KEGG   ENZYME: 2.1.1.192Help
Entry
EC 2.1.1.192                Enzyme                                 

Name
23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase;
RlmN;
YfgB;
Cfr
Class
Transferases;
Transferring one-carbon groups;
Methyltransferases
BRITE hierarchy
Sysname
S-adenosyl-L-methionine:23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase
Reaction(IUBMB)
(1) 2 S-adenosyl-L-methionine + adenine2503 in 23S rRNA + 2 reduced [2Fe-2S] ferredoxin = S-adenosyl-L-homocysteine + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + 2-methyladenine2503 in 23S rRNA + 2 oxidized [2Fe-2S] ferredoxin;
(2) 2 S-adenosyl-L-methionine + adenine37 in tRNA + 2 reduced [2Fe-2S] ferredoxin = S-adenosyl-L-homocysteine + L-methionine + 5'-deoxyadenosine + 2-methyladenine37 in tRNA + 2 oxidized [2Fe-2S] ferredoxin
Substrate
S-adenosyl-L-methionine [CPD:C00019];
adenine2503 in 23S rRNA;
reduced [2Fe-2S] ferredoxin;
adenine37 in tRNA
Product
S-adenosyl-L-homocysteine [CPD:C00021];
L-methionine [CPD:C00073];
5'-deoxyadenosine [CPD:C05198];
2-methyladenine2503 in 23S rRNA;
oxidized [2Fe-2S] ferredoxin;
2-methyladenine37 in tRNA
Comment
Contains an [4Fe-4S] cluster [2]. This enzyme is a member of the 'AdoMet radical' (radical SAM) family. S-Adenosyl-L-methionine acts as both a radical generator and as the source of the appended methyl group. RlmN first transfers an CH2 group to a conserved cysteine (Cys355 in Escherichia coli) [6], the generated radical from a second S-adenosyl-L-methionine then attacks the methyl group, exctracting a hydrogen. The formed radical forms a covalent intermediate with the adenine group of the tRNA [9]. RlmN is an endogenous enzyme used by the cell to refine functions of the ribosome in protein synthesis [2]. The enzyme methylates adenosine by a radical mechanism with CH2 from the S-adenosyl-L-methionine and retention of the hydrogen at C-2 of adenosine2503 of 23S rRNA. It will also methylate 8-methyladenosine2503 of 23S rRNA. cf. EC 2.1.1.224 [23S rRNA (adenine2503-C8)-methyltransferase].
History
EC 2.1.1.192 created 2010, modified 2011, modified 2014
Orthology
K06941  23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase
Genes
ATH: AT2G39670
ALY: ARALYDRAFT_482988
CRB: 17890037 17894108
CSAT: 104699330 104703621 104752706 104782422 104784287 104785464 104785470 104787135 104792794 109125127
EUS: EUTSA_v10016689mg EUTSA_v10023456mg
BRP: 103838515 103867024
BNA: 106381969 106396811 106429128 106451010 106451011
BOE: 106318962 106336966
THJ: 104809600 104810032 104824278
