Entry
Name
hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing);
CobB
Class
Ligases;
Forming carbon-nitrogen bonds;
Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor
BRITE hierarchy
Sysname
hydrogenobyrinic-acid:L-glutamine amido-ligase (AMP-forming)
Reaction(IUBMB)
2 ATP + hydrogenobyrinic acid + 2 L-glutamine + 2 H2O = 2 ADP + 2 phosphate + hydrogenobyrinic acid a,c-diamide + 2 L-glutamate [RN:
R05224 ]
Reaction(KEGG)
Substrate
Product
Comment
This enzyme, which participates in the aerobic (late cobalt insertion) cobalamin biosynthesis pathway, generates hydrogenobyrinate a,c-diamide, the substrate required by EC
6.6.1.2 , cobaltochelatase, which adds cobalt to the macrocycle. The equivalent reaction in the anaerobic cobalamin biosynthesis pathway is catalysed by EC
6.3.5.11 , cobyrinate a,c-diamide synthase.
History
EC 6.3.5.9 created 2004
Pathway
Orthology
K02224 cobyrinic acid a,c-diamide synthase
Genes
BUF : D8682_20825 D8682_24200
BFT : MNO13_05045 MNO13_08180
BSEL : RHD99_04850 RHD99_08215
METY : MRY16398_18630(cbiA)
DYG : DYGSA30_45700(cobB_2)
VSR : Vspart_03864(cobB_2)
PAEB : NCGM1900_5301(cobB)
PCQ : PcP3B5_15450(cobB_3)
PPUD : DW66_1246 DW66_1608
PVD : CFBP1590__1584(cobB)
PPRC : PFLCHA0_c45030(cobB3)
PMUD : NCTC8068_03848(cobB)
PFW : PF1751_v1c39840(cobB)
PPUU : PputUW4_03774(cobB)
PTW : TUM18999_41250(cobB)
PTAE : NCTC10697_01152(cobB3)
PSKU : KUIN1_36440(cobB_2)
MSHE : MAALD49_02350(cobB)
PSPO : PSPO_b0394(cobB-cbiA)
ALKM : NKI27_00145 NKI27_06980
ASEM : NNL22_18480 NNL22_18485
METL : U737_07575 U737_13385
MRP : NM686_010785 NM686_017120
MEEP : JWZ98_06780 JWZ98_10455
TSB : HMY34_13800 HMY34_19350
ALV : Alvin_1263(dsrN) Alvin_1817
ATEP : Atep_14820(cbiA) Atep_20810(cobB)
TVI : Thivi_0556 Thivi_1697
TMB : Thimo_0155 Thimo_0500
MPUR : MARPU_06125 MARPU_10855
TSY : THSYN_22485 THSYN_32050
TTP : E6P07_05610 E6P07_09330(cobB)
THIP : N838_20065 N838_26980
CJAP : GWK36_02350 GWK36_05890
THIM : KFB96_00950 KFB96_10620
TLR : Thiosp_04046(dsrP) Thiosp_04072(cobB_2)
TFRI : Thiofri_02455(cobB_2) Thiofri_03967(dsrP)
TWG : Thiowin_00390(dsrP) Thiowin_02406(cobB_2)
HHK : HH1059_02860(cobB_1) HH1059_16660(cobB_3)
TNI : TVNIR_0848(cobB_[H])
GAI : IMCC3135_08970(cobB_2)
THIC : TspCOW1_06980(cbiA)
HAAH : HALA3H3_800135(cobB)
HAXI : HAALTHF_42370n(cobB)
NJP : NEJAP_1825(cobB-cbiA)
OME : OLMES_2750 OLMES_2751
BMV : BMASAVP1_A1620(cobB)
BML : BMA10229_A0282(cobB)
BPM : BURPS1710b_2093(cobB)
BPL : BURPS1106A_1948(cobB)
BYI : BYI23_B004030(cobB_cobQ)
BUE : BRPE67_BCDS06630(cobB_cobQ)
