KEGG ENZYME: 4.6.1.12

ENZYME: 4.6.1.12

Entry

EC 4.6.1.12 Enzyme

Name

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase;
MECDP-synthase;
2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol CMP-lyase (cyclizing)

Class

Lyases;
Phosphorus-oxygen lyases;
Phosphorus-oxygen lyases (only sub-subclass identified to date)

Sysname

2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol CMP-lyase (cyclizing; 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate-forming)

Reaction(IUBMB)

2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol = 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate + CMP [RN:R05637]

Reaction(KEGG)

R05637

Substrate

2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol [CPD:C11436]

Product

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate [CPD:C11453];
CMP [CPD:C00055]

Comment

The enzyme from Escherichia coli requires Mg2+ or Mn2+. Forms part of an alternative nonmevalonate pathway for terpenoid biosynthesis (for diagram, click here).

History

EC 4.6.1.12 created 2001

Pathway

ec00900

Terpenoid backbone biosynthesis

ec01100

Metabolic pathways

ec01110

Biosynthesis of secondary metabolites

Orthology

K01770

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

K12506

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

Genes

ATH:	AT1G63970(ISPF)

ALY:

9322439

CRB:

17894704

CSAT:

104704018 104705227 104714751 104753063

BRP:	103838115 103838240

BNA:	106366495 106390240 106392209 106450544

BOE:	106315633 106315698

RSZ:	108825483 108825877

THJ:	104809368 104823600

CPAP:

110819136

CIT:

102614336

CIC:	CICLE_v10021991mg

TCC:

18606591

GRA:	105788279 105791388

GHI:	107947499 107949505 107952123

GAB:	108464969 108469485

DZI:

111278362

EGR:	104431730 104443930

GMX:	100306378 112998589

GSJ:	114376858 114379757

PVU:	PHAVU_002G159900g

VRA:

VAR:

VUN:

CCAJ:

MTR:	MTR_5g010010

CAM:

ADU:

AIP:

LANG:

FVE:

RCN:

PPER:

PMUM:

PAVI:

MDM:	103411737 103426369 103439200

PXB:

103953380

ZJU:	107430171 107430182

CSV:

CMO:

MCHA:

CMAX:

CMOS:

CPEP:

RCU:

JCU:

HBR:	110656119 110658471

MESC:

110609024

POP:	7458198 7472744

PEU:	105124332 105129110

JRE:	108983878 108997481

QSU:

VVI:

SLY:

SPEN:

SOT:

CANN:

NTA:	107774746 107829217

NSY:

NTO:

NAU:

INI:

SIND:

OEU:

HAN:

LSV:

CCAV:

DCR:

BVG:

SOE:

CQI:	110719586 110722601

NNU:

104600215

PSOM:

113274654 113304116 113304194

OSA:

4330320

DOSA:

Os02t0680600-01(Os02g0680600)

BDI:

100821610

ATS:

109780119

SBI:

8076034

ZMA:	100276918 100284320

SITA:

101757872

PDA:	103715821 103718484

EGU:	105043318 105054207

MUS:	103982592 103983821

DCT:	110100173 110114928

PEQ:

110034406

AOF:

109827065

ATR:

18424363

SMO:	SELMODRAFT_130637 SELMODRAFT_90975

PPP:

112280433

CRE:	CHLREDRAFT_188593

VCN:	VOLCADRAFT_88137

CSL:	COCSUDRAFT_18339

CVR:	CHLNCDRAFT_53457(MCS)

APRO:

F751_4291

OLU:	OSTLU_44114(MCS)

OTA:	OT_ostta11g00050

BPG:	Bathy18g01440

MIS:	MICPUN_113519

MPP:	MICPUCDRAFT_28562

CME:	CYME_CMT435C

GSL:	Gasu_00190

CCP:	CHC_T00009483001

PFA:	PF3D7_0209300

PFH:	PFHG_00813

PYO:	PY17X_0307000

PCB:	PCHAS_030860(PC001256.02.0)

PBE:	PBANKA_0306400

PKN:	PKH_041070

PVX:	PVX_003920

PCY:	PCYB_042060

TAN:

