KEGG   ENZYME: 1.3.98.3Help
Entry
EC 1.3.98.3                 Enzyme                                 

Name
coproporphyrinogen dehydrogenase;
oxygen-independent coproporphyrinogen-III oxidase;
HemN;
coproporphyrinogen III oxidase
Class
Oxidoreductases;
Acting on the CH-CH group of donors;
With other, known, physiological acceptors
BRITE hierarchy
Sysname
coproporphyrinogen-III:S-adenosyl-L-methionine oxidoreductase (decarboxylating)
Reaction(IUBMB)
coproporphyrinogen III + 2 S-adenosyl-L-methionine = protoporphyrinogen IX + 2 CO2 + 2 L-methionine + 2 5'-deoxyadenosine [RN:R06895]
Reaction(KEGG)
Substrate
coproporphyrinogen III [CPD:C03263];
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019]
Product
protoporphyrinogen IX [CPD:C01079];
CO2 [CPD:C00011];
L-methionine [CPD:C00073];
5'-deoxyadenosine [CPD:C05198]
Comment
This enzyme differs from EC 1.3.3.3, coproporphyrinogen oxidase, by using S-adenosyl-L-methionine (AdoMet) instead of oxygen as oxidant. It occurs mainly in bacteria, whereas eukaryotes use the oxygen-dependent oxidase. The reaction starts by using an electron from the reduced form of the enzyme's [4Fe-4S] cluster to split AdoMet into methionine and the radical 5'-deoxyadenosin-5'-yl. This radical initiates attack on the 2-carboxyethyl groups, leading to their conversion into vinyl groups. This conversion, ---(.)CH-CH2-COO- -> ---CH=CH2 + CO2 + e- replaces the electron initially used.
History
EC 1.3.98.3 created 2004 as EC 1.3.99.22, transferred 2016 to EC 1.3.98.3
Pathway
ec00860  Porphyrin and chlorophyll metabolism
ec01100  Metabolic pathways
ec01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Orthology
K02495  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
Genes
ECO: b3867(hemN)
ECJ: JW3838(hemN)
ECD: ECDH10B_4057(hemN)
EBW: BWG_3537(hemN)
ECOK: ECMDS42_3306(hemN)
ECE: Z5403(hemN)
ECS: ECs4789
ECF: ECH74115_5313(hemN)
ETW: ECSP_4920(hemN)
ELX: CDCO157_4528
EOJ: ECO26_4723(hemN)
EOI: ECO111_4687(hemN)
EOH: ECO103_4304(hemN)
ECOO: ECRM13514_4939(hemN)
ECOH: ECRM13516_4719(hemN)
ECG: E2348C_4173(hemN)
EOK: G2583_4667(hemN)
ESO: O3O_00785
ESM: O3M_24470
ESL: O3K_24550
ECW: EcE24377A_4386(hemN)
ELH: ETEC_4136
EUN: UMNK88_4699(hemN)
ECC: c4816(hemN)
ECP: ECP_4077
ECI: UTI89_C4456(hemN)
ECV: APECO1_2595(hemN)
ECX: EcHS_A4092(hemN)
ECM: EcSMS35_4251(hemN)
ECY: ECSE_4150
ECR: ECIAI1_4066(hemN)
ECQ: ECED1_4567(hemN)
ECK: EC55989_4342(hemN)
ECT: ECIAI39_3134(hemN)
EOC: CE10_4528(hemN)
EUM: ECUMN_4390(hemN)
ECZ: ECS88_4316(hemN)
ELO: EC042_4240(hemN)
ESE: ECSF_3720
EBR: ECB_03752(hemN)