BURT : BTHE68_35030(cobB_2)
PDIO : PDMSB3_1432.1(cobB)
PLAD : PPGU16_35120(cobB_1)
PLG : NCTC10937_04027(cobB_2)
LMIR : NCTC12852_01755(cobB_2)
RHF : EUB48_03105 EUB48_08700
RLH : MIZ03_2119 MIZ03_2973
CENP : M9799_00050 M9799_02015
HTN : KI616_02575 KI616_14480
PBH : AAW51_2411(cobBcbiA)
MPT : Mpe_B0437(cobB) Mpe_B0472(cobB) Mpe_B0510(cobB)
RBN : RBXJA2T_02512 RBXJA2T_19526
SMIO : CATMQ487_48910(cbiA)
MVAR : MasN3_09750(cobB_1)
SHD : SUTH_01432(dsrN) SUTH_02591(cobB)
DOE : DENOEST_1191(cobB) DENOEST_2512(cobB)
DENI : B9N43_10425 B9N43_11095
NPV : OHM77_04515 OHM77_10045
FAM : OYT1_ch1293 OYT1_ch1904
AZA : AZKH_0617(cbiA_cobB)
THAG : CKCBHOJB_03373(cbiA)
FPHO : SHINM1_019370(cobB)
SMEL : SM2011_c04282(cobB)
SFD : USDA257_c42250(cobB)
SAME : SAMCFNEI73_Ch2188(cobB)
AGR : AGROH133_09245(cobB)
AVV : RvVAT039_01070(cobB)
AVF : RvVAR031_22250(cobB)
REC : RHECIAT_CH0002586(cobB)
REL : REMIM1_CH02506(cobB)
REP : IE4803_CH02533(cobB)
REI : IE4771_CH02620(cobB)
RTR : RTCIAT899_CH10565(cobB)
RGA : RGR602_CH02271(cobB)
RPHA : AMC79_CH02613(cobB)
NEN : NCHU2750_36550(cobB)
BIO : BR141012304_11401(cobB)
MAQU : Maq22A_c09485(cobB)
BBAR : RHAL1_00073(cobB_1)
FIL : BN1229_v1_3167(cobB)
FIY : BN1229_v1_2755(cobB)
BLAG : BLTE_14780(cobB_1) BLTE_30720(cbiA)
RLI : RLO149_c006260(cobB)
SINL : DSM14862_03164(cobB_2)
SPSE : SULPSESMR1_02797(cobB)
RMM : ROSMUCSMR3_00673(cobB)
RMAI : MACH21_08750(cobB_1)
RED : roselon_02140 roselon_02167
RSK : RSKD131_3359 RSKD131_4283
LVS : LOKVESSMR4R_01276(cobB)
GEH : HYN69_05190 HYN69_20040
PAMO : BAR1_04815 BAR1_07330
PALW : PSAL_011270(cobB_1)
NOR : FA702_01445 FA702_20520
SPAG : sphantq_04013(cobB_2)
EBLA : JGUZn3_06360(cobB_2)
MGY : MGMSRv2__3223(cobB) MGMSRv2__4059(cobB)
MGRY : MSR1_23410(cobB_2) MSR1_29510(cobB_3)
MAGX : XM1_0159(cobB) XM1_1840(cobB)
MAGN : WV31_03225 WV31_16970
MAGQ : MGMAQ_2122(cobB) MGMAQ_3764(cobB)
VSU : P3M64_00990 P3M64_07775
GBN : GEOBRER4_37010(cbiA)
DFI : AXF13_13790 AXF13_14815
DPG : DESPIGER_0952 DESPIGER_2041
DTR : RSDT_0011(cbiA2) RSDT_0433(cbiA1)
DFL : DFE_2977(cobB) DFE_3073
PSYF : N1030_11340 N1030_14690
DSB : LN040_09275 LN040_13670
DMA : DMR_03630 DMR_11850(cbiA)
DCB : C3Y92_15125 C3Y92_18580
DMS : E8L03_10360 E8L03_15030
DSA : Desal_0269 Desal_0790
DHY : DESAM_20114 DESAM_20464(cobB)
DAF : Desaf_1373 Desaf_1831
DPI : BN4_11946(cobB) BN4_12631(cobB)
DEJ : AWY79_04755 AWY79_17885
PPRF : DPRO_1443(cbiA) DPRO_2481(cbiA)
PSEL : GM415_02155 GM415_07950
DDN : DND132_2058 DND132_2812
PSEF : PSDVSF_19390(cbiA) PSDVSF_27430(cobB-1)