TA04155

TPV:

TP03_0365

TOT:	TOT_030000487

BEQ:	BEWA_014460

BMIC:

BmR1_04g05000

PTI:	PHATRDRAFT_56610

FCY:	FRACYDRAFT_205676(MCS)

TPS:	THAPSDRAFT_10102

NGD:	NGA_0265102(ISPF)

AAF:	AURANDRAFT_21780

EHX:	EMIHUDRAFT_122012 EMIHUDRAFT_196709

GTT:	GUITHDRAFT_154316

ECO:	b2746(ispF)

ECJ:	JW2716(ispF)

ECD:	ECDH10B_2914(ispF)

EBW:	BWG_2482(ispF)

ECOK:

ECMDS42_2251(ispF)

ECE:	Z4054(ygbB)

ECS:	ECs3600(ispF)

ECF:	ECH74115_3997(ispF)

ETW:	ECSP_3694(ispF)

ELX:	CDCO157_3360(ispF)

EOI:	ECO111_3470(ispF)

EOJ:	ECO26_3815(ispF)

EOH:	ECO103_3288(ispF)

ECOO:

ECRM13514_3598(ispF)

ECOH:

ECRM13516_3463(ispF)

ESL:	O3K_05800(ispF)

ESO:	O3O_19850(ispF)

ESM:	O3M_05845(ispF)

ECK:	EC55989_3018(ispF)

ECG:	E2348C_3016(ispF)

EOK:	G2583_3394(ispF)

ELR:	ECO55CA74_16160(ispF)

ELH:

ETEC_2937

ECW:	EcE24377A_3047(ispF)

EUN:	UMNK88_3421(ispF)

ECP:

ECP_2728

ENA:	ECNA114_2784(ygbB)

ECOS:

EC958_3017(ygbB)

ECV:	APECO1_3777(ispF)

ECOA:

APECO78_17320

ECX:	EcHS_A2884(ispF)

ECM:	EcSMS35_2871(ispF)

ECY:

ECSE_2998

ECR:	ECIAI1_2847(ispF)

ECQ:	ECED1_3202(ispF)

EUM:	ECUMN_3070(ispF)

ECT:	ECIAI39_2935(ispF)

EOC:	CE10_3171(ispF)

EBR:	ECB_02596(ispF)

EBL:	ECD_02596(ispF)

EBE:	B21_02561(ispF)

EBD:

ECBD_0978

ECI:	UTI89_C3117(ygbB)

EIH:	ECOK1_3125(ispF)

ECZ:	ECS88_3016(ispF)

ECC:	c3313(ygbB)

ELO:	EC042_2940(ispF)

ELN:	NRG857_13460(ispF)

ESE:

ECSF_2542

ECL:	EcolC_0966

EKO:	EKO11_1023

EKF:	KO11_09245(ispF)

EAB:	ECABU_c30210(ispF)

EDH:	EcDH1_0942

EDJ:	ECDH1ME8569_2656(ispF)

ELU:	UM146_02825(ispF)

ELW:	ECW_m2952(ispF)

ELL:	WFL_14415(ispF)

ELC:	i14_3040(ispF)

ELD:	i02_3040(ispF)

ELP:	P12B_c2849(ispF)

ELF:	LF82_1129(ispF)

ECOL:

LY180_13950(ispF)

ECOI:

ECOPMV1_03006(ispF)

ECOJ:

P423_15055(ispF)

EFE:	EFER_0322(ispF)

EAL:	EAKF1_ch3247(ispF)

EMA:	C1192_21905

ESZ:	FEM44_03620(ispF)

STY:	STY3054(ygbB)

STT:	t2830(ygbB)

SEX:	STBHUCCB_29780

SENT:

TY21A_14300(ispF)

STM:	STM2929(ispF)

SEO:	STM14_3532(ispF)

SEV:	STMMW_28921

SEY:	SL1344_2908(ispF)

SEM:	STMDT12_C29780(ispF)

SEJ:	STMUK_2918(ispF)

SEB:	STM474_3069(ispF)

