KEGG   ENZYME: 1.13.11.93
Entry
EC 1.13.11.93               Enzyme                                 
Name
2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase;
ydcJ (gene name)
Class
Oxidoreductases;
Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases);
With incorporation of two atoms of oxygen
Sysname
2-oxoadipate dioxygenase/carboxy lyase
Reaction(IUBMB)
2-oxoadipate + O2 = (R)-2-hydroxyglutarate + CO2 [RN:R13011]
Reaction(KEGG)
R13011
Substrate
2-oxoadipate [CPD:C00322];
O2 [CPD:C00007]
Product
(R)-2-hydroxyglutarate [CPD:C01087];
CO2 [CPD:C00011]
Comment
The enzyme, characterized from the bacterium Pseudomonas putida, is involved in an L-lysine catabolic pathway. Contains Fe(II).
History
EC 1.13.11.93 created 2022
Pathway
ec00310  Lysine degradation
ec01100  Metabolic pathways
ec01120  Microbial metabolism in diverse environments
Orthology
K25986  2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase
Genes
ECO: b1423(ydcJ)
ECJ: JW1419(ydcJ)
ECD: ECDH10B_1551(ydcJ)
EBW: BWG_1249(ydcJ)
ECOK: ECMDS42_1140(ydcJ)
ECOC: C3026_08285
ECS: ECs_2028(ydcJ)
ECF: ECH74115_2028
ELX: CDCO157_1873
EOI: ECO111_1813(ydcJ)
EOJ: ECO26_2022(ydcJ)
EOH: ECO103_1555(ydcJ)
ECOO: ECRM13514_1973
ECOH: ECRM13516_1783
ESL: O3K_13385
ESO: O3O_12245
ESM: O3M_13350
ECK: EC55989_1553(ydcJ)
ECG: E2348C_1567(ydcJ)
EOK: G2583_1785(ydcJ)
ELR: ECO55CA74_08725
ELH: ETEC_1495
ECW: EcE24377A_1602
EUN: UMNK88_1822
ECP: ECP_1428
ENA: ECNA114_1562(ydcJ)
ECOS: EC958_1701(ydcJ)
ECV: APECO1_571(ydcJ)
ECOA: APECO78_10825
ECX: EcHS_A1505
ECM: EcSMS35_1751
ECY: ECSE_1505
ECR: ECIAI1_1417(ydcJ)
ECQ: ECED1_1579(ydcJ)
EUM: ECUMN_1670(ydcJ)
EOC: CE10_1619(ydcJ)
EBR: ECB_01380(ydcJ)
ECOB: C3029_11470
EBL: ECD_01380(ydcJ)
EBE: B21_01392(ydcJ)
EBD: ECBD_2216
ECI: UTI89_C1644(ydcJ)
EIH: ECOK1_1587
ECZ: ECS88_1517(ydcJ)
ECC: c1848(ydcJ)
ELO: EC042_1551
ELN: NRG857_07035
ESE: ECSF_1350
ECL: EcolC_2236
EKF: KO11_15345
EAB: ECABU_c16560(ydcJ)
EDH: EcDH1_2223
EDJ: ECDH1ME8569_1365(ydcJ)
ELU: UM146_09900
ELW: ECW_m1552(ydcJ)
ELL: WFL_07580
ELC: i14_1672(ydcJ)
ELD: i02_1672(ydcJ)
ELP: P12B_c1703
ELF: LF82_2795(ydcJ)
ECOL: LY180_07405
ECOI: ECOPMV1_01570
ECOJ: P423_08005
EFE: EFER_1503(ydcJ)
EAL: EAKF1_ch0067c
EMA: C1192_05275
ESZ: FEM44_22215
ERUY: OSH18_02145
SEX: STBHUCCB_16310
SENT: TY21A_07780
STM: STM1624
SEO: STM14_1964
SEV: STMMW_16191
SEY: SL1344_1554
SEM: STMDT12_C16430
SEJ: STMUK_1593
SEB: STM474_1636
SEF: UMN798_1700
SETU: STU288_04465
SETC: CFSAN001921_08980
SENR: STMDT2_15471
SEND: DT104_15951
SENI: CY43_08290
SEEN: SE451236_14030
SPQ: SPAB_01655
SEI: SPC_2111
SEC: SCH_1619(ydcj)
SEH: SeHA_C1802
SHB: SU5_02236
SENH: CFSAN002069_00845