EBD: ECBD_4161
EKF: KO11_04330(hemN)
EAB: ECABU_c43700(hemN)
EDJ: ECDH1ME8569_3738(hemN)
EIH: ECOK1_4338(hemN)
ENA: ECNA114_3967(hemN)
ELW: ECW_m4169(hemN)
ELL: WFL_20310(hemN)
ELC: i14_4409(hemN)
ELD: i02_4409(hemN)
ELP: P12B_c3984(hemN)
EBL: ECD_03752(hemN)
EBE: B21_03701(hemN)
ELF: LF82_0984(hemN)
ECOI: ECOPMV1_04229(hemN_3)
ECOJ: P423_21475
ECOS: EC958_4345(hemN)
EFE: EFER_3610(hemN)
EAL: EAKF1_ch2079c(hemN)
EMA: C1192_16175(hemN)
STY: STY3877(hemN)
STT: t3617(hemN)
STM: STM4004(hemN)
SEO: STM14_4815(hemN)
SEY: SL1344_3951(hemN)
SEJ: STMUK_3987(hemN)
SEB: STM474_4182(hemN)
SEF: UMN798_4342(hemN)
SENR: STMDT2_38651(hemN)
SEND: DT104_40111(hemN)
SENI: CY43_20935
SPT: SPA3845(hemN)
SEK: SSPA3575
SEI: SPC_4107(hemN)
SEC: SCH_3896(hemN)
SEH: SeHA_C4332(hemN)
SHB: SU5_0105
SEE: SNSL254_A4286(hemN)
SEW: SeSA_A4215(hemN)
SEA: SeAg_B4236(hemN)
SENS: Q786_19625
SED: SeD_A4393(hemN)
SEG: SG3420(hemN)
SEL: SPUL_3667(hemN)
SEGA: SPUCDC_3654(hemN)
SET: SEN3792(hemN)
SENA: AU38_19605
SENO: AU37_19620
SENV: AU39_19640
SENQ: AU40_21915
SENL: IY59_20100
SEEP: I137_17615
SENE: IA1_19455
SBG: SBG_3528(hemN)
SBZ: A464_4052
SFL: SF3937(hemN)
SFX: S3809(hemN)
SFV: SFV_3634(hemN)
SFE: SFxv_4293(hemN)
SFN: SFy_5623
SFS: SFyv_5686
SFT: NCTC1_04262(hemN_2)
SSN: SSON_4039(hemN)
SBO: SBO_3879(hemN)
SBC: SbBS512_E4342(hemN)
SDY: SDY_3876(hemN)
ENC: ECL_05115
ECLO: ENC_00190
ECLX: LI66_22570
ECLY: LI62_24655
ECLZ: LI64_21685
EEC: EcWSU1_04492(hemN)
ECAN: CWI88_22555(hemN)
ESA: ESA_04045
CSK: ES15_0024(hemN1)
CTU: CTU_41880(hemN)
KPN: KPN_04175(hemN)
KPU: KP1_0027(hemN)
KPP: A79E_5014
KPT: VK055_3298(hemN)
KPE: KPK_5507(hemN)
KPR: KPR_0135(hemN)
KPJ: N559_5107
KPX: PMK1_01670(hemN_2)
KPNU: LI86_26430
KPNK: BN49_4687(hemN)
KVA: Kvar_5049
KOX: KOX_06875
KOE: A225_0004
EAE: EAE_07335
EAR: CCG32537
KQV: B8P98_27500(hemN)
KLW: DA718_29230(hemN)
CKO: CKO_03145
CRO: ROD_38941(hemN)
CBRA: A6J81_16470(hemN)
CWE: CO701_21440(hemN)
CYO: CD187_23415(hemN)
CAMA: F384_20935
CAF: AL524_03775(hemN)
CIF: AL515_01975(hemN)
CFAR: CI104_24550(hemN)
CIR: C2U53_10510(hemN)
CIE: AN232_03700(hemN)
CPAR: CUC49_19905(hemN)
EBT: EBL_c39390(hemN)
RAO: DSD31_25505(hemN)
CLAP: NCTC11466_04596(hemN_4)
KOT: EH164_22110(hemN)
KGO: CEW81_24690(hemN)
LEI: C2U54_04545(hemN)
LEH: C3F35_11950(hemN)
LNI: CWR52_12780(hemN)
LEW: DAI21_04650(hemN)
LPV: HYN51_10630(hemN)
BUF: D8682_15360(hemN)
METY: MRY16398_56020(hemN)
AHN: NCTC12129_04964(hemN_2) NCTC12129_04965(hemN_3)
EBF: D782_4488
EBC: C2U52_07990(hemN)
EBU: CUC76_15280(hemN)
YPE: YPO0021(hemN)
YPK: y3807(hemN)
