KEGG   ENZYME: 4.99.1.3
Entry
EC 4.99.1.3                 Enzyme                                 

Name
sirohydrochlorin cobaltochelatase;
CbiK;
CbiX;
CbiXS;
anaerobic cobalt chelatase;
cobaltochelatase [ambiguous];
sirohydrochlorin cobalt-lyase
Class
Lyases;
Other lyases;
Sole sub-subclass for lyases that do not belong in the other subclasses
Sysname
cobalt-sirohydrochlorin cobalt-lyase (sirohydrochlorin-forming)
Reaction(IUBMB)
cobalt-sirohydrochlorin + 2 H+ = sirohydrochlorin + Co2+ [RN:R05807]
Reaction(KEGG)
R05807
Substrate
cobalt-sirohydrochlorin [CPD:C11538];
H+ [CPD:C00080]
Product
sirohydrochlorin [CPD:C05778];
Co2+ [CPD:C00175]
Comment
This enzyme, which forms part of the anaerobic (early cobalt insertion) cobalamin biosynthesis pathway, is an ATP-independent type II chelatase. Two distinct forms are known - a primordial form named CbiX, which is most common in archaea, and a strictly bacterial form named CbiK. See EC 6.6.1.2, cobaltochelatase, for the cobaltochelatase that participates in the aerobic cobalamin biosynthesis pathway.
History
EC 4.99.1.3 created 2004, modified 2020
Pathway
ec00860  Porphyrin and chlorophyll metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K02190  sirohydrochlorin cobaltochelatase
K03795  sirohydrochlorin cobaltochelatase
K22011  sirohydrochlorin cobalto/nickelchelatase
Genes
SEX: STBHUCCB_9050
SENT: TY21A_04315
STM: STM2025(cbiK)
SEO: STM14_2513(cbiK)
SEV: STMMW_20561
SEY: SL1344_2001(cbiK)
SEM: STMDT12_C20470
SEJ: STMUK_2055(cbiK)
SEB: STM474_2110(cbiK)
SEF: UMN798_2190(cbiK)
SENR: STMDT2_19981(cbiK)
SEND: DT104_20831(cbiK)
SENI: CY43_10940
SPT: SPA0846(cbiK)
SEK: SSPA0791
SEI: SPC_1690(cbiK)
SEC: SCH_2033(cbiK)
SHB: SU5_02619
SENS: Q786_09995
SED: SeD_A2360
SEG: SG2050(cbiK)
SEL: SPUL_0875(cbiK)
SEGA: SPUCDC_0875(cbiK)
SET: SEN2023(cbiK)
SENA: AU38_10210
SENO: AU37_10220
SENV: AU39_10220
SENQ: AU40_11465
SENL: IY59_10505
SEEP: I137_03955
SENE: IA1_10105
KPN: KPN_03190(cbiK)
KPU: KP1_4455
KPP: A79E_0920
KPR: KPR_1844(cbiK)
KPJ: N559_1051
KPX: PMK1_00671(cbiK)
KPNU: LI86_05185
KPNK: BN49_0918(cbiK)
KVA: Kvar_0880
KPE: KPK_0926(cbiK)
KOX: KOX_01380
KOE: A225_4740
CRO: ROD_21101(cbiK)
CKO: CKO_00813
CAMA: F384_10335
EBT: EBL_c14860(cbiK)
KIE: NCTC12125_04870(cbiK)
KAS: KATP_08920(cbiK)
METY: MRY16398_18730(cbiK)
EBF: D782_1630
YEN: YE2716(cbiK)
YEY: Y11_16011
YEW: CH47_2064(cbiK)