PPOR : JCM14722_14520(cbiA) JCM14722_23160(cobB-1)
PNW : SYK_20070(cbiA) SYK_28430(cobB-1)
PTHE : LF599_15690 LF599_16320
PMEN : V8V93_00515 V8V93_05405
DSX : GD604_01390 GD604_02685
DSD : GD606_09320 GD606_14675
PBIZ : LWC08_10480 LWC08_12045
DVU : DVU_0405(cobB-1) DVU_3086(cobB-2)
DVG : Deval_0367 Deval_2850
CLIH : KPS_001848 KPS_002619
TMUR : JBF11_03940 JBF11_04440
DOA : AXF15_07395 AXF15_12570
DESU : NLA06_08615 NLA06_11450
THEW : TDMWS_09270(cobB-1) TDMWS_11610
DLM : DPPLL_15230(cbiA) DPPLL_19350(cobB)
DAK : DaAHT2_1581 DaAHT2_1671
DPR : Despr_2263 Despr_3025
DEO : CAY53_05230 CAY53_09570
DOG : HP555_01255 HP555_11430
DBK : DGMP_08460(cobB) DGMP_11880(cbiA)
DDU : GF1_19010(cobB) GF1_26110(cbiA)
ECOM : QTN59_17700 QTN59_18630
EAJ : Q3M24_03720 Q3M24_04600
ELAX : KKHLCK_10570 KKHLCK_10775
EAQ : LDFHOB_09690 LDFHOB_09960
DAT : HRM2_00190(cbiA1) HRM2_42370(cbiA2)
DTO : TOL2_C00080(cbiA) TOL2_C05600(cobB)
DOV : DSCO28_30720(cbiA) DSCO28_40970(cobB)
DWD : DSCW_33980(cbiA) DSCW_41430(cobB_2)
DALK : DSCA_41730(cobB_2) DSCA_61570(cbiA)
DML : Dmul_28150(cobB) Dmul_30230(cbiB)
DLI : dnl_18190(cobB2) dnl_18200(cobB3) dnl_54500(cbiA)
DMM : dnm_050820(cbiA) dnm_070950(cobB2)
DEK : DSLASN_01960(cbiA) DSLASN_38000(cobB)
DAO : Desac_1620 Desac_2242
DTI : Desti_1558 Desti_1640 Desti_5593
DAX : FDQ92_05045 FDQ92_06550
TID : Thein_1554 Thein_1896
TAV : G4V39_07665 G4V39_07780(cobB)
TMAI : FVE67_01425 FVE67_01890
LCRE : Pla8534_33720(cobB_2)
AAGG : ETAA8_14830(cobB_1)
SACI : Sinac_5979 Sinac_6645
TPI : TREPR_0526(cobB_2) TREPR_3603(cobB_1)
BCEL : BcellWH2_00339(cobB_1)
PCRE : NCTC12858_00652(cobB_1)
PSOE : CE91St14_05130(cbiA-1)
CTE : CT0929(cbiA-1) CT2251(dsrN)
CLZ : BIU88_04880 BIU88_11295
CPH : Cpha266_0126 Cpha266_0312
CPB : Cphamn1_0353 Cphamn1_1859
PROC : Ptc2401_00026(cobB_1) Ptc2401_00291(cobB_2)
PRS : B9H02_00130 B9H02_05045
PROS : CHL67_00145 CHL67_01730 CHL67_05005
PROW : OO006_03200(cobB) OO006_07260
PROI : OO005_03105(cobB) OO005_06745
DTP : JZK55_23180(cbiA) JZK55_23450(cobB)
NDE : NIDE2105(cobB) NIDE2670(cbiA)
NMV : NITMOv2_1604(cobB) NITMOv2_1831(cbiA)
DHR : LGS26_01320 LGS26_06085
BKW : BkAM31D_09085(cobB_2)
PARG : PspKH34_20090(cbiA)
PCAL : BV455_03716(cobB_3)
LMOC : LMOSLCC5850_1181(cobB)
LMW : LMOSLCC2755_1184(cobB)
LMX : LMOSLCC2372_1188(cobB)
LMZ : LMOSLCC2482_1232(cobB)
LMON : LMOSLCC2376_1142(cobB)
LMOS : LMOSLCC7179_1159(cobB)
LMOO : LMOSLCC2378_1197(cobB)
LMOY : LMOSLCC2479_1189(cobB)
LMOT : LMOSLCC2540_1170(cobB)
LMOA : LMOATCC19117_1191(cobB)