YPH: YPC_4229(hemN)
YPA: YPA_3521
YPN: YPN_0248
YPM: YP_0022(hemN1)
YPG: YpAngola_A0026(hemN)
YPZ: YPZ3_0020(hemN)
YPD: YPD4_0020(hemN)
YPX: YPD8_0022(hemN)
YPW: CH59_2116(hemN)
YPJ: CH55_2434(hemN)
YPV: BZ15_3546(hemN)
YPL: CH46_892(hemN)
YPS: YPTB0021(hemN)
YPO: BZ17_2574(hemN)
YPI: YpsIP31758_0024(hemN)
YPY: YPK_4192
YPB: YPTS_0022
YPQ: DJ40_2401(hemN)
YPU: BZ21_3364(hemN)
YPR: BZ20_2100(hemN)
YPC: BZ23_3637(hemN)
YPF: BZ19_3471(hemN)
YEN: YE0024(hemN)
YEY: Y11_29381
YEL: LC20_05246(hemN)
YEW: CH47_3483(hemN)
YET: CH48_1706(hemN)
YEE: YE5303_43271(hemN)
YAL: AT01_2455(hemN)
YFR: AW19_3225(hemN)
YIN: CH53_1806(hemN)
YKR: CH54_2563(hemN)
YRO: CH64_2620(hemN)
YRU: BD65_1953(hemN)
YMA: DA391_22790(hemN)
SPE: Spro_4884
SRL: SOD_c46830(hemN)
SPLY: Q5A_025305(hemN_2)
SMAF: D781_4547
SMW: SMWW4_v1c48020(hemN)
SMAR: SM39_4510(hemN)
SMAC: SMDB11_4095(hemN)
SERF: L085_04290
SERA: Ser39006_002190(hemN)
SERM: CLM71_23410(hemN)
RAA: Q7S_22280
ECA: ECA0026(hemN)
PATR: EV46_00140
PATO: GZ59_00300(hemN)
PCT: PC1_4224
PEC: W5S_4696
SOD: Sant_4079(hemN)
DDD: Dda3937_01115(hemN)
DDQ: DDI_4207
DFN: CVE23_22120(hemN)
LBQ: CKQ53_04920(hemN)
ETA: ETA_00270(hemN)
EPY: EpC_00280(hemN)
EPR: EPYR_00028(hemN)
EAM: EAMY_0033(hemN)
EAY: EAM_0029(hemN)
EBI: EbC_00290(hemN)
ERJ: EJP617_12010(hemN)
EGE: EM595_0028(hemN)
EPE: CI789_18505(hemN)
PAM: PANA_3952(hemN)
PLF: PANA5342_0099(hemN)
PAJ: PAJ_3155(hemN)
PVA: Pvag_3226(hemN)
PAGG: AL522_04270(hemN)
PSTW: DSJ_00235
PGZ: C2E15_21020(hemN)
PCD: C2E16_20435(hemN)
TPTY: NCTC11468_03843(hemN_2)
PLU: plu0230(hemN)
PAY: PAU_00175(hemN)
PMR: PMI2885(hemN)
PMIB: BB2000_2895(hemN)
PVG: CRN77_05200(hemN)
PHAU: PH4a_05975(hemN)
XBO: XBJ1_0208(hemN)
XBV: XBW1_0295(hemN)
XNE: XNC1_4415(hemN)
XNM: XNC2_4268(hemN)
XDO: XDD1_3840(hemN)
XPO: XPG1_0159(hemN)
PSI: S70_09145
PSX: DR96_1353(hemN)
PRG: RB151_002850(hemN_1)
PALA: CO695_03555(hemN)
PHEI: NCTC12003_00291(hemN_2)
PRQ: CYG50_14850(hemN)
MMK: MU9_609
ETR: ETAE_3498(hemN2)
ETD: ETAF_3160
ETE: ETEE_1721(hemN)
HPAR: AL518_04975(hemN)
LRI: NCTC12151_00038(hemN_1)
PSHI: SAMEA2665130_2938(hemN_3)
HAY: C3V42_05405(hemN)
HAP: HAPS_0482(hemN2)
HPAZ: K756_03485
HPAS: JL26_03440
HPAK: JT17_01210
GLE: CJD39_01820(hemN)
HSO: HS_0472(hemN)
HSM: HSM_0771
PMU: PM1833(hemN)
PMV: PMCN06_1537(hemN)
PMP: Pmu_14990(hemN)
PMUL: DR93_100(hemN)
PDAG: 4362423_01985(hemN_2)
MSU: MS0228(hemN)
MHT: D648_15930(hemN)
MHQ: D650_9910(hemN)
MHAT: B824_16700(hemN)
MHX: MHH_c24240(hemN)
MHAE: F382_03150
MHAM: J450_02350
MHAO: J451_03455
MHAL: N220_08935
MHAQ: WC39_04955