YET: CH48_3167(cbiK)
YEE: YE5303_31471(cbiK)
YAL: AT01_4050(cbiK)
YFR: AW19_735(cbiK)
YIN: CH53_3382(cbiK)
YKR: CH54_927
YRO: CH64_95(cbiK)
PLU: plu2989(cbiK)
PAY: PAU_01611(cbiK)
XBO: XBJ1_0842
XBV: XBW1_1568(cbiK)
XNE: XNC1_1159
XNM: XNC2_1139
MMK: MU9_1005
ETR: ETAE_1994(cbiK)
ETD: ETAF_1803(cbiK)
ETE: ETEE_4050(cbiK)
VSP: VS_2666
VTA: B1453
SSE: Ssed_2085
MAQ: Maqu_1136
MHC: MARHY2144
MAD: HP15_1504
MARJ: MARI_08900
MVS: MVIS_3628
MCA: MCA2299
METL: U737_13375
MMAI: sS8_1999
MEC: Q7C_1441
HHA: Hhal_1350
CSA: Csal_0467
HEL: HELO_1273
HBE: BEI_3394(cbiX)
ABO: ABO_0252
ADI: B5T_04076
AXE: P40_19800
TOL: TOL_2806
OAI: OLEAN_C02900(cbiX) OLEAN_C29540(cbiX)
TAU: Tola_1671
OCE: GU3_14205
SALN: SALB1_0870
RSO: RSc2418
RSC: RCFBP_11008(cbiX)
RSL: RPSI07_1056(cbiX)
RSN: RSPO_c01033(cbiX)
RSM: CMR15_10961(cbiX)
RSE: F504_2376
RSY: RSUY_24970(cbiX_1)
RPI: Rpic_2682
REH: H16_A2993(cbiX)
CNC: CNE_1c29430(cbiX)
RME: Rmet_2810(cbiX)
CTI: RALTA_A2467(cbiX)
CGD: CR3_0413(cbiX)
BMA: BMA0669
BMAL: DM55_2031
BMAE: DM78_1250
BMAQ: DM76_2006
BMAI: DM57_2672
BMAF: DM51_443
BMAZ: BM44_1520
BMAB: BM45_1083
BPS: BPSL0962
BPR: GBP346_A1006(cbiX)
BPSE: BDL_1074
BPSM: BBQ_2484
BPSU: BBN_2608
BPSD: BBX_3019
BPK: BBK_555
BPSH: DR55_169
BPSA: BBU_1217
BPSO: X996_3238
BUT: X994_1772
BTE: BTH_I0820
BTQ: BTQ_838
BTJ: BTJ_1603
BTZ: BTL_2872
BTD: BTI_2865
BTV: BTHA_3088
BTHE: BTN_1831
BTHM: BTRA_3197
BTHA: DR62_2032
BTHL: BG87_3077
BOK: DM82_395
BOC: BG90_633
BVE: AK36_1441
BCN: Bcen_1858
BCJ: BCAL2679
BCEN: DM39_2557
BCEW: DM40_107
BCEO: I35_2539
BAM: Bamb_2518
BMJ: BMULJ_02433(cbiX)
BMU: Bmul_0825
BMK: DM80_2494
BMUL: NP80_2613
BCT: GEM_0959
BCED: DM42_2599
BDL: AK34_610
BCON: NL30_30590
BUB: BW23_2413
BLAT: WK25_11985
BTEI: WS51_22615
BSEM: WJ12_12415
BPSL: WS57_31090
BMEC: WJ16_12695
BSTG: WT74_13220
BGU: KS03_284
BGO: BM43_664
BYI: BYI23_A005810(cbiX)
BUK: MYA_2240
BUE: BRPE67_ACDS05760(cbiX)
BUL: BW21_3002
BGP: BGL_1c29870(cbiX)
BXE: Bxe_A3641
BXB: DR64_1334
BPH: Bphy_2228
BFN: OI25_749
PNU: Pnuc_0340
PPNO: DA70_10355
PPNM: LV28_20735
PPUL: RO07_14945
PSPU: NA29_22080
PAPI: SG18_14940
LMIR: NCTC12852_01757(cbiX)
CABA: SBC2_08030(sirB)
RFR: Rfer_2113
AAV: Aave_3165
AJS: Ajs_1918
ACRA: BSY15_3363
VEI: Veis_4925
DAC: Daci_3536
VPD: VAPA_1c28320(cbiX)
CTES: O987_17320
RTA: Rta_19390
LIM: L103DPR2_01734(cbiX)
LIH: L63ED372_01334(sirB)
HYB: Q5W_12655