PPQ : PPSQR21_047870(cobB)
PKP : SK3146_05079(cobB_2)
AFX : JZ786_00005 JZ786_06520 JZ786_07560 JZ786_18890
ACUR : JZ785_03225 JZ785_03435
AFAS : NZD89_23050 NZD89_26640
SMEN : SAMEA4412692_0352(cobB)
LRU : HMPREF0538_20909(cobB)
AUR : HMPREF9243_1742(cobB)
CPAE : CPAST_c12580(cobB2)
CCOH : SAMEA4530647_0615(cobB_2)
CGEL : psyc5s11_38600(cobB)
PROQ : P6M73_15900 P6M73_16635
CCL : Clocl_3583 Clocl_3810
INT : RX717_13645 RX717_13650
CMIC : caldi_00940 caldi_26550
DSY : DSY0318(cobB) DSY4060(cobB)
DDH : Desde_0276 Desde_1238
DDL : Desdi_0252 Desdi_1029
DOR : Desor_2795 Desor_3300
DAI : Desaci_2444 Desaci_3002
DMI : Desmer_2198 Desmer_2564
DEC : DCF50_p63 DCF50_p808(cobB)
DCA : Desca_0578 Desca_2676
DRU : Desru_0898 Desru_3733
DFG : B0537_13960 B0537_15890
DKU : Desku_2368 Desku_3484
TFR : BR63_04695 BR63_06715(cobB)
FWA : DCMF_23770 DCMF_28240
AACX : DEACI_0678 DEACI_2582
DGI : Desgi_1894 Desgi_4647
BPRO : PMF13cell1_04262(cbiA)
CSCI : HDCHBGLK_00118(cbiA)
CHYL : CE91St63_25770(cbiA)
ACEL : acsn021_39640(cobB)
ACHT : bsdcttw_22340(cbiA)
CBAR : PATL70BA_0217(cbiA)
ETM : CE91St48_21020(cobB_2)
PDF : CD630DERM_34340(cobB)
PHX : KGNDJEFE_00476(cbiA)
EAC : EAL2_808p00970(cobB)
CHY : CHY_0771(cobB1) CHY_2399(cobB2)
MTHO : MOTHE_c10600(cobB1) MOTHE_c16340(cobB2)
MTHZ : MOTHA_c11490(cobB2) MOTHA_c17170(cobB3)
PIV : NCTC13079_00950(cobB_1)
VRM : 44547418_01198(cobB)
VDN : NCTC11831_00762(cobB)
DHO : Dia5BBH33_09950(cbiA)
MANA : MAMMFC1_03999(cobB)
PFAC : PFJ30894_01754(cobB)
CBAC : JI75_04595 JI75_05380
MBO : BQ2027_MB2873C(cobB)
MMAE : MMARE11_18130(cobB)
MBAI : MB901379_01708(cobB_1)
MHEK : JMUB5695_03238(cobB_3)
MGAU : MGALJ_07890(cobB_1)
MKY : IWGMT90018_39430(cobB_2)
MYW : BVC93_02725 BVC93_30075
MPHL : MPHLCCUG_03209(cobB_1)
MTHN : 4412656_01686(cobB_1)
MCHT : MCHIJ_44830(cobB_3)
MAUU : NCTC10437_02166(cobB_1)
MPSC : MPSYJ_43710(cobB_2)
MMAT : MMAGJ_56050(cobB_1)
MSEI : MSEDJ_24730(cobB_1)
MFLV : NCTC10271_03217(cobB_3)
MSAL : DSM43276_02947(cobB_2)
MTER : 4434518_03156(cobB_3)
CDIP : ERS451417_01513(cobB)
CUN : Cul210932_1468(cobB)
CUQ : Cul210931_1356(cobB)
CUJ : CUL131002_1389c(cobB)
NFR : ERS450000_05833(cobB_3)
NAD : NCTC11293_05280(cobB_3)
NWL : NWFMUON74_22390(cobB_2)
NSPU : IFM12276_16030(cobB_1)
RPY : Y013_10530 Y013_14650
RRT : 4535765_03950(cobB_2)
RCR : NCTC10994_03351(cobB_2)
TPUL : TPB0596_28960(cobB_1)
SAMB : SAM23877_1924(cobB)
SLE : sle_52810(sle_52810)
SGM : GCM10017557_64070(cobB)
SALF : SMD44_02000(cobB-cbiA)
SALJ : SMD11_5141(cobB-cbiA)
SRIM : CP984_01250 CP984_31685