CPAP: 110813106 110824287
LJA: Lj0g3v0151739.1(Lj0g3v0151739.1) Lj0g3v0305119.1(Lj0g3v0305119.1) Lj0g3v0305119.2(Lj0g3v0305119.2) Lj2g3v2585500.1(Lj2g3v2585500.1)
LANG: 109361112
DOSA: Os01t0640800-01(Os01g0640800) Os01t0973400-01(Os01g0973400)
ECO: b2517(rlmN)
ECJ: JW2501(yfgB)
ECD: ECDH10B_2683(yfgB)
EBW: BWG_2281(rlmN)
ECOK: ECMDS42_2060(yfgB)
ECE: Z3780(yfgB)
ECS: ECs3379
ETW: ECSP_3457(yfgB)
EOJ: ECO26_3564(yfgB)
EOI: ECO111_3241(yfgB)
EOH: ECO103_3034(yfgB)
ECOO: ECRM13514_3347(yfgB)
ECOH: ECRM13516_3203(yfgB)
ECG: E2348C_2800(yfgB)
EOK: G2583_3042(yfgB)
ESO: O3O_18820
ESM: O3M_06875
ESL: O3K_06830
ELH: ETEC_2674
ECC: c3039(yfgB)
ECP: ECP_2522
ECI: UTI89_C2838(yfgB)
ECV: APECO1_4007(yfgB)
ECY: ECSE_2803
ECR: ECIAI1_2569(yfgB)
ECQ: ECED1_2948(yfgB)
ECK: EC55989_2802(yfgB)
ECT: ECIAI39_2718(yfgB)
EOC: CE10_2947(rlmN)
EUM: ECUMN_2837(yfgB)
ECZ: ECS88_2693(yfgB)
ESE: ECSF_2361
EBR: ECB_02409(yfgB)
EBD: ECBD_1169
EKF: KO11_10235(rlmN)
EAB: ECABU_c28220(yfgB)
EDJ: ECDH1ME8569_2444(rlmN)
EIH: ECOK1_2865(rlmN)
ENA: ECNA114_2595(yfgB)
ELW: ECW_m2742(rlmN)
ELL: WFL_13430(rlmN)
ELC: i14_2835(yfgB)
ELD: i02_2835(yfgB)
EBL: ECD_02409(rlmN)
EBE: B21_02371(rlmN)
ELF: LF82_3091(yfgB)
ECOI: ECOPMV1_02702(rlmN)
ECOJ: P423_13815
ECOS: EC958_2827(yfgB)
EFE: EFER_0655(yfgB)
STY: STY2770(yfgB)
STT: t0331(yfgB)
STM: STM2525(yfgB)
SEO: STM14_3097(yfgB)
SEY: SL1344_2487(yfgB)
SEJ: STMUK_2557(yfgB)
SEB: STM474_2627(yfgB)
SENR: STMDT2_24861(yfgB)
SEND: DT104_25771(yfgB)
SENI: CY43_13475
SPT: SPA0342(yfgB)
SEK: SSPA0322
SEI: SPC_1129(yfgB)
SEC: SCH_2522(yfgB)
SHB: SU5_03122
SENS: Q786_12495
SED: SeD_A2895
SEG: SG2560(yfgB)
SEL: SPUL_0353
SET: SEN2505(yfgB)
SENA: AU38_12695
SENO: AU37_12705
SENV: AU39_12705
SENQ: AU40_14265
SENL: IY59_13045
SEEP: I137_01610
SENE: IA1_12615
SBG: SBG_2301(yfgB)
SBZ: A464_2636
SFL: SF2563(yfgB)
SFX: S2735(yfgB)
SFV: SFV_2564(yfgB)
SFE: SFxv_2818(rlmN)
SFN: SFy_3644
SFS: SFyv_3720
SFT: NCTC1_02818(rlmN)
SSN: SSON_2599(yfgB)
SBO: SBO_2541(yfgB)
SDY: SDY_2713(yfgB)
ENC: ECL_03859
ECLO: ENC_37450
EEC: EcWSU1_03333(rlmN)
ECLX: LI66_16185
ECLY: LI62_17960
ECLZ: LI64_15660
ESA: ESA_00741
CSK: ES15_1011(rlmN)
CTU: CTU_31110(rlmN)
KPN: KPN_02847(yfgB)
KPU: KP1_4098(yfgB)
KPP: A79E_1254
KPT: VK055_4653(rlmN)
KPE: KPK_1272
KPR: KPR_1429(rlmN)
KPJ: N559_1408
KPX: PMK1_00345(rlmN)
KPNU: LI86_06805
KPNK: BN49_4056(rlmN)
KVA: Kvar_1211
KOX: KOX_27285
KOE: A225_4372
EAE: EAE_00720
EAR: CCG33977
CKO: CKO_00268
CRO: ROD_24601
CAMA: F384_13840
BPN: BPEN_552(yfgB)
BVA: BVAF_534(rlmN)
