTRA: F544_10080
VCH: VCA0511
VCS: MS6_A0563
VCI: O3Y_15938
VCO: VC0395_0445(nrdD)
VCR: VC395_A0812(nrdD)
VCM: VCM66_A0470(nrdD)
VCX: VAA049_2431(nrdD)
VCZ: VAB027_647(nrdD)
VVU: VV2_0337(nrdD)
VVY: VVA0895
VPA: VPA0941
VAG: N646_4327
VSP: VS_II0711(nrdD)
VNI: VIBNI_B1170(nrdD)
VAN: VAA_01597
VAU: VANGNB10_cII0602c(nrdD)
VSC: VSVS12_03829(nrdD)
VTA: B1738(nrdD)
VFI: VF_A0281(nrdD)
VFM: VFMJ11_A0317(nrdD)
VSA: VSAL_II0791(nrdD)
AWD: AWOD_II_0295(nrdD)
PPR: PBPRB0442(S4514)
PAE: PA1920(nrdD)
PAEV: N297_1982(nrdD)
PAEI: N296_1982(nrdD)
PAU: PA14_39690(nrdD)
PAP: PSPA7_3365(nrdD)
PNC: NCGM2_2839(nrdD)
PAEB: NCGM1900_4566(nrdD)
PAEP: PA1S_16330
PAEM: U769_16045
PAEL: T223_17390
PAEG: AI22_17660
PAEC: M802_1980(nrdD)
PAEO: M801_1981(nrdD)
PMK: MDS_2400
PCQ: PcP3B5_24950(nrdD)
PFB: VO64_5433
PMAN: OU5_0425
PSA: PST_3509
PSIL: PMA3_16150
SON: SO_2834(nrdD)
SDN: Sden_1419
SFR: Sfri_2443
SAZ: Sama_1275
SBL: Sbal_1665
SLO: Shew_2449
SPL: Spea_2619
SHL: Shal_2692
SWD: Swoo_3049
SWP: swp_3165
SVO: SVI_2930(nrdD)
SPSW: Sps_01818
ILO: IL0188
IDI: CWC33_04715(nrdD)
IDT: C5610_00600(nrdD)
CPS: CPS_0092
CATE: C2869_04675(nrdD)
PIN: Ping_0740
FBL: Fbal_1820
MVS: MVIS_1392(nrdD)
MEJ: Q7A_465
TIG: THII_2682
TNI: TVNIR_1681(nrdD_[H])
HEL: HELO_1639
HCO: LOKO_01700(nrdD)
ADI: B5T_03054(nrdD)
AXE: P40_14220
KKO: Kkor_1215
OAI: OLEAN_C06200(nrdD)
AHA: AHA_1231(nrdD)
ASA: ASA_1222(nrdD)
AVR: B565_2975
AMED: B224_3991
ASR: WL1483_4234(nrdD)
ACAV: VI35_15305
TAU: Tola_0418
OCE: GU3_11895
DNO: DNO_0910(nrdD)
TBN: TBH_C0357
ENM: EBS_0369(nrdD)
NSI: A6J88_07965(nrdD)
NMJ: NM96_02620(nrdD)
CVI: CV_2412(nrdD)
LHK: LHK_02258(nrdD)
PSE: NH8B_3615
RSO: RSp0963(nrdD)
RSN: RSPO_m00489(nrdD)
RSE: F504_4241
REH: PHG240(nrdD)
RME: Rmet_5139(nrdD)
BMA: BMA0629(nrdD)
BMV: BMASAVP1_A2383(nrdD)
BML: BMA10229_A2904(nrdD)
BMN: BMA10247_1698(nrdD)
BMAL: DM55_2000(nrdD)
BMAE: DM78_1218(nrdD)
BMAQ: DM76_1975(nrdD)
BMAI: DM57_2641
BMAF: DM51_412(nrdD)
BMAZ: BM44_1489(nrdD)
BMAB: BM45_1052(nrdD)
BPS: BPSL2356
BPM: BURPS1710b_2809(nrdD)
BPL: BURPS1106A_2742(nrdD)
BPD: BURPS668_2685(nrdD)
BPR: GBP346_A2864(nrdD)
BPSE: BDL_3134(nrdD)
BPSM: BBQ_956(nrdD)
BPSU: BBN_1083(nrdD)
BPSD: BBX_1535(nrdD)
BPK: BBK_2600(nrdD)
BPSH: DR55_2165(nrdD)
BPSA: BBU_3205(nrdD)
BPSO: X996_1809(nrdD)
BUT: X994_81(nrdD)
BTE: BTH_I1809
BTQ: BTQ_2105(nrdD)
BTJ: BTJ_206(nrdD)
BTZ: BTL_1501(nrdD)
BTD: BTI_1279(nrdD)
BTV: BTHA_1605(nrdD)
BTHE: BTN_3274(nrdD)
BTHM: BTRA_1727(nrdD)
BTHA: DR62_44
BTHL: BG87_1714(nrdD)
BOK: DM82_1970(nrdD)
BOC: BG90_2742(nrdD)
BDL: AK34_5162(nrdD)
BGP: BGL_2c23650(nrdD)
BUL: BW21_1427(nrdD)