SEF:	UMN798_3178(ispF)

SETU:

STU288_14800(ispF)

SETC:

CFSAN001921_02430(ispF)

SENR:

STMDT2_28291(ispF)

SEND:

DT104_29271(ispF)

SENI:

CY43_15285(ispF)

SEEN:

SE451236_20740(ispF)

SPT:	SPA2785(ygbB)

SEK:

SSPA2597

SPQ:	SPAB_03643

SEI:	SPC_2972(ispF)

SEC:	SCH_2861(ispF)

SEH:	SeHA_C3119(ispF)

SHB:

SU5_03410

SENH:

CFSAN002069_17625(ispF)

SEEH:

SEEH1578_00650(ispF)

SEE:	SNSL254_A3135(ispF)

SENN:

SN31241_40230

SEW:	SeSA_A3080(ispF)

SEA:	SeAg_B3054(ispF)

SENS:

Q786_14115(ispF)

SED:	SeD_A3239(ispF)

SEG:	SG2832(ispF)

SEL:	SPUL_2928(ispF)

SEGA:

SPUCDC_2914(ispF)

SET:	SEN2768(ispF)

SENA:

AU38_14060(ispF)

SENO:

AU37_14070(ispF)

SENV:

AU39_14070(ispF)

SENQ:

AU40_15825(ispF)

SENL:

IY59_14665(ispF)

SENJ:

CFSAN001992_18895(ispF)

SEEC:

CFSAN002050_20960(ispF)

SEEB:

SEEB0189_005510(ispF)

SEEP:

I137_13945(ispF)

SENB:

BN855_29730(ispF)

SENE:

IA1_14035(ispF)

SENC:

SEET0819_21480(ispF)

SES:	SARI_00027

SBG:	SBG_2543(ygbB)

SBZ:

A464_2948

SBV:	N643_12445(ispF)

SALZ:

EOS98_04850

SFL:	SF2769(ispF)

SFX:	S2962(ygbB)

SFV:	SFV_2752(ygbB)

SFE:	SFxv_3037(ispF)

SFN:

SFy_3940

SFS:

SFyv_4017

SFT:	NCTC1_03047(ispF)

SSN:	SSON_2894(ygbB)

SBO:	SBO_2774(ygbB)

SBC:	SbBS512_E3128(ispF)

SDY:	SDY_2945(ygbB)

SDZ:	Asd1617_03951

SHQ:	A0259_17330(ispF)

ENC:

ECL_04094

ENL:	A3UG_18005(ispF)

ECLG:

EC036_35160

ECLE:

ECNIH2_18155(ispF)

ECLN:

ECNIH4_04970(ispF)

ECLI:

ECNIH5_16925(ispF)

ECLX:

LI66_17835(ispF)

ECLY:

LI62_19295(ispF)

ECLZ:

LI64_16745(ispF)

ECLO:

ENC_30010

EHM:	AB284_07955(ispF)

EXF:	BFV63_17465

ECLA:

ECNIH3_17010(ispF)

ECLC:

ECR091_16945(ispF)

EAU:	DI57_01495(ispF)

EKB:	BFV64_18490

ENO:	ECENHK_17710(ispF)

EEC:	EcWSU1_03568(ispF)

ELG:	BH714_21925

ECAN:

CWI88_04660

ERN:	BFV67_17485

ECLS:

LI67_019015(ispF)

ECHG:

FY206_19520(ispF)

ESH:	C1N69_18200

ENT:	Ent638_3217

EAS:	Entas_3465

ENR:	H650_10195(ispF)

ENX:	NI40_017610(ispF)

ENF:	AKI40_0966(ispF)

LNI:	CWR52_17250

EBG:	FAI37_11370(ispF)

END:	A4308_02440(ispF)

ESA:

ESA_00545

CSK:	ES15_0802(ispF)

CSZ:	CSSP291_02755(ispF)

CSJ:	CSK29544_01791

CCON:

AFK62_15660(ispF)

CDM:	AFK67_16415(ispF)

CSI:	P262_01188

CMJ:	AFK66_003850(ispF)

CUI:	AFK65_15430(ispF)