BCHR: BCHRO640_566(rlmN)
BEN: BOBLI757_538(rlmN)
BED: BTURN675_530(rlmN)
HDE: HDEF_0749
SECT: A359_08060
SEHC: A35E_00467
EBT: EBL_c10390(yfgB)
ICP: ICMP_071(yfgB)
SBW: TGUWTKB_1990(rlmN)
DEN: MHIR_DE00296(rlmN)
HED: TPER_HE00574(rlmN)
CMIK: PMARG_ME00235(rlmN)
PPET: C9I82_319
EBF: D782_1155
PSTS: E05_26720
YPE: YPO2882
YPK: y1350
YPH: YPC_3072(yfgB)
YPA: YPA_2322
YPN: YPN_1256
YPM: YP_2748
YPZ: YPZ3_2446
YPD: YPD4_2263
YPX: YPD8_2426
YPW: CH59_3190(rlmN)
YPJ: CH55_1398(rlmN)
YPV: BZ15_647(rlmN)
YPL: CH46_2220(rlmN)
YPS: YPTB2844
YPO: BZ17_3786(rlmN)
YPY: YPK_1290
YPB: YPTS_2953
YPQ: DJ40_3698(rlmN)
YPU: BZ21_2148(rlmN)
YPR: BZ20_3364(rlmN)
YPC: BZ23_2430(rlmN)
YPF: BZ19_2215(rlmN)
YEN: YE1070
YEY: Y11_42881
YEW: CH47_485(rlmN)
YET: CH48_540(rlmN)
YAL: AT01_3542(rlmN)
YFR: AW19_212(rlmN)
YIN: CH53_632(rlmN)
YKR: CH54_1452(rlmN)
YRO: CH64_1465(rlmN)
YRU: BD65_1035(rlmN)
SPE: Spro_3612
SRL: SOD_c35460(rlmN)
SPLY: Q5A_019105(rlmN)
SSZ: SCc_563(yfgB)
SMAF: D781_3365
SMW: SMWW4_v1c37210(rlmN)
SMAR: SM39_3218(rlmN)
SMAC: SMDB11_3007(rlmN)
SERF: L085_10010
RAA: Q7S_04970
ECA: ECA3223
PATR: EV46_15975
PATO: GZ59_32370
PCT: PC1_3017
PEC: W5S_1165
SGL: SG1763
SOD: Sant_1130(rlmN)
PES: SOPEG_3106(rlmN)
SENY: HBA_0700(rlmN)
DDD: Dda3937_03702(rlmN)
DDQ: DDI_2986
ETA: ETA_10250(yfgB)
EPY: EpC_10430(yfgB)
EPR: EPYR_01105(yfgB)
EAM: EAMY_2582(yfgB)
EAY: EAM_2478
EBI: EbC_33790
ERJ: EJP617_00460(yfgB)
EGE: EM595_2677(rlmN)
BUC: BU286(yfgB)
BAP: BUAP5A_281(yfgB)
BAU: BUAPTUC7_283(yfgB)
BAW: CWU_01865
BAJC: CWS_01485
BUA: CWO_01495
BUP: CWQ_01525
BAK: BAKON_288(rlmN)
BUH: BUAMB_267(rlmN)
BAPF: BUMPF009_CDS00311(yfgb)
BAPG: BUMPG002_CDS00312(yfgb)
BAPU: BUMPUSDA_CDS00311(yfgb)
BAPW: BUMPW106_CDS00311(yfgb)
BAS: BUsg_275(yfgB)
BAB: bbp_265(yfgB)
BCC: BCc_176(yfgB)
BAJ: BCTU_187(yfgB)
BAPH: IX46_01485
WBR: yfgB
WGL: WIGMOR_0178(rlmN)
PAM: PANA_2861(yfgB)
PLF: PANA5342_1183(yfgB)
PAJ: PAJ_2148(yfgB)
PVA: Pvag_2282(yfgB)
HHS: HHS_04080(yfgB)
PSTW: DSJ_07525
TPTY: NCTC11468_02767(rlmN)
PLU: plu1373
PAY: PAU_01383(yfgB)
PMR: PMI1848
XBO: XBJ1_3011(yfgB)
XBV: XBW1_1791(rlmN)
XNE: XNC1_3313(yfgB)
XNM: XNC2_3188(yfgB)
XDO: XDD1_2136 XDD1_2773(rlmN)
XPO: XPG1_1105(rlmN)
PSI: S70_02950
PSX: DR96_3761(rlmN)
PRG: RB151_027900(rlmN)
PHEI: NCTC12003_01452(rlmN)
MMK: MU9_1710
ASY: AUT07_00116(rlmN)
ETR: ETAE_2805
ETD: ETAF_2544
ETE: ETEE_1024
LRI: NCTC12151_00880(rlmN)
PSHI: SAMEA2665130_0574(rlmN)
HIN: HI0365
HIT: NTHI0485
HIU: HIB_04760
HIE: R2846_0215(rlmN)
HIZ: R2866_0210(rlmN)
HIK: HifGL_001695(rlmN)