SEEH: SEEH1578_17365
SEE: SNSL254_A1738
SENN: SN31241_26980
SEW: SeSA_A1742
SEA: SeAg_B1533
SENS: Q786_07085
SED: SeD_A1718
SEG: SG1495
SEL: SPUL_1439
SEGA: SPUCDC_1439
SET: SEN1428
SENA: AU38_07380
SENO: AU37_07375
SENV: AU39_07385
SENQ: AU40_08305
SENL: IY59_07565
SENJ: CFSAN001992_03415
SEEC: CFSAN002050_14540
SEEB: SEEB0189_011390
SEEP: I137_06495
SENB: BN855_16700
SENE: IA1_08045
SENC: SEET0819_14815
SES: SARI_01359
SBG: SBG_1451
SBZ: A464_1660
SBV: N643_07005
SALZ: EOS98_11240
SFL: SF1787
SFX: S1487
SFV: SFV_1782
SFE: SFxv_2000
SFN: SFy_2559
SFS: SFyv_2618
SFT: NCTC1_01918
SSN: SSON_1719
SBO: SBO_1664
SBC: SbBS512_E1648
SDY: SDY_1757
SDZ: Asd1617_02343
SHQ: A0259_11145
SHIG: LXH19_11755
ENC: ECL_02041
ENL: A3UG_10970
ECLG: EC036_21040
ECLE: ECNIH2_11200
ECLN: ECNIH4_11935
ECLI: ECNIH5_11425
ECLX: LI66_10540
ECLY: LI62_11335
ECLZ: LI64_11725
ECLO: ENC_11160
EHM: AB284_14470
EXF: BFV63_10725
ECLA: ECNIH3_10365
ECLC: ECR091_10335
EAU: DI57_07990
EKB: BFV64_11200
ENO: ECENHK_10830
EEC: EcWSU1_02138(ydcJ)
ELG: BH714_06940
ECAN: CWI88_11830
ERN: BFV67_10380
ECLS: LI67_014915
ECHG: FY206_12175
ESH: C1N69_10970
EPT: HWQ17_02065
ECHU: RQP59_13140
ENT: Ent638_1965
EAS: Entas_2098
ENR: H650_02335
ENX: NI40_010955
ENF: AKI40_3240
LNI: CWR52_01345
EBG: FAI37_18480
END: A4308_15470
ENZ: G0034_10990
ENS: HWQ15_19230
ENK: LOC22_20985
EHU: D5067_0012070
EMOR: L6Y89_10510
ENB: ELK40_11140
EQU: OM418_10720
EPU: QVH39_11245
EDY: F0320_10510
EAX: AAHF05_10765
ENTE: GXP72_11165
ENTY: H2Z33_20005
ESA: ESA_01715
CSK: ES15_1898
CSZ: CSSP291_08370
CSJ: CSK29544_02975
CCON: AFK62_10100
CDM: AFK67_10360
CSI: P262_02720
CMJ: AFK66_009005
CUI: AFK65_10580
CMW: AFK63_08345
CTU: CTU_22400(ydcJ)
KPN: KPN_01947(ydcJ)
KPU: KP1_3014
KPM: KPHS_29250
KPP: A79E_2301
KPH: KPNIH24_13800
KPZ: KPNIH27_13995
KPV: KPNIH29_14655
KPW: KPNIH30_14915
KPY: KPNIH31_13940
KPG: KPNIH32_14810
KPC: KPNIH10_14450
KPQ: KPR0928_14430
KPT: VK055_0531
KPO: KPN2242_12665
KPR: KPR_2984(ydcJ)
KPJ: N559_2340
KPI: D364_10000
KPA: KPNJ1_02524
KPS: KPNJ2_02481
KPX: PMK1_04290
KPB: FH42_05835
KPNE: KU54_011705
KPNU: LI86_11640
KPNK: BN49_3043(ydcJ)
KVA: Kvar_2356
KPE: KPK_2402
KPK: A593_24610
KVD: KR75_22550
KVQ: SP68_03260
KQU: AVR78_18785
KQV: B8P98_12750
KOX: KOX_19625
KOE: A225_2795
KOY: J415_18000
KOM: HR38_17955
KMI: VW41_09610
KOK: KONIH1_13690
KOC: AB185_21820
EAE: EAE_20280
EAR: CCG29824
KLL: BJF97_13830
KLW: DA718_15350
KAR: LGL98_11235
KGR: JJJ10_15060
KPAS: LUW96_20150
KLC: K7H21_13360
KLM: BWI76_13295
REE: electrica_02682
KLP: GUC22_14055
KLX: GQR96_13245
ROR: RORB6_07275
RON: TE10_13345
RAO: DSD31_13895
RTG: NCTC13098_03952
CRO: ROD_16111