CMW:	AFK63_02825(ispF)

CTU:	CTU_33200(ispF)

KPN:	KPN_03108(ispF)

KPU:	KP1_4378(ispF)

KPM:	KPHS_41830

KPP:

A79E_0990

KPH:	KPNIH24_07875(ispF)

KPZ:	KPNIH27_20205(ispF)

KPV:	KPNIH29_21005(ispF)

KPW:	KPNIH30_21025(ispF)

KPY:	KPNIH31_20240(ispF)

KPG:	KPNIH32_21885(ispF)

KPC:	KPNIH10_20835(ispF)

KPQ:	KPR0928_20320(ispF)

KPT:	VK055_4408(ispF)

KPO:	KPN2242_18555(ispF)

KPR:	KPR_4105(ispF)

KPJ:

N559_1125

KPI:	D364_15845(ispF)

KPA:	KPNJ1_01134

KPS:	KPNJ2_01162

KPX:	PMK1_00589(ispF)

KPB:	FH42_11560(ispF)

KPNE:

KU54_005545(ispF)

KPNU:

LI86_05555(ispF)

KPNK:

BN49_1018(ispF)

KVA:

Kvar_0957

KPE:	KPK_1015(ispF)

KPK:	A593_05725(ispF)

KVD:	KR75_03170

KVQ:	SP68_09725

KOX:	KOX_01055(ispF)

KOE:

A225_4662

KOY:	J415_08650(ispF)

KOM:	HR38_27155(ispF)

KMI:	VW41_19000(ispF)

KOK:	KONIH1_23450(ispF)

KOC:	AB185_12905(ispF)

KQU:	AVR78_25340

EAE:	EAE_01870(ispF)

EAR:

CCG33619

KQV:	B8P98_05600

KLL:	BJF97_23295

KLW:	DA718_05935

CRO:	ROD_30631(ispF)

CKO:

CKO_04107

CFD:	CFNIH1_00755(ispF)

CBRA:

A6J81_22255

CWE:	CO701_03595

CYO:	CD187_05095

CPOT:

FOB25_16380(ispF)

CFQ:	C2U38_19935

CAMA:

F384_14950(ispF)

CAF:	AL524_08040

CIF:	AL515_18415

CFAR:

CI104_19945

CIR:	C2U53_15040

CIE:	AN232_09605

CPAR:

CUC49_14200

CTEL:

GBC03_09800(ispF)

BPN:	BPEN_172(ispF)

BVA:	BVAF_168(ispF)

BCHR:

BCHRO640_173(ispF)

BEN:	BOBLI757_167(ispF)

HDE:	HDEF_1714(ispF)

SECT:

A359_02170

SEHC:

A35E_00366

RIP:	RIEPE_0039(ispF)

EBT:	EBL_c08680(ispF)

ROR:	RORB6_23765(ispF)

RON:	TE10_22405(ispF)

RPLN:

B1209_05110

RAO:	DSD31_05260

REE:	electrica_00951(ispF)

CNT:	JT31_16705(ispF)

CEM:	LH23_00995(ispF)

CEN:	LH86_00985(ispF)

CLAP:

NCTC11466_00749(ispF)

PGE:	LG71_09515(ispF)

ESC:	Entcl_0954

KLE:	AO703_16765(ispF)

KSA:	C813_20150

KOR:	AWR26_04770(ispF)

KRD:	A3780_19285(ispF)

KCO:	BWI95_05525

KOT:	EH164_04180

KPSE:

IP581_18465(ispF)

KGO:	CEW81_05130

KIE:	NCTC12125_04939(ispF)

KAS:	KATP_09410(ispF)

LAX:	APT61_04725(ispF)

LEI:	C2U54_23355

LEH:	C3F35_16555

LEE:	DVA44_04845

LER:	GNG29_18235(ispF)

LEA:	GNG26_17640(ispF)

LAZ:	A8A57_16675

LEF:	LJPFL01_3266

LEW:	DAI21_09495

BUF:	D8682_20380

BAGE:

BADSM9389_09250

SBW:	TGUWTKB_2940(ispF)

