KEGG   ENZYME: 2.9.1.3
Entry
EC 2.9.1.3                  Enzyme                                 

Name
tRNA 2-selenouridine synthase;
selU (gene name);
mnmH (gene name);
ybbB (gene name);
sufY (gene name)
Class
Transferases;
Transferring selenium-containing groups;
Selenotransferases
Sysname
geranyl diphosphate/selenophosphate:tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine34 geranyl/selenophosphatetransferase
Reaction(IUBMB)
selenophosphate + geranyl diphosphate + 5-methylaminomethyl-2-thiouridine34 in tRNA + H2O = 5-methylaminomethyl-2-selenouridine34 in tRNA + (2E)-3,7-dimethylocta-2,6-diene-1-thiol + diphosphate + phosphate (overall reaction) [RN:R12580];
(1a) geranyl diphosphate + 5-methylaminomethyl-2-thiouridine34 in tRNA = 5-methylaminomethyl-2-(S-geranyl)thiouridine34 in tRNA + diphosphate [RN:R12581];
(1b) selenophosphate + 5-methylaminomethyl-2-(S-geranyl)thiouridine34 in tRNA = 5-methylaminomethyl-2-(Se-phospho)selenouridine34 in tRNA + (2E)-3,7-dimethylocta-2,6-diene-1-thiol [RN:R12582];
(1c) 5-methylaminomethyl-2-(Se-phospho)selenouridine34 in tRNA + H2O = 5-methylaminomethyl-2-selenouridine34 in tRNA + phosphate [RN:R12583]
Reaction(KEGG)
Substrate
selenophosphate [CPD:C05172];
geranyl diphosphate [CPD:C00341];
5-methylaminomethyl-2-thiouridine34 in tRNA;
H2O [CPD:C00001];
5-methylaminomethyl-2-(S-geranyl)thiouridine34 in tRNA [CPD:C22266];
5-methylaminomethyl-2-(Se-phospho)selenouridine34 in tRNA [CPD:C22267]
Product
5-methylaminomethyl-2-selenouridine34 in tRNA [CPD:C22268];
(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-diene-1-thiol [CPD:C22269];
diphosphate [CPD:C00013];
phosphate [CPD:C00009];
5-methylaminomethyl-2-(S-geranyl)thiouridine34 in tRNA [CPD:C22266];
5-methylaminomethyl-2-(Se-phospho)selenouridine34 in tRNA [CPD:C22267]
Comment
This bacterial enzyme converts 5-methylaminomethyl-2-uridine and 5-carboxymethylaminomethyl-2-uridine to the respective selenouridine forms in a two-step process that involves geranylation and subsequent phosphoselenation of the resulting geranylated intermediates. The resultant seleno-phosphorylated uridine intermediates further react with a water molecule to release a phosphate anion and 2-selenouridine tRNA. The enzyme contains a rhodanese domain.
