KEGG   ENZYME: 3.6.1.58
Entry
EC 3.6.1.58                 Enzyme                                 

Name
8-oxo-dGDP phosphatase;
NUDT5;
MTH3 (gene name);
NUDT18
Class
Hydrolases;
Acting on acid anhydrides;
In phosphorus-containing anhydrides
Sysname
8-oxo-dGDP phosphohydrolase
Reaction(IUBMB)
(1) 8-oxo-dGDP + H2O = 8-oxo-dGMP + phosphate [RN:R09877];
(2) 8-oxo-GDP + H2O = 8-oxo-GMP + phosphate [RN:R12595]
Reaction(KEGG)
R09877 R12595
Substrate
8-oxo-dGDP [CPD:C20176];
H2O [CPD:C00001];
8-oxo-GDP [CPD:C22235]
Product
8-oxo-dGMP [CPD:C19968];
phosphate [CPD:C00009];
8-oxo-GMP [CPD:C22274]
Comment
The enzyme catalyses the hydrolysis of both 8-oxo-dGDP and 8-oxo-GDP thereby preventing translational errors caused by oxidative damage. The preferred in vivo substrate is not known. The enzyme does not degrade 8-oxo-dGTP and 8-oxo-GTP to the monophosphates (cf. EC 3.6.1.55, 8-oxo-dGTP diphosphatase) [1,2]. Ribonucleotide diphosphates and deoxyribonucleotide diphosphates are hydrolysed with broad specificity. The bifunctional enzyme NUDT5 also hydrolyses ADP-ribose to AMP and D-ribose 5-phosphate (cf. EC 3.6.1.13, ADP-ribose diphosphatase) [4]. The human enzyme NUDT18 also hydrolyses 8-oxo-dADP and 2-hydroxy-dADP, the latter at a slower rate [6].
History
EC 3.6.1.58 created 2012
Orthology
K01554  8-oxo-dGDP phosphatase
K13987  ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-D-ribose pyrophosphorylase
K17817  8-oxo-dGDP phosphatase
Genes
HSA: 11164(NUDT5) 79873(NUDT18)
PTR: 450306(NUDT5) 741929(NUDT18)
PPS: 100977496(NUDT18) 100977876(NUDT5)
GGO: 101132071(NUDT18) 101148720(NUDT5)
PON: 100172071(NUDT5) 100451093(NUDT18)
NLE: 100594282(NUDT18) 100600434(NUDT5)
MCC: 694368(NUDT5) 707061(NUDT18)
MCF: 102118162(NUDT5) 102138807(NUDT18)
CSAB: 103215715(NUDT18) 103237893(NUDT5)
CATY: 105579281(NUDT18) 105597392(NUDT5)
PANU: 101021881(NUDT18) 101022345(NUDT5)
RRO: 104663986(NUDT18) 104664884(NUDT5)
RBB: 108521324(NUDT18) 108538530(NUDT5)
TFN: 117082492(NUDT5) 117093085(NUDT18)
PTEH: 111545674(NUDT18) 111550058(NUDT5)
CJC: 100388611(NUDT18) 100414997(NUDT5)
SBQ: 101035792(NUDT5) 101041775(NUDT18)
MMUR: 105857132(NUDT18) 105871990(NUDT5)
MMU: 213484(Nudt18) 53893(Nudt5)
MCAL: 110289308(Nudt5) 110309407(Nudt18)
MPAH: 110325824(Nudt18) 110333951(Nudt5)
RNO: 361068(Nudt18) 361274(Nudt5)
MCOC: 116082462(Nudt5) 116085002(Nudt18)
MUN: 110551659(Nudt18) 110560543(Nudt5)
CGE: 100765600(Nudt18) 100772118(Nudt5)
PLEU: 114698779(Nudt18) 114708460(Nudt5)
NGI: 103738702(Nudt5) 103747768(Nudt18)
HGL: 101710430(Nudt18) 101722031(Nudt5)
CCAN: 109682446(Nudt5) 109690459(Nudt18)
OCU: 100341885(NUDT5) 100357274(NUDT18)
TUP: 102479208(NUDT18) 102481118(NUDT5)
CFA: 478006(NUDT5) 609139(NUDT18)
VVP: 112926826(NUDT18) 112933374(NUDT5)
VLG: 121496791(NUDT18) 121496799(NUDT5)
AML: 100473859(NUDT18) 100482621(NUDT5)
UMR: 103673345(NUDT18) 103676270(NUDT5)
UAH: 113241068(NUDT5) 113270012(NUDT18)
ORO: 101364423(NUDT5) 101380890(NUDT18)
MPUF: 101679457(NUDT5) 101680100(NUDT18)
EJU: 114217534(NUDT18) 114217686(NUDT5)
MLX: 118021585(NUDT5) 118022069(NUDT18)
FCA: 101084635(NUDT5) 101090347(NUDT18)
PYU: 121014817(NUDT5) 121039889(NUDT18)
PBG: 122472413(NUDT5) 122472538(NUDT18)
PTG: 102950979(NUDT5) 102972039(NUDT18)
PPAD: 109273729(NUDT5) 109277362(NUDT18)
AJU: 106971034(NUDT5) 106981091(NUDT18)
HHV: 120239491(NUDT18) 120241086(NUDT5)
BTA: 509535(NUDT18) 614149(NUDT5)
BOM: 102283030(NUDT5) 102284141(NUDT18)
BIU: 109562537(NUDT18) 109567873(NUDT5)
BBUB: 102412312(NUDT18) 102413034(NUDT5)
CHX: 102174220(NUDT5) 102178907(NUDT18)
OAS: 101117473(NUDT18) 101117779(NUDT5)
ODA: 120865372(NUDT18) 120869271(NUDT5)