CKO: CKO_01459
CFD: CFNIH1_18280
CBRA: A6J81_04745
CWE: CO701_09910
CYO: CD187_11410
CPOT: FOB25_22960
CFQ: C2U38_11690
CSED: JY391_10850
CAMA: F384_07525
CAF: AL524_14745
CIF: AL515_12590
CFAR: CI104_13545
CIR: C2U53_22570
CIE: AN232_17495
CPAR: CUC49_08325
CTEL: GBC03_16960
CITZ: E4Z61_05475
CARS: E1B03_13755
CIX: M4I31_11265
CIB: HF677_011450
CENS: P2W74_11765
CITR: GUC46_11480
CIQ: FD428_10850
CIY: HAP28_12420
EBT: EBL_c20300(ydcJ)
CNT: JT31_02910
CEM: LH23_15295
CEN: LH86_14455
PGE: LG71_17685
ESC: Entcl_2222
KLE: AO703_11075
KSA: C813_24450
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KRD: A3780_11835
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KOB: HF650_11855
KOO: O9K67_12025
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KCA: AAEY27_11130
KIE: NCTC12125_01236
KAS: KATP_20490
KLU: K7B04_18055
KCY: RIN60_10615
LAX: APT61_10525
LEI: C2U54_17115
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LPNU: KQ929_10560
LEY: DVA43_05670
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BUF: D8682_01905
BAGE: BADSM9389_22460
BFT: MNO13_13590
BSEL: RHD99_12580
AHN: NCTC12129_02746(ydcJ)
ASUB: NLZ15_10165
YRE: HEC60_05315
SGOE: A8O29_012200
KIN: AB182_12690
PDZ: HHA33_14755
METY: MRY16398_29760
IZH: FEM41_18305
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SCOL: KFZ77_09855
PVJ: LMA04_02080
SUPE: P0H77_10735
TOE: QMG90_10850
MPHG: MPHASIOC01_001314
FPUL: ACBV55_10515
EBF: D782_2302
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EBU: CUC76_01375
PSTS: E05_16790
YPE: YPO1397
YPK: y2775
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YPN: YPN_2580
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YPP: YPDSF_2298
YPG: YpAngola_A1961
YPZ: YPZ3_1276
YPT: A1122_19115
YPD: YPD4_1240
YPX: YPD8_0906
YPW: CH59_443
YPJ: CH55_1144
YPV: BZ15_2155
YPL: CH46_3730
YPS: YPTB1422
YPO: BZ17_1095
YPI: YpsIP31758_2575
YPY: YPK_2663
YPB: YPTS_1524
YPU: BZ21_700
YPR: BZ20_553
YPC: BZ23_1035
YPF: BZ19_832
YEN: YE1545
YEP: YE105_C2579
YEY: Y11_04261
YEW: CH47_994
YET: CH48_107
YEF: FORC2_1574
YEE: YE5303_13841
YSI: BF17_16175
YAL: AT01_967
YFR: AW19_1685
YIN: CH53_149
YKR: CH54_4101
YRO: CH64_1026
YRU: BD65_3249
YRB: UGYR_16520
YAK: ACZ76_16545
YMA: DA391_14375
YHI: D5F51_06070
YEL: LC20_03467
YCA: F0T03_08550
YMO: HRD69_17960
YAS: N0H69_11245
YKI: HRD70_12610
YEG: PL78_02650
SMAR: SM39_1168
SMAC: SMDB11_0997
SMW: SMWW4_v1c16970(ydcJ)
SPE: Spro_1714
SRR: SerAS9_1685
SRL: SOD_c15800(ydcJ)
SRY: M621_08765
SPLY: Q5A_008515
SRS: SerAS12_1685
SRA: SerAS13_1686
SMAF: D781_1620
SLQ: M495_08085
SERF: L085_19995
SERS: SERRSCBI_08165
SFW: WN53_17845
SRZ: AXX16_3477
SERM: CLM71_07880
SQU: E4343_07565