History
EC 2.9.1.3 created 2020
Orthology
K06917  tRNA 2-selenouridine synthase
Genes
ECO: b0503(selU)
ECJ: JW0491(ybbB)
ECD: ECDH10B_0459(ybbB)
EBW: BWG_0380(ybbB)
ECOK: ECMDS42_0396(ybbB)
ECE: Z0657(ybbB)
ECS: ECs0564
ECF: ECH74115_0604(selU)
ETW: ECSP_0578(ybbB)
ELX: CDCO157_0549
EOI: ECO111_0536(ybbB)
EOJ: ECO26_0536(ybbB)
EOH: ECO103_0476(ybbB)
ECOO: ECRM13514_0333(ybbB)
ECOH: ECRM13516_0492(ybbB)
ESL: O3K_18980
ESO: O3O_06315
ESM: O3M_18955
ECK: EC55989_0518(ybbB)
ECG: E2348C_0437(ybbB)
EOK: G2583_0623(ybbB)
ELH: ETEC_0556
ECW: EcE24377A_0540(selU)
EUN: UMNK88_554(selU)
ECP: ECP_0564
ENA: ECNA114_0481(ybbB)
ECOS: EC958_0642(ybbB)
ECV: APECO1_1511(ybbB)
ECX: EcHS_A0577(selU)
ECM: EcSMS35_0546(selU)
ECY: ECSE_0529
ECR: ECIAI1_0506(ybbB)
ECQ: ECED1_0524(ybbB)
EUM: ECUMN_0544(ybbB)
EOC: CE10_0478(selU)
EBR: ECB_00453(ybbB)
EBL: ECD_00453(mnmH)
EBE: B21_00458(ybbB)
EBD: ECBD_3154
ECI: UTI89_C0532(ybbB)
EIH: ECOK1_0486(selU)
ECZ: ECS88_0502(ybbB)
ECC: c0618(ybbB)
ELO: EC042_0547(selU)
ESE: ECSF_0466
EKF: KO11_21070(selU)
EAB: ECABU_c05830(ybbB)
EDJ: ECDH1ME8569_0487(ybbB)
ELW: ECW_m0575(ybbB)
ELL: WFL_02850(selU)
ELC: i14_0594(ybbB)
ELD: i02_0594(ybbB)
ELP: P12B_c0515(ybbB)
ELF: LF82_2560(ybbB)
ECOI: ECOPMV1_00491(selU)
ECOJ: P423_02565
EFE: EFER_0559(ybbB)
EAL: EAKF1_ch0933(selU)
ESZ: FEM44_17090(mnmH)
STY: STY0561(ybbB)
STT: t2347(ybbB)
STM: STM0513(ybbB)
SEO: STM14_0603(ybbB)
SEY: SL1344_0506(ybbB)
SEJ: STMUK_0520(ybbB)
SEB: STM474_0534(ybbB)
SEF: UMN798_0560(ybbB)
SENR: STMDT2_05091(ybbB)
SEND: DT104_05561(ybbB)
SENI: CY43_02910
SPT: SPA2209(ybbB)
SEK: SSPA2053
SEI: SPC_0528(ybbB)
SEC: SCH_0554(ybbB)
SEH: SeHA_C0621(ybbB)
SHB: SU5_01207
SEE: SNSL254_A0567(ybbB)
SEW: SeSA_A0577(ybbB)
SEA: SeAg_B0560(ybbB)
SENS: Q786_02535
SED: SeD_A0562(ybbB)
SEG: SG0524(ybbB)
SEL: SPUL_2446(ybbB)
SEGA: SPUCDC_2432(ybbB)
SET: SEN0494(ybbB)
SENA: AU38_02525
SENO: AU37_02520
SENV: AU39_02525
SENQ: AU40_02780
SENL: IY59_02575
SEEP: I137_11150
SENB: BN855_5130(ybbB)
SENE: IA1_02715
SBG: SBG_0453(ybbB)
SBZ: A464_525
SALZ: EOS98_16530(mnmH)
SFL: SF0442(ybbB)
SFX: S0449(ybbB)
SFV: SFV_0470(ybbB)
SFE: SFxv_0488(ybbB)
SFN: SFy_0561
SFS: SFyv_0600
SFT: NCTC1_00456(selU)
SSN: SSON_0486(ybbB)
SBO: SBO_0405(ybbB)
SBC: SbBS512_E0437(selU)
SDY: SDY_0399(ybbB)
ENC: ECL_01265
ECLX: LI66_05265
ECLY: LI62_05780
ECLZ: LI64_05455
ECLO: ENC_22290
EEC: EcWSU1_01031(selU)
ECHG: FY206_06635(mnmH)
LNI: CWR52_06885(mnmH)