MHAY: VK67_04955
MVE: X875_6770
APL: APL_0963(hemN)
APJ: APJL_0982(hemN)
APA: APP7_1018(hemN)
ASU: Asuc_0382
APOR: DDU33_09685(hemN)
AAT: D11S_2099
AAN: D7S_01658
AACN: AANUM_0488
BTO: WQG_14310
BTRE: F542_7750
BTRH: F543_8990
BTRA: F544_14640
APAG: EIA51_01155(hemN)
RPNE: NCTC8284_03810(hemN_1) NCTC8284_03811(hemN_2)
XCP: XCR_2373(hemN)
SMZ: SMD_1630(hemN)
SACZ: AOT14_14390(hemN_1) AOT14_33530(hemN_3)
STEN: CCR98_07580(hemN)
STEM: CLM74_08090(hemN)
PSUW: WQ53_05750
LYT: DWG18_01360(hemN)
LUE: DCD74_09910(hemN)
DKO: I596_2373
XBA: C7S18_02400(hemN)
VCH: VC0116
VCS: MS6_2507
VCI: O3Y_00520
VCO: VC0395_A2402(hemN)
VCR: VC395_0064(hemN)
VCM: VCM66_0116(hemN)
VCL: VCLMA_A0106(hemN)
VCX: VAA049_100(hemN)
VCZ: VAB027_100(hemN)
VVU: VV1_0894(hemN)
VVY: VV0193
VPA: VP0115
VPB: VPBB_0105
VAG: N646_2302
VDB: AL552_25225(hemN)
VHR: AL538_10165(hemN)
VSP: VS_0116
VNI: VIBNI_A3398(hemN)
VAN: VAA_00584
VAU: VANGNB10_cI2644c(hemN)
VFL: AL536_20730(hemN)
VMI: AL543_08950(hemN)
VSC: VSVS12_00115(hemN)
VQI: CCZ37_12945(hemN)
VTA: A3136(hemN)
VAF: D1115_14675(hemN)
VFI: VF_0080(hemN)
VFM: VFMJ11_0078(hemN)
VSA: VSAL_I0233(hemN)
AWD: AWOD_I_0081(hemN)
PPR: PBPRA3497(Z5403)
GHO: AL542_10225(hemN)
PAE: PA1546(hemN)
PAEV: N297_1588(hemN)
PAEI: N296_1588(hemN)
PAU: PA14_44470(hemN)
PAP: PSPA7_3786(hemN)
PAG: PLES_37821(hemN)
PAF: PAM18_3503(hemN)
PNC: NCGM2_2433(hemN)
PAEB: NCGM1900_5034(hemN)
PAEP: PA1S_18295
PAEM: U769_18030
PAEL: T223_19355
PAEU: BN889_01651(hemN)
PAEG: AI22_15690
PAEC: M802_1585(hemN)
PAEO: M801_1587(hemN)
PMY: Pmen_2613
PMK: MDS_2093
PRE: PCA10_38470(hemN)
PPSE: BN5_2454(hemN)
PCQ: PcP3B5_27660(hemN_2) PcP3B5_35940(hemN_3)
PPU: PP_4264(hemN)
PPF: Pput_1604
PPT: PPS_3654
PPB: PPUBIRD1_1592(hemN)
PPI: YSA_08315
PPX: T1E_0730(hemN)
PPUH: B479_18175
PPUT: L483_23645
PPUN: PP4_15080(hemN)
PPUD: DW66_4094
PMON: X969_17520
PMOT: X970_07780
PST: PSPTO_1993(hemN)
PSB: Psyr_3423
PSYR: N018_08410
PSP: PSPPH_3349(hemN)
PAMG: BKM19_020065(hemN)
PAVL: BKM03_19595(hemN)
PFL: PFL_1912(hemN)
PPRC: PFLCHA0_c19520(hemN)
PPRO: PPC_1965
PFS: PFLU_4568
PFC: PflA506_3872(hemN)
PFW: PF1751_v1c40800(hemN)
PEN: PSEEN1793(hemN)
PSA: PST_1830
PPUU: PputUW4_03571(hemN1)
PKC: PKB_2143(hemN)
PSES: PSCI_3645
PSEM: TO66_09790
PSEC: CCOS191_3684(hemN)
PSOS: POS17_1931
PANR: A7J50_4264
PSET: THL1_3820
AVN: Avin_19920(hemN)
AVL: AvCA_19920(hemN)
AVD: AvCA6_19920(hemN)
ACX: Achr_25010(hemN)
PALI: A3K91_2708
PSYC: DABAL43B_2799(hemN3)
PSYA: AOT82_1849
PSYY: DLE54_11465(hemN)
ASJ: AsACE_CH02531(hemN)
AID: CTZ23_01795(hemN)
ADV: DJ533_04765(hemN)