STUI : GCM10017668_14490(cobB)
SHUN : DWB77_05863(cobB_3)
SXT : KPP03845_102100(cobB_3)
DCO : SAMEA4475696_1930(cobB)
PAK : HMPREF0675_3472(cobB)
CGRN : 4412665_00796(cobB)
PAUS : NCTC13651_01041(cobB_2)
PPC : HMPREF9154_1256(cobB)
ACIJ : JS278_02439(cobB_2)
TLA : TLA_TLA_00335(cobB_1) TLA_TLA_01151(cobB_2)
NAQU : ENKNEFLB_00273(cobB_1) ENKNEFLB_01622(cobB_3)
SVI : Svir_08510 Svir_17740
AMYZ : HUW46_01741(cobB_1)
ACTU : Actkin_02604(cobB_2)
MTUA : CSH63_04845 CSH63_33260
MICH : FJK98_16250 FJK98_26250
MTEM : GCE86_13640 GCE86_19550
MCAB : HXZ27_14530 HXZ27_25165
MSAG : GCM10017556_12490(cobB) GCM10017556_51720
MCRA : ID554_21545 ID554_29975
ASE : ACPL_1301(cobB) ACPL_5302(cobB)
AMS : AMIS_10830 AMIS_54290
ACTN : L083_1433(cobB) L083_5177
ACTS : ACWT_1182 ACWT_5172
AIH : Aiant_10840(cobB) Aiant_55140
ACTR : Asp14428_31490(cobB_1) Asp14428_78500(cobB_2)
ACTL : L3i22_011960 L3i22_076060(cobB)
AOU : ACTOB_001134 ACTOB_005843
ACTE : ACTI_31670 ACTI_79570(cobB)
PLAB : C6361_08355 C6361_30750
PLAT : C6W10_04910 C6W10_35350
PFLA : Pflav_005690(cobB_1) Pflav_083670
PSUU : Psuf_046300 Psuf_046310 Psuf_062550(cobB_2)
ASER : Asera_55290(cobB_1)
CATI : CS0771_02830(cobB_1)
CCAZ : COUCH_18005 COUCH_32330
BALA : DSM104299_01715(cobB_1)
PARQ : DSM112329_00629(cobB_1)
SYR : SynRCC307_0757(cobB)
SYX : SynWH7803_1563(cobB)
SYH : Syncc8109_2015(cbiA)
SYNW : SynWH8103_00852(cobB)
TVN : NIES2134_117730(cobB)
LET : O77CONTIG1_01369(cobB)
MVZ : myaer102_40810(cobB)
PAGH : NIES204_15210(cobB)
PRUN : PCC7821_01920(cbiA)
NSPH : BDGGKGIB_00884(cobB)
STAN : STA3757_19300(cobB)
GLT : GlitD10_2103(cobB-cbiA)
DFO : Dform_01102(cobB-cbiA)
FPOL : ERS445057_01256(cobB_2)
MMP : MMP1477(cbiA) MMP1478(cbiA)
MRU : mru_0893(cbiA3) mru_2151(cbiA4)
MKA : MK1573(cobB_1) MK1643(cobB_2)
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MER : MMINT_10700 MMINT_17215
MEAR : Mpt1_c05110(cobB2) Mpt1_c08010(cobB3)
MEUZ : KRP56_02465(cobB) KRP56_02615
TTN : TTX_0412(cbiA) TTX_1195(cbiA)
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Taxonomy
Reference
Authors
Debussche L, Thibaut D, Cameron B, Crouzet J, Blanche F.
Title
Purification and characterization of cobyrinic acid a,c-diamide synthase from Pseudomonas denitrificans.
Journal
Reference
Authors
Warren MJ, Raux E, Schubert HL, Escalante-Semerena JC.
Title
The biosynthesis of adenosylcobalamin (vitamin B12).
Journal
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 6.3.5.9
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 6.3.5.9
BRENDA, the Enzyme Database: 6.3.5.9