EBG: FAI37_01180(mnmH)
ESA: ESA_02769
CSK: ES15_2859(selU)
CTU: CTU_11030(selU)
KPN: KPN_00476(ybbB)
KPU: KP1_1356(ybbB)
KPT: VK055_2071(selU)
KPR: KPR_4232(selU)
KPJ: N559_3923
KPX: PMK1_02806(selU)
KPNU: LI86_20200
KPNK: BN49_1451(selU)
KVA: Kvar_3905
KPE: KPK_4203(selU)
KOX: KOX_13190
KOE: A225_1369
EAE: EAE_13110
EAR: CCG31353
KLW: DA718_21320(mnmH)
CRO: ROD_05531(selU)
CKO: CKO_02637
CPOT: FOB25_05190(mnmH)
CAMA: F384_02245
CTEL: GBC03_23370(mnmH)
CITZ: E4Z61_10980(mnmH)
EBT: EBL_c28160(ybbB)
RTG: NCTC13098_05678(selU)
REE: electrica_03827(selU)
CLAP: NCTC11466_01122(selU)
KOR: AWR26_18875(mnmH)
KOT: EH164_16540(mnmH)
KPSE: IP581_05560(mnmH)
KIE: NCTC12125_02512(selU)
KAS: KATP_33270(selU)
LER: GNG29_05520(mnmH)
LEA: GNG26_05075(mnmH)
BUF: D8682_09980(mnmH)
BAGE: BADSM9389_31140(mnmH)
AHN: NCTC12129_03739(selU)
YRE: HEC60_23520(mnmH)
SGOE: A8O29_017260(mnmH)
IZH: FEM41_11590(mnmH)
EBF: D782_3317
SMAR: SM39_2192(selU)
SMAC: SMDB11_1988(selU)
SMW: SMWW4_v1c27320(selU)
SPE: Spro_2719
SPLY: Q5A_014190(selU)
SMAF: D781_2467
SERF: L085_15150
SQU: E4343_02475(mnmH)
SFJ: SAMEA4384070_2764(selU)
SOF: NCTC11214_04161(selU)
SURI: J0X03_10295(mnmH)
PMR: PMI1262
PHAU: PH4a_15205
PCOL: F1325_09255(mnmH)
PCIB: F9282_09270(mnmH)
PSI: S70_21065
PSX: DR96_3111(selU) DR96_3170(selU)
PRG: RB151_022420(selU)
PHEI: NCTC12003_02035(selU)
PRQ: CYG50_05315(mnmH)
PRJ: NCTC6933_01939(selU)
PVC: G3341_10335(mnmH)
MMK: MU9_1329
ETR: ETAE_1492
ETD: ETAF_1385
ETE: ETEE_3496
PRAG: EKN56_04865(mnmH)
LRI: NCTC12151_01460(selU)
PSHI: SAMEA2665130_2105(selU)
PPR: PBPRA2591(Z0657)
PGH: FH974_10705(mnmH)
PAE: PA1643
PAEV: N297_1689(selU)
PAEI: N296_1689(selU)
PAU: PA14_43270(ybbB)
PAP: PSPA7_3629(ybbB)
PNC: NCGM2_2534(ybbB)
PAEB: NCGM1900_4931(ybbB)
PAEP: PA1S_17800
PAEM: U769_17530
PAEL: T223_18860
PAEG: AI22_16180
PAEC: M802_1686(selU)
PAEO: M801_1688(selU)
PMY: Pmen_2454
PMK: MDS_2315
PRE: PCA10_17130(selU)
PPSE: BN5_1810(ybbB)
PCQ: PcP3B5_40010(selU)
PPU: PP_0822(selU)
PPF: Pput_0849
PPT: PPS_0877
PPI: YSA_06723
PPX: T1E_4607
PPUH: B479_04595
PPUT: L483_04160
PPUN: PP4_44570(selU)
PPUD: DW66_0843
PMON: X969_02640
PMOT: X970_02615
PSB: Psyr_0697
PSYR: N018_03920
PVD: CFBP1590_0960(selU)
PFL: PFL_2279(selU)
PPRC: PFLCHA0_c23440(selU)
PPRO: PPC_2320
PFC: PflA506_2109(selU)
PFB: VO64_5319
PMAN: OU5_1340(selU)
PRX: HRH33_10805(mnmH)
PFW: PF1751_v1c19650(selU)
PEN: PSEEN0990
PSA: PST_1904