AWU: BEN71_16805(hemN)
MCS: DR90_340(hemN)
MCAT: MC25239_01535(hemN_2)
MBOI: DQF64_00815(hemN)
SON: SO_4730(hemN)
SDN: Sden_3626
SFR: Sfri_0042
SAZ: Sama_0086
SBL: Sbal_0047
SLO: Shew_3720
SSE: Ssed_0090
SPL: Spea_0096
SHL: Shal_4226
SWD: Swoo_0053
SWP: swp_5079
SVO: SVI_0082(hemN)
SHF: CEQ32_16065(hemN)
SPSW: Sps_00130
SBJ: CF168_20765(hemN)
SMAV: CFF01_18430(hemN)
SHEW: CKQ84_07480(hemN)
SLJ: EGC82_01345(hemN)
ILO: IL0190(hemN)
IPI: CEW91_11575(hemN)
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CCOC: CCON33237_0665(hemN2)
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CLQ: UPTC4110_1114(hemN2)
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CLL: CONCH_1085(hemN2)
CCQ: N149_0925
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CVO: CVOL_1105(hemN2)
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SHAL: SHALO_0529
SULJ: SJPD1_0496
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SUN: SUN_2091(hemN)
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BSED: DN745_05695(hemN)
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BMX: BMS_2045(hemN)
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CAB: CAB845
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CHLA: C834K_0900(hemN)
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LIE: LIF_B012(hemN)
LIC: LIC_20015(hemN)
LIS: LIL_20014(hemF)
LBJ: LBJ_4015(hemN)
LBL: LBL_4015(hemN)
LBI: LEPBI_I1166(hemN)
LBF: LBF_1125(hemN)
LST: LSS_08569
LMAY: DPV73_19175(hemN)
LKM: EFP84_19605(hemN)
ABAC: LuPra_01815(hemN_1)
BFG: BF638R_1953(hemN)
PMZ: HMPREF0659_A5198(hemN)
PJE: CRM71_00830(hemN)
DORI: FH5T_07940
BLQ: L21SP5_03563(hemN_2)
ASX: CDL62_00340(hemN)
MBAS: ALGA_1549
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SRM: SRM_00922(hemN)
RMR: Rmar_1362
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CBAE: COR50_05215(hemN)
FLN: FLA_5087
PHE: Phep_2490
PGS: CPT03_06405(hemN)
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DFE: Dfer_5318
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GFL: GRFL_1615
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FIN: KQS_05865(hemN)
FAT: DVK85_01040(hemN)
COC: Coch_1957
CAPN: CBG49_10190(hemN)
CGH: CGC50_06480(hemN)
CLK: CGC53_10605(hemN)
CSPU: CGC55_02045(hemN)
CCYN: CGC48_02985(hemN)
CAPH: CGC49_02390(hemN)
CSTO: CGC58_09625(hemN)
CAPQ: CGC52_02340(hemN)
ZPR: ZPR_1915
RAI: RA0C_0572
RAR: RIA_1921
RAG: B739_1723
RAE: G148_1266
RAT: M949_2097
MARM: YQ22_01250
MARB: CJ263_05295(hemN)
MARE: EJ994_10890(hemN)
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