HIA: H733_0259
HIW: NTHI477_01407(rlmN)
HIC: NTHIC486_00623(rlmN)
HIX: NTHI723_01324(rlmN)
HDU: HD_0319
HAP: HAPS_2145
HPAZ: K756_07985
HPAS: JL26_06890
HPAK: JT17_04465
HSO: HS_1198
HSM: HSM_0364
PMU: PM2007
PMV: PMCN06_1317(rlmN)
PMP: Pmu_13380(rlmN)
PMUL: DR93_2093(rlmN)
PDAG: 4362423_01381(rlmN)
MSU: MS1916
MHT: D648_5450
MHAT: B824_21320
MHX: MHH_c10940(rlmN)
MHAE: F382_10595
MHAM: J450_09520
MHAO: J451_10825
MHAL: N220_02705
MHAQ: WC39_11140
MHAY: VK67_11145
MVR: X781_4770
MVI: X808_4370
MVG: X874_4450
APL: APL_1274
APJ: APJL_1285
APA: APP7_1325
ASU: Asuc_2030
AAT: D11S_2027
AAN: D7S_01891
AACN: AANUM_0065
BTO: WQG_4920
BTRE: F542_17130
BTRH: F543_18860
BTRA: F544_5200
XFA: XF_0459
XFT: PD_1624
XCC: XCC1982
XCB: XC_2202
XCP: XCR_2261
XCV: XCV2067
XAX: XACM_2043
XAC: XAC2016
XFU: XFF4834R_chr21190(rlmN)
XOO: XOO2534
XOM: XOO2392(XOO2392)
XOR: XOC_2428
XAL: XALC_1591
XPH: XppCFBP6546_02795(XppCFBP6546P_02795)
XVA: C7V42_11860(rlmN)
SML: Smlt2055
SMT: Smal_1657
SMZ: SMD_1850(rlmN)
STEN: CCR98_08995(rlmN)
STEM: CLM74_09335(rlmN)
PSUW: WQ53_00285
PSD: DSC_10315
LAB: LA76x_2333(rlmN)
LAQ: GLA29479_2800(rlmN)
LCP: LC55x_2333(rlmN)
LGU: LG3211_2896(rlmN)
LEZ: GLE_2910
LEM: LEN_2120
LYT: DWG18_05045(rlmN)
LUM: CNR27_09450(rlmN)
LUE: DCD74_04335(rlmN)
DKO: I596_1381
XBA: C7S18_13680(rlmN)
VCH: VC0757
VCS: MS6_0569
VCI: O3Y_03520
VCX: VAA049_2940(rlmN)
VCZ: VAB027_1413(rlmN)
VVU: VV1_0429
VVY: VV0764
VPA: VP0605
VPB: VPBB_0577
VAG: N646_2763
VSP: VS_0616
VNI: VIBNI_A2778(rlmN)
VAN: VAA_00510
VAU: VANGNB10_cI0671(rlmN)
VSC: VSVS12_02452(rlmN)
VTA: A2483(yfgB)
VFI: VF_0626(yfgB)
AWD: AWOD_I_0601(rlmN)
PPR: PBPRA0760(YPO2882)
PAEV: N297_1896 N297_3931(rlmN)
PAEI: N296_1896 N296_3931(rlmN)
PAEC: M802_1894 M802_3929(rlmN)
PAEO: M801_1895 M801_3797(rlmN)
PPSE: BN5_2031 BN5_3260(rlmN)
PCQ: PcP3B5_13740(rlmN_1) PcP3B5_49860(rlmN_2)
PPU: PP_0850(rlmN)
PPF: Pput_0880
PPT: PPS_0916
PPI: YSA_06785
PPX: T1E_4174
PPUH: B479_04745
PPUT: L483_04300
PPUN: PP4_44250(rlmN)
PPUD: DW66_0879
PMON: X969_02825
PMOT: X970_02800
PSB: Psyr_1245
PSYR: N018_19470
PAMG: BKM19_009145(rlmN)
PAVL: BKM03_08020(rlmN)
PFL: PFL_4957(rlmN)
PPRC: PFLCHA0_c49410(rlmN)
PPRO: PPC_4967
PFS: PFLU_5060
PFC: PflA506_4367(rlmN)
PFW: PF1751_v1c45450(rlmN)
PFB: VO64_1942
PMAN: OU5_4653
PEN: PSEEN1018
PPUU: PputUW4_00936(rlmN)
PKC: PKB_1046(rlmN) PKB_4219
PSES: PSCI_0559
PSEM: TO66_25285
PSEC: CCOS191_0939(rlmN)
PSOS: POS17_4936
PANR: A7J50_4828
PSIL: PMA3_24210
PAR: Psyc_0679
PALI: A3K91_0740
PSYA: AOT82_2633
PSYY: DLE54_08975(rlmN)