PSTT: CH92_08920
PLUL: FOB45_17755(mnmH)
PPUU: PputUW4_01620(selU)
PKC: PKB_1861(selU)
PSEM: TO66_11400
PSEC: CCOS191_4444(selU)
PSOS: POS17_2268
PANR: A7J50_2141
PSET: THL1_1723
PSIL: PMA3_19885
PALL: UYA_11115
PUM: HGP31_09635(mnmH)
POJ: PtoMrB4_27690(selU)
PLAL: FXN65_07640(mnmH)
PSEJ: HNQ25_08690(mnmH)
PVK: EPZ47_10180(mnmH)
PEZ: HWQ56_12885(mnmH)
PAGR: E2H98_04210(selU)
SON: SO_0195(selU)
SDN: Sden_0227
SFR: Sfri_0119
SAZ: Sama_0189
SBL: Sbal_4183
SLO: Shew_0134
SSE: Ssed_4342
SPL: Spea_0160
SHL: Shal_4158
SWD: Swoo_4714
SWP: swp_0202
SVO: SVI_4186(ybbB)
SPSW: Sps_05440
SLJ: EGC82_01745(mnmH)
SPOL: FH971_19065(mnmH)
SBK: SHEWBE_0360(selU)
SKH: STH12_03877(selU)
SAES: HBH39_00580(mnmH)
SLIT: JQC75_00845(mnmH)
CPS: CPS_0769
MAQ: Maqu_3619
MHC: MARHY3525(selU)
MAD: HP15_3380
MBS: MRBBS_3607(selU)
MARA: D0851_10890(mnmH)
MARJ: MARI_30380(selU)
GNI: GNIT_0295(selU)
GPS: C427_0575
PIN: Ping_0285
FBL: Fbal_0227
FES: HER31_16840(mnmH)
MYA: MORIYA_3344(ybbB)
TTU: TERTU_3403(selU)
SAGA: M5M_11045
MICC: AUP74_00383(selU)
MICT: FIU95_18340(selU)
MHYD: GTQ55_05530(mnmH)
HALC: EY643_18940(mnmH)
KIM: G3T16_10390(mnmH)
AFUS: EYZ66_04890(mnmH)
TCX: Tcr_1023
THIG: FE785_06485(mnmH)
TXA: HQN79_01435(mnmH)
TZO: THMIRHAT_02900(selU)
THIS: HZT40_13795(mnmH)
TUN: J9260_08600(mnmH)
RHH: E0Z06_09575(mnmH)
TNI: TVNIR_2034(selU_[H])
GAI: IMCC3135_26925(selU)
GHL: GM160_11740(mnmH)
HCH: HCH_00240
HAHE: ENC22_01135(mnmH)
CSA: Csal_0512
HEL: HELO_4104(selU)
HAM: HALO0967
HCO: LOKO_00551(selU)
HBE: BEI_0221(selU)
HVN: EI420_17025(mnmH)
HSR: HSBAA_54930(selU)
HAXI: HAALTHF_18050n(selU)
HTT: HZS52_09705(mnmH)
HCAM: I4484_19410(mnmH)
HPIZ: GYM47_14720(mnmH)
KUY: FY550_14800(mnmH)
PAUR: FGL86_05535(mnmH)
ABO: ABO_1720
ADI: B5T_01450
AXE: P40_06745
TOL: TOL_2220
OAI: OLEAN_C13450(selU)
AJP: AMJAP_0833(selU)
LLP: GH975_05320(mnmH)
AHA: AHA_2223
ASA: ASA_2078(selU)
AVR: B565_1890
AMED: B224_2253
ASR: WL1483_4081(selU)
ACAV: VI35_10695
AEL: NCTC12917_02081(selU)
ASIM: FE240_08055(mnmH)
AALL: I6G90_04405(mnmH)
OCE: GU3_09735
TBN: TBH_C1757
EBH: BSEPE_0875(selU)
GPB: HDN1F_11860(selU)
ENM: EBS_1026(selU)
CRZ: D1345_12720(mnmH)
IOD: EJO50_00185(mnmH)
LHK: LHK_01094
PSE: NH8B_1456
AMAH: DLM_1039
DEE: HQN60_02130(mnmH)
REH: H16_A0329(h16_A0329)
CNC: CNE_1c03450(selU)
RME: Rmet_3859
CTI: RALTA_A0269(selU)
CGD: CR3_0249(selU)
CPAU: EHF44_23215(mnmH)
COX: E0W60_12220(mnmH)
BPS: BPSL0710
BPD: BURPS668_0754(selU)