SFJ: SAMEA4384070_1753
SOF: NCTC11214_05111
SSUR: ATE40_005275
SURI: J0X03_15215
SRHZ: FO014_02010
SENP: KHA73_08730
SNEM: NLX84_08540
SNEV: OI978_24925
SGRI: SGBXF1_01679
SSAR: SSARUM_001666
SERN: GUC32_08435
SERT: TAN611_1739
SERH: GF111_03845
SFO: Z042_21895
EAME: GXP68_16015
RBAD: H2866_22055
RCB: O1V66_08260
EAM: EAMY_3251(ydcJ)
EAY: EAM_0351
ETA: ETA_30460(ydcJ)
EPY: EpC_32480
EPR: EPYR_03496(ydcJ)
EBI: EbC_20160
ERJ: EJP617_07330(ydcJ)
EPE: CI789_16540
ERWI: GN242_19140
ERP: LJN55_21010
EPI: Q3V30_10685
ERWE: GKQ23_21495
ETO: RIN69_11910
EGE: EM595_0201(ydcJ)
PAM: PANA_1988(ydcJ)
PLF: PANA5342_2187(ydcJ)
PAJ: PAJ_1318(ydcJ)
PAQ: PAGR_g2116
PVA: Pvag_1415(ydcJ)
PAGG: AL522_14320
PAO: Pat9b_2004
KLN: LH22_12430
PANT: PSNIH1_13670
PANP: PSNIH2_07970
PAGC: BEE12_17050
PSTW: DSJ_14155
PALH: B1H58_17285
PANS: FCN45_10020
PEY: EE896_09295
PDIS: D8B20_08795
PER: LAC65_07700
PJI: KTJ90_09405
PANO: OJ965_11485
KPIE: N5580_08805
PALF: K6R05_09225
PPHO: CTZ24_10490
PDIP: KFZ74_10835
PANE: P6287_09905
PAMT: IAI47_09600
PANZ: NR302_09900
PPHI: ACF2G4_05510
PGZ: C2E15_10755
MINT: C7M51_01345
MTHI: C7M52_01403
MHAN: K6958_10805
PMAK: PMPD1_2266
GAN: UMN179_01967
GSS: NYR30_02540
XCC: XCC3793
XCB: XC_3865
XCA: xcc-b100_3977
XCP: XCR_0503
XCV: XCV3968
XAX: XACM_3745
XAC: XAC3851
XCI: XCAW_04613
XCT: J151_04030
XCJ: J158_04006
XCU: J159_04002
XCN: J169_04027
XCW: J162_04007
XCR: J163_04002
XCM: J164_04003
XCF: J172_04020
XFU: XFF4834R_chr37400
XAO: XAC29_19575
XOM: XOO3960(XOO3960)
XOO: XOO4191
XOP: PXO_03979
XOY: AZ54_02990
XOR: XOC_0578
XOZ: BE73_21515
XAL: XALC_0427
XSA: SB85_15380
XTN: FD63_02225
XGM: KFS84_03530
XCS: KHA79_02225
XFR: BER92_00315
XVE: BJD12_10100
XPE: BJD13_19700
XHR: XJ27_13340
XGA: BI317_03210
XPH: XppCFBP6546_15150(XppCFBP6546P_15150)
XVA: C7V42_19810
XAN: AC801_19200
XAR: XB05_14205
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Reference
1  [PMID:31064836]
  Authors
Thompson MG, Blake-Hedges JM, Cruz-Morales P, Barajas JF, Curran SC, Eiben CB, Harris NC, Benites VT, Gin JW, Sharpless WA, Twigg FF, Skyrud W, Krishna RN, Pereira JH, Baidoo EEK, Petzold CJ, Adams PD, Arkin AP, Deutschbauer AM, Keasling JD.
  Title
Massively Parallel Fitness Profiling Reveals Multiple Novel Enzymes in Pseudomonas putida Lysine Metabolism.
  Journal
mBio 10:e02577-18 (2019)
DOI:10.1128/mBio.02577-18
  Sequence
[ppu:PP_5260]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.13.11.93
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.13.11.93
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.13.11.93
BRENDA, the Enzyme Database: 1.13.11.93

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