ACB: A1S_0499
ABM: ABSDF3005
ABY: ABAYE3266
ABN: AB57_0601
ABX: ABK1_0540
ABZ: ABZJ_00540(rlmN)
ABH: M3Q_753
ABAD: ABD1_04700
ABAZ: P795_14795
ABAU: IX87_17095
ABAA: IX88_04795
ACC: BDGL_003411(rlmN)
ACI: ACIAD0557
ASJ: AsACE_CH00516(rlmN)
AID: CTZ23_12615(rlmN)
ADV: DJ533_15585(rlmN)
ARJ: DOM24_02095(rlmN)
MCT: MCR_1174
MCS: DR90_737(rlmN)
MCAT: MC25239_01146(rlmN)
MBOI: DQF64_04085(rlmN)
SON: SO_3315(rlmN)
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CLX: CLAN_1635(rlmN)
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MAVD: NF84_16985
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MIT: OCO_35590
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MYO: OEM_36190
MIR: OCQ_36800
MLP: MLM_2958
MUL: MUL_2078
MMC: Mmcs_2006
MKM: Mkms_2052
MJL: Mjls_1987
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MMM: W7S_17795
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MABB: MASS_3119
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MCHE: BB28_16070
MSTE: MSTE_03150(rlmN)
MTER: 4434518_02546(rlmN)
ASD: AS9A_1588
CGL: NCgl1944(Cgl2020)
CGB: cg2214
CGU: WA5_1944
CGT: cgR_1848
CGM: cgp_2214
CGJ: AR0_09535
CEF: CE1907
CDI: DIP1502
CDIP: ERS451417_01527(rlmN)
CJK: jk1169
CUR: cu0824
CPG: Cp316_1357(rlmN)
COR: Cp267_1361(rlmN)
COP: Cp31_1322(rlmN)
COI: CpCIP5297_1326(rlmN)
COE: Cp258_1325(rlmN)
COU: Cp162_1303(rlmN)
CRD: CRES_1261
CUN: Cul210932_1485(rlmN)
CUS: CulFRC11_1388(rlmN)
CUQ: Cul210931_1372(rlmN)
CUZ: Cul05146_1453(rlmN)
CUJ: CUL131002_1406c(rlmN)
CVA: CVAR_1697
CTER: A606_06820
CGY: CGLY_07440(rlmN)
COA: DR71_2008(rlmN)
CSX: CSING_08470(rlmN)
CMQ: B840_07775(rlmN)
CKU: UL82_06505(rlmN)
CCJ: UL81_07315(rlmN)
CMV: CMUST_09515(rlmN)
CEI: CEPID_07795(rlmN)
CTED: CTEST_08235(rlmN)
CUT: CUTER_06800(rlmN)
CDX: CDES_09065(rlmN)
CSP: WM42_2398(rlmN)
CPHO: CPHO_04805
CGV: CGLAU_07855(rlmN)
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SALU: DC74_5746
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PSL: Psta_4712
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Taxonomy
Reference
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  Authors
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Yan F, LaMarre JM, Rohrich R, Wiesner J, Jomaa H, Mankin AS, Fujimori DG
  Title
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ExplorEnz - The Enzyme Database: 2.1.1.192
IUBMB Enzyme Nomenclature: 2.1.1.192
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BRENDA, the Enzyme Database: 2.1.1.192

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