HPSE: HPF_13625(cbiX1) HPF_17640(cbiX2)
CBAA: SRAA_0414
CBAB: SMCB_0298
MPT: Mpe_A1945 Mpe_B0439(cbiX) Mpe_B0474(cbiX)
HAR: HEAR2398
MMS: mma_2458
JAG: GJA_3934
CFU: CFU_3517(cbiX)
CARE: LT85_4036
LCH: Lcho_2598
THI: THI_3603
RGE: RGE_29170(cbiX)
BBAG: E1O_29820
PBH: AAW51_0534(cbiX) AAW51_3109(cbiX)
METR: BSY238_839
EBA: ebA3869
OTR: OTERR_09640(cbiX) OTERR_16150(cbiX)
AZO: azo3377 azo3530(cbiX)
AZA: AZKH_3941(cbiX) AZKH_4156(cbiX)
SSDC: SSDC_01705
BPRC: D521_0331
SULC: CVO_01110
ASUI: ASUIS_1299 ASUIS_1427(cbiK)
ALK: ALEK_1838 ALEK_1913(cbiK)
AMYT: AMYT_1480 AMYT_1552(cbiK)
AMAR: AMRN_1390 AMRN_1495(cbiK)
ACAA: ACAN_1443 ACAN_1529(cbiK)
AMOL: AMOL_1539(cbiK)
APAI: APAC_1433
HBV: ABIV_1113 ABIV_1420(cbiK)
HEBR: AEBR_1668(cbiK)
PACO: AACT_1551
ARC: ABLL_1526
SMUL: SMUL_1551(cbiK)
SHAL: SHALO_1515
SULJ: SJPD1_1528
GLO: Glov_3653
PCA: Pcar_0478(cbiK) Pcar_2740(cbiX)
DMA: DMR_00730(cbiK) DMR_15530(cbiK)
DTR: RSDT_0425(cbiKp) RSDT_1017(cbiKc)
PPRF: DPRO_3922(cbiKc) DPRO_3927
LIP: LI1067
LIR: LAW_01107
DRT: Dret_0160
DML: Dmul_03740(cbiK1) Dmul_21120(cbiK2)
DAT: HRM2_07680(cbiK1) HRM2_07700(cbiK2) HRM2_45790(cbiK3)
DTO: TOL2_C34190(cbiK) TOL2_C34310(cbiK2)
DWD: DSCW_15830 DSCW_33920(cbiKp_1) DSCW_60120(cbiKp_2)
DALK: DSCA_18760 DSCA_32520(cbiKp_1) DSCA_42350(cbiKp_2) DSCA_52380
SCL: sce0245(cbiX)
HOH: Hoch_5277
AVI: Avi_2641
AOL: S58_68120
META: Y590_23105
HCI: HCDSEM_005(cbiX)
HCT: HCTETULN_005(cbiX)
RBM: TEF_16265
RDE: RD1_1574(cbiX)
DSH: Dshi_0171(cbiX2)
PSF: PSE_0823(cbiX) PSE_2208
OAT: OAN307_c02760(cbiX)
OAR: OA238_c01930(cbiX)
OTM: OSB_01900(cbiX)
LAQU: R2C4_11645
PTP: RCA23_c25940(cbiX)
LABT: FIU93_27100(cbiX)
RMM: ROSMUCSMR3_03051(cbiX)
RID: RIdsm_00501(cbiX)
LVS: LOKVESSMR4R_00333(cbiX)
PAMO: BAR1_16875
MGRY: MSR1_26700 MSR1_29600(cbiX)
TMO: TMO_2777(cbiX)
TXI: TH3_20630
MAGQ: MGMAQ_0066(sirB) MGMAQ_2124
MGM: Mmc1_3135
AFR: AFE_3127
HTL: HPTL_1285(cbiX) HPTL_1950
BACO: OXB_1231
BEO: BEH_20910
BMQ: BMQ_2618(cbiX)
BMD: BMD_2605(cbiX)
BMEG: BG04_5074(cbiX)
BHA: BH1496
BCL: ABC0616
BKW: BkAM31D_06045(cbiX_1) BkAM31D_09045(cbiX_2)
GKA: GK1804
GTN: GTNG_1693(cbiX)
GGH: GHH_c18470(cbiX)
GEA: GARCT_01822(cbiX)
AFL: Aflv_2179
ANM: GFC28_881(cbiX)
AAMY: GFC30_2118(cbiX)
ANL: GFC29_745(cbiX)
LSP: Bsph_3445
PASA: BAOM_4957
SDT: SPSE_0393(nirR)
SPAS: STP1_0905
SXO: SXYL_00532(nirR)
SSCH: LH95_02205
SSCZ: RN70_02490
SDP: NCTC12225_00462(nirR)