CCAD: 122431830(NUDT18) 122448976(NUDT5)
SSC: 100156061(NUDT18) 100511529(NUDT5)
CFR: 102506081(NUDT5) 102521795(NUDT18)
CBAI: 105067997(NUDT5) 105069039(NUDT18)
CDK: 105100309(NUDT5) 105102746(NUDT18)
BACU: 103014516(NUDT5) 103015615(NUDT18)
LVE: 103088541(NUDT5) 103089589(NUDT18)
OOR: 101271940(NUDT5) 101288904(NUDT18)
DLE: 111168994(NUDT18) 111178004(NUDT5)
PCAD: 102986174(NUDT5) 102992845(NUDT18)
ECB: 100056631(NUDT18) 100056812(NUDT5)
EPZ: 103563355(NUDT5) 103566265(NUDT18)
EAI: 106826880 106836935(NUDT5) 106847697(NUDT18)
MYB: 102243782(NUDT5) 102258993(NUDT18)
MYD: 102755333(NUDT5) 102755914(NUDT18)
MMYO: 118658996(NUDT18) 118677371(NUDT5)
MNA: 107530244(NUDT5) 107543538(NUDT18)
HAI: 109382362(NUDT18) 109390483(NUDT5)
DRO: 112305265(NUDT18) 112322673(NUDT5)
SHON: 118975193(NUDT18) 119000849(NUDT5)
AJM: 119054682(NUDT18) 119056687(NUDT5)
MMF: 118615257(NUDT5) 118615583(NUDT18) 118632073
PALE: 102895562(NUDT5) 102895707(NUDT18)
PGIG: 120606616(NUDT18) 120614600(NUDT5)
RAY: 107504857(NUDT5) 107509238(NUDT18)
MJV: 108393187(NUDT18) 108395803(NUDT5)
TOD: 119233428(NUDT18) 119244686(NUDT5)
LAV: 100675481(NUDT18) 100677273(NUDT5)
MDO: 100013664(NUDT5) 100033092(NUDT18)
SHR: 100913469(NUDT18) 100926504(NUDT5)
PCW: 110200406(NUDT18) 110217340(NUDT5)
OAA: 100084986(NUDT5) 100087230(NUDT18)
GGA: 426368(NUDT5)
PCOC: 116242624(NUDT5)
MGP: 100538350(NUDT5)
CJO: 107317497(NUDT5)
NMEL: 110391841(NUDT18) 110392265(NUDT5)
APLA: 101792445(NUDT5)
ACYG: 106046205(NUDT5)
TGU: 100227819(NUDT5)
LSR: 110470929(NUDT5) 110479415(NUDT18)
SCAN: 103813570(NUDT5)
PMOA: 120497175(NUDT18) 120512495(NUDT5)
GFR: 102042579(NUDT5)
FAB: 101811306(NUDT5)
PHI: 102100920(NUDT5) 102114450(NUDT18)
PMAJ: 107204378(NUDT5) 107213979(NUDT18)
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CCW: 104694502(NUDT5)
ETL: 114066636(NUDT5) 114072158(NUDT18)
FPG: 101911346(NUDT5) 101919411(NUDT18)
FCH: 102050796(NUDT18) 102058952(NUDT5)
CLV: 102084865(NUDT5) 102095789(NUDT18)
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NPD: 112942378(NUDT5)
DNE: 112994759(NUDT5) 112996719(NUDT18)
ASN: 102373059(NUDT5) 102382475(NUDT18)
AMJ: 102562108(NUDT5) 102572685(NUDT18)
CPOO: 109315806(NUDT5) 109317430(NUDT18)
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PSS: 102447968(NUDT18) 102460805(NUDT5)
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Reference
1  [PMID:16002790]
  Authors
Ishibashi T, Hayakawa H, Ito R, Miyazawa M, Yamagata Y, Sekiguchi M
  Title
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  Authors
Ishibashi T, Hayakawa H, Sekiguchi M
  Title
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  Authors
Kamiya H, Hori M, Arimori T, Sekiguchi M, Yamagata Y, Harashima H
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  Journal
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  Authors
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Crystal structures of human NUDT5 reveal insights into the structural basis of the substrate specificity.
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[hsa:11164]
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  Authors
Takagi Y, Setoyama D, Ito R, Kamiya H, Yamagata Y, Sekiguchi M
  Title
Human MTH3 (NUDT18) protein hydrolyzes oxidized forms of guanosine and deoxyguanosine diphosphates: comparison with MTH1 and MTH2.
  Journal
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Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 3.6.1.58
IUBMB Enzyme Nomenclature: 3.6.1.58
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 3.6.1.58
BRENDA, the Enzyme Database: 3.6.1.58

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