DEN:	MHIR_DE00247(ispF)

METY:

MRY16398_10530(ispF)

AHN:	NCTC12129_03947(ispF)

YRE:	HEC60_13420(ispF)

SGOE:

A8O29_005070(ispF)

KIN:	AB182_04615(ispF)

PDZ:	HHA33_07450(ispF)

EBF:

D782_0950

EBC:	C2U52_14420

EBU:	CUC76_20720

PSTS:

E05_45110

IZH:	FEM41_00125(ispF)

YPE:	YPO3360(b2746)

YPK:

y0829

YPH:	YPC_3679(ispF)

YPA:

YPA_2783

YPN:

YPN_0733

YPM:	YP_0327(ispF)

YPP:	YPDSF_3000

YPG:	YpAngola_A0963(ispF)

YPZ:	YPZ3_2959(ispF)

YPT:	A1122_09130(ispF)

YPD:	YPD4_2945(ispF)

YPX:	YPD8_2943(ispF)

YPW:	CH59_2689(ispF)

YPJ:	CH55_1939(ispF)

YPV:	BZ15_163(ispF)

YPL:	CH46_1735(ispF)

YPS:	YPTB0771(ispF)

YPO:	BZ17_1785(ispF)

YPI:	YpsIP31758_3298(ispF)

YPY:

YPK_3430

YPB:

YPTS_0805

YPQ:	DJ40_1601(ispF)

YPU:	BZ21_4154(ispF)

YPR:	BZ20_1314(ispF)

YPC:	BZ23_247(ispF)

YPF:	BZ19_120(ispF)

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PAEC:

M802_3748(ispF)

PAEO:

M801_3616(ispF)

PMY:

Pmen_3026

PMK:

MDS_3303

PRE:	PCA10_45080(ispF)

PPSE:

BN5_2807(ispF)

PFUW:

KF707C_45070

PALC:

A0T30_17085(ispF)

PCQ:	PcP3B5_47430(ispF)

PPU:	PP_1618(ispF)

PPF:

Pput_4159

PPG:	PputGB1_1172

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PPT:

PPS_1212

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PPI:

YSA_02535

PPX:	T1E_4969(ispF)

PPUH:

B479_06140(ispF)

PPUT:

L483_05670(ispF)

PPUN:

PP4_41500(ispF)

PPUD:

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PFV:	Psefu_3404

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X969_04235(ispF)

PMOT:

X970_04210(ispF)

PMOS:

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PSCI_3179(ispF)

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TO66_06025(ispF)

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Maqu_0924

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MARI_07090(ispF)

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amad1_03010(ispF)

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HZT40_05265(ispF)

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KKO:

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MANY_33240(ispF)

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ERS451417_01975(ispF)

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CUR:

cu1674

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BPSC:

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SUS:

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IRI77_21335

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BHL:	Bache_0140

BXY:

BXY_29990

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BARAN1_0845(ispF)

BIH:	BIP78_1242

NAX:	HC341_10375(ispF)

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Reference

1 [PMID:10694574]

Authors

Herz S, Wungsintaweekul J, Schuhr CA, Hecht S, Luttgen H, Sagner S, Fellermeier M, Eisenreich W, Zenk MH, Bacher A, Rohdich F

Title

Biosynthesis of terpenoids: YgbB protein converts 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol 2-phosphate to 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate.

Journal

Proc Natl Acad Sci U S A 97:2486-90 (2000)
DOI:10.1073/pnas.040554697

Sequence

[eco:b2746]

Reference

Authors

Takagi, M., Kuzuyama, T., Kaneda, K., Watanabe, H., Dairi, T. and Seto, H.

Title

Studies on the nonmevalonate pathway: Formation of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate from 2-phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol.

Journal

Tetrahedron Lett 41:3395-3398 (2000)

Other DBs

ExplorEnz - The Enzyme Database:

4.6.1.12

IUBMB Enzyme Nomenclature:

4.6.1.12

ExPASy - ENZYME nomenclature database:

4.6.1.12

BRENDA, the Enzyme Database:

4.6.1.12

CAS:	287480-92-6

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