MCL: MCCL_1342
MCAK: MCCS_17520(sirB)
LMO: lmo1202(cbiK)
LMN: LM5578_1275(cbiK)
LMY: LM5923_1228(cbiK)
LMOC: LMOSLCC5850_1191(cbiK)
LMOE: BN418_1413
LMOB: BN419_1409
LMOD: LMON_1195(cbiK)
LMOW: AX10_14515
LMOQ: LM6179_1509(cbiK)
LMR: LMR479A_1223(cbiK)
LMOM: IJ09_04325
LMF: LMOf2365_1211(cbiK)
LMC: Lm4b_01206(cbiK)
LMOG: BN389_12200(cbiK)
LMP: MUO_06200
LMOL: LMOL312_1189(cbiK)
LMOX: AX24_03390
LMH: LMHCC_1449(cbiK)
LMQ: LMM7_1207(cbiK)
LML: lmo4a_1184(cbiK)
LMS: LMLG_1058
LMW: LMOSLCC2755_1194(cbiK)
LMX: LMOSLCC2372_1198(cbiK)
LMZ: LMOSLCC2482_1242(cbiK)
LMON: LMOSLCC2376_1153(cbiK)
LMOS: LMOSLCC7179_1169(cbiK)
LMOO: LMOSLCC2378_1207(cbiK)
LMOY: LMOSLCC2479_1199(cbiK)
LMOT: LMOSLCC2540_1181(cbiK)
LMOA: LMOATCC19117_1201(cbiK)
LMOK: CQ02_06170
LIN: cbiK
LWE: lwe1159(cbiK)
LSG: lse_1081(cbiK)
LIV: LIV_1133(cbiK)
LGZ: NCTC10812_00738(cbiX)
BBE: BBR47_12460(cbiX)
PPY: PPE_04547
PPM: PPSC2_23690(cbiX)
PPO: PPM_4708(cbiX)
PPOL: X809_40245
PPOY: RE92_13570
PMW: B2K_32625
PLV: ERIC2_c08390(cbiX) ERIC2_c32330(cbiK)
PRI: PRIO_0815
PSWU: SY83_02385
ASOC: CB4_00363(cbiX) CB4_04083
AAC: Aaci_2421
AAD: TC41_2709(sirB)
BTS: Btus_0412
SIV: SSIL_2474
KUR: ASO14_1787(cbiX)
SSA: SSA_0475
LRE: Lreu_1711
LRF: LAR_1599
LRU: HMPREF0538_20898(cbiK)
PCE: PECL_1389(cbiK) PECL_1391(cbiK)
AUR: HMPREF9243_1731(cbiK)
CAC: CA_C1373(cbiK)
CAE: SMB_G0597 SMB_G1396(cbiK)
CPE: CPE1228
CPF: CPF_1436(cbiK)
CPR: CPR_1242(cbiK)
CTC: CTC_00743(cbiK)
CTET: BN906_00779(cbiK)
CNO: NT01CX_0573(cbiK)
CBO: CBO0952(cbiK)
CBA: CLB_0994(cbiK)
CBH: CLC_1008(cbiK)
CBY: CLM_1103(cbiK)
CBL: CLK_0390(cbiK)
CBB: CLD_3608(cbiK)
CBI: CLJ_B1003(cbiK)
CBN: CbC4_2306(cbiK)
CBF: CLI_1042(cbiK)
CBM: CBF_1011(cbiK)
CBE: Cbei_2309
CBZ: Cbs_2309
CBEI: LF65_03228
CKL: CKL_0720(cbiK)
CKR: CKR_0642
CLJ: CLJU_c31850(cbiK)
CSR: Cspa_c36280(cbiK)
CPAS: Clopa_1203
CPAT: CLPA_c12520(cbiK)
CPAE: CPAST_c12520(cbiK)
CSB: CLSA_c32520(cbiK)
CSQ: CSCA_5075
CLD: CLSPO_c09510(cbiK)
CACE: CACET_c00460(cbiX)
CTYK: CTK_C09510(cbiK)
CCOH: SAMEA4530647_0626(cbiK)
AMT: Amet_0064
AOE: Clos_0323
HHW: NCTC503_00905(cbiK)
CCE: Ccel_1281
FPR: FP2_02730
FPA: FPR_29250
BFI: CIY_15360
CSCI: HDCHBGLK_00102(cbiK)
CSO: CLS_16520
EHL: EHLA_0208
RTO: RTO_29530
ERT: EUR_15770
ERA: ERE_29450
CDF: CD630_34220(cbiK)
PDC: CDIF630_03730(cbiKP)
CDC: CD196_3198(cbiK)
CDL: CDR20291_3244(cbiK)
PDF: CD630DERM_34220(cbiK)