BPR: GBP346_A0685(ybbB)
BPSE: BDL_1292(selU)
BPSM: BBQ_2717(selU)
BPSU: BBN_2840(selU)
BPSD: BBX_3239(selU)
BPK: BBK_774(selU)
BPSH: DR55_383(selU)
BPSA: BBU_1441(selU)
BPSO: X996_3463(selU)
BUT: X994_2004(selU)
BTE: BTH_I0620
BTQ: BTQ_639(selU)
BTJ: BTJ_1846(selU)
BTZ: BTL_3082(selU)
BTD: BTI_3080(selU)
BTV: BTHA_3365(selU)
BTHE: BTN_1630(selU)
BTHM: BTRA_3425(selU)
BTHA: DR62_1817
BTHL: BG87_3275(selU)
BOK: DM82_144(selU)
BOC: BG90_878(selU)
BVE: AK36_2301(selU)
BCN: Bcen_1112
BCJ: BCAL1643
BCEN: DM39_1560(selU)
BCEW: DM40_2227(selU)
BCEO: I35_1553
BAM: Bamb_1488
BMJ: BMULJ_01597(selU)
BMU: Bmul_1645
BMK: DM80_48(selU)
BMUL: NP80_1687(selU)
BCT: GEM_1829
BCED: DM42_105(selU)
BDL: AK34_1502(selU)
BCON: NL30_15180
BUB: BW23_134(selU)
BLAT: WK25_07845
BTEI: WS51_18500
BSEM: WJ12_07865
BPSL: WS57_26460
BMEC: WJ16_07960
BSTG: WT74_08220
BGU: KS03_1642(selU)
BGO: BM43_2154(selU)
BUK: MYA_1421
BUL: BW21_3227(selU)
BGP: BGL_1c07060(ybbB)
BXE: Bxe_B2556
BXB: DR64_4883(selU)
BPH: Bphy_3699
BFN: OI25_5123(selU)
PTRO: G5S35_04425(mnmH)
PGIS: I6I06_18235(mnmH)
PACP: FAZ97_04305(mnmH)
PNU: Pnuc_0816
PNE: Pnec_1022
PPNO: DA70_01220
PPNM: LV28_05125
PPUL: RO07_24180
PSPU: NA29_12545
PAPI: SG18_23505
PFIB: PI93_012455(mnmH)
PLG: NCTC10937_02396(selU)
LMIR: NCTC12852_01071(selU)
CABA: SBC2_64680(selU_1) SBC2_71340(selU_2)
LIMN: HKT17_07100(mnmH)
CARI: FNU76_07220(mnmH)
BBR: BB4739
BPT: Bpet3887
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TAL: Thal_1137
MMAD: MMJJ_00920(selU) MMJJ_00930
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Reference
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  Authors
Bartos P, Maciaszek A, Rosinska A, Sochacka E, Nawrot B
  Title
Transformation of a wobble 2-thiouridine to 2-selenouridine via S-geranyl-2-thiouridine as a possible cellular pathway.
  Journal
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  Authors
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  Title
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  Authors
Sierant M, Leszczynska G, Sadowska K, Komar P, Radzikowska-Cieciura E, Sochacka E, Nawrot B
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Escherichia coli tRNA 2-selenouridine synthase (SelU) converts S2U-RNA to Se2U-RNA via S-geranylated-intermediate.
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ExplorEnz - The Enzyme Database: 2.9.1.3
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