BPT: Bpet3088(nrdD)
AXY: AXYL_02917(nrdD)
AXX: ERS451415_03078(nrdD)
PUT: PT7_0638
AFQ: AFA_01335
ODI: ODI_R2377
OUR: CEQ07_01895(nrdD)
RFR: Rfer_0368
AJS: Ajs_0087
HAR: HEAR1672(nrdD)
OFO: BRW83_0344(nrdD)
RGE: RGE_03830(nrdD)
TBD: Tbd_2171
WSU: WS0684
SUA: Saut_0256
SULR: B649_06225
CFF: CFF8240_0021(nrdD)
CFT: CFF04554_0020(nrdD1)
CFV: CFVI03293_0020(nrdD2)
CFX: CFV97608_0020(nrdD1)
CFZ: CSG_210
CAMP: CFT03427_0020(nrdD1)
CCV: CCV52592_1124(nrdD2)
CCO: CCC13826_1897(nrdD2)
CCOC: CCON33237_1813(nrdD2)
CLA: Cla_0048(nrdD)
CLR: UPTC16701_0058(nrdD)
CLM: UPTC16712_0059(nrdD)
CLQ: UPTC4110_0051(nrdD)
CLN: UPTC3659_0066(nrdD)
CLL: CONCH_0047(nrdD)
CAJ: CIG1485E_0070(nrdD2)
CVO: CVOL_0049(nrdD)
CPEL: CPEL_0050(nrdD)
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Taxonomy
Reference
1  [PMID:1460049]
  Authors
Eliasson R, Pontis E, Fontecave M, Gerez C, Harder J, Jornvall H, Krook M, Reichard P
  Title
Characterization of components of the anaerobic ribonucleotide reductase system from Escherichia coli.
  Journal
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Reference
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  Authors
Mulliez E, Fontecave M, Gaillard J, Reichard P
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An iron-sulfur center and a free radical in the active anaerobic ribonucleotide reductase of Escherichia coli.
  Journal
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Reference
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  Authors
Mulliez E, Ollagnier S, Fontecave M, Eliasson R, Reichard P
  Title
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  Authors
Ollagnier S, Mulliez E, Schmidt PP, Eliasson R, Gaillard J, Deronzier C, Bergman T, Graslund A, Reichard P, Fontecave M
  Title
Activation of the anaerobic ribonucleotide reductase from Escherichia coli. The essential role of the iron-sulfur center for S-adenosylmethionine reduction.
  Journal
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Reference
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  Authors
Wei Y, Mathies G, Yokoyama K, Chen J, Griffin RG, Stubbe J
  Title
A chemically competent thiosulfuranyl radical on the Escherichia coli class III ribonucleotide reductase.
  Journal
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Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.1.98.6
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.98.6
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.98.6
BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.98.6

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