CST: CLOST_0268(cbiK)
PHX: KGNDJEFE_00488(cbiK)
SLP: Slip_0928
DAE: Dtox_0558
SGY: Sgly_1337
HMO: HM1_0528(cbiK)
HCV: FTV88_0720(cbiK) FTV88_2833(cbiX)
ELM: ELI_0774
AWO: Awo_c30260(cbiK)
SAY: TPY_1364(cbiX)
BPRS: CK3_27580
CHY: CHY_0766
TOC: Toce_0309
PIV: NCTC13079_00684(cbiK)
VRM: 44547418_01200(cbiKp) 44547418_01201(cbiK_1) 44547418_01205(cbiK_2)
VDN: NCTC11831_00758(cbiK_1) NCTC11831_00759(cbiK_2) NCTC11831_00760(cbiKp)
VNK: VEIT17_06990(cbiK_1) VEIT17_07000(cbiK_2) VEIT17_07010(cbiK_3)
MED: MELS_0465
DHO: Dia5BBH33_07730(cbiK)
SRI: SELR_08950(cbiK) SELR_17050(cbiK)
MHG: MHY_04300
MANA: MAMMFC1_00107(cbiK_1) MAMMFC1_04243(cbiKp)
STED: SPTER_03270(cbiK_1) SPTER_03560(cbiK_2) SPTER_41590(cbiK_3)
PFAC: PFJ30894_00513(cbiK)
MTC: MT3615.4
CGB: cg3113
CGU: WA5_2714(CysY)
CGT: cgR_2699
CGM: cgp_3113(cysY)
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NBV: T478_0091(cbiX)
NDV: NDEV_0110
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Reference
1  [PMID:9150215]
  Authors
Raux E, Thermes C, Heathcote P, Rambach A, Warren MJ
  Title
A role for Salmonella typhimurium cbiK in cobalamin (vitamin B12) and siroheme biosynthesis.
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Schubert HL, Raux E, Wilson KS, Warren MJ.
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A story of chelatase evolution: identification and characterization of a small 13-15-kDa "ancestral" cobaltochelatase (CbiXS) in the archaea.
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Anaerobic synthesis of vitamin B12: characterization of the early steps in the pathway.
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Lobo SA, Brindley AA, Romao CV, Leech HK, Warren MJ, Saraiva LM
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Two distinct roles for two functional cobaltochelatases (CbiK) in Desulfovibrio vulgaris hildenborough.
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Lobo SA, Videira MA, Pacheco I, Wass MN, Warren MJ, Teixeira M, Matias PM, Romao CV, Saraiva LM
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Desulfovibrio vulgaris CbiK(P) cobaltochelatase: evolution of a haem binding protein orchestrated by the incorporation of two histidine residues.
  Journal
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ExPASy - ENZYME nomenclature database: 4